Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Bakteriosin dapat menghambat pertumbuhan bakteri terutama yang memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan bakteri penghasil. Bakteri Asam Laktat (BAL) telah diketahui dapat menghasilkan bakteriosin yang memiliki aktivitas antimikroba. Bakteriosin berpotensi digunakan sebagai komplemen antibiotika. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi serta mengkarakterisasi aktivitas bakteriosin dari BAL galur Leuconostoc dengan optimasi pH dan suhu inkubasi. Penelitian dilakukan melalui penentuan zona hambatan menggunakan metode difusi agar cara sumuran dan penentuan potensinya berdasarkan metode Konsentrasi Hambat Minimal (KHM). Bakteri indikator yang digunakan adalah Leu. mesenteroides TISTR 120 dan JCM 6124, Staphylococcus aureus FNCC 0047, Listeria monocytogenes FNCC 0156, Escherichia coli FNCC 0183, Pseudomonas aeruginosa FNCC 0063, Salmonella typhi FNCC 0165 dan Bacillus subtilis FNCC 0061. Katalase, Tripsin dan Protease K digunakan sebagai uji konfirmasi berdasarkan hasil skrining pengujian aktivitas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Leu. mesenteroides MBF7-17 dan MBF2-5 menghasilkan bakteriosin yang hanya dapat menghambat Leu. mesenteroides TISTR 120 dan JCM 6124. Hasil penentuan potensi bakteriosin berdasarkan KHM dari BAL penghasil bakteriosin pada pH dan suhu inkubasi optimum yaitu pH 6 dan 32°C adalah 90% untuk Leu. mesenteroides MBF2- 5 dan 80% untuk Leu. mesenteroides MBF7-17.

---

Bacteriocin can inhibit bacteria mostly those which have close relationship to the producer bacteria. Lactid Acid Bacteria (BAL) are known to produce bacteriocins which have function as antimicrobial activity. Bacteriocin has potentially been used as antibiotic complement.

This research aimed to isolate and characterize bacteriocins activity from Leuconostoc strains. Optimization of pH and incubation temperature have also been carried out.

This research used well diffusion agar method and bacteriocin potency assay by performing MIC. Bacterial indicators that used in this research are Leu. mesenteroides TISTR 120, and JCM 6124, Staphylococcus aureus FNCC 0047, Listeria monocytogenes FNCC 0156, Escherichia coli FNCC 0183, Pseudomonas aeruginosa FNCC 0063, Salmonella typhi FNCC 0165 and Bacillus subtilis FNCC 0061. Catalase, Trypsin and Protease K were also used following the screening assay for confirmation test.

Results showed that both Leu. mesenteroides MBF2-5 and MBF7-17 possessed bacteriocin activity although against both Leu. mesenteroides only, the TISTR 120 and JCM 6124 indicators strains. Result for bacteriocin potency assay of bacteriocin producer LAB i.e. Leu. mesenteroides MBF2-5 and MBF7-17 by performing MIC done at optimation pH incubation temperature, i.e. pH 6 and 32°C, showed value of 90% and 80%, respectively."

"Kejadian resistensi antimikroba telah menyebabkan berkurangnya efektivitas agen antimikroba yang sudah beredar. Bakteriosin adalah peptida antimikroba (PAM) yang dihasilkan oleh bakteri. Penelitian sebelumnya telah mengidentifikasi bakteriosin jenis lantibiotik Salivaricin 9 dan nonlantibiotik Sm1 dan Sm2 yang dihasilkan oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2. Upaya pengembangan agen antimikroba baru dikendalai oleh masalah seperti jumlah produksi bakteriosin alami yang terbatas dan harga bakteriosin sintetik yang tinggi. Ekspresi peptida bakteriosin secara heterolog dapat menjadi metode alternatif produksi bakteriosin. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh fragmen gen bakteriosin secara in vitro dan perancangannya untuk kloning secara in silico. Fragmen gen penyandi bakteriosin matur diperoleh dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dengan primer hasil rancangan. Fragmen gen bakteriosin kemudian dilakukan kloning secara in vitro pada vektor pTA2 untuk menghasilkan plasmid rekombinan pTA2_Sal9, pTA2_Sm1 dan pTA2_Sm2. Seluruh plasmid rekombinan dikonfirmasi dengan PCR dan Sanger sekuensing. Seluruh plasmid rekombinan yang telah dikonfirmasi digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen bakteriosin dengan primer modifikasi yang mengandung situs enzim restriksi untuk dielongasi pada setiap ujung fragmen gen secara in silico. Fragmen gen bakteriosin yang telah dimodifikasi kemudian dikloning secara in silico pada vektor pNZ8148 dan pET-28a(+) untuk produksi pada Lactococcus lactis dan Escherichia coli secara berturut-turut dengan restriksi-insersi. Primer dan plasmid rekombinan hasil perancangan yang dihasilkan perlu dilanjutkan ke tahap uji coba in vitro.

---

The emergence of antimicrobial resistance has resulted in the decrease of efficiency of the current available antimicrobial agents. Bacteriocins are antimicrobial peptides (AMP) that are produced by bacteria. Bacteriocins produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 have been previously identified as the lantibiotic salivaricin 9 and the nonlantibiotics Sm1 and Sm2. The development of bacteriocins as new antimicrobial agents is challenged by the limited natural production of bacteriocins and the high costs of synthetic bacteriocins. Heterologous expression of bacteriocin peptides can be an alternative method. This study aims to isolate the bacteriocin gene fragment of Sal9, Sm1 and Sm2, followed by in vitro and in silico cloning. Specific primers were designed to obtain the gene fragments by polymerase chain reaction (PCR). The gene fragments were then cloned in vitro into pTA2 vector, generating pTA2_Sal9, pTA2_Sm1 dan pTA2_Sm2 recombinant plasmids. The recombinant plasmids were then confirmed by PCR and Sanger sequencing. In silico studies were carried out by using all recombinant plasmids and the gene fragments were amplified by employing modified oligonucleotide primers containing enzyme restriction sites to flank the gene fragment. The modified bacteriocin gene fragments are then cloned in silico into expression vectors pNZ8148 and pET-28a(+) for the production in Lactococcus lactis and Escherichia coli respectively by restriction-insertion. The designed primers and plasmid constructs serve as reference for further in-vitro study."

"Bakteri asam laktat (BAL) memproduksi banyak substansi yangberguna bagi manusia. Salah satu substansi tersebut adalah bakteriosin,protein yang mampu menghambat pertumbuhan bakteri lain terutama yangmemiliki kekerabatan erat secara filogenik. Tujuan dari penelitian ini adalahuntuk mendapatkan bakteri-bakteri asam laktat asal sumber lokal yangmenghasilkan bakteriosin, dan untuk mengetahui bakteri-bakteri patogenyang dapat dihambat oleh bakteriosin tersebut. Metode yang digunakandalam penelitian ini adalah uji aktivitas antimikroba dengan metode difusisumur agar menggunakan silinder logam. Staphylococcus aureus, Bacillussubtilis, dan Leuconostoc mesenteroides adalah bakteri-bakteri uji yangdigunakan dalam penelitian ini yang mewakili bakteri Gram positif, sementaraEscherichia coli dan Pseudomonas aeruginosa mewakili bakteri Gramnegatif. Empat dari 28 isolat BAL dalam penelitian ini menunjukkan hambatanterhadap semua bakteri Gram positif, yaitu MBF 2-5, 7-5, 10-2, and PDG 15.Tidak ada satupun BAL yang menunjukkan hambatan terhadap bakteri Gramnegatif. Inkubasi untuk aktivitas optimum adalah 24 jam pada suhu 32°C,yang menunjukkan zona hambat terbesar. Proteinase K digunakan dalampenelitian ini untuk mengkonfirmasi apakah aktivitas penghambatanmerupakan hasil dari bakteriosin saja, atau bakteriosin dan substansi lain.Hasilnya menunjukkan bahwa hambatan dari BAL tidak hanya berasal dari bakteriosin."

"Resistensi antibiotik terjadi akibat penggunaan antibiotik yang tidak tepat, dan sementara itu kemajuan dalam pengembangan antibiotik baru dan potensial dalam beberapa tahun terakhir sangat terbatas. Bakteriosin merupakan peptida bioaktif dengan aktivitas antimikroba melawan bakteri lain dengan spesies yang sekerabat. Lysostaphin yaitu suatu bakteriosin asal Staphylococcus dalam bentuk kombinasi dengan antibiotik polimiksin B dan suatu peptida kationik yaitu ranalexin menghasilkan suatu kombinasi sinergis terhadap bakteri multiresisten. Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) asal Streptococcus macedonicus MBF10-2 diketahui memiliki aktifitas terhadap beberapa bakteri indikator.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penambahan bakteriosin asal Streptococcus macedonicus MBF10-2 yang dikombinasi dengan beberapa antibiotik terhadap aktivitas penghambatan pertumbuhan bakteri indikator. Bakteri indikator yang digunakan antara lain Micrococcus luteus T18, Lactococcus lactis T-21, Leuconostoc mesenteroides TISTR 120, Escherichia coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhi, dan Staphylococcus aureus. Uji aktivitas antimikroba dari BLIS ini dikombinasikan dengan beberapa antimikroba seperti ampisilin, tetrasiklin, dan kanamisin dengan metode difusi sumur agar.Hasil yang didapatkan mununjukkan zona inhibisi dari kombinasi BLIS dan antibiotik mengindikasikan terjadi peningkatan ukuran zona hambat. Nilai tertinggi ditunjukkan dari kombinasi BLIS dengan ampisilin dengan aktifikas sinergis paling aktif terhadap pertumbuhan Lactococcus lactis T-21.

---

Antibiotic-resistance occurs as a result of improper use of antibiotics, while progressive development of new antibiotic and its potential is very limited in recent years. Bacteriocins are bioactive peptides which have certain antimicrobial activity against other bacterial related-species. Lysostaphin, an origin of Staphylococcus bacteriocins which is a combination of the antibiotic polymyxin B and a cationic peptide named ranalexin, produces a synergistic effect against multi-resistant bacteria. Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) from Streptococcus macedonicus MBF10-2 is known to have activity against several bacterial indicators.

This study aimed to determine the effect of bacteriocins of Streptococcus macedonicus MBF10-2 origin combined with several antibiotics against the growth inhibitory activity of bacterial indicators. Bacterial indicators used include Micrococcus luteus T18, Lactococcus lactis T-21, Leuconostoc mesenteroides TISTR 120, Escherichia coli, Bacillus subtilis, Salmonella typhi, and Staphylococcus aureus. Tests of antimicrobial activity of BLIS combines antimicrobials such as ampicilin, tetracycline, and kanamycin by applying the agar well diffusion method.

Results showed that the zone of inhibition of combining BLIS and antibiotic indicates an increase in the size of the inhibition zone. The highest value was shown by combination of BLIS with ampicilin with the most active synergistic activity was against the growth of Lactococcus lactis T-21."

"ABSTRAKResistensi antibiotik merupakan salah satu masalah kesehatan yang membuat efektivitas pencegahan dan pengobatan berbagai infeksi menjadi berkurang. Peptida antimikroba seperti bakteriosin dapat menjadi kontributor penting dalam mengatasi permasalahan resistensi antibiotik sebagai agen antimikroba baru. Weissella confusa MBF8-1 diketahui menghasilkan tiga jenis bakteriosin yaitu Bac1, Bac2, dan Bac3 dengan sekuens DNA lengkap yang telah dilaporkan (A.N KR350502). Selain diproduksi melalui ekspresi galur produsen asalnya, bakteriosin dari W. confusa MBF8-1 sudah diproduksi melalui rekayasa genetika sehingga didapat bentuk rekombinannya pada inang B. subtilis DB403 dan disintesis secara kimia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi aktivitas antimikroba serta efek sinergis dengan Ampisilin dari bakteriosin rekombinan dan sintetik Bac1, Bac2, dan Bac3 menggunakan metode difusi sumur agar pada Leuconostoc mesenteroides kemudian dilanjutkan dengan uji Konsetrasi Hambat Minimum (KHM) pada L. mesenteroides, Micrococcus luteus, Lactococcus lactis, Staphylococcus aureus, dan Escherichia coli. Hasil menunjukkan peptida sintetik memberikan zona hambat pada L.mesenteroides hanya dengan keberadaan Bac1. Peptida rekombinan tidak menunjukkan adanya inhibisi pada berbagai bentuk kombinasi. Peptida sintetik memiliki efek sinergis jika dikombinasikan dengan Ampisilin terhadap lima bakteri indikator, sedangkan peptida rekombinan tidak menunjukkan adanya efek sinergis. Efek sinergis terbaik yang teramati pada uji KHM dari peptida sintetik dicapai oleh Bac1, diikuti dengan bentuk campuran Bac1, Bac2, dan Bac3 (B1,2,3).

---

ABSTRACTAntibiotic resistance is one of health problems that could decrease the effectiveness of infection treatment and prevention. Antimicrobial peptide like bacteriocin could be an important contributor to overcome antibiotic resistance as new antimicrobial agent. Weissella confusa MBF8-1 has been known to produce three types of bacteriocins, Bac1, Bac2, and Bac3, with their complete DNA sequences was reported previously (A.N KR350502). Besides produced through expression of origin producer strain, bacteriocin from W. confusa MBF8-1 has been produced through genetic engineering by recombinatorial process in B. subtilis DB403 and also by chemically synthesized. This study aimed to characterize the antimicrobial activity and the synergystic effect of those three recombinant peptides as well as their synthetic one with Ampicillin. Well-diffusion assay was performed using indicator bacteria Leuconostoc mesenteroides while Minimum Inhibitory Concentration (MIC) assay was performed using indicator bacteria L. mesenteroides, Micrococcus luteus, Lactococcus lactis, Staphylococcus aureus, and Escherichia coli. Result showed that synthetic peptides inhibited growth of L. mesenteroides when combined with Bac1. Recombinant peptides didn?t show any inhibition in various forms of combination. Synthetic peptides showed synergistic effect with Ampicilin against all indicator bacteria, while recombinant peptides showed no synergistic effect. The best synergistic effect with Ampicillin was showed by Bac1 synthetic peptide alone, followed by Bac1, Bac2, and Bac3 in combination (B1,2,3) by performing MIC test."

"Bakteriosin merupakan suatu senyawa protein yang memiliki efek bakterisida terhadap mikroorganisme lain. Bakteri Weissella confusa MBF8-1 yang telah berhasil diisolasi dari produk ampas kacang kedelai terfermentasi, diketahui memiliki aktivitas Bacteriosin Like Inhibitory Substance (BLIS) terhadap bakteri Leuconostoc mesenteroides. Berdasarkan data pada GenBank, terdapat tiga jenis bakteriosin dari W.confusa MBF8-1, yaitu bakteriosin 1, 2, dan 3. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi dan karakterisasi salah satu bakteriosin yang dimiliki, yaitu bac2 dengan menggunakan SDS-PAGE. Dalam penelitian sebelumnya, peptida bakteriosin rekombinan Bac2 telah diklon ke Bacillus subtilis DB403. Keberadaan peptida rekombinan Bac2 telah diverifikasi dengan PCR menggunakan primer spesifik. Purifikasi dilakukan dengan menggunakan kolom afinitas HisTrap FF dan diliofilisasi dengan metode freeze-dry. SDS-PAGE digunakan untuk karakterisasi bobot molekul. Uji KHM terhadap bakteri uji Leuconostoc mesenteroides TISTR dilakukan sebagai uji aktivitas antimikroba serta konfirmasi karakterisasi. Hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa peptida Bac2 tidak berhasil dikarakterisasi, fraksi elusi Bac2 menunjukkan pita ukuran ± 84 kDa sedangkan kalkukasi sekuens asam amino diduga ukuran peptida Bac2 adalah 3,96 kDa. Hal ini terjadi karena terbentuknya agregat yang disebabkan oleh sifat bakteriosin. Uji KHM menunjukkan bahwa fraksi elusi Bac2 tidak memiliki aktivitas antimikroba yang potensial ketika diaplikasikan dalam bentuk bakteriosin tunggal.

---

Bacteriocin is a protein that has a bactericidal effect against other microorganisms. Weissella confusa MBF8-1 was isolated from waste of fermented soya and showed Bacteriosin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against bacteria Leuconostoc mesenteroides. Based on data on the GenBank, there are three types of bacteriocin produced by W.confusa MBF8-1, Bacteriocin 1,2,3. The objective of this study is to observe the expression and characterization one of bacteriocin, that is bac2 by using SDS-PAGE. In previous study, recombinant bacteriocin peptide Bac2 was cloned into Bacillus subtilis DB403. The existence of recombinant peptide Bac2 has been successfully proved by PCR with spesific primer. Purification method have been done using HisTrap FF affinity coloumn and was liofilized using freeze-dry method. SDS-PAGE has been done to characterize its molecular mass and showed that Bac2 peptide cannot be successfully characterized. Bac2 elution fraction showed band at size ± 84 kDa while by calculation amino acid sequence the molecular mass should be 3,96 kDa. Its happened due to aggregation caused by characteristic of bacteriocin. Minimum Inhibitory concentrations (MIC) test against Leuconostoc mesenteroides TISTR have been done as an antimicrobial activity assay and confirmation of characterization, the result didn?t show potential activity at elution fraction when application as a single bacteriocin."

"Bakteriosin adalah suatu peptida antimikroba diproduksi oleh bakteri, termasuk bakteri asam laktat (BAL) telah diketahui memiliki aktivitas spermisida dan antibakteri. Bakteriosin memiliki potensi untuk digunakan sebagai senyawa spermisida yang juga berperan dalam pencegahan penyakit menular seksual, seperti Nisin yang diproduksi dari Lactococcus lactis dan Subtilosin yang diproduksi dari Bacillus amyloliquefaciens. Penelitian Weissella confusa MBF8-1 sebelumnya diketahui menghasilkan Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) yang memiliki aktivitas antibakteri, namun belum pernah ada pengujian spermisida. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas spermisida dari BLIS yang diperoleh dari W.confusa MBF8-1, serta peptida rekombinan dan sintetik Bac1, Bac2, Bac3 yang merupakan bakteriosin dari W.confusa MBF8-1. Skrining spermisida menggunakan metode Sander-Cramer untuk mengetahui pergerakan sperma setelah diberikan perlakuan, dan dihitung berdasarkan kategori progresif, non progresif, dan imotil. Hasil pengujian diolah dan dilakukan analisis statistik menggunakan SPSS untuk mengetahui perbedaan bermakna dari kontrol normal dan sperma dengan perlakuan. Hasil menunjukkan peptida sintetik kombinasi Bac1-2-3 dengan konsentrasi 300 ppm memiliki aktivitas spermisida yang paling tinggi dengan peningkatan skor imotilitas 38.25 pada waktu kontak 30 detik dan 39 pada waktu kontak 5 menit dibandingkan dengan BLIS, peptida rekombinan, dan peptida sintetik yang lain. BLIS, peptida rekombinan, dan peptida sintetik tidak menunjukkan aktivitas spermisida sebagaimana pembandingnya nisin tunjukkan.

---

Bacteriocin, is an antimicrobial peptide produced by the bacteria itself, including the lactic acid bacteria (LAB), known for its antibacterial and spermicidal activities. Bacteriocin has a potential to be developed as a spermicidal agent which can also prevent the sexual transmitted disease, such as Nisin produced by Lactococcus lactis and Subtilosin produced by Bacillus subtilis. Previous study of Weissella confusa MBF8-1 stated that it produced a bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) and showed an antibacterial activity, but screening for its spermicidal activity has not been conducted yet.

This study aimed to know the spermicidal activity of its BLIS, recombinant and synthetic form of Bac1, Bac2, Bac3 peptides which are the bacteriocins from W.confusa MBF8-1. The screening for spermicidal activity was conducted by using the modified Sander-Cramer assay and the statistic analysis had been done by using SPSS software.

Result showed that the combination of Bac1-2-3 in synthetic peptide form has the highest spermicidal activity compares to BLIS, recombinant, and other synthetic pepide, with the increase of imotility score by 38.25 points in 30 seconds contact, and 39 points in 5 minutes contact. However, BLIS, recombinant and synthetic peptide Bac1, Bac2, Bac3 did not show a spermicidal activity as nisin did."

"Penyakit periodontal merupakan salah satu penyakit yang sering terjadi dan menimbulkan masalah kesehatan gigi dan mulut. Penyakit periodontal menduduki peringkat kedua di Indonesia. Penyakit periodontal terdiri atas 2 jenis yaitu gingivitis dan periodontitis. P. gingivalis dan S. sanguinis merupakan bakteri yang sering dikaitkan dengan kerusakan pada jaringan peridontal terutama gingivitis dan periodontitis, dan memiliki sifat resisten terhadap antibiotik. Nisin termasuk dalam bakteriosin kelas I lantibiotik dan merupkan peptida antimikroba yang diproduksi oleh bakteri Gram-positif tertentu yang mencakup spesies Lactococcus dan Streptococcus. Nisin A dan nisin Z merupakan varian nisin alami yang diproduksi oleh L. lactis dimana keduanya memiliki aktivitas bakterisidal. Bakteriosin merupakan solusi potensial untuk masalah ini karena aktivitas spektrumnya yang luas terhadap bakteri resisten terhadap antibiotik. Untuk melihat efektivitas bakteriosin nisin Z dan nisin A terhadap bakteri patogen P. gingivalis dan S. sanguinis dilakukan studi in-silicodengan menggunakan metode molecular docking dengan menggunakan software PatchDock dan FireDock. Visualisasi dilakukan menggunakan PyMol untuk melihat situs interaksi antara ligan dan reseptor. Protein target yang digunakan dari bakteri P. gingivalis dan S. sanguinis adalah LPS dan bakteriosin nisin A serta nisin Z dipilih sebagai ligan uji. Hasil metode molecular docking dan visualisasi menunjukan bahwa nilai global energy terbaik dari docking bakteriosin nisin Z dan protein LPS bakteri P. gingivalis adalah -45.40 kcal/mol dan antara bakteriosin nisin A dan protein LPS bakteri S. sanguinis adalah -42.59 kcal/mol. Selain itu, terdapat interaksi antara asam amino ASP-74, ASP-76, dan ARG-66 pada bakteriosin nisin A dengan reseptor LPS pada bakteri S. sanguinis dan interaksi antara asam amino Lys-1C pada bakteriosin nisin Z dengan reseptor LPS pada bakteri P. gingivalis. Dapat disimpulkan bahwa bakteriosin nisin A dapat menghambat aksi bakteri S. sanguinis dan bakteriosin nisin Z dapat menghambat aksi bakteri P. gingivalis sebagai bakteri patogen di mulut.

---

Periodontal is a disease that often occurs and causes dental and oral health problems. Periodontal disease is ranked second in Indonesia. There are two types of periodontal disease: gingivitis and periodontitis. P. gingivalis and S. sanguinis are bacteria that are often affected by periodontal tissue damage, especially gingivitis and periodontitis, and are resistant to antibiotics. Nisin belongs to the class I lantibiotic bacteriocins and is an antimicrobial peptide produced by certain Gram-positive bacteria including Lactococcus and Streptococcusspecies. Nisin A and nisin Z are natural variants of nisin produced by L. lactis which both have bactericidal activity. Bacteriocins are a potential solution to this problem because of their broad-spectrum activity against bacterial resistance to antibiotics. To see the effectiveness of bacteriocin nisin Z and nisin A against pathogenic bacteria P. gingivalis and S. sanguinis, an in-silico study was conducted using the molecular docking method using PatchDock and FireDock softwares. Visualization was carried out using PyMol to see the interaction site between the ligand and the receptor. The target protein used from bacteria P. gingivalis and S. sanguinis was LPS and bacteriocin nisin A and nisin Z were selected as test ligands. The results of the molecular docking method and visualization showed that the best global energy value of docking between bacteriocin nisin Z and bacterial LPS protein P. gingivalis was -45.40 kcal/mol and between bacteriocin nisin A and bacterial LPS protein S. sanguinis was -42.59 kcal/mol. In addition, there is an interaction between the amino acids ASP-74, ASP-76, ASP-78 and ARG-66 on the bacteriocin nisin A with the LPS receptor on S. sanguinis and the interaction between the amino acids Lys-1C on the bacteriocin nisin Z with the LPS receptor. on P. gingivalis bacteria. It can be concluded that bacteriocin nisin A can inhibit the action of bacteria S. sanguinis and bacteriocin nisin Z can inhibit the action of bacteria P. gingivalis as pathogenic bacteria present in the mouth."

"Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip.Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model.On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host."

"Bakteriosin merupakan senyawa peptida yang dihasilkan bakteri asam laktat yang berguna untuk menghambat pertumbuhan bakteri lain dengan tingkat kekerabatan yang dekat. Bakteriosin 2 (bac2) dari W. confusa MBF8-1 dapat diamplifikasi dengan metode PCR dan dikloning dengan menggunakan sistem rekombinasi Gateway®. Sistem Gateway® memanfaatkan sistem rekombinasi spesifik bakteriofage lambda sehingga tidak diperlukan enzim restriksi dan ligasi. Metode Gateway® terdiri dari dua tahap, yaitu tahap pertama menggunakan primer spesifik gen bac2 yang ditambahkan penyangga dan tahap kedua menggunakan primer adapter yang juga ditambahkan penyangga dan sekuens Shine Dalgarno yang berfungsi sebagai situs pengikatan dalam proses translasi. Gen yang telah diamplifikasi disisipkan ke dalam vektor pDONR 221 menggunakan reaksi rekombinasi BP. Vektor rekombinan ditransformasi ke sel inang Escherichia coli DH5α yang telah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Plasmid rekombinan dari koloni yang tumbuh di media LB agar dengan kanamisin diisolasi kemudian dianalisis dengan metode PCR dan sekuensing DNA. Hasil analisis menunjukkan bahwa gen bac2 dari W. confusa MBF8-1 berhasil disisipkan ke dalam vektor sehingga diperoleh plasmid pENT_Wcbac2.

---

Bacteriocins are peptide compounds produced by lactic acid bacteria that inhibit the growth of closely related bacteria. Bacteriocin 2 (bac2) from W. confusa MBF8-1 can be amplified by PCR method and cloned by recombinatorial Gateway® system. Gateway® system affects the specific recombination of bacteriophage lambda that does not require the presence of restriction enzyme and DNA ligase. Gateway® method consists of two steps, first step using bac2 specific primer added by tagged gene and second step using adaptor primer added by tagged gene and Shine Dalgarno sequences as ribosome binding site used for translation process. Amplified gene was inserted into pDONR 221 vector by BP recombination reaction. Recombinant vector was transformed by heat shock method into competent cell Escherichia coli DH5α host. Plasmid recombinant was isolated from colonies that grow in LB agar media with kanamysin, then analyzed by PCR and DNA sequencing method. The result showed that gene of bac2 from W. confusa MBF8-1 was successfully inserted into the vector named pENT_Wcbac2."