Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Riboflavin synthase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan riboflavin dengan mengkonversi dua molekul 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine secara dismutasi. Interaksi riboflavin synthase Eremothecium gossypii dipelajari dengan pendekatan secara komputasional, untuk melihat keterlibatan residu asam amino sisi aktif enzim yang berperan dalam proses produksi riboflavin. Struktur riboflavin synthase Saccharomyces pombe dengan kode PDB 1KZL digunakan sebagai template untuk memodelkan riboflafin synthase Eremothecium gossypii. Stabilitas termal enzim diperoleh dengan melakukan simulasi dinamika molekul pada 300K, 315K, 325K, 350K dan 400K. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pembentukan riboflavin terjadi pada sisi aktif N-terminal dan residu asam amino yang berinteraksi meliputi Thr56, Gly68, Ala70, Val109, dan His108. Residu His108 pada N-terminal domain merupakan subunit enzim yang berperan sebagai tahap awal reaksi katalisis biosintesis riboflavin. Hasil simulasi dinamika molekul memperlihatkan kestabilan enzim pada 300K sampai 315K yang ditunjukkan dengan nilai RMSD (root mean square deviation) yang tidak jauh berbeda. Pada 325K dan 350 nilai RMSD makin tinggi menunjukkan ketidakstabilan enzim. Hasil RMSF (root mean square fluctuation) menunjukkan bahwa pada 315K terjadi fleksibilitas tertinggi, dengan memperlihatkan bahwa residu Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, dan Ala175 merupakan residu yang labil. Prediksi mutasi menyarankan beberapa substitusi residu meliputi Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, dan Ala175Glu yang mengarah pada peningkatan stabilitas enzim.

---

Riboflavin synthase is an enzyme that catalyzes the formation of riboflavin by converting two molecules of 6, 7-dimethyl-8-ribityllumazine through dismutation reaction. To study the interaction of riboflavin synthase Eremothecium gossypii, we performed a computational approach, to find out the involvement of amino acid residues in the active site of enzymes that play a role in the production of riboflavin. In this research, the structure of riboflavin synthase Saccharomyces pombe with PDB code 1KZL was used as a template.

To determine the thermal stability of the enzyme, we performed molecular dynamics simulation approach at 300K, 315K, 325K, 350K and 400K, respectively. The results showed that the formation of riboflavin occurred in the active site of N-terminal and the amino acid residues that interact include Thr56, Gly68, Ala70, Val109, and His108. His108 is residue a subunit of an enzyme that acts as an early stage of riboflavin formation on the active site of N-terminal.

The results of molecular dynamics simulations showed that stability of the enzyme at 300K to 315K which were indicated by RMSD values ​​were not much different. At 325K and 350K, the RMSD values were higher, it showed instability of the enzyme. The results of RMSF were showed that at 315K occurred highest flexibility, by showing that residues of Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, and Ala175 were labile residues. Prediction of mutation were suggest some replacement of residues included Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, and Ala175Glu that lead to increase the stability of the enzyme."

"Demam berdarah Ebola adalah penyakit viral yang berasal dari genus Ebolavirus dan sangat mematikan jika masuk ke dalam tubuh primata termasuk manusia. Sampai sekarang, belum ada obat atau vaksin yang terbukti efektif melawan Ebolavirus. Salah satu spesies dari filovirus adalah Sudan Ebolavirus (SEBOV). Penyakit ini memiliki kemungkinan mematikan antara 50-70%. Dalam siklus hidupnya Ebola memilki berbagai komponen yang penting untuk keberlangsungan virus ini, salah satunya glikoprotein. Glikoprotein dalam Ebola memiliki inti dalam struktur GP1-GP2 yang berfungsi dalam replikasi Ebola. Molekul yang dapat menginhibisi glikoprotein ini menjanjikan suatu peluang untuk dijadikan obat terapi bagi para penderita Ebola. Senyawa flavonoid memiliki potensi menjadi obat karena sifat antiviralnya. Dalam penelitian ini, metoda digunakan untuk memahami potensi antiviral senyawa flavonoid dengan menginhibisi GP SEBOV melalui penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul dengan MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09. Lebih lanjut, bioavaibilitas oral dan prediksi toksisitas juga dilakukan untuk mendapatkan senyawa flavonoid terbaik. Hasilnya didapatkan SIanidin-3-(p-kuomaro) dengan afinitas ikatan terbaik kepada GP SEBOV dan sifat toksisitas yang baik.

---

Ebola Hemorrhagic Fever is a viral disease from the Ebolavirus genus and deadly to primates, including humans. Until now, no vaccine nor medicine could combat Ebolavirus effectively. One of the species from ebolavirus genus is Sudan Ebolavirus (SEBOV). SEBOV has a case fatality between 50-70%. In Ebola life cycle, Ebola has a different type of component which is very essential, one of them is glycoprotein (GP). GP has a GP1-GP2 core structure, which is crucial for mediate Ebolavirus and the host cell. Thus, any molecule that could inhibit glycoprotein has a potential to become an ideal therapeutics of Ebola hemorrhagic fever. Flavonoid compounds have potential because of their antiviral property. In this research, in silico method was conducted to understand the antiviral potential of flavonoid compound by inhibiting the SEBOV GP through molecular docking and molecular dynamics simulation using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Moreover, the oral bioavailability and toxicity prediction of the flavonoid compounds were also performed to get the best flavonoid compounds. In the end, we found that Cyanidin-3-(p-cuomaro) with the best binding affinity to SEBOV GP and have low toxicity properties."

"Kanker serviks adalah penyakit atau ketidaknormalan epigenetik yang disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV). Ketidaknormalan epigenetik yang dimaksudkan dan berkaitan dengan penyakit ini adalah ketidaknormalan histon deasetilase (HDAC). Kemoterapi merupakan tindakan pengobatan yang bertujuan untuk memperpanjang umur dan memperbaiki kualitas hidup. Inhibitor HDAC merupakan agen terapi yang paling menjanjikan. Oleh karena itu, pengembangan HDAC menjadi area penelitian yang menarik. Pada penelitian ini, SAHA dimodifikasi dengan menggunakan senyawa berbasis organotitanium. Pada penelitian ini, sebanyak ± 1900 senyawa (ligan) telah dirancang dan ditapis melalui simulasi molecular docking. Ligan yang memiliki nilai ΔGbinding terendah dari molecular docking, dianalisis karakter farmakologinya dengan menggunakan beberapa perangkat lunak (software). Beberapa proses tapisan tersebut menghasilkan satu ligan terbaik, yaitu Ti2vm5-4s1r5. Ligan terbaik tersebut kemudian dianalisis melalui simulasi dinamika molekul untuk melihat kestabilannya membentuk kompleks dengan enzim. Kurva RMSD dari simulasi dinamika molekul, menunjukkan bahwa Ti2vm5-4s1r5 stabil dalam kompleks enzim. Berdasarkan hasil tersebut, maka Ti2vm5-4s1r5 dapat menjadi inhibitor HDAC kelas II Homo sapiens yang potensial.

---

Cervical cancer is an epigenetic disease or abnormality caused by Human papillomavirus (HPV). Abnormal expression of histone deacetylases (HDACs) has been linked with it. To date, chemotherapy is a palliative treatment aimed at prolonging survival and improving quality of life. HDAC inhibitor is the most promising chemotherapy agent. Therefore, the development of HDAC inhibitors has become an interesting research area. In this research, SAHA was modified by utilizing organotitanium-based compounds. Approximately 1900 compounds has been designed and all of them were screened according to ΔGbinding result from molecular docking simulation. The pharmacological characters of potential ligands with the lowest ΔGbinding were then analyzed using several softwares. This multistep screening process generated one best ligand, Ti2vm5-4s1r5, which was further studied by means of molecular dynamics simulation. The analyses of molecular dynamics simulation revealed that Ti2vm5-4s1r5 stable in complex with each enzyme. So, Ti2vm5-4s1r5 can be potent inhibitor of histone deacetylase class II Homo sapiens."

"Senyawa yang berperan sebagai inhibitor HDAC kelas IIa telah banyak dikembangkan sebagai obat antikanker, antiinflamasi, penyakit Huntington, human papiloma virus dan antidiabetes. Senyawa inhibitor HDAC antara lain golongan hydroxamic acid, peptida siklik, asam alifatik dan benzamide. Metode yang digunakan untuk mencari senyawa inhibitor HDAC kelas IIa salah satunya adalah melalui pendekatan farmakofor 3D berbasis ligan. Senyawa aktif HDAC4 dan HDAC7 dibuat ke dalam dataset training dan test untuk pembuatan dan validasi model farmakofor 3D berbasis ligan menggunakan LigandScout 4.09.1. Model farmakofor terbaik digunakan untuk penapisan virtual terhadap database herbaldb. Senyawa hit yang diperoleh selanjutnya dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDock4Zn, simulasi dinamika molekuler dan perhitungan nilai MMGB/PBSA menggunakan AMBER12. Berdasarkan hasil validasi model farmakofor 3D berbasis ligan, dipilih model farmakofor terbaik yaitu model 6 dan 10 HDAC4 dan model 1 HDAC7. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh 6 senyawa hit yaitu artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin dan mirabijalone c. Proses simulasi dinamika molekul selama 10ns menunjukan bahwa senyawa yang memiliki aktivitas terbaik yaitu senyawa artocarpesin HDAC4 , mirabijalone c dan eriodictin HDAC7. Asam amino esensial HDAC4 meliputi Asp196, Asp290 dan His198 untuk interaksi ZBG. Asam amino esensial HDAC7 meliputi Asp707, Asp801 dan His709 untuk interaksi ZBG.

---

Currently, compounds as the inhibitor of HDAC class IIa are developed as anticancer, antiinflammation, Huntington disease, human papilloma virus and antidiabetes. Inhibitor compounds of HDAC are mainly divided into hydroxamic acid, cyclic peptide, aliphatic acid and benzamide. 3D pharmacophore ligand based approached was used to found inhibitor compounds of HDAC class IIa. Active compounds of HDAC4 and HDAC7 were divided into training and test dataset for build and validation of 3D pharmacophore ligand based models using LigandScout 4.09.1. The best pharmacophore model, was used for virtual screening against herbaldb database. After this steps, hit compounds would be docking using AutoDock4Zn, molecular dynamic simulation, and MMGB PBSA calculation score using AMBER12. Based on the results of 3D model validation pharmacophore based ligand, selected models are models of best pharmacophore 6 and 10 HDAC4 and model 1 HDAC7. Based on the results of virtual screening, 6 hit compounds were obtained such as artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin and mirabijalone c. Molecular dynamics simulation process for 10ns indicate that the compound has the best activity are artocarpesin for HDAC4, mirabijalone c and eriodictin for HDAC7. Essential amino acids for HDAC4 include Asp196, Asp290 and His198 for ZBG interactions. Essential amino acids for HDAC7 include Asp707, Asp801 and His709 for ZBG interaction."

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Baru-baru ini penyebaran virus influenza A subtipe H1N1 telah menjadi wabah pandemik dari virus influenza strain baru yang diidentifikasi pada bulan April 2009, yang sering kita sebut penyakit flu babi (swine flu). Protein M2 channel virus influenza A subtipe H1N1 merupakan target dari obat anti influenza amantadine dan rimantadine. Akan tetapi, kedua obat tersebut kehilangan 90% bioaktivitasnya karena mutasi virus yang terjadi selama dua puluh tahun belakangan ini. Terjadinya resistansi virus influenza A terhadap amantadine perlu dilakukan pengembangan obat antivirus adamantane-based drugs yang lebih efektif. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk protein M2 channel sehingga dapat menghambat replikasi virus influenza A. Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Analisis interaksi ligan menunjukkan bahwa ligan AM-L6-R6 merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap protein dibandingkan ligan T-R6-L6, T-L6-R12 dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan AM-L6-R6 memiliki kontak residu dengan Arg45 dan berikatan hidrogen dengan Asp44. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan AM-L6-R6 dapat berikatan hidrogen dengan Asp44. Perubahan konformasi yang terjadi pada enzim memperlihatkan dinamisasi protein dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Recently, the outbreak of H1N1 influenza A virus is a pandemic of a new strain of influenza virus identified in April 2009, commonly referred to as 'swineflu'. M2 proton channel of H1N1 Influenza A virus is the target protein anti-flu drugs amantadine and rimantadine. However, the two once powerful adamantane-based drugs lost their 90% bioactivity because of mutations of virus in recent twenty years. The resistance of influenza A virus to amantadine need to develop more effective adamantane-based drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover ligand which become potential inhibitors for the M2 channel protein of influenza virus in order to inhibit the replication of influenza virus.

In this research was studied and evaluated the interaction of ligands towards the protein in the hydrated state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Analysis of ligand interaction yields that AM-L6-R6 ligand has best affinity towards the protein than the T-R6-L6, T-L6-R12 and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, AM-L6-R6 ligand has a residue contact with the Arg45 and formed hydrogen bond with Asp44. Then at the end of simulation temperature of 312 K, AM-L6-R6 ligands also could form a hydrogen bond with Asp44. Conformational changes of protein which occur during simulation showed the dynamicization of an protein in the presence of solvent and inhibitor."

"Lipase B Candida antarctica (CALB) secara ekstensif dipelajari dalam produksi biodiesel, produk farmasi, deterjen, dan senyawa lainnya secara enzimatis. Salah satu kekurangan penggunaan CALB adalah suhu optimumnya yang relatif rendah pada 40oC (313 K). Tujuan penelitian ini adalah untuk merancang mutan CALB yang lebih termostabil dibanding CALB wild type dengan rekayasa penambahan ikatan disulfida. Simulasi dinamika molekul dilakukan untuk mengamati proses unfolding atau denaturasi termal CALB. Denaturasi termal CALB dipercepat dengan melakukan simulasi pada suhu tinggi. Simulasi dinamika molekul CALB dilakukan dengan perangkat lunak GROMACS pada suhu 300-700 K. Prediksi pasangan residu yang dapat dimutasi menjadi sistein dilakukan dengan perangkat lunak ?Disulfide by DesignTM?. Pemilihan residu yang dimutasi, didasarkan pada hasil analisis fleksibilitas CALB. Berdasarkan hasil analisis tersebut dirancang tiga mutan enzim CALB yaitu Mutan-1 (Leu73Cys/Ala151Cys), Mutan-2 (Trp155Cys/Glu294Cys), dan Mutan- 3 (Thr43Cys/Ser67Cys). Parameter yang digunakan untuk membandingkan termostabilitas enzim mutan dengan wild type adalah RMSD, SASA (solvent accessible surface area), jari-jari girasi (Rg), dan struktur sekunder. Simulasi dinamika molekul yang dilakukan pada ketiga mutan tersebut menunjukkan bahwa Mutan-1 memiliki termostabilitas yang lebih baik dibanding CALB wild type. Diharapkan hasil penelitian ini dapat memberikan saran rancangan mutasi yang dapat diimplementasikan ke dalam laboratorium basah (wet experiment).

---

Candida antarctica lipase B (CALB) is extensively studied in enzymatic production of biodiesel, pharmaceutical products, detergents, and other chemicals. One drawback of using CALB is its relatively low optimum temperature at 313 K (40oC). The objective of this research is to design CALB mutant with improved thermostability by introducing extra disulfide bond. Molecular dynamic simulation was conducted to get better insight on the process of thermal denaturation or unfolding in CALB. Thermal denaturation of CALB was accelerated by conducting simulation at high temperature. Molecular dynamic simulation of CALB was performed with GROMACS software package at 300-700 K. Prediction of possible mutation was conducted using ?Disulfide by DesignTM? software. Selection of mutated residues was based on flexibility analysis of CALB.

From those analyses, three mutants were designed, which are Mutant-1 (73LeuCys/151AlaCys), Mutant-2 (155TrpCys/294GluCys), and Mutant-3 (43ThrCys/67SerCys). Parameters that were used to compare the thermostability of mutant with wild type enzyme were RMSD, SASA (solvent accessible surface area), radius of gyration (Rg), and secondary structure. Molecular dynamic simulation conducted on those three mutants showed that Mutant-1 have better thermostability compared to wild type CALB. The resulted mutant design will be used as a suggestion to engineer CALB mutant in wet experiment."

"ABSTRAKDesalinasi dengan menggunakan membran memberikan potensi yang besar dalam menghasilkan air bersih dengan penggunaan energi yang efisien. Penemuan terbaru menunjukkan bahwa carbon nanotube (CNT) dan lembaran graphene memiliki potensi yang sangat besar dalam menyaring garam pada air laut. Kami memodelkan membran yang tersusun dari CNT, lembaran graphene dan graphitic ? based triazine serta pengaplikasian densitas muatan permukaan pada dinding membran. Performa penyaringan garam, pemisahan ion garam dan laju aliran molekul air dari variasi konfigurasi membran diteliti dengan menggunakan simulasi dinamika molekul. Kami menemukan bahwa pengaplikasian densitas muatan permukaan pada daerah tertentu pada membran dan variasi besar densitas muatan memberikan hasil yang berbeda pada performa penyaringan untuk setiap konfigurasi membran yang berbeda.

---

ABSTRACT

Desalination that utilize membrane provide great potential in producing fresh water with efficient energy consumption. Recent research found that cabon nanotube (CNT) and graphene sheet have great potential in filtering salt ion from sea water. We modeled a membrane that made from CNT, graphene sheet and graphitic - based triazine, also applying surface chage density to covers membrane walls. Membrane performance in filtering salt, separating salt ions and water molecules flow from various configuration of membranes are investigated using molecular dynamic simulation. We found that applying surface charge density to certain wall of membrane and the magnitude of the charge give various results to the filtering performance for each different membrane configuration."

"ABSTRAKKanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACTColorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction."

"ABSTRAKDengue merupakan salah satu penyakit serius pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Namun, pengembangan senyawa antiviral DENV sering menghadapi masalah dikarenakan belum ada obat yang efektif menangani semua jenis serotipe DENV. Penghambatan melalui host enzim virus yang terlibat dalam siklus hidup DENV dapat menjadi pendekatan potensial dalam penemuan obat dengue dan juga menghindari resisten antiviral. Host retikulum endoplasma (RE) alpha-gukosidase II adalah salah satu target enzim dalam host RE DENV yang berperan penting dalam pelipatan glikoprotein DENV. Dalam penelitian ini digunakan sekitar 67.609 senyawa bahan alam yang telah diketahui aktivitas biologisnya dari pangkalan data InterBioScreen (IBS) sebagai kandidat inhibitor host RE alpha-gukosidase II. Proses penapisan untuk mendapatkan inhibitor terbaik dilakukan melalui tiga tahap simulasi penambatan molekul yaitu virtual screening, rigid docking, dan flexible docking. Titik farmakofor untuk proses penapisan diperoleh dari analisis Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) menggunakan delapan protein alpha-glukosidase II dengan ligan yang berbeda-beda. Berdasarkan proses penapisan tersebut, sebanyak 32 ligan memiliki nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan Gbinding yang diinginkan, dan lima ligan memiliki interaksi molekul paling baik untuk menghambat host RE alpha-glukosidase II sebagai target enzim. Sifat farmakologi kelima ligan dianalisis melalui uji ADME-Tox menggunakan perangkat lunak Toxtree, SwissADME, admetSAR, dan pkCSM. Ligan terbaik yaitu STOCK1N-86400 memiliki sifat farmakologi terbaik, interaksi hidrogen terbanyak dengan asam amino penting Asp564, Asp640, dan Met565 pada situs aktif host RE alpha-glukosidase II, dan Gbinding paling rendah dibandingkan standar. Hasil simulasi dinamika molekul juga menunjukkan ligan tersebut stabil pada suhu 310K.

---

ABSTRACTDengue is one of the crucial diseases in human caused by dengue virus (DENV) infection. However, the development of DENV antiviral is often facing a problem because no effective drug to treat infection caused by all DENV serotypes. The inhibition of enzyme host of virus involved in DENV life cycle can be a potential approach in dengue drug discovery, and also avoiding antiviral resistance. Host endoplasmic reticulum (ER) alpha-glucosidase II is one of the enzymes target in host DENV ER that plays an important role in the DENV glycoprotein folding. In this research, about 67.609 natural products that have been known for their biological activities were acquired from InterBioScreen (IBS) database as candidate host alpha-glucosidase II inhibitor. The screening process was done by three protocol of molecular docking simulation: virtual screening, rigid docking, and flexible docking. Pharmacophore features in screening were obtained from Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) analysis using eight -glucosidase II proteins with different ligands. Based on that screening process, about 32 ligands have a desirable value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and Gbinding, and five ligands have a good molecular interaction to inhibit host ER alpha-glucosidase II as enzyme target. Pharmacological properties of the five ligands were analyzed through ADME-Tox test using Toxtree, SwissADME, admetSAR, and pkCSM software. The best ligand, STOCK1N-86400 has the best pharmacological properties, the highest number of hydrogen interaction with critical amino acids Asp564, Asp640, and Met565 in host ER alpha-glucosidase II active site, and the lower Gbinding from standard. The result of molecular dynamic simulation also showed that ligand is stable at a temperature of 310 K."