Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Sekitar 70% dari permukaan bumi ditutupi oleh lautan yang menyimpan sumber daya hayati yang berpotensi menjadi obat. Oleh karena itu, pengembangan obat dari bahan laut menjadi fokus penelitian di saat ini. Akan tetapi, pengembangan obat dari bahan alam laut harus menghadapi tantangan mulai dari biaya tinggi, kompleksitas molekul, keterbatasan sumber daya, dan permasalahan lingkungan. Untuk mengatasi masalah ini, penelitian in silico digunakan sebagai pendekatan komputasi untuk mengidentifikasi potensi senyawa obat dari bahan alam laut. Dalam penelitian in silico, diperlukan basis data senyawa kimia dengan struktur tiga dimensi yang valid untuk meningkatkan akurasi penelitian in silico. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan pengumpulan data bahan alam laut dengan 770 senyawa tetapi data tersebut belum dihimpun menjadi suatu basis data. Data tersebut juga tidak memuat struktur tiga dimensi bahan alam laut tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk membuat, mengoptimasi, dan melakukan validasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan metode AM1-BCC serta membuat suatu basis data senyawa kimia dari bahan alam laut. Validasi dilakukan terhadap 769 struktur tiga dimensi senyawa dari bahan alam laut menggunakan perangkat lunak PyMOL. Berdasarkan hasil validasi, struktur tiga dimensi senyawa dengan format mol2 memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan visualisasi terbaik dan paling sesuai. Pada penelitian ini, telah diperoleh basis data senyawa kimia dari bahan alam laut dengan komponen 770 SMILES, 770 struktur dua dimensi dalam format file png dan sdf, 769 struktur tiga dimensi dalam format mol2, pdb, dan pdbqt. ......Approximately 70% of the Earth's surface is covered by oceans, which harbor valuable biological resources that have the potential to become medicines. Therefore, the development of drugs from marine sources has become a focus of research at present. However, the development of drugs from marine natural compounds faces challenges such as high costs, molecular complexity, limited resources, and environmental issues. To address these problems, in silico research has been used as a computational approach to identify potential drug compounds from marine natural sources. In in silico research, a database of chemical compounds with valid three-dimensional structures is required to improve the accuracy of the research. In previous studies, data collection of marine natural compounds with 770 compounds has been conducted, but this data has not been compiled into a database. Moreover, the data does not include the three-dimensional structures of the marine natural compounds. Therefore, this study aims to create, optimize, and validate the three-dimensional structures of marine natural compounds using the AM1-BCC method, as well as to establish a database of chemical compounds from marine natural sources. Validation was performed on 769 three-dimensional structures of compounds from marine natural sources using the PyMOL software. Based on the validation results, the three-dimensional structures in mol2 format provided the best and most suitable visualization. In this study, a database of chemical compounds from marine natural sources was obtained, consisting of 770 SMILES components, 770 two-dimensional structures in png and sdf file formats, and 769 three-dimensional structures in mol2, pdb, and pdbqt formats.

Abstrak :
Ekosistem laut menawarkan sumber daya ekologis yang berlimpah dan memberikan peluang besar dalam penemuan metabolit sekunder baru yang memiliki manfaat ilmiah dan kesehatan. Namun, pengembangan obat dari organisme laut sering menghadapi kendala sulitnya mendapatkan bahan komplementer yang cukup, waktu yang lama, biaya yang mahal, dan eksploitasi berlebihan terhadap sumber daya laut. Pendekatan komputasi (in silico) digunakan untuk mengatasi masalah tersebut dan telah menjadi alternatif yang lebih mudah diakses, lebih murah, dan lebih cepat daripada pendekatan konvensional. Pada pendekatan komputasi dibutuhkan pangkalan data dengan struktur tiga dimensi yang sesuai. Struktur tiga dimensi perlu dioptimasi dan divalidasi untuk meningkatkan validitas pangkalan data. Dalam penelitian-penelitian sebelumnya, terdapat sebanyak 770 senyawa kimia bahan alam laut yang belum dihimpun menjadi satu pangkalan data. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi struktur tiga dimensi bahan alam laut dengan force field MMFF94, memvalidasi struktur tiga dimensi tersebut dengan visualisasi struktur, serta membangun pangkalan data senyawa kimia dari bahan alam laut.  Pada penelitian ini, diperoleh masing-masing 760 struktur tiga dimensi dengan format file MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), dan Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt). Berdasarkan hasil visualisasi, struktur tiga dimensi dengan format MDL Sdfile (sdf) dan Tripos Mol2 (mol2) memberikan hasil struktur tiga dimensi dengan kerusakan paling sedikit dan sesuai dengan struktur tiga dimensi referensi. ......Marine ecosystems offer abundant ecological resources and provide great opportunities for the discovery of new secondary metabolites that have scientific and health benefits. However, the development of marine natural compounds often faces difficulties, such as obtaining sufficient complementary materials, long time needed, high costs, and over-exploitation of marine resources. The application of the computational method (in silico) resolves those problems and has become a more accessible, cheaper, and faster alternative than the conventional method. The computational method requires a database with a valid three-dimensional structure. The three-dimensional structure needs to be optimized and validated to increase the validity of the database. In previous studies, 770 marine natural chemical compounds were identified and haven’t been collected into one database. Therefore, this study aimed to optimize the three-dimensional structure of marine natural materials with the MMFF94 force field, validate the three-dimensional structure with structural visualization, and establish a database of marine natural compounds. In this study, 760 three-dimensional structures were obtained in the MDL Sdfile (sdf), Tripos Mol2 (mol2), Protein Data Bank (pdb), and Protein Data Bank, Partial Charge, & Atom Type (pdbqt) file format. Based on the visualization results, the three-dimensional structure with the MDL Sdfile (sdf) and Tripos Mol2 (mol2) formats gives the best results of a three-dimensional structure with the least damage and matched with the reference.

Abstrak :
Lautan merupakan sumber produk alami yang unik secara struktural yang sebagian besar terakumulasi dalam organisme hidup dimana mereka menunjukkan aktivitas farmakologis yang beragam dan sangat membantu untuk penemuan senyawa bioaktif. Namun studi mengungkapkan bahwa sumber daya alam laut ini belum sepenuhnya dieksplorasi. Penelitian ini bertujuan untuk menyusun data senyawa kimia sebagai dasar pembuatan pangkalan data bahan alam laut. Informasi tentang sifat fisikokimia, farmakokinetika, dan aktivitas biologis dari senyawa-senyawa tersebut akan dikumpulkan dan disusun secara sistematis dalam pangkalan data yang dapat diakses oleh peneliti, ilmuwan, dan pihak terkait lainnya. Parameter sifat  fisikokimia diprediksi menggunakan aplikasi KNIME, parameter ADMET (absorpsi, distribusi, metabolisme, ekskresi, toksisitas) diprediksi menggunakan ADMETlab 2.0, dan informasi aktivitas biologis diperoleh dengan menggunakan metode pengumpulan data dari sumber-sumber yang terpercaya, seperti jurnal ilmiah. Tinjauan ini merangkum keragaman senyawa-senyawa bioaktif yang diisolasi alga, echinodermata, fungi laut, spons, karang lunak, dan tunikata dengan keragaman struktural yang didominasi oleh senyawa alkaloid, terpenoid, dan fenolik serta merangkum fungsi biologis dari senyawa bioaktif diantaranya sebagai antikanker, antidiabetes, antibakteri, antijamur, antivirus. Harapannya dapat menjadi  sebagai sumber informasi berharga bagi penelitian lanjutan, memberikan pemahaman yang lebih baik tentang potensi dan aplikasi bahan alam laut serta peluang dalam pengembangan obat. ......The ocean is a source of structurally unique natural products most of which accumulate in living organisms where they exhibit diverse pharmacological activities and are helpful for the discovery of bioactive compounds. However, studies revealed that these marine natural resources have not been fully explored. This study aimed to compile data on chemical compounds as a basis for creating a database of marine natural materials. Information on the physicochemical properties, pharmacokinetics and biological activities of these compounds will be collected and arranged systematically in a database that can be accessed by researchers, scientists and other related parties. Physicochemical property parameters were predicted using the KNIME application, ADMET parameters (absorption, distribution, metabolism, excretion, toxicity) were predicted using ADMETlab 2.0, and biological activity information was obtained using data collection methods from reliable sources, such as scientific journals. This review summarized the diversity of bioactive compounds isolated from algae, echinoderms, marine fungi, sponges, soft corals, and tunicates with structural diversity dominated by alkaloids, terpenoids, and phenolic compounds and summarized the biological activities of bioactive compounds including as anticancer, antidiabetic, antibacterial, antifungal, antiviral. This research is expected to be a valuable source for further research, providing a better understanding of the potential and application of marine natural ingredients as well as opportunities in drug development.