Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3. ......Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3.

Abstrak :
ABSTRAK Enzim lipase merupakan senyawa yang mempercepat reaksi pemecahan lipid menjadi asam lemak. Hal ini banyak digunakan dalam dunia industri. Salah satu metode yang digunakan untuk meningkatkan enzim lipase adalah kloning gen dengan mikroba, karena mudah dimanipulasi dan pertumbuhannya cepat. Penelitian sebelumnya yang dilakukan di LAPTIAB BPPT tentang kloning gen ialah pengklonaan gen lipase Bacillus halodurans CM1 (lip CM1) yang diekspresikan pada E. coli DH5α mendapatkan 783 bp. Penelitian ini bertujuan melakukan kloning gen lip CM1 ke dalam vektor pBBRE 194 dengan metode ligasi dan ditransformasikan dengan metode konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Gen lip CM1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pBBRE 194 di antara situs KpnI dan PstI dengan mendapatkan pita berukuran 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi dengan metode heat shock ke E.coli DH5α untuk ekspresi. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi secara konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Selanjutnya dianalisis ekspresi produk gennya. Plasmid rekombinan (pBBRE 194 lip CM1) berhasil ditransformasikan secara konjugasi ke dalam Bacillus subtilis DB 104 (kontrol positif konjugasi) dan Bacillus halodurans CM1. Konjugasi berhasil dengan tumbuhnya koloni pada media selektif yang mengandung antibiotik Erythromycin dan Tetracycline, yang ditunjukkan dengan PCR insert dan terbentuknya zona bening pada media selektif. Bacillus halodurans CM1 rekombinan menunjukkan peningkatan ekspresi produk gen lipase dibandingkan dengan Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 rekombinan memiliki aktivitas lipase 2,58 ± 0,06 U/mL, kadar protein 0,642 mg/mL, dan aktivitas lipase spesifik 10,04 U/mg.

---

ABSTRACT Enzym lipase has great potency to be used in industry. Research concerning lipase production is being carried out to obtain better production result. The previous research conducted at LAPTIAB BPPT, the cloning of gen lipase Bacillus halodurans CM1 was expressed to E. coli DH5α obtained 783 bp. This research aims to carry out cloning of gen lip CM1 into pBBRE 194 vector using ligation method and transform to Bacillus halodurans CM1 using conjugation method. Gen lip CM1 is successfully inserted into pBBRE 194 vector between Kpnl situs and Pstl obtaining a ban sized 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 was transformed using heat shock method into E. coli DH5α for expressing. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 is transformed conjugatively into Bacillus halodurans CM1. Then, the gen product expression is analysed. Recombinant plasmid (pBBRE 194 lip CM1) is transformed into Bacillus subtilis DB 104 (conjugation positive control) and Bacillus halodurans CM1. Successful conjugation shows the growth colony at selective media containing antibiotic, indicating with PCR insert and clear zone at the selective media. Recombinant Bacillus halodurans CM1 shows increment of the lipase gen product expression compared to Bacillus halodurans CM1. The recombinant Bacillus halodurans CM1 has lipase activity of 2,58±0,06 U/mL, protein of 0,642 mg/mL, and specific lipase activity of 10,04 U/mg.

Abstrak :
Bacillus halodurans CM1 berpotensi sebagai inang dalam menghasilkan beberapa jenis enzim yang berguna, seperti xilanase, lipase, dan protease. Selain sebagai penghasil enzim, salah satu gen potensial lainnya adalah gen resistan antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan resistansi B. halodurans CM1 terhadap eritromisin dan kanamisin serta diperoleh produk gen fungsional resistan eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1. Isolasi gen eritromisin dan kanamisin dari B. halodurans CM1 belum pernah dilakukan. Berdasarkan uji KHM, B. halodurans CM1 resistan terhadap eritromisin dan kanamisin. Isolasi gen resistan eritromisin dan kanamisin dilakukan dengan menggunakan metode amplifikasi PCR. Produk PCR yang diduga gen resistan eritromisin, yaitu gen ErmK dan BH0381. Produk PCR yang diduga gen resistan kanamisin, yaitu gen aadK dan APH. Gen ErmK dikloning dengan menggunakan kloning vektor pGEM-T Easy, sedangkan gen BH0381, aadK, dan APH dikloning dengan menggunakan kloning vektor pJET1.2/blunting. Vektor rekombinan ditransformasi ke Escherichia coli DH5alfa. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen ErmKCM1 dan BH0381 masing-masing memiliki kemiripan 99,65% (GenBank No access: BH0380, ErmK) dan 99,45% (GenBank No access: BH0381, mphB) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Sekuens gen ErmKCM1 dan BH0381CM1 menunjukkan bahwa dua gen tersebut merupakan gen yang fungsional. Sekuens upstream dari gen BH0381CM1 dianalisis dan diperoleh bahwa terdapat 50 pb yang diduga promoter. Hasil analisis sekuens DNA menggunakan BLAST menunjukkan bahwa gen aadKCM1 dan APHCM1 masing-masing memiliki kemiripan 97,73% (GenBank No access: BH0322) dan 99,47% (GenBank No access: BH0326) dengan sekuens dari B. halodurans C-125. Hasil penyejajaran gen aadKCM1 menunjukkan adanya delesi enam pasang nukleotida pada lokus ke-354 hingga 359 yang menyebabkan frameshift, sehingga gen aadKCM1 tidak memiliki sekuens yang open reading frame (ORF). Hasil translasi gen aadKCM1 dan APHCM1 menunjukkan bahwa hanya sekuens gen APHCM1 dapat ditranslasi menjadi protein yang fungsional. Hasil uji resistansi kanamisin pada transforman yang membawa plasmid rekombinan promoter gen APHCM1-ORF dapat menyandikan resistan kanamisin dengan konsentrasi kanamisin sebesar 20 µg/mL. ......Bacillus halodurans CM1 has potential as a host in producing several types of useful enzymes, such as xylanase, lipase, and protease. Besides industrial enzymes, one of the other potential genes is the antibiotic-resistant gene. This study aims to determine the ability of B. halodurans CM1 resistance to erythromycin and kanamycin and to obtain erythromycin and kanamycin-resistant functional gene products from B. halodurans CM1. Isolation of erythromycin and kanamycin genes from B. halodurans CM1 has never been done. Based on the MIC test, B. halodurans CM1 is resistant to erythromycin and kanamycin. Erythromycin and kanamycin resistance gene isolation was carried out using PCR amplification method. PCR products suspected of being erythromycin resistance genes, namely ErmK and BH0381 genes. PCR products suspected of being kanamycin resistance genes, namely genes aadK and APH. The ErmK gene was cloned using the pGEM-T Easy vector cloning, while the BH0381, aadK, and APH genes were cloned using the pJET1.2/blunting vector cloning. The recombinant vector was transformed into Escherichia coli DH5ï?¡. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the ErmKCM1 and BH0381 genes each had 99.65% similarities (GenBank No access: BH0380, ErmK) and 99.45% (GenBank No access: BH0381, mphB) with the sequence of B. halodurans C-125. The results of the translation of the ErmKCM1 and BH0381CM1 genes indicate that the two genes are functional genes. The upstream sequence of the BH0381CM1 gene was analyzed and it was found that 50 bp was suspected as a promoter. The results of DNA sequence analysis using BLAST showed that the aadKCM1 and APHCM1 genes each had a similarity of 97.73% (GenBank No access: BH0322) and 99.47% (GenBank No access: BH0326) with the sequence of B. halodurans C-125. The alignment of the aadKCM1 gene shows the deletion of six nucleotide pairs at the 354-359 locus that causes frameshift, so the aadKCM1 gene does not have an open reading frame (ORF) sequence. The translation of aadKCM1 and APHCM1 genes show that only the APHCM1 gene sequence can be translated into a functional protein. The results of kanamycin resistance test on transformants carrying plasmids with native promoter APHCM1-ORF gene can encode kanamycin resistance with a kanamycin concentration of 20 µg/mL.