Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kasus kontaminasi daging haram seperti babi hutan (Sus scrofa) dan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dalam makanan yang beredar di Indonesia menyebabkan perlu dilakukannya verifikasi halal. Pengaplikasian real-time PCR telah mempermudah proses verifikasi halal untuk mendeteksi kandungan DNA babi sebab metode tersebut memiliki tingkat sensitivitas yang tinggi. Studi analisis sekuensing gen 12S rRNA terdahulu menunjukkan bahwa gen 12S rRNA dapat membedakan spesies hewan yang berkerabat dekat sehingga gen tersebut memiliki potensi sebagai gen target dalam studi deteksi halal. Namun, adanya kekurangan pada desain primer pada studi deteksi halal sebelumnya mendorong perlu dilakukannya penelitian lebih lanjut terkait potensi primer gen 12S rRNA sebagai dasar pengembangan halal kit. International Organization of Standardization (ISO) telah menetapkan metode standar untuk deteksi babi, yaitu ISO/TS 20224-3:2020(E) menggunakan primer Porcine-97 bp sebagai primer standar yang spesifik terhadap gen ACTB pada Sus scrofa. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa, menganalisis sensitivitas dan spesifisitas primer rancangan dalam mendeteksi gDNA babi, serta mengevaluasi potensi primer rancangan untuk dijadikan sebagai primer alternatif dalam deteksi halal. Penelitian ini dilakukan dengan merancang primer menggunakan gen 12S rRNA sebagai gen target. Primer 12S rRNA (SS12S-120bp) divalidasi dengan menganalisis spesifisitas secara in silico dan menguji sensitivitas primer menggunakan metode real-time PCR. Analisis perbandingan kualitatif antara primer 12S rRNA dengan primer ACTB ISO juga telah dilakukan. Uji sensitivitas dan linieritas dilakukan dengan melakukan dilusi bertingkat terhadap gDNA babi pada konsentrasi 10.000, 1000, 100, 10, 5, dan 1 pg/uL sebanyak 2 replikat. Hasil validasi spesifisitas in silico menunjukkan bahwa primer 12S rRNA (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; dan probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC-[BHQ1]-3’) bersifat spesies spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa. Analisis qPCR menunjukkan bahwa primer 12S rRNA dapat mendeteksi gDNA babi hingga konsentrasi paling rendah, yaitu 1 pg/uL dengan suhu 56 derajat celcius sebagai suhu optimal annealing primer. Nilai efisiensi dan nilai linieritas yang diperoleh adalah 85% dan 0,995. Berdasarkan analisis perbandingan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa primer 12S rRNA bersifat lebih sensitif dan spesies spesifik dalam mendeteksi gDNA babi dibandingkan dengan primer ACTB ISO.

---

Cases of haram meat contamination such as wild boar (Sus scrofa) and domestic pig (Sus scrofa domesticus) in foods circulating in Indonesia cause the need for halal verification. The application of real-time PCR has facilitated halal verification process to detect the content of pig DNA down to the smallest concentration. The 12S rRNA gene has previously been used in several species identification studies and is known to have potential as a target gene in halal detection studies. However, some deficiencies in the primer design from the previous research prompted the need for further research regarding the potential of the 12S rRNA gene primers as the basis for halal kit development. ISO/TS 20224-3:2020(E) has established primer Porcine-97 bp as the standard primer used to detect the ACTB gene in Sus scrofa. This study aims to design a specific primer for the 12S rRNA Sus scrofa gene, analyze the sensitivity and specificity of the designed primer in detecting pig gDNA, and evaluate the potential of the designed primer to serve as an alternative primer for halal detection. This research was done by designing primers using Sus scrofa 12S rRNA gene as the target gene. Designed 12S rRNA primers (SS12S-120bp) was validated by analyzing in silico specificity and primer sensitivity test using real-time PCR method. Qualitative comparisons between 12S rRNA and ACTB ISO primers was also analyzed. Sensitivity test was carried out by conducting serial dilution of porcine gDNA at 10,000, 1000, 100, 10, 5, and 1 pg/uL in duplicates. In silico specificity results showed that the designed 12S rRNA primer (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; and probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC- [BHQ1]-3’) was species specific to 12S rRNA Sus scrofa gene. qPCR analysis showed that 12S rRNA primer could detect pig gDNA down to the lowest concentration of 1 pg/uL at 56 degree celcius as its optimum annealing temperature. The efficiency and linearity value obtained was 85% and 0,995. Based on the conducted qualitative comparison analysis, it can be concluded that primer 12S rRNA is more sensitive and species specific in detecting pig gDNA compared to ACTB ISO primer."

"Pleurotus ostreatus atau jamur tiram putih merupakan salah satu jamur tiram konsumsi dengan kandungan nutrisi dan senyawa bioaktif yang bermanfaat bagi kesehatan, salah satunya adalah kandungan enzim lakase yang berpotensi sebagai senyawa agen antikanker. Enzim lakase memiliki tingkat aktivitas yang tinggi dalam menghambat proliferasi sel kanker. Salah satu gen yang dapat mengkode enzim lakase pada P. ostreatus adalah gen POXA1b. Gen POXA1b dipilih karena memiliki tingkat ekspresi gen paling tinggi pada tiga fase hidup (miselia, primordia, dan tubuh buah). Saat ini belum pernah dilakukan desain primer, isolasi, dan optimasi primer dalam amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibudidayakan di Indonesia. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan mendesain tiga pasang primer secara in silico, mengisolasi gen POXA1b dari tubuh buah P. ostreatus dan amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus yang dibuktikan dengan analisis hasil sekuensing. Penelitian ini diawali dengan desain primer gen POXA1b yang dilakukan dengan bantuan laman NCBI, PrimerBLAST, dan perangkat lunak Snapgene, kemudian persiapan sampel dan isolasi DNA dari tubuh buah P. ostreatus. Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya dengan spektrofotometer. Tahapan amplifikasi gen target dilakukan dengan teknik PCR. Hasil amplifikasi PCR divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa lalu dilakukan analisis data. Konsentrasi isolat DNA dari tubuh buah P. ostreatus yang dihasilkan senilai 10,5—40,5 ng/nL dengan kemurnian senilai 1,694—2,189. Amplifikasi gen POXA1b dengan pasangan primer poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A pada suhu annealing 59°C dan 60°C menghasilkan amplikon 244 bp. Berdasarkan hasil tersebut, desain primer, isolasi, dan optimasi primer pada amplifikasi gen POXA1b dari P. ostreatus hasil budidaya di Indonesia berhasil dilakukan dengan persentase homologi terhadap gen POXA1b dari P. ostreatus sebesar 100%.

---

Pleurotus ostreatus or white oyster mushroom is an edible oyster mushroom containing nutrients and bioactive compounds that are beneficial to health, one of them is the laccase enzyme content which has the potential as an anti-cancer agent. Laccase enzyme has a high level of activity in inhibiting the proliferation of cancer cells. One of the genes that encode the laccase enzyme in P. ostreatus is the POXA1b gene. The POXA1b gene was chosen because it has the highest gene expression in three life phases (mycelia, primordia, and fruit body) compared to other phenol oxidase genes. Currently, there has never been primer design, isolation, and primer optimization in the amplification of the POXA1b gene from P. ostreatus cultivated in Indonesia. Therefore, this study aims to design three pairs of primers in silico, isolate the POXA1b gene from fruiting bodies of P. ostreatus, and amplify the POXA1b gene from P. ostreatus as proven by analysis of the sequencing results. This study began with the design of POXA1b gene primers which was carried out with the NCBI website, PrimerBLAST, and Snapgene software, then sample preparation of P. ostreatus samples and DNA isolation from P. ostreatus fruiting body. The results of DNA isolation were measured for concentration and purity with a spectrophotometer. The stages of target gene amplification were carried out by PCR technique. The results of amplification were visualized by agarose gel electrophoresis and then data analysis was performed. The concentration of the DNA isolates from P. ostreatus fruiting bodies produced an average range of 10,5—40,5 ng/nL with a purity value of 1,694—2,189. The POXA1b gene amplification with primer pairs poxa1b-3F-A dan poxa1b-3R-A at annealing temperature of 59°C dan 60°C produced amplicons in the range of 200—300 base pairs. Based on the results, primer design, isolation, and the primer optimization of the amplification of the POXA1b gene from the P. ostreatus cultivated in Indonesia were successfully with a homology percentage to the POXA1b gene from P. ostreatus of 100%."