Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Beta defensin diekspresikan terutama oleh sel epitel pada permukaan mukosa berbagai organ seperti kulit, usus, mulut dan saluran genital. Studi sebelumnya menunjukkan bahwa Beta defensin 30 (Defb30) terekspresi spesifik di epididimis. Defb30 merupakan peptida kationik berukuran kecil yang diduga berperan penting pada proses pematangan spermatozoa di epididimis dan juga memiliki kemampuan untuk membunuh mikroba. Untuk mempelajari aktivitas antimikroba Defb30 ini diperlukan analisis pada tingkat protein dan hal tersebut memerlukan protein dalam jumlah yang cukup. Karena itu perlu dilakukan suatu rekayasa genetika berupa perancangan gen yang mengkode Defb30, pengklonaan dan ekspresi untuk pembuatan protein rekombinan DEFB30. Metode: Gen sintetik penyandi protein DEFB30 yang telah dioptimasi kodonnya diklona ke dalam vektor pQE-80L. Plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen target dikonfirmasi dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing untuk selanjutnya diekpresikan ke dalam E. coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) dengan berbagai waktu inkubasi. Deteksi protein rekombinan dilakukan dengan SDS-PAGE dan westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) digunakan untuk mempurifikasi protein rekombinan. Uji antimikroba protein rekombinan dilakukan dengan cara pengukuran nilai optical density (OD) dan dianalisis hasilnya menggunakan uji one way anova. Hasil: Gen sintetik penyandi protein rekombinan DEFB30 berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE-80L. Ekspresi ke dalam E. coli BL21 menghasilkan suatu protein fusi setelah diinduksi menggunakan IPTG selama 4 jam. Hasil analisis protein rekombinan dengan westernblotting menggunakan antibodi Anti-His G-HRP menunjukkan terbentuk pita tebal yang berukuran diatas 10 kDa (±12 kDa). Uji antimikroba protein rekombinan DEFB30 menunjukkan bahwa protein tersebut dapat menghambat pertumbuhan bakteri Eschericia coli dan Bacillus subtilis.Kesimpulan: Gen sintetik penyandi beta defensin 30 berhasil diklona ke dalam plasmid pQE-80L. Ekspresi protein rekombinan DEFB30 menghasilkan suatu protein fusi berukuran ±12kDa. Protein rekombinan DEFB30 terbukti memiliki sifat antimikroba terhadap Eschericia coli dan Bacillus subtilis.

---

Background: Beta defensins are primarily expressed by epithelial cells at mucosal surfaces, such as those in skin, gut, mouth and genital tract. Previous studies have demonstrated that beta defensin 30 (Defb30) is exclusively expressed in the epididymis. Defb30 is known as a small cationic antimicrobial peptide which plays an important role in epididymal sperm maturation and also acts as a host defence against microbial infection. Study of Defb30 role in the antimicrobial activity requires generating DEFB30 protein for characterization. For the purpose of this study, Defb30 gene was designed, synthesized, cloned, and expressed for the manufacture of the DEFB30 recombinant protein. Method(s): In this study, according to the preferred codon in E. coli, the Defb30 gene was optimized and synthesized. The gene was cloned into pQE-80L vector and subsequently expressed in E. coli BL21; using IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) as an inducer. Detection of recombinant protein was carried out by using SDS-PAGE and westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) was used to purify recombinant protein. Optical density measurement was used to analyze antimicrobial property of the DEFB30 recombinant protein. Results: The synthetic gene was successfully constructed into pQE-80L plasmid and expression of the recombinant protein in E. coli BL21 produced a fusion protein after being induced by IPTG for 4 hours. Westernblotting analysis using Anti-His G-HRP antibody showed band above 10kDa (±12kDa). Antimicrobial assay for DEFB30 recombinant protein showed inhibition towards growth rates of Eschericia coli and Bacillus subtilis. Conclusion: Defb30 synthetic gene was succesfully cloned into pQE-80L plasmid. Expression of recombinant DEFB30 produced a fusion protein of ±12kDa. This recombinant protein has antimicrobial property towards Eschericia coli and Bacillus subtilis."

"Infeksi virus dengue masih menjadi masalah kesehatan di Indonesia dengan angka kejadian yang cukup besar setiap tahunnya. Virus ini memiliki 3 protein struktural dan 7 protein non struktural. Salah satu dari protein non struktural yaitu non struktural l (NSI) memiliki tingkat imunogenisitms yang cukup tinggi dan dihasilkan di awal infeksi. Protein NSI juga tidak menunjukkan adanya reaksi silang dcngan virus golongan flvivirus lainnya, sehingga menjadi kandidat yang baik untuk digunakan sebagai antigen diagnosis infeksi dengue. Kami mencoba memproduksi protein non-struktural 1 (NSI) rekombinan dari virus dengue serotype-2 yang berasal dari strain DS-3106 pasien DI-IF Jakarta tahun 2006 untuk diiadikan sebagai kandidat antigen. Gen NSI diamplifikasi dengan PCR untuk kemudian diklon ke dalam vektor pGEX-6P-l dan selanjutnya diekspresikan di dalam baketri EZ coli strain BL-21. Hasil analisis SDS-PAGE dan westem blot menunjukkan bahwa protein NSI rekombinan telah berhasil diekspesikan pada kisaran 80 kDa. Protein nekombinan Gst»-NSI telah berhasil dipurifikasi menggunakan Sephadex-G-100 serta kit Purifikasi Bulk Gst dengan kadar 21 ng/ ul.Protein ini juga menunjukkan adanya reaktivims dengan serum pasien dengue. Produksi protein NSI secara nekombinan dapat menjadi altcmatif untuk menycdiakan antigen dalam skala besar dan aman yang dapat digtmakan dalam pengembangan diagnosis infeksi dengue.

---

Dengue virus infection is still the major health problem in Indonesia with high CFR every year. Dengue virus has 3 structural proteins and 7 non structural proteins. It is reported that the non structural l (NSI) protein is immunologic and is produced in the earlier stage of infection.'[`his protein does not show any cross reaction so it can be a good candidate for diagnonic antigen of dengue infection. We are trying to produce a recombinant NSI protein from DS 3106 strain which is isolated hom DHF patient in Jakarta. The NS] gene was amplified with PCR and cloned in pGEX-6P-l systems to be expressed in EZ coli BL2l strain. SDS-PAGE and western blot analysis showed that the recombinant NSI was expressed in 80 kDa range. The recombinant Gst-NS] also had been purified using Sephadex-G-100 and Bulk Gst Purification Kit with the concentration 21 ng/ uL amount and this protein showed reactivity with dengue patient sera. NSI production with recombinant system can be the alternative way to provide antigen safely in large scale to improve dengue diagnostic."

"Infeksi DENV masih menjadi masalah kesehatan masyarakat di Indonesia karena dapat menyebabkan penyakit berat dan bahkan mungkin berakibat fatal. Pengembangan vaksin rekombinan dengan antigen yang mampu dengan efektif menginduksi respon imun perlu untuk dikembangkan. Kesesuaian genotipe yang digunakan di vaksin dan genotipe yang beredar di suatu wilayah berimplikasi terhadap keberhasilan pengembangan vaksin. Plasmid rekombinan yang dirancang berdasarkan gen prM-E DENV-2 strain 151 diekspresikan di Pichia pastoris strain X-33. Telah dilakukan optimasi ekspresi dan antigenisitas protein rekombinan prM-E. Diperoleh 4 koloni P. pastoris rekombinan dengan fenotipe Mut . Hasil SDS-PAGE dan Western blot menunjukkan protein telah berhasil diekspresikan pada ukuran 50 kDa. Kondisi ekspresi optimum protein rekombinan prM-E DENV-2 yaitu pada konsentrasi metanol 1 dengan waktu inkubasi 48 jam. Protein rekombinan prM-E DENV-2 dikenali oleh antibodi anti- prM-E DENV-2 dan bereaksi silang dengan antibodi anti-prM-E DENV-1, DENV-3, serta DENV-4. Protein rekombinan prM-E DENV-2 yang diperoleh dapat digunakan sebagai antigen dalam pengembangan vaksin protein rekombinan dengue strain Indonesia.

---

DENV infection is still a public health problem in Indonesia because it can cause severe illness and may even be fatal. Development of recombinant vaccine with antigens capable of effectively inducing an immune response needs to be developed. The suitability of genotypes used in vaccines and genotypes circulating in a region has implications for the successful development of vaccines. Construction of a recombinant plasmid based on prM E gene of DENV 2 strain 151 was used for expression in Pichia pastoris strain X 33. Optimization and antigenicity of DENV 2 prM E recombinant protein were tested. Four Mut phenotypes were generated. SDS PAGE and Western blot analysis showed that the protein was expressed with a molecular weight of 50 kDa. Optimal protein expression level occurred at concentration of 1 methanol with 48 hours incubation time. DENV 2 prM E recombinant protein was recognized by anti prM E DENV 2 and also showed cross reaction with anti prM E DENV 1, DENV 3, and DENV 4 antibodies. Thus, the DENV 2 prM E recombinant protein can be used as an antigen in the development of the recombinant protein vaccine of the dengue strains of Indonesia. "

"Latar Belakang: Siler saluran akar berfungsi untuk mengisi ruang antara gutaperca dengan dinding saluran akar dan harus bersifat biokompatibel terhadap jaringan periapeks. Siler saluran akar merupakan bahan kimia yang berpotensi menyebabkan mutasi yang dapat dilihat dari ekspresi protein sel tersebut. Tujuan: Mengetahui dan membandingkan potensi mutagenitas siler resin, silikon, dan biokeramik terhadap perubahan ekspresi protein sel limfosit manusia. Metode: Sembilan sampel dari setiap kelompok siler sebanyak 2 ml yang terdiri atas bahan siler dan darah diinkubasi selama 1, 3 dan 7 hari. Kemudian dilakukan isolasi sel limfosit dan pemisahan protein dengan metode elektroforesis. Profil pita protein diobservasi dan data dianalisis secara statistik dengan Kruskal-Wallis dan post-hoc Mann-Whitney. Hasil: Tidak terdapat perbedaan bermakna secara statistik terhadap pembentukan pita protein antara ketiga bahan siler berbahan dasar resin, silikon dan biokeramik. Namun, terdapat perbedaan bermakna antara kelompok siler resin dan silikon pada hari pertama dan ketiga, dan antara kelompok siler silikon dan biokeramik pada hari pertama. Kesimpulan: Terdapat perbedaan potensi mutagenik pada hari pertama, siler resin lebih berpotensi mutagenik diikuti oleh biokeramik kemudian siler silikon. Pada hari ketiga, biokeramik lebih berpotensi mutagenik diikuti oleh resin kemudian silikon. Pada hari ketujuh, biokeramik lebih berpotensi mutagenik diikuti oleh resin dan silikon......Background: Root canal sealers serves to fill the space between the gutta percha and canal wall must be biocompatible with periapical tissue. Root canal sealers are chemicals agent that potentially cause mutations that can be seen from the protein expression of the cells. Objective: To know and compare the potential mutagenicity of resin, silicone, and bioceramic sealers on expression of proteins of human lymphocyte cells. Methods: Nine samples from each group sealer as much as 2 ml of blood are incubated for 1, 3 and 7 days. Then the isolated lymphocytes are observed for protein separation by electrophoresis method. Profile of protein bands observed and data were analyzed statistically by Kruskal-Wallis and post-hoc Mann-Whitney. Results: there is no statistically differences in the formation of protein bands among the resin, silicone and bioceramic sealers. However, there is a statistically differences between the resin and silicone on the first and third, and between silicone and bioceramic on the first day. Conclusion: There were differences in the potential mutagenicity on the first day, resin is more potentially mutagenic followed by bioceramic then silicone. On the third day, bioceramic is more potentially mutagenic followed by resin then silicone. On the seventh day, bioceramic is more potentially mutagenic followed by resin and silicone sealers."

"Protein NS3 pada Dengue Virus DENV Serotipe 3 DENV-3 adalah protein nonstruktural yang memiliki berat molekul 72 kDa dan bertanggung jawab dalam siklus replikasi virus dengue. Protein tersebut dapat dijadikan kandidat vaksin rekombinan subunit penyakit Demam Berdarah DBD . Penelitian ini bertujuan untuk validasi hasil kloning gen NS3 DENV-3 ke vektor pYES2/CT sebelumnya, ekspresi dan purifikasi protein rekombinan dari sel Saccharomyces cerevisiae. Uji validitas dengan metode PCR dan analisa sekuensing DNA menunjukkan bahwa gen NS3 DENV-3 pada klon 2 dan 11 memiliki validitas yang tinggi terinsersi pada plasmid pYES2CT >90. Hasil ekspresi transforman Saccharomyces cerevisiae pYES2/CT dengan metode SDS PAGE dan Western Blot menunjukkan adanya pita spesifik berukuran 72 kDA pada sampel 2A dan 8B. Hasil purifikasi sampel yang sudah terverifikasi ekspresinya sampel 2A dengan mekanisme elusi gradien menunjukkan adanya protein spesifik yang terelusi dengan menggunakan elution buffer yang mengandung imidazol konsentrasi 350 mM.

---

DENV 3 NS3 Protein is a non structural protein with molecular weight approximately around 72 kDA and responsible for replication cycle dengue virus. This protein could be a candidate for subunit recombinant vaccine of Dengue Haemorrhagic Fever DHF. The aims of this study were to validated the previous cloning result of DENV3 NS3 gene into pYES2 CT vector, expressed and purified the recombinant protein from Saccharomyces cerevisiae cells. The result of validity tests with PCR method and DNA sequencing showed NS3 gene in clone 2 and 11 had high validity were inserted on plasmid pYES2 CT 90. The result of the expression in transformant Saccharomyces cerevisiae pYES2 CT with SDS PAGE and Western Blot methods showed there was a specific band with size 72 kDa in clone 2A and 8B. The result of verified clone clone 2A with gradient elution mechanism showed there was a specific protein that was eluted by elution buffer which contained 350 mM imidazole."

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 atau SARS-CoV-2. Penyakit ini telah menjadi pandemi sejak Desember 2019 dan menyebabkan dampak yang besar bagi kehidupan manusia. Meskipun saat ini kasus penyakit sudah mulai menurun, penyakit ini tetap menjadi masalah kesehatan bagi masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan manajemen jangka panjang salah satunya dengan penggunaan terapi anti-virus yang potensial. Papain-like-protease (PLpro) adalah salah satu protease pada SARS-CoV-2 yang memiliki dua peran penting dalam siklus hidup virus sehingga inhibisi pada protein ini dapat menjadi agen terapi yang potensial. Proses penemuan agen terapeutik ini membutuhkan sejumlah protein yang soluble dan murni. Salah satu cara untuk mendapatkan protein adalah teknologi rekombinan dengan menyisipkan gen PLpro ke dalam bakteri. Agar proses tersebut dapat berlangsung secara efektif dan efisien, proses ekspresi harus dilakukan pada kondisi yang optimal diikuti dengan modifikasi sistem ekspresi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan ekspresi pET21d(+)-PLpro pada Escherichia coli BL21(DE3) antara kodon yang dioptimasi dan tanpa optimasi serta mengetahui kondisi yang optimal saat proses ekspresi protein. Proses diawali dengan memperbanyak plasmid, verifikasi plasmid, dan transformasi ke E. coli BL21(DE3). Ekspresi PLpro dilakukan pada beberapa parameter dengan hasil yang optimal pada suhu inkubasi 19°C, induksi IPTG 0,1 mM selama 18 jam inkubasi. Hasil proses purifikasi PLpro sebesar 0,466 mg/mL (optimized) dan 0,738 mg/mL (non-optimized). Berdasarkan hasil pengamatan SDS-PAGE dan Western-Blot, masalah yang ada pada PLpro tanpa optimasi kodon, seperti leaky expresion, degradasi protein, jumlah protein yang tidak konsisten, dan ekspresi insoluble protein yang berlebihan dapat diatasi dengan proses optimasi kodon.

---

COVID-19 was a disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or SARS-CoV-2. This disease has become a pandemic since December 2019 and had a major impact on human life. Although cases have started to decrease, this disease remains a public health problem. Therefore, long-term management was needed, one of which was the use of potential anti-viral therapy. Papain-like protease (PLpro) was one of the proteases in SARS-CoV-2 and has two crucial roles in the viral life cycle, so inhibition of this protein can be a potential therapeutic agent. The process of discovering these therapeutic agents required a large amount of pure, soluble protein. One way to obtain this was through recombinant technology, which involves inserting the PLpro gene into bacteria. For the process to take place effectively and efficiently, the expression must be carried out under optimal conditions, followed by a modification of the expression system. This study aimed to compare the expression of pET21d(+)-PLpro in Escherichia coli BL21(DE3) between optimized and non-optimized codons and to determine the optimal conditions during the protein expression process. It begins with plasmid amplification, verification, and transformation to E. coli BL21(DE3). PLpro expression was carried out on several parameters with optimal results at an incubation temperature of 19°C and 0.1 mM IPTG induction for 18 hours of incubation. The results of the PLpro purification were 0.466 mg/mL (optimized) and 0.738 mg/mL (non-optimized). Based on the result in SDS-PAGE and Western-Blot observations, problems that exist in PLpro without codon optimization, such as leaky expression, protein degradation, inconsistent amounts of protein, and excessive expression of insoluble protein, can be overcome by codon optimization."

"Penelitian bertujuan untuk mendapatkan antibodi poliklonal kelinci yang distimulasi oleh protein rekombinan globular head neuraminidase (NA) dan mengukur titer antibodi poliklonal. Protein rekombinan globular head NA berhasil diekspresikan secara intraseluler pada sel E.coli BL21 codon plus dengan induksi IPTG 0,1 mM dan dipurifikasi menggunakan resin Ni-NTA. Protein rekombinan globular head NA yang telah dipurifikasi digunakan sebagai antigen untuk menstimulasi antibodi poliklonal kelinci. Hasil penelitian menunjukkan bahwa telah dihasilkan antibodi poliklonal terhadap globular head neuraminidase dan titer antibodi paling tinggi dihasilkan sebesar 1,352.

---

The aim of this study was to determine rabbit polyclonal antibody stimulated by neuraminidase (NA) globular head recombinant protein and also to measure the polyclonal antibody titer. NA globular head recombinant protein has been expressed in E.coli BL21 codon plus intracellularly induced by 0,1 mM IPTG and has been purified by Ni-NTA resin. The purified of NA globular head recombinant was used as antigen to stimulate rabbit polyclonal antibody.

The result shows that rabbit polyclonal antibody of neuraminidase globular head was produced and the highest antibody titer was 1,352."

"Penyakit Jembrana adalah penyakit viral akut yang hanya menyerang sapi Bali (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) merupakan salah satu protein viral yang dapat digunakan sebagai bahan pembuatan vaksin Jembrana. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan nilai optimum kepadatan sel Escherichia coli BL21 terhadap ekspresi protein rekombinan JTM pGEX. Re-transformasi dilakukan untuk mendapatkan transforman baru yang memiliki plasmid yang masih aktif. Hasil re-transformasi diperoleh dua koloni transforman. Ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX dilakukan dengan menggunakan induksi IPTG 100 mM pada nilai OD600 0,4; 0,6; dan 0,8. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX paling tinggi didapatkan pada nilai OD600 = 0,6 (hasil refolding) dan OD600 = 0,4 (hasil solubilisasi).

---

Jembrana disease is an acute viral disease in Bali cattle (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) is one of viral protein which can be utilized as a material for Jembrana vaccine. The aim of the research was to determine the best value of Escherichia coli BL21 optical density in order to get optimal expression of recombinant protein JTM-pGEX. Re-transformasion was conducted to get new transformant which have an active DNA plasmid. The result showed two transformant colonies of Escherichia coli BL21. Expression of recombinant protein JTM-pGEX was carried out using induction IPTG 100 mM in OD600 0.4; 0.6; and 0.8. The result revealed that the best value of OD600=0.6 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after refolding while OD600 0.4 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after solubilization."