Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
It was studied a process of a sexual reproduction in homothallic alga Closterium navicula, Conjugation in C. navicula (Brebisson) Lutkemuller results in production of single zygospore. Pairing symmetrical cells occurs prior to papillae formation. Papilla from one gametangial cell frequently rises out faster and larger than the other one. Previous to fusion of gametic protoplasms, papillae fuse to form one broad canal within the gametic protoplasm fuse and form one zygospore. The zygospore is slightly rounded with smooth wall.

Abstrak :

Enzim protease sangat potensial untuk digunakan di berbagai bidang industri. Salah satu bakteri yang dapat menghasilkan enzim protease yang potensial adalah Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotermofilik yang dimiliki oleh BPPT dan terdeteksi dapat menghasilkan enzim protease alkalotermofilik. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan subkloning gen protease dan konjugasi ke Bacillus halodurans CM1 dan Bacillus subtilis DB104 sebagai kontrol, serta menganalisis ekspresi produk gen yang dihasilkan. Gen protease berhasil diamplifikasi sebagai insert sebesar 1.417 pb dan berhasil tersisipi ke dalam vektor pBBRE194 yang berukuran 8.402 pb, dengan menghasilkan plasmid rekombinan sebesar 9.819 pb. Hasil konjugasi ke Bacillus subtilis DB104 diperoleh 1 klona positif yang terverifikasi plasmidnya dan menghasilkan zona bening. Sementara itu, konjugasi ke Bacillus halodurans CM1 diperoleh beberapa klona yang resisten terhadap antibiotik tetrasiklin dan menghasilkan zona bening, tetapi belum didapatkan klona positif yang berhasil diekstraksi plasmidnya. Enzim protease rekombinan yang dihasilkan oleh Bacillus subtilis DB104 rekombinan memiliki aktivitas lebih tinggi dibandingkan dengan Bacillus subtilis DB104. Hasil karakterisasi enzim protease rekombinan pada rentang suhu 30⁰C—60⁰ dan pH 5—9 menunjukkan aktivitas tertinggi pada suhu 50⁰C dan pH 9 yaitu sebesar 13,66 U/mL, sehingga termasuk dalam protease alkalotermofilik.

---

Protease is a potential enzyme that applied in various industry fields. One of the bacteria that can produce a potential protease enzyme is Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 is an alkalotermophilic bacteria that is collected by BPPT and is detected can produce alkalotermophilic protease enzyme. This study aim to subclone the protease gene and conjugation to Bacillus halodurans CM1 and Bacillus subtilis DB104 as control, and analyze the expression of product gene produced. The protease gene was successfully amplified as an insert of 1.417 bp and was successfully inserted into the pBBRE194 vector of 8.402 bp, by producing a recombinant plasmid of 9,819 bp. Conjugation to Bacillus subtilis DB104 obtained 1 positive clone verified by the plasmid and produced a clear zone. Conjugation to Bacillus halodurans CM1 obtained some clones that were resistant to tetracycline antibiotic and produced clear zone, but no positive clones with the plasmid were successfully extracted. The recombinant protease enzyme produced by Bacillus subtilis DB104 recombinant has higher activity compared to Bacillus subtilis DB104. The results of the recombinant protease enzyme characterization in the temperature range of 30⁰C—60⁰C and pH 5—9 show the highest activity at 50⁰C and pH 9 which is 13.66 U/mL, so it included to the alkalotermophilic protease group.

Abstrak :
ABSTRAK
Nanopartikel emas telah diteliti untuk sistem penghantaran tertarget obat sitotoksik. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan hasil karakterisasi dan biodistribusi dari konjugat trans-resveratrol-PEG-Asam Folat-Nanopartikel Emas. Nanopartikel emas disintesis dengan reduksi HAuCl4 menggunakan natrium sitrat. Nanopartikel emas dikonjugasikan dengan PEG-FA dan resveratrol membentuk konjugat resveratrol-PEGAsam Folat-Nanopartikel Emas (rsv-PEG-FA-AuNP). Karakterisasi konjugat rsv-PEG-FAAuNP dilakukan dengan pengukuran partikel, zeta potensial, FTIR, UV, dan TEM. Studi biodistribusi pada tikus Sprague Dawley betina sehat dilakukan setelah 90 menit pemberian injeksi konjugat rsv-PEG-FA-AuNP melalui vena ekor. Hasil karakterisasi rsv-PEG-FAAuNP diperoleh nilai diameter rata-rata nanopartikel dan zeta potensial rsv-PEG-FA-AuNP 249,03 ± 10,31 nm dan -36,33 ± 3,12 mV. Pada uji biodistribusi ditemukan konjugat rsv-PEG-FA-AuNP di ginjal (1,90 ± 0,20 μg/g) dan limfa (2,65 ± 1,18 μg/g) setelah 90 menit pemberian iv, namun resveratrol bebas tidak ditemukan di darah, ginjal, dan limfa setelah 90 menit pemberian iv. Konjugat rsv-PEG-FA-AuNP pada sirkulasi sistemik ditemukan pada waktu yang lebih lama dibandingkan dengan resveratrol bebas dan distribusinya tersebar pada organ otak, ginjal, limpa, hati, dan paru.

---

ABSTRACT
Gold nanoparticles had been studied for active targeting purpose of cytotoxic agent. This study was presenting the result of characterization and biodistribution of trans resveratrol-PEG-Folic Acid-Gold Nanoparticle conjugates rsv-PEG-FA-AuNP. Gold nanoparticles were generated by reduction of HAuCl4 using sodium citric. Rsv-PEG-FA-AuNPs were produced by conjugation of gold nanoparticles with PEG-folic acid and resveratrol. Characterization of rsv-PEG-FA-AuNP conjugates were held by examination of particle size, zeta potential, FTIR, and TEM. Biodistribution study in female Sprague-Dawley rats conducted after 90 minutes i.v tail vein delivery of rsv-PEG-FA-AuNP conjugates. The mean particle size and zeta potential of rsv-PEG-FA-AuNP were 249.03 10.31 and -36.33 3.12 respectively. Transmission electron microscopy showed almost spherical shape of rsv-PEG-FA-AuNP conjugates. Rsv-PEG-FA-AuNP conjugates were found in kidney 1.90 0.20 μg/g and spleen 2.65 1.18 μg/g after 90 minutes i.v. delivery in female Sprague-Dawley rats. Resveratrol-PEG-FA-AUNP conjugates have longer systemic circulation than free resveratrol and restrained throughout brain, spleen, kidney, lung, and liver after distribution.

Abstrak :
Ruang lingkup dan Cara penelitian: Berdasarkan laporan peningkatan resistensi S.enteritidis dari beberapa negara dan kemampuan gen resisten terhadap antibiotika untuk berpindah dari isolat resisten kepada isolat sensitif, maka ingin diketahui bagaimana pola resistensi S.enteritidis yang berhasil diisolasi dari peternakan ayam dari beberapa wilayah di Indonesia selama periode 1994-1999 dan bagaimana kemampuan sifat resisten ini untuk berpindah dari isolat resisten ke sensitif. Untuk itu dilakukan uji sensitivitas S.enteritidis terhadap antibiotika ampisilin, tetrasiklin dan siprofloksasin yang dilakukan dengan menggunakan metode makradilusi. Pemindahan sifat resisten dilakukan dengan metode uji transformasi dengan menggunakan sel bakteri kompeten E.coli sure cell, E.coli ATCC 25922 dan S.enteritidis sensitif yang dibuat kompeten dengan metode kimia rubidiumkiorida dan plasmid yang diisolasi dari S.enteritidis resisten. Pemindahan sifat resisten juga diamati melalui uji konjugasi dengan metode bi- dan three-parental mating. Bakteri yang digunakan dalam uji konjugasi adalah S.enteritidis resisten, E.coli sure cell dan E.coli ATCC 25922. Hasil dan Kesimpulan: Semua isolat (50) yang diuji sensitif terhadap siprofloksasin dengan nilai konsentrasi hambat minimal (KHM) berkisar antara 0,015-0,03µg/ml. Tiga isolat (6%) monoresisten terhadap ampisilin, dengan nilai KHM berkisar antara 32-1024µg/ml. Delapan isolat (17%) multiresisten terhadap ampisilin dan tetrasiklin dengan nilai KHM untuk masing-masing antibiotika berkisar antara 2064-5120.µg/ml dan 512-1024 µg/ml, Sifat resisten terhadap ampisilin, tetrasiklin dan multiresisten terhadap ampisilin dan tetrasiklin dapat dipindahkan melalui transformasi, namun sifat resisten ini tidak dapat dipindahkan melalui konjugasi. Gen resisten yang terdapat dalam isolat S.enteritidis terdapat dalam plasmid yang dapat dipindahkan melalui transformasi. Kemungkinan pemindahan plasmid melalui konjugasi belum dapat dibuktikan.

Abstrak :
ABSTRAK
Virus Ebola (EBOV) merupakan penyebab ebola hemorrhagic fever yang berakibat fatal bagi manusia. Protein Niemann Pick C1 (NPC1) merupakan protein pada organisme inang yang memiliki peranan yang penting dalam proses masuknya EBOV ke dalam sel organisme inangya. Protein ini berikatan dengan primed-glycoprotein (GPcI) yang merupakan protein dari EBOV yang menjadi jalur utama virus menginfeksi. Pada penelitian ini, senyawa peptida digunakan sebagai kandidat inhibitor dari protein NPC1. Sebanyak 12,863 senyawa peptida yang melalui proses virtual screening, rigid docking, dan flexible docking yang kemudian dilakukan penapisan berdasarkan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dan ΔGbinding, serta dilakukan analisis interaksi protein-ligan dan uji sifat farmakologi. Dari hasil keseluruhan proses tersebut diperoleh tiga senyawa peptida, yaitu Alarelin, Neurokinin beta, dan Callitachykinin I, yang kemudian menjalani simulasi dinamika molekul. Selanjutnya, ketiga senyawa peptida ini dikonjugasi dengan peptida protein HIV-1 tat yang berfungsi sebagai carrier peptida sehingga ketiga ligan tersebut dapat terakumulasi di dalam endosom. Selanjutnya, untuk ketiga senyawa peptida yang telah dikonjugasi ini (C-Peptida) dilakukan proses penambatan molekul kembali. Interaksi ketiga ligan C-peptida ini menunjukkan konformasi yang hampir sama dengan interaksi peptida sebelum dikonjugasi. Dari hal ini dapat dikatakan bahwa sebelum dan setelah dikonjugasi memberi efek inhibisi yang sama. Dari berbagai proses yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa C-Callitachykinin I merupakan peptida terbaik yang dapat dijadikan kandidat obat untuk menginhibisi NPC1.

---

ABSTRACT
Ebola virus (EBOV) is a cause of ebola hemorrhagic fever which is generate fatal disease to human. Niemann Pick C1 (NPC1) protein is a protein in the host cell that has important function in the process of EBOV entry into the cell. This protein binds to primed-glycoprotein (GPcI) which is a protein from EBOV which is the main pathway for infecting viruses. In this study, peptide compounds were used as candidate inhibitors of NPC1 proteins. A total of 12,863 peptide compounds through the process of virtual screening, rigid docking, and flexible docking were then screened based on the value of Root Mean Square Deviation (RMSD) and ΔGbinding, and analysis of protein-ligand interactions and testing of pharmacological properties. From the results of the whole process three peptide compounds were obtained, namely Alarelin, Beta Neurokinin, and Callitachykinin I, which then underwent molecular dynamics simulations. Furthermore, these three peptide compounds are conjugated with the HIV-1 tat protein peptide which functions as a carrier peptide so that the three ligands can accumulate in the endosome. Furthermore, for the three conjugated peptide compounds (C-Peptides) the molecular tethering process is carried out again. The interaction of the three C-peptide ligands shows conformation that is almost the same as the peptide interaction before conjugation. From this it can be said that before and after conjugation had the same inhibitory effect. From various processes carried out it can be concluded that C-Callitachykinin I is the best peptide that can be used as a drug candidate to inhibit NPC1

Abstrak :
ABSTRAK Enzim lipase merupakan senyawa yang mempercepat reaksi pemecahan lipid menjadi asam lemak. Hal ini banyak digunakan dalam dunia industri. Salah satu metode yang digunakan untuk meningkatkan enzim lipase adalah kloning gen dengan mikroba, karena mudah dimanipulasi dan pertumbuhannya cepat. Penelitian sebelumnya yang dilakukan di LAPTIAB BPPT tentang kloning gen ialah pengklonaan gen lipase Bacillus halodurans CM1 (lip CM1) yang diekspresikan pada E. coli DH5α mendapatkan 783 bp. Penelitian ini bertujuan melakukan kloning gen lip CM1 ke dalam vektor pBBRE 194 dengan metode ligasi dan ditransformasikan dengan metode konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Gen lip CM1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pBBRE 194 di antara situs KpnI dan PstI dengan mendapatkan pita berukuran 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi dengan metode heat shock ke E.coli DH5α untuk ekspresi. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi secara konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Selanjutnya dianalisis ekspresi produk gennya. Plasmid rekombinan (pBBRE 194 lip CM1) berhasil ditransformasikan secara konjugasi ke dalam Bacillus subtilis DB 104 (kontrol positif konjugasi) dan Bacillus halodurans CM1. Konjugasi berhasil dengan tumbuhnya koloni pada media selektif yang mengandung antibiotik Erythromycin dan Tetracycline, yang ditunjukkan dengan PCR insert dan terbentuknya zona bening pada media selektif. Bacillus halodurans CM1 rekombinan menunjukkan peningkatan ekspresi produk gen lipase dibandingkan dengan Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 rekombinan memiliki aktivitas lipase 2,58 ± 0,06 U/mL, kadar protein 0,642 mg/mL, dan aktivitas lipase spesifik 10,04 U/mg.

---

ABSTRACT Enzym lipase has great potency to be used in industry. Research concerning lipase production is being carried out to obtain better production result. The previous research conducted at LAPTIAB BPPT, the cloning of gen lipase Bacillus halodurans CM1 was expressed to E. coli DH5α obtained 783 bp. This research aims to carry out cloning of gen lip CM1 into pBBRE 194 vector using ligation method and transform to Bacillus halodurans CM1 using conjugation method. Gen lip CM1 is successfully inserted into pBBRE 194 vector between Kpnl situs and Pstl obtaining a ban sized 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 was transformed using heat shock method into E. coli DH5α for expressing. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 is transformed conjugatively into Bacillus halodurans CM1. Then, the gen product expression is analysed. Recombinant plasmid (pBBRE 194 lip CM1) is transformed into Bacillus subtilis DB 104 (conjugation positive control) and Bacillus halodurans CM1. Successful conjugation shows the growth colony at selective media containing antibiotic, indicating with PCR insert and clear zone at the selective media. Recombinant Bacillus halodurans CM1 shows increment of the lipase gen product expression compared to Bacillus halodurans CM1. The recombinant Bacillus halodurans CM1 has lipase activity of 2,58±0,06 U/mL, protein of 0,642 mg/mL, and specific lipase activity of 10,04 U/mg.

Abstrak :
Efisiensi transformasi plasmid rekombinanyang rendah ke dalam bakteri wild-type disebabkan oleh mekanisme pertahanan dari sel bakteri. Enzim restriksi dalam sel bakteri target dapat mendegradasi plasmid rekombinan. Transformasi plasmid pBBRE194 rekombinan yang mengandung gen protease dari Bacillus halodurans CM1 (pBBRE194 prot-CM1) telah dilakukan, tetapi efisiensi transformasi rendah dan klona rekombinan yang didapatkan tidak menunjukkan sifat yang stabil. Penelitian ini bertujuan untuk memetilasi plasmid pBBRE194 prot-CM1 dan transformasi plasmid pBBRE194 prot-CM1 termetilasi secara konjugasi ke B. halodurans CM1, kemudian menganalisis aktivitas enzim protease yang dihasilkan B. halodurans CM1 pembawa plasmid pBBRE194 prot-CM1. Aktivitas spesifik (U/mg) protease yang dihasilkan oleh B. halodurans CM1 rekombinan dianalisis dengan cara mengukur unit aktivitas (U/mL) dengan metode Amano dan kadar protein (mg/mL) dengan metode Bradford. Plasmid pBBRE194 prot-CM1 dalam E. coli TOP10 berhasil dimetilasi oleh gen methylase pada plasmid pPAMC125 yang diinduksi oleh 0,02% L-arabinosa. Konjugasi plasmid pBBRE194 prot-CM1 termetilasi ke B. halodurans CM1 berhasil dilakukan dan terpilih 1 klona B. halodurans CM1 rekombinan yang telah terverifikasi. Verifikasi dilakukan berdasarkan kemampuan klona dalam mendegradasi protein pada media selektif yang mengandung skim milk dan tetracycline. Verifikasi berdasarkan polymerase chain reaction dengan mendeteksi sekuens gen resistan tetracycline pada klona juga dilakukan. Proses PCR koloni pada B. halodurans CM1 rekombinan menunjukkan terbentuknya pita DNA ukuran 1024 bp yaitu ukuran gen resistan tetracycline pada plasmid pBBRE194 prot-CM1. Hasil analisis menunjukkan bahwa aktivitas spesifik B. halodurans CM1 rekombinan (660,700 U/mg) lebih rendah dibandingkan dengan kontrol negatif, yaitu B. halodurans CM1 wild-type (1054,928 U/mg). Analisis aktivitas protease dilakukan pada suhu 50 oC dan pH 12. ......Transformation rate into wild-type bacteria is commonly low because of the cell defense mechanism of the bacteria. Restriction modification (RM) in bacteria cells can prevent the introduction of recombinant plasmid into target bacteria. Previously, the transformation of recombinant shuttle vector pBBRE194 containing protease gene (pBBRE194 prot-CM1) into wild-type Bacillus halodurans CM1 has been conducted. However, the transformation rate seemed low, and the stable recombinant clones could not be obtained. Therefore, in vivo methylation of this plasmid in E. coli has to be done before genetic transformation into the wild-type bacterium, to obtain stable recombinant B. halodurans CM1. In this study, a plasmid with artificial modification (pPAMC125) harboring genes encoding for the modification enzymes (methylases) from another strain, B. halodurans C-125, and pBBRE194 prot-CM1 plasmid were transformed by conjugation into B. halodurans CM1. Specific activity (U/mg) of protease produced by recombinant B. halodurans CM1 was analyzed by measuring activity units (U/mL) by the Amano method and protein quantity (mg/mL) by the Bradford method. The pBBRE194 prot-CM1 might be methylated by methylases that was induced by 0.02% L-arabinose. Conjugation of the methylated pBBRE194 prot-CM1 to B. halodurans CM1 was successfully carried out and recombinant B. halodurans CM1 was verified. The verification of a recombinant clone is based on its ability to degrade proteins on selective media containing skim milk and tetracycline. Also beside, verification based on polymerase chain reaction was also carried out by detecting tetracycline resistance gene sequences. The PCR result in recombinant clone amplified the 1024 bp DNA, which the size of the tetracycline resistance gene in pBBRE194 prot-CM1 plasmid. The analysis of protease activity showed that the specific activity of the recombinant clone (660.700 U/mg) was lower than the negative control, which B. halodurans CM1 wild-type (1054.928 U/mg). The analysis was carried out at 50oC and pH 12.