Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Demam dengue adalah penyakit menular yang ditransmisikan oleh nyamuk Aedes aegypti. WHO melaporkan bahwa wilayah Asia tenggara dan daerah Pasifik barat menanggung hampir 75% penyakit dengue secara global. Virus dengue menimbulkan ancaman global yang mempengaruhi 3,9 milyar orang di 128 negara dengan perkiraan 2,1 juta kasus demam berdarah dengue dan 21.000 kematian per tahun di seluruh dunia. Pada tahun 2015 tercatat terdapat 126.675 kasus DBD di 34 provinsi di Indonesia, dengan 1.229 orang di antaranya meninggal dunia. Enzim alfa-glukosidase merupakan target antiviral yang valid untuk enveloped virus. Inhibisi enzim RE alfa-glukosidase akan mengganggu proses pematangan dan fungsi glikoprotein envelop pada virus. Hal ini  menghambat proses perakitan partikel virus dan sekresinya. Hasil penelitian membuktikan bahwa inhibisi enzim alfa-glukosidase II  cukup dalam aktivitas antiviral sel inang  melawan demam dengue secara in vitro dan in vivo. Penemuan obat berbasis fragmen telah menjadi metode untuk menemukan kandidat obat baru. Pendekatan metode ini pertama-tama adalah mengidentifikasi fragmen yaitu molekul sangat kecil yang memiliki ukuran setengah dari ukuran obat-obatan secara umum. Fragmen-fragmen kemudian ditautkan bersama untuk membentuk obat baru. Pada penelitian ini digunakan enzim RE alfa-glukosidase II dengan kode 5IED. Sebanyak 281 senyawa baru berhasil diciptakan secara komputasi berdasarkan struktur 3D protein 5IED. Setelah dilakukan simulasi penambatan molekuler, uji toksisitas, uji druglikeness, uji farmakokinetika dan analisis interaksi protein-ligan, dipilih tiga senyawa terbaik yaitu LB.5 G2D, LO.1 G2D dan LX.23 G2D. Studi dinamika molekuler menunjukkan tiga residu asam amino yang berperan penting dalam pengikatan ligan LX.23 G2D dengan protein 5IED yaitu Asp451, Met565 dan Asp640.

---

Dengue fever is a contagious disease transmitted by Aedes aegypti mosquitoes. WHO reported that south east Asia and the western Pacific region bear nearly 75% of global dengue diseases. The dengue virus poses a global threat affecting 3.9 billion people in 128 countries with an estimated 2.1 million cases of DHF / DSS and 21,000 deaths per year worldwide. In 2015 there were 126,675 dengue cases recorded in 34 provinces in Indonesia, with 1,229 of them dying. The alpha-glucosidase enzyme is a valid antiviral target for enveloped viruses. Inhibition of ER alpha-glucosidase enzyme will interfere the maturation process and function of viral envelope glycoproteins. This inhibits the process of assembling virus particles and their secretions. Inhibition of ER alpha-glucosidase II enzyme is sufficient in antiviral activity of host cells against dengue fever in vitro and in vivo. Fragment-based drug discovery (FBDD) has become a tool for discovering drug leads. The approach first identifies fragments, tiny molecules, which are about half size of common drugs. The fragments are then linked together to generate drug leads. This research used ER alpha-glucosidase II enzyme with PDB ID 5IED. As much as 281 new compounds were developed computationally based on 3D structure of 5IED protein. After molecular docking simulations, toxicity tests, druglikeness tests, pharmacokinetic tests and protein-ligand interactions analyses, three best ligands were chosen namely LB.5 G2D, LO.1 G2D and LX.23 G2D. An LX.23 G2D molecular dynamics simulation showed that three amino acid residues played a very important role in ligand binding to 5IED protein. The amino acid residues were Asp451, Met565 and Asp640.     

Abstrak :
Ebola adalah virus penyebab fatal hemoragik pada manusia dan primata non-manusia. Virus ebola memiliki lima spesies dan yang paling mematikan ialah virus ebola Zaire. Genom virus ebola mengkodekan tujuh protein yang penting bagi siklus hidupnya dan penelitian ini dilakukan untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire. VP24 memiliki potensi sebagai target obat karena memiliki peran penting dalam replikasi virus ebola dan penghambatan interferon sel inang. Dalam penelitian ini, senyawa terpenoid digunakan untuk menghambat VP24 Zaire secara komputasi dengan menggunakan fitur farmakofor. Terdapat 55.979 senyawa terpenoid diperoleh dari pangkalan data Pubchem kemudian ligan disaring berdasarkan sifat toksisitas melalui Osiris DataWarrior dan terdapat 3.353 ligan yang memiliki sifat toksisitas yang menguntungkan. Selanjutnya fitur farmakofor digunakan untuk menyaring ligan dan 1.375 ligan memiliki struktur yang sesuai dengan fitur farmakofor. Kemudian ligan dilakukan simulasi penambatan molekul dengan target protein dan terdapat 10 ligan terbaik berdasarkan sifat molekul dan interaksi molekuler. Selanjutnya, semua ligan dianalisa sifat farmakologisnya melalui Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, dan pkCSM. Akhirnya, terdapat tiga ligan terbaik yaitu Taxumairol V, Acrivastine, dan 3-O-acetyluncaric acid. Dalam penelitian ini, Taxumairol V adalah ligan terbaik untuk menghambat VP24 virus ebola Zaire karena ligan memiliki sifat molekul, interaksi molekuler, dan sifat farmakologis yang baik sebagai kandidat obat.

---

Ebola is a pathogenic virus which causes fatal hemorrhagic fever in humans and non-human primates. Ebolavirus has five species, and there is the most pathogenic of ebolavirus namely Zaire ebolavirus. Ebola virus genome encodes seven protein which important for the ebolavirus life cycle and in this research was conducted to inhibit VP24 Zaire ebolavirus. VP24 has potential as a drug target because VP24 has an essential role in replication and interferon inhibition. In this research, 55,979 terpenoid compounds were obtained from PubChem database then the ligands were screened based on toxicity properties through Osiris DataWarrior, and there were 3,353 ligands which have beneficial toxicity properties. Afterward, the pharmacophore features were used to screen all ligands and 1,375 ligands have suitable structures according to the pharmacophore features. All ligands were docked with the protein target, and there were ten best ligands based on the molecular properties and interactions. Furthermore all ligands were investigated their pharmacological properties through Osiris DataWarrior, Toxtree, admetSAR, SwissADME, and pkCSM. Finally, there were three best ligands namely, Taxumairol V, Acrivastine, and 3-O-acetyluncaric acid. In this study, Taxumairol V was the best ligand to inhibit VP24 Zaire ebolavirus because the ligand has good molecular interactions, molecular and pharmacological properties.

Abstrak :
Akrilamida merupakan senyawa karsinogen dan neurotoksin yang dapat menyebabkan berbagai gangguan kesehatan apabila dikonsumsi secara rutin, sehingga perlu dilakukan pengembangan sensor untuk senyawa akrilamida yang bisa diaplikasikan pada sampel makanan. Hingga saat ini, pengembangan DNA sebagai molekul pengenal dalam biosensor akrilamida telah banyak dilakukan. Di lain pihak, sifat nukleofilitas guanin dan adenin menunjukkan reaktivitas yang kuat dengan suatu spesi elektrofil. Pada penelitian ini, studi pengembangan biosensor untuk mendeteksi senyawa akrilamida dilakukan dengan memanfaatkan basa purin menggunakan pendekatan teknik komputasi dan elektrokimia. Simulasi penambatan molekul menunjukkan bahwa DNA beruntai ganda memiliki energi bebas pengikatan Gibbs terendah dibandingkan dengan biomolekul lainnya dengan nilai ΔGbinding -4,2759 kkal/mol. Karakterisasi menggunakan spektrometer UV-Vis untuk pembentukan adduct akrilamida dengan basa purin memperlihatkan adanya pergeseran panjang gelombang dari 260 menjadi 257 nm. Karakterisasi dengan siklik voltametri menggunakan elektroda boron-doped diamond menunjukan adanya puncak oksidasi yang tidak disertai puncak reduksi yang mengindikasi bahwa reaksi yang terjadi adalah reaksi irreversible. Biosensor akrilamida berbasis guanin dan adenin menunjukan aktivitas katalitik dan selektivitas yang baik pada rentang 0,2 – 1,0 μM dengan limit deteksi dan limit kuantifikasi mencapai 0,1907 dan 0,6358 μM (R2= 0,9893) untuk guanin, dan pada rentang 0,1 – 1,0 μM dengan limit deteksi dan limit kuantifikasi mencapai 0,0486 dan 0,1619 μM (R2=0,9907) untuk adenin. Metode yang diusulkan digunakan untuk penentuan AA dalam sampel kopi, dan divalidasi dengan instrumentasi HPLC dengan hasil yang baik ......Acrylamide is a carcinogen and neurotoxin compound that can cause serious health problems if consumed frequently, so it is necessary to develop sensors for acrylamide compounds, especially those that can be applied to food samples. Until now, the development of DNA as a recognition molecule in acrylamide biosensor has been extensively studied. On the other hand, the nucleophilicity properties of guanine and adenine exhibit strong reactivity with an electrophile species. In this research, the acrylamide biosensor was carried out using by utilizing purine bases through computational and electrochemical approaches. The molecular docking simulation revealed that double-stranded DNA has the lowest Gibbs binding free energy compared to other biomolecules with ΔGbinding value of -4.2759 kcal/mol. UV-Vis spectrometer characterization for the formation of acrylamide adducts with purine bases showed a shift in wavelength from 260 to 257 nm. Cyclic voltammetry using boron-doped diamond electrode’s results showed the presence of an oxidation peak that was not accompanied by a reduction peak, which validated that the reaction was irreversible. The guanine and adenine based for acrylamide biosensors showed good catalytic activity and selectivity in the range 0.2–1.0 μM with limit of detection and limit of quantification reaching 0.1907 and 0.6358 μM (R2 = 0.9893) for guanine, and in the range 0.1–1.0 μM with limit of detection and limit of quantification value of 0.0486 and 0.1619 μM (R2= 0.9907) for adenine. The proposed method was performed for the acrylamide determination in coffee samples and was validated by HPLC with good results

Abstrak :
Senyawa turunan eugenol diduga dapat menginhibisi Bcl-2 pada sel kanker kolorektal HT29. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa baru turunan eugenol yang dapat menghambat sel kanker kolorektal HT29 secara in vitro dan menurunkan ekspresi Bcl-2 pada mencit yang mengalami pre-klamsia terhadap kolon secara in vivo. Penelitian ini diawali dengan melakukan desain senyawa turunan secara in silico. Hasil senyawa hit disintesis di laboratorium. Uji secara in vitro, uji apoptosis dan uji in vivo dilakukan berturut-turut pada hasil senyawa sintesis. Hasil in silico, dari skrining secara farmakofor dengan rancangan acak lengkap menggunakan 220 senyawa desain. Berdasarkan fitur farmakofor dengan cut off 5 fitur dihasilkan 23 senyawa. Hasil skrining farmakofor dilakukan docking menghasilkan delapan senyawa yaitu senyawa 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 57, 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksi-propil -2 rsquo;-hidroksifenil 2-hidroksibenzoat 167, S -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 59, R -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 60, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 71, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-hidroksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 181, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,4,5-trihidroksibenzoat 86 dan 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,5-diihidroksi-4-metoksibenzoat 91 dengan energi ikatan lebih negatif dari standar. Delapan senyawa hasil skrining disintesis melalui reaksi esterifikasi, adisi halogen, hidroksilasi dan demetilasi. Hasil sintesis diuji aktivitas penghambatannya secara in vitro terhadap sel HT29 kanker kolon. Aktivitas penghambatan terhadap sel HT29 menunjukkan nilai IC50 antara 82.98 g/mL - 8.455 g/mL. Nilai IC50 tersebut lebih negatif dibandingkan senyawa penuntun eugenol. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas terhadap sel line HT29 menghasilkan persamaan Log 1/IC50 = -0.865-0.210 LogP 2 1.264 logP -0.994CMR n=10; r=0.706; SE:0.21; F=0.497, sig=7.86 . Persamaan menunjukkan variabel log P dan CMR berpengaruh terhadap IC50. Sifat hidrofobisitas log P lebih berperan dibandingkan dengan sifat sterik CMR . Hasil uji in vivo terhadap mencit Mus musculus menunjukkan senyawa turunan 59 memiliki nilai HE dan IHK mendekati kontrol positif. Peningkatan dosis pemberian menyebabkan peningkatan degradasi Bcl-2 pada jaringan mendekati kontrol normal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa baru turunan eugenol 59 yang diperoleh dapat menghambat kanker kolorektal secara in vitro dan in vivo.

---

Compounds derived from eugenol are thought to inhibit Bcl 2 in HT29 colorectal cancer cells. The aim of this study was to obtain new compounds of eugenol derivatives that could inhibit in HT29 cell invitro test and decrease of Bcl 2 expression in mice pre clammed on colon with invivo test. This research begins by designing in silico derivative compounds. The result of the hit compound is synthesized in the laboratory. In vitro tests, apoptotic test and in vivo test were performed successively on the result of the synthesis compound. In silico yield, from a complete randomized pharmacophore screening using 220 design compounds. Based on the pharmacophore features with cut off 5 features produced 23 compounds. The results of pharmacophore screening conducted docking which yielded eight compounds of compound 4 rsquo 2 chloro 3 hydroxypropyl 2 rsquo metohoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 57, 4 rsquo 2 chloro 3 hidroxy propyl 2 rsquo hydroxyphenyl 2 hydroxybenzoat 167, S 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 59, R 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 60, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 71, 4 rsquo allyl 2 rsquo hydroxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 181, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,4,5 trihydroxybenzoat 86 dan 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,5 dihydroxy 4 methoxybenzoat 91 with energy binding more negative than standard. The eight compounds of the screening are synthesized by esterification reaction, addition with halogen, hydroxylation. And demetylation The synthesis results were tested in vitro inhibitory activity against HT29 colon cancer cells. The inhibitory activity against HT29 cells shows an IC50 value between 82.98 g mL 8,455 g mL. The value of IC50 is better than the eugenol guiding compound. Quantitative Relation of Structure Activity against cell line HT29 with equation Log 1 IC50 0.865 0.210 LogP 2 1.264 logP 0.994CMR n 10 r 0.706 SE 0.21 F 0.497, sig 7.86 . This equation showed that log P and CMR have effect with IC50. Hydrophobicity log P more of effect compared than steric parameters CMR . In vivo test of Mus musculus that showed compound derivative 59 based on HE and IHK values approaching positive control. Increased dosage of administration leads to an increase in Bcl 2 degradation in tissues near normal control. The results showed that the new compound derived eugenol 59 obtained can inhibit colorectal cancer in vitro and in vivo.

Abstrak :
Virus ebola salah satu virus yang dapat menyebabkan penyakit bersifat letal (mematikan) dan menyebabkan perdarahan (hemorrhagic). Penularannya dapat terjadi dari manusia ke manusia, hewan (nonhuman-primata) ke manusia. Angka kematian yang disebabkan oleh virus ebola dapat mencapai ribuan jiwa dengan spesies yang sangat berbahaya adalah Zaire ebolavirus dari lima spesies yang ada. Hingga saat ini baik antiviral maupun vaksin yang efektif bagi manusia belum ditemukan. Dalam penelitian ini toremifen sebagai senyawa modulator estrogen reseptor (MER) dipilih sebagai sumber database ligan. Database ligan menggunakan metode flexophor yang memperhitungkan titik farmakofor. Metode ini menghasilkan 16001 derivat toremifen, kemudian discreening menggunakan paramater RO5 untuk mendapatkan senyawa- senyawa yang bersifat druglikeness. Sebanyak 9876 senyawa derivat toremifen diperoleh dari proses screening. Hasil screening kemudian digenerate dengan metode farmakofor untuk mendapatkan hits ligan. Sejumlah 580 hits ligan diperoleh pada proses penentuan titik farmakofor. Kemudian simulasi docking dilakukan sebanyak tiga kali pada hits ligan. Simulasi docking diawali dengan rigid docking, dilanjutkan dengan rigid docking dengan retain yang berbeda. Tujuan pengulangan rigid docking ini adalah untuk memvalidasi hasil docking awal. Simulasi docking terakhir yang dilakukan adalah flexible docking. Sebanyak 576 ligan diperoleh dari tiga tahapan simulasi docking. Sebanyak 576 ligan ini diseleksi berdasarkan nilai ΔG binding , nilai RMSD lebih kecil dari 2. Dari 576 ligan tersebut dipilih 63 ligan dengan nilai RMSD lebih kecil dari 2, kemudian dipilih kembali tiga ligan sebagai kandidat potensial senyawa obat yaitu L579, L533 dan L194. Kandidat potensial senyawa obat ini dipilih berdasarkan ligan interaksi dan hasil farmakologi. Untuk pemilihan senyawa terbaik sebagai antiviral potensial dilakukan simulasi dinamik untuk melihat kestabilan senyawa tersebut. Berdasarkan nilai ΔG binding , RMSD, ligan interaksi, hasil farmakologi, dan simulasi dinamik disimpulkan bahwa ligan dengan kode L533 adalah ligan terbaik sebagai senyawa potensial antiviral ebola dengan nilai ΔG binding -10,4460 kcal/mol, RMSD 0.4697 Å. Hasil farmakologi juga menunjukkan bahwa L533 memiliki karakteristik yang baik sebagai antiviral. ......Ebola virus is one of the virus that causes lethal disease and bleeding (hemorrhagic). Transmission can occur from human to human, animal (nonhuman primate) to humans. The number of deaths caused by viral ebola can reach thousands of lives with most dangerous species is Zaire ebolavirus from five existing species. Until now neither antiviral nor an effective vaccine for humans have been found. In this study toremifene as modulator estrogen receptor compound (MER) was selected as the source of ligand database. The ligand database uses the flexophore method that takes into account the pharmacophore point. This method produces 16001 toremifene derivatives, then screened using RO5 parameters to obtain druglikeness compounds. A total of 9876 toremifene derivative compounds were obtained from the screening process. The screening results are then generated by the pharmacophore method to obtain ligand hits. A total of 580 ligand hits were obtained at the farmakofore point determination process. Ligand hits are then simulated docking three times. The docking simulation begins with rigid docking. Rigid docking was applied twice with different retain. The purpose of this rigid docking repetition is to validate the initial docking results. The last docking simulation is flexible docking. A total of 576 ligands were obtained from three stages of docking simulation. As many as 576 ligands were selected based on ΔG binding , RMSD less than 2. From 576 ligands were selected 63 ligands with RMSD less than 2. For further step, three selected ligands were choosen. Three selected ligands as candidate of drug compound are L579, L533 and L194. These candidates were selected based on interaction ligand and pharmacological analysis. Dynamics simulation was done to see the stability of the compound for the selection of the best potential antiviral. The selection based on ΔG binding, RMSD, ligand interaction, pharmacology analysis and dynamics simulation. Finally, it was concluded that L533 was the best ligand as a potential antiviral with ΔG binding -10.4460 kcal/ mol, RMSD 0.4697 A. The pharmacological analysis also show that L533 has good characteristics as an antiviral.

Abstrak :
ABSTRAK
Deman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACT
Dengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation.