Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Defisiensi enzim 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase PTPS merupakan salah satu penyakit yang disebabkan oleh aktivitas enzim PTPS. Enzim PTPS memiliki peran dalam proses biosintesis tetrahydrobiopterin BH4. Defisiensi enzim PTPS menyebabkan gangguan untuk proses biosintesis BH4 sehingga, tidak dapat mengubah senyawa fenilalanin menjadi senyawa tirosin, disebut hyperphenylalanemia HPA. Defisiensi enzim PTPS terjadi akibat adanya mutasi pada gen PTS, dapat mengubah struktur dan fungsi dari asam amino yang dihasilkan. Penelitian tersebut bertujuan untuk menganalisis mutasi gen PTS ekson 1 dan ekson 3--4 yang terjadi pada penderita defisiensi enzim PTPS di Indonesia. Sampel DNA yang digunakan adalah hasil isolasi DNA darah pada tiga penderita defisiensi enzim PTPS di Indonesia dan 50 individu normal 25 laki-laki dan 25 perempuan. Sekuens gen PTS pada ekson 1 dan ekson 3--4 dari sampel tersebut diamplifikasi menggunakan metode PCR. Hasil dari proses PCR divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel, kemudian disekuensing menggunakan metode automated Sanger sequencing. Hasil yang didapat dalam peneltian ini adalah tidak ditemukan mutasi pada penderita defisiensi enzim PTPS di ekson 1 dan ekson 3--4, namun ditemukan adanya mutasi di intron 4, yang bersifat novel yaitu IVS4 5T>C dan IVS4 6G>T.

---

The 6 pyruvoyl tetrahydropterin synthase PTPS enzyme deficiency is one of the diseases caused by the activity of enzyme PTPS. The PTPS enzyme has a role in the biosynthesis of tetrahydrobiopterin BH4, when the enzyme is disturbed, it can not convert phenylalanine into a tyrosine, called hyperphenylalanemia HPA. The PTPS enzyme deficiency caused a disruption BH4 biosynthesis so, can not convert phenylalanine into a tyrosine, called hyperphenylalanemia HPA. PTPS enzyme deficiency occurs due mutations in the PTS gene, can changed the structure and function of the amino acids produced. This aim of this research are for analyze the mutation of exon 1 and exon 3 4 in PTS gene of patients with PTPS enzyme deficiency in Indonesia. DNA samples were extracted from the blood three patients with PTPS enzyme deficiency in Indonesia and 50 normal individuals 25 male and 25 female. The DNA samples were amplified using PCR method. The results of the PCR process were visualized using gel electrophoresis, then were sequenced using the automated Sanger sequencing method. This study figure of that were no mutations found in patients with PTPS enzyme deficiency in exon 1 and exon 3 4, but two novel mutation found in intron 4 which are IVS4 5T C and IVS4 6G T.

Abstrak :
Candida krusei merupakan organisme komensal pada manusia sehat, namun pada pasien dengan gangguan sistem kekebalan tubuh dapat menjadi patogen oportunistik. Candida krusei memiliki prevalensi yang rendah, namun tingkat mortalitas yang cukup tinggi sehingga diperlukan metode deteksi yang cepat dengan sensitivitas serta spesifisitas yang tinggi. Quantitative PCR berbasis intercalating dye merupakan teknik amplifikasi DNA yang mendeteksi secara real-time, namun dapat berikatan secara non-spesifik pada DNA untai ganda yang rentan terhadap kesalahan sehingga diperlukan primer yang baik dan spesifik. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi Candida krusei menggunakan qPCR berbasis intecalating dye dengan merancang primer secara in silico dengan target gen ITS yang memiliki karakteristik baik dan spesifik terhadap Candida krusei serta dilakukan uji spesifisitas primer pada beberapa spesies jamur dan uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) manusia. Hasil perancangan primer yang diperoleh adalah primer Cc3 yang memiliki panjang masing-masing adalah 20 dan 18 oligonukleotida dengan karakterisasi yang baik. Hasil uji spesifisitas dengan qPCR berbasis intercalating dye pada tiga Candida sp. dan satu spesies Malassezia menunjukkan hasil yang spesifik dimana hanya dapat mendeteksi Candida krusei. Hasil uji sensitivitas pada sampel biologis (whole blood) menunjukkan bahwa qPCR berbasis intercalating dye menggunakan primer Cc3 mampu mendeteksi hingga batas 1000 sel/mL. ......Candida krusei is a commensal organism in healthy humans, but in patients with immunocompromised it can become an opportunistic pathogen. Candida krusei has a low prevalence with a fairly mortality rate. Intercalating dye-based quantitative PCR is a DNA amplification technique that allows real-time detection, however it can binds to any double-stranded DNA unspecifically which is error-prone, primer with a good characteristics and specific is needed. This study aims to develop a Candida krusei detection method using intercalating dye-based quantitative PCR was carried out by primers designing in silico with the target gene for ITS which has good characteristics for Candida krusei, and specificity tests in several fungal species and sensitivity tests in human biological sample (whole blood). The primer design results obtained are primer Cc3 which has lengths of 20 and 18 oligonucleotides with good characterization. The results of the specificity tests with intercalating dye-based qPCR in three Candida sp. and one Malassezia sp. showed specific results which were only able to detect Candida krusei. The results of the sensitivity tests in whole blood sample showed that intercalating dye-based qPCR using a primer that had been designed was able to detect up to 1000 cells/mL.

Abstrak :
Indonesia merupakan negara pertama ditemukannya penyakit demam berdarah, yaitu pada tahun 1968. Hingga pada tahun 2004, beberapa studi menemukan bahwa virus dengue serotipe 3 (DENV-3) merupakan penyebab demam berdarah paling dominan dan menyebabkan gejala yang paling berat. Tujuan dari studi ini adalah untuk mengetahui genotype dari DENV-3 di Jakarta yang berguna untuk diagnosis awal dan pengembangan vaksin. Ditambah lagi, primer yang di rancang di penelitian ini berguna untuk penelitian demam berdarah berikutnya. Riset ini diambil dari 100 pasien demam berdarah rawat inap di RSCM dan pengumpulan setiap data dibantu oleh lembaga Eijkman. Sampel diambil dengan consecutive sampling dan dianalisis menggunakan Genetyx v5.1. Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa mayoritas virus dengue serotipe 3 yang ditemukan di Indonesia termasuk dalam genotipe I yang hampir identik dengan dengue virus serotipe 3 dari Thailand. Selain itu, ditemukan bahwa tingkat pasien demam berdarah pada anak-anak lebih tinggi disbanding pasien dewasa. Namun berdasarkan uji chi-square, ditemukan bahwa kategori jenis kelamin, umur dan daerah Jakarta tidak terdapat hubungan signifikan dengan terjadinya demam berdarah. Para peneliti diharapkan untuk melakukan penelitian lebih lenjut untuk melakukan sequencing lebih banyak lagi dan tidak hanya dilakukan di Jakarta saja tetapi di daerah lain, karena tingkat pasien demam berdarah yang tinggi di Indonesia.

---

Indonesia was the first country where dengue hemorrhagic fever (DHF) was found in 1968. Ever since, the increasing cases were reported every year, and this became a major concern of health problem worldwide. In addition, dengue virus (DENV) serotype 3, which cause the most severe clinical manifestation among other dengue virus strands, was found as the most predominant DENV in Indonesia. This study aimed to find the genotype of the dengue virus in Jakarta to become the base in the development of vaccine and molecular diagnostic. Moreover, this study designed the primer of DENV for future laboratories research. This study was participated by 100 suspected dengue patients in RSCM and data collection was conducted by Eijkman, the research institute. Samples were taken by consecutive sampling and analysed by Genetyx v5.1. The results gave information that a majority of virus dengue serotype 3 in Indonesia was consisted of genotype I, which is identical with dengue virus serotype 3 in Thailand. Furthermore, we found that the incidence of pediatric dengue patients is higher than adults. However, in accordance with the chi square test, there is no significant relationship between different patient’s categories (gender, age, region). It is expected that, DNA sequencing for other DENV-3 should be inspected further in Jakarta and this research should also be done in other areas in Indonesia as this country is one of the countries with high yield of dengue evidence.