Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian ini dilakukan untuk menentukan apakah batubara dari formasi Talang Akar yang banyak terdapat di sub-cekungan Arjuna, Laut Jawa, dapat berfungsi sebagai batuan induk bagi minyak bumi yang terdapat di sumur-sumur minyak pada lokasi tersebut. Untuk itu dilakukan korelasi terhadap 4 contoh batubara dari lokasi yang berbeda, yaitu dari sumur UA-1, diambil 2 contoh dengan kedalaman yang berlainan dan masing-masing satu contoh dari sumur BZZA-7 dan SF-1, dengan 8 contoh minyak dari sumur KL-7 dan 1 contoh minyak dari sumur BZZA. Contoh-contoh batubara tersebut dipilih untuk digunakan dalam penelitian ini karena pada lokasi dan kedalaman tersebut terdapat lapisan batubara yang relatif tebal, sehingga diperkirakan dapat menjadi batuan induk penghasil minyak bumi. Korelasi dilakukan dengan metode biomarker siklik m/z 191 dan m/z 217 serta biomarker aromatik m/z 231 dan m/z 253 dengan teknik GC-MS. Untuk memantapkan hasil korelasi dilakukan juga analisis lain sebagai parameter pendukung yaitu analisis Rock-Eval, latroscan TLC/RD, reflektansi vitrinit, jenis kerogen dan isotop karbon ("C). Pirolisis hidrous juga dilakukan untuk mendeteksi kemungkinan adanya kontaminasi minyak migrasi dari batuan induk lain. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keempat contoh batubara ini mengandung material organik darat yang dominan dan dapat berfungsi sebagai batuan induk. Batubara dari sumur BZZA-7,7896' merupakan batuan induk utama untuk produksi minyak pada sumur KL-7 terutama pada kedalaman 7764?-7786', sedangkan batuan induk UA-1,733T dan UA-1,7454' merupakan batuan induk sekunder bagi produksi minyak tersebut.

---

This research is conducted to determine whether the coals from Talang Akar formation mostly found at the Arjuna sub-basin, Java Sea can act as source rock of the oils from the wells at that area. To enable this, correlation is done to four coal samples from different locations, i.e. from UA-l well, two samples from different depths, and one each from BZZA-7 and SF-1 wells, with eight oil samples from KL-7 well, and one sample from BZZA well. These coal samples are chosen for this research, as there is a relatively thick layer at that location and depth, hence it is predicted to be the oil source rock.

Correlation is done with m/z 191 and m/z 217 cyclic biomarkers, also m/z 231 and m/z 253 aromatic biomarker with GC-MS technique. To provide more confident result, other analysis as supporting parameters, i.e. Rock-Evil, latroscan TLCIFID, vitrinite reflectance, kerogen typing and carbon isotope ("C) were done. Hydrous pyrolysis was also done to detect any possibilities of oil migration contamination from other source rock.

The result shows that the four coal samples content dominate terrestrial organic materials and can act as the source rock. The coal from BZZA-7, 7896? well is the main source rock for KL-7 oil production, especially from the depths of 7764' - 7786'. Coals from UA-1, 7337? and UA-1, 7454? are the secondary source rock for this oil."

"ABSTRAKEmpat buah sampel batubara dianalisis secara geokimia untuk membandingkan distribusi biomarker dalain fasa molekuler maupun dalam fasa inakromolekulnya. Keempat batubara mi diekstraksi dengan kombinasi campuran pelarut C6H5 OH/CH 3OH (3/1). Estrak dipiaahkan menjadi fraksi polar dan fraksi netral dengan kolom kromatograf I adsorbsi. FraksI netral difraksionasi lebih lanjut menjadi fraksi alkana dan frakal aromatik dengan kromatograf I lapisan tipis. Fraksi polar dan residu tak-terekstraksi didegradasi secara kimiawi dengan okaidator Ru04 /Na104 . Hasil dagradasi fasa makromolekul ml selanjutnya dimurnikan dan diasterifikasi dengan CH2N2. Keseluruhan frakal yang diperoleh ditentukan distribusi biomarkernya dengan kombinasi kromatograf I gas/spektroskopi massa. Tipe senyawa biomarker yang ditelusuri adalah senyawa karbon rantai lurus, isoprenoida, dan triterpenoida balk sebagai hidrokarbon jenuh maupun sebagal asam mono karbokailat rantai panjang. Terungkap bahwa hasil degradasi fasa makromolekul yang utama adalah senyawaan asam karboksilat. Berarti fasa makromolekul batubara paling tidak tersusun oleh jaringan struktur alkil benzena, dengan bermacam variasi panjang rantai alkil. Biomarker dengan rangka siklispun terdeteksi pada hasil degradasi yakni serangkaian struktur hopanoida, yang dikenal berasal-usul bakteri. Meskipun tipe biomarker yang terdetekai pada fasa molekuler maupun pada fasa makromolekul umuxnnya sama, naxnun terdapat perbedaan distribusi. Demikian pula dengan terungkapnya atruktur biomarker bakteri menunjukkan besarnya aktivitas mikroorganisme pada saat zat organik terdepositkan pada awal sedimentasi."

"Gen NANOG berperan dalam pembentukan faktor transkripsi yang memiliki DNA binding domain. Protein yang dibentuk oleh gen ini memiliki kemampuan untuk menimbulkan dan mempertahankan sifat pluripotent dari sebuah sel. Dikarenakan sifat sel tumor yang pluripotent, banyak studi telah dilakukan untuk menilai peran NANOG dalam keganansan tumor. Namun, data mengenai peran NANOG pada keganansan gliom belum cukup untuk mengklarifikasi efek NANOG pada perkembangan glioma. Glioma merupakan tumor otak yang paling dijumpai dalam praktik klinis. Tantangan dalam penanganan glioma terletak pada lokasi tumor yang susah dan beresiko untuk dijangkau. Penanganan glioma, beresiko tinggi untuk mengakibatkan kerusakan pada jaringan otak yang dapat berakibat pada kehilangan fungsi tubuh dan bahkan berakibat pada kematian. Dalam kesempatan ini, studi ini dilakukan untuk meninjau peran NANOG dalam keganasan glioma untuk menunjang penanganan dini dan mengurangi mortalitas dan morbiditas penderita. Studi dilaksanankan melalui kuantifikasi gen dengan metode real-time RT-PCR atas specimen glioma yang diperoleh melalui operasi pengangkatan tumor di Departemen Bedah Saraf FKUI-RSCM. Hasil yang diperoleh menunjukan adanya kecenderungan ekspresi NANOG untuk lebih tinggi di glioma tingkat tinggi dibandingkan glioma tingkat rendah walau tidak signifikan menurut statisitik. Diperlukan studi yang lebih besar untuk menunjang peran NANOG sebagain penanda keganasan pada kasus glioma.NANOG gene codes for a transcription factor with a DNA binding domain that has been found to contribute in maintenance and induction of cell pluripotency. Due to this characteristic, extensive studies have been done to evaluate its function as biomarker of tumor malignancy. However, the role of NANOG in glioma malignancy is not yet elucidated. Glioma, a leading tumor of the brain remains a challenging medical condition due to the location of the tumor. Treatment is complicated due to the high chance of compromising the brain structure which could lead to detrimental effects in body functions. The study conducted is to determine the role of NANOG in glioma malignancy by performing NANOG gene quantification using real-time RT-PCR in low-grade and high-grade glioma samples that was obtained from resection surgery in the Neurosurgery Department of FKUI-RSCM. Statistical analysis, showed that there was not significant difference in NANOG expression between the low-grade and high-grade glioma. Despite the absence of significance, there is a trend for higher expression of NANOG in high-grade glioma compared to low-grade glioma. The result, supports the proposition of NANOG as glioma malignancy biomarker. Further studies need to be conducted with greater sample to bolster the NANOG role in glioma malignancy."

"

Glioma adalah tumor yang bermula dari tulang belakang atau otak yang berasal dari sel glial, dan merupakan salah satu keganasan yang sering ditemukan di Indonesia. TGF-I²1 mempunyai peran yang penting dalam mengontrol homeostasis jaringan dan peranjakan keganasan kanker, oleh sebab itu TGF-I²1 mempunyai potensi untuk menjadi biomarker untuk membedakan antar glioma keganasan tinggi dan rendah. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis ekspresi relatif TGF-I²1 glioma tingkat tinggi dan rendah, untuk melihat potensi menjadi biomarker. Dalam eksperimen terdapat 28 sampel yang digunakan dalam studi ini,16 jaringan dengan keganasan rendah, 10 dengan keganasan tinggi dan 2 jaringan otak normal yang didapat dari Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo, Indonesia. Jaringan telah digolongkan berdasarkan klasifikasi yang diberikan oleh World Health Organization, derajat 1 dan 2 sebagai keganasan rendah dan derajat 3 dan 4 sebagai derajat tinggi. Ekspresi relatif dari TGF-I²1 dianalisa menggunakan Real-Time RT PCR dengan 18sRNA sebagai houskeeping gene. Dari hasil terlihat bahwa adanya penurunan ekspresi relatif TGF-I²1 di glioma keganasan tinggi saat dibandingkan dengan ekspresi di glioma keganasan rendah. Tetapi setelah dianalisis secara statistik, hasil penemuan ini tidak signifikan. Kegunaan dari TGF-I²1 sebagai biomarker belum terbukti, maka dari itu studi lebih lanjut harus dilakukan untuk menjelaskan fungsi dari TGF-I²1 sebagai biomarker untuk glioma.

---

---

Glioma is a term used to describe tumors which originate from the spinal cord or brain, specifically the glial cells. This type of tumor is one of the most commonly found brain malignancies in Indonesia. TGFI²1 has a key role in the maintenance of tissue homeostasis and progression of cancer, due to this fact TGF-I²1 has the potential as a tissue biomarker to differentiate low grade and high grade gliomas. The goal of this study is to analyze the relative expression of TGF-²1 in both high grade and low grade glioma to explore its potential as a biomarker. In the experiment there was a total of 28 samples, 16 low grade glioma, 10 high grade glioma and 2 normal brain tissue obtained from Cipto Mangunkusumo Hospital, Indonesia. The sample was categorized to low grade and high grade glioma based on the guideline given by the World Health Organization. Grades 1 and 2 are considered to be low grade gliomas and grades 3 and 4 are considered to be high grade gliomas. The relative expression of TGF-I²1was measured through Real-Time RT-PCR with 18sRNA as a housekeeping gene. It was seen that there was a decrease in the expression of TGF-I²1 in high grade glioma as to low grade glioma. However, when the result was analyzed it is proven to be statistically insignificant.The role of TGF-I²1 as a definitive biomarker for glioma grading is yet to be proven, therefore further research must be conducted to elaborate the role of the gene as a glioma biomarker.

"

"Diketahuinya karakterisasi minyak bumi dengan baik dapat digunakanuntuk mengembangkan serta memaksimalkan pengeskplorasian minyakbumiSkripsi ini berjudul studi karakterisasi minyak bumi di Indonesia bagianbarat. Judul ini dipilih karena sampai saat ini Indonesia belum memiliki datakarakter biomarker dalam minyak bumi Perconto diambil secara acakdengan metode grab sampling karena sifat minyak bumi yang relativehomogeny dalam setiap cekunganAnalisis yang digunakan meliputi, analisis GC dan GC-MS. Padaanalisis GC peroonto minyak, dianalisis tanpa terlebih dahulu difraksinasi(metoda who/e oil) sedangkan analisis GC-MS perconto terlebih dahuludifraksionasi dan hanya fraksi lingkar dan siklo dari saturat yang dianalisis.Minyak bumi dari Indonesia bagian Barat, diperkirakan berasaldari tiga kelompok besar lingkungan pengendapan antara lain, Danau, Deltadan lingkungan pengendapan lautan berdasarkan dari perbedaan komposisidan kehadiran biomarker yang beragam. Dari ketiga kelompok besar ini,masin dapat dibagi menjadi beberapa sub-kelompok masing-masing: danauair payau, delta danau untuk lingkungan danau, rawa dan darat untuklingkungan delta serta laut dangkal untuk lingkungan lautan."

"Dilakukan pengujian secara in vitro terhadap calf thymus DNA dan 2'deoksiguanosin dengan penambahan Bisphenol A BPA dan reagen fenton yang bersifat karsinogenik dan dapat menyebabkan kerusakan oksidatif pada DNA, dianalisis dari pembentukan DNA adduct 8-hidroksi-2?-deoksiguanosin 8-OHdG. Inkubasi terhadap calf thymus DNA dan 2'deoksiguanosin dilakukan pada variasi pH, suhu, konsentrasi dan waktu inkubasi. Dari hasil penelitian ini BPA berpotensi dapat menimbulkan DNA adduct 8-hidroksi-2'-deoksiguanosin 8-OHdG. Rasio kemurnian calf thymus DNA pada ?260/ ?280 yang digunakan dalam penelitian ini adalah 1.7. Konsentrasi 8-OHdG pada inkubasi calf thymus DNA dan 2'-deoksiguanosin dengan BPA menghasilkan DNA Adduct 8 OHdG yang menigkat pada setiap variasi konsentrasi, pH, suhu dan waktu inkubasi, nilai 8 OHdG yang terbentuk diantara 3 sampai dengan 40 ppb, dimana dengan penambahan reagen fenton konsentrasi 8 OHdG yang terbentuk lebih tinggi dari pada tanpa penambahan reagen fenton.

---

DNA damage due to oxidative processes can be analyzed by DNA adduct 8 hyroxy deoxyguanosin concentrat ion 8OHdG . The presence of 8 OHdG can be an indicator of cellular oxidative stress that may becoming biomarkers of DNA damage in the process of carcinogenesis. Bisphenol A and fenton can stimulate oxydative stress to calf thymus DNA and 2 rsquo deoxyguanosin that leads 8 OHdG forming. In vitro testing through different condition, such as pH variation, temperature, concentration and incubation time. The result shown that BPA could potentially induced 8 OHdG forming with 1,7 purity ration (checked at 260 280 nm). The different conditions also lead 8 OHdG forming concentration is higher in each variables (ranger between 3-40 ppb) with control."

"Latar belakang: Penilaian keaktifan penyakit urtikaria kronik selama ini menggunakan kuesioner Urticaria Activity Score (UAS) yang telah divalidasi namun memiliki kekurangan bersifat subjektif. Berbagai biomarker telah dilaporkan berpotensi menilai keaktifan penyakit urtikaria kronik secara objektif untuk melengkapi penilaian menggunakan kuesioner UAS tetapi belum secara rutin dan seragam digunakan pada urtikaria kronik. C-Reactive Protein (CRP) adalah salah satu biomarker potensial yang secara luas tersedia dengan biaya yang tidak tinggi. Oleh karena itu dibutuhkan penelitian di Indonesia yang menilai apakah CRP dapat menjadi pilihan pemeriksaan untuk menilai keaktifan penyakit urtikaria kronik.Tujuan: Menilai korelasi antara kadar CRP dengan keaktifan penyakit urtikaria kronik yang dinilai berdasarkan UAS7.Metode: Sebanyak 18 pasien urtikaria kronik berusia 18 – 59 tahun yang memenuhi kriteria penerimaan dan penolakan menjadi subjek penelitian. Dilakukan penilaian UAS7 dan pemeriksaan kadar CRP. Korelasi kadar CRP dan keaktifan penyakit yang dinilai dengan UAS7 dilakukan menggunakan uji Spearman.Hasil: Lebih dari 1/3 pasien dengan urtikaria kronik memiliki kadar CRP yang meningkat di atas normal dengan nilai median 2,5 (0,1 – 8,7) mg/L. Median skor UAS7 adalah 14 (5 – 32). Berdasarkan uji Spearman didapatkan nilai koefisien korelasi (r=0,529) dengan nilai p=0,024.Kesimpulan: Terdapat korelasi positif sedang bermakna antara kadar CRP dengan keaktifan penyakit urtikaria kronik yang dinilai dengan kuesioner UAS7.

---

Background: Urticaria Activity Score is a questionnairres that has been use as a tool to assess disease activity. This tool is validated and of great value in the monitoring of patients with chronic urticaria, but has disadvantage of being subjective instrument. Several reports have suggested that blood parameter, such as CRP, may indicate disease activity and may be considered as potential biomarker for chronic urticaria however, it is not routinely used in daily practice in Indonesia. Therefore, research is needed to see whether CRP can be supporting examination of choice to assess disease activity.

Objective: To assess the correlation between CRP levels and disease activity measured by UAS7.

Method: Eighteen chronic urticaria patients age 18 – 59 years old who meet all inclusion and exclusion criterias are recruited in this study. Assessment of disease activity using UAS7 and measurement of CRP levels were performed. Correlation of CRP levels and diasease activity was done using Spearman analysis.

Results: CRP levels was higher in more than 1/3 patients with chronic urticaria with median 2,5 (0,1 – 8,7) mg/L. The median of UAS7 is 14 (5 – 32. Based on Spearman analysis, the coefficient of correlation is 0,529 with p value = 0,024.

Conclusion: CRP levels was significantly correlated with disease activity as measured by UAS7."

"Kanker payudara merupakan tipe kanker yang paling banyak terjadi didunia dan menjadi penyebab kematian terbanyak pada negara berkembang. Subtipe kanker payudara saat ini dapat diklasifikasikan berdasarkan profil ekspresi gennya dengan immunohistokimia (IHK) menjadi subtipe Luminal A, Luminal B, HER2+, dan TNBC. Namun, IHK memiliki beberapa keterbatasan yang dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan integrasi data multi-omik (genomik, epigenomik, dan transkriptomik) serta penggunaan machine learning dalam penentuan biomarker subtipe kanker payudara.Metode Isolat DNA dari pasien kanker payudara yang menjalani pengobatan di RSUPN Cipto Mangunkusumo dan RS Kanker Dharmais Jakarta sebanyak 48 subjek digunakan dalam penelitian ini. Untuk mengidentifikasi mutasi dan metilasi DNA, digunakan kit Illumina Infinium Asian Screening Array dan Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 yang kemudian dilakukan pembacaan dengan Illumina iScan. Biomarker mutasi dan metilasi DNA kemudian dianalisis dengan machine learning untuk mendapatkan biomarker subtipe kanker payudara. Pendekatan transkriptomik dengan analisis DEG (Differentially Expressed Genes) dilakukan dengan menggunakan dataset yang berada pada basis data GEO (Gene Expression Omnibus), yaitu dataset GSE33447 dan GSE20685. Studi translasional untuk identifikasi biomarker metilasi DNA, dilakukan dengan metode MSP (methylated specific PCR).Hasil Didapatkan biomarker mutasi dan metilasi DNA yang signifikan berasosiasi dengan masing-masing subtipe kanker payudara serta berkaitan dengan ekspresi gennya, yaitu Luminal A (rs2355062 dan cg14397888), Luminal B (rs36087647 dan cg14397888), HER2+ (rs4925108 dan cg25910261), TNBC (rs137966431, rs886040223 dan cg26371957). Adanya mutasi pada BRCA2 (rs886040223) pada pasien TNBC, diprediksi akan memberikan respon yang sensitif terhadap pemberian terapi inhibitor PARP. Kit diagnostik berbasis biomarker omik dengan metode methylation-specific PCR (MSP) dapat menentukan status metilasi DNA pada biomarker cg14397888 untuk subtipe Luminal A dan Luminal B dengan akurasi 75% dan 76%.Kesimpulan Pendekatan biomarker multiomik pada pasien kanker payudara dapat digunakan sebagai pilihan untuk melakukan klasifikasi subtipe kanker payudara dan memprediksi pilihan terapi yang tepat.

---

Introduction

Breast cancer is the predominant form of cancer globally and is the primary cause of mortality in emerging nations. Currently, breast cancer subtypes can be classified using immunohistochemistry (IHC) into four subtypes: Luminal A, Luminal B, HER2+, and TNBC. Nevertheless, the IHC possesses various constraints that may result in misclassification. The objective of this study is to combine multiple types of biological data (genomic, epigenomic, and transcriptomic) and apply machine learning techniques to identify biomarkers for different subtypes of breast cancer.

Method

DNA isolates obtained from 48 breast cancer patients who were receiving therapy at RSUPN Cipto Mangunkusumo and Dharmais Cancer Hospital Jakarta. The Illumina Infinium Asian Screening Array and Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 kits were employed to detect mutations and DNA methylation which were then read using Illumina iScan. Machine learning was used to examine DNA mutation and methylation biomarkers in order to identify biomarkers specific to different subtypes of breast cancer. The transcriptomics approach was employed to analyze differentially expressed genes (DEGs) utilizing datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, namely the GSE33447 and GSE20685 datasets. The MSP approach was employed to conduct translational research to identify DNA methylation biomarkers.

Results

Significant DNA mutations and methylation biomarkers were discovered to be linked to each subtype of breast cancer and were found to be associated with gene expression, namely, Luminal A (rs2355062 and cg14397888), Luminal B (rs36087647 and cg14397888), HER2+ (rs4925108 and cg25910261), and TNBC (rs137966431, rs886040223 and cg26371957). Predictions suggest that the presence of mutations in the BRCA2 gene (rs886040223) in TNBC patients will likely result in a highly responsive reaction to PARP inhibitor treatment. A diagnostic kit utilizing the methylation-specific PCR (MSP) approach can accurately assess the DNA methylation status of the cg14397888 biomarker for Luminal A and Luminal B subtypes with an accuracy of 75% and 76%, respectively.

Conclusion

The utilization of the multiomics biomarker strategy in breast cancer patients offers a viable method for categorizing breast cancer subtypes and forecasting suitable therapy interventions.                                                                                                                                                                    "

"ABSTRAKPenelitian geokimia dan geologi sub-Cekungan Jambi hingga saat inibelum begitu jelas memberikan informasi tentang petroleum system.Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi dan menjelaskan suaturekonstruksi pengisian reservoir minyak bumi dengan pendekatan metodageokimia molekul. Metoda ini memanfaatkan penelusuran finger printbiomarker dengan menggunakan kromatografi gas (GC), dan kromatografigas yang dikombinasikan dengan spektrometer massa (GC-MS). Hasii yangdiperoleh menunjukkan, bahwa sebagian minyak bumi mengalamibiodegradasi Level 1 sampai Level 4 dan telah terjadi proses pengisianganda pada beberapa sumur minyak. Tingkat kematangan termal minyakbumi terbagi dua kelompok. Kelompok pertama diklasifikasikan sebagaiminyak pra-matang {immature oil) dengan rentang kematangan termal 0 -1,0untuk pp20R/aa20R dan 0 - 0,7 untuk aa20S/aa20R. Kelompok keduasebagai minyak setengah matang {mid mature oil) dengan rentangkematangan termal 1,0 - 2,0 untuk (3p20R/aa20R, dan 0,7 - 1,0 untukaa20S/aa20R. Korelasi batuan induk dengan minyak bumi menyimpulkanbatuan induk Formasi Gumai sebagai sumber minyak bumi."