Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Ikan mujair (Oreochromis mossambicus) merupakan salah satu jenis ikan air tawar dari famili Cichlidae dan genus Oreochromis yang memiliki bentuk adaptasi serta tingkat toleransi yang tinggi terhadap kondisi habitatnya, misalnya pada tingkat salinitas yang tinggi. Danau Laut Mati Oemasapoka di Perairan Pulau Rote merupakan salah satu danau air asin yang menjadi habitat ikan mujair. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan spesies ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dengan ikan mujair dari danau air tawar, Danau Ledulu yang berada pada perairan yang sama dengan melakukan identifikasi molekuler menggunakan metode DNA barcoding dengan gen CO1. Tahapan DNA barcoding terdiri atas ekstraksi DNA, amplifikasi gen CO1 melalui reaksi PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan gen CO1 mampu mengidentifikasi bahwa ikan mujair yang hidup di danau air asin, Danau Laut Mati Oemasapoka merupakan jenis spesies yang sama dengan ikan mujair yang hidup di danau air tawar, Danau Ledulu dengan persentase kemiripan sebesar 99,53—100%. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dibentuk dengan metode Maximum Likelihood, model evolusi Kimura 2-Parameter, dan uji bootstrap 1000x menunjukkan bahwa ikan mujair dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu berada dalam satu klade yang sama dengan jarak genetik sebesar 0,000—0,004. Analisis keragaman haplotipe dari ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu terdapat satu haplotipe dengan nilai keragaman sebesar 0,0824. Rendahnya nilai keragaman haplotipe tersebut dapat disebabkan karena ikan mujair Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu memiliki tingkat migrasi yang rendah. ......Tilapia fish (Oreochromis mossambicus) is one type of freshwater fish from the family Cichlidae and genus Oreochromis which has a form of adaptation and a high level of tolerance to habitat conditions, for example at high salinity levels. Dead Sea Lake Oemasapoka, Rote Island is one of the saltwater lakes that is a habitat for tilapia fish. This study was conducted to determine the relationship between tilapia species obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and tilapia fish from freshwater lake, Lake Ledulu which are in the same waters by conducting molecular identification using DNA barcoding method with CO1 gene. The DNA barcoding stages consist of DNA extraction, CO1 gene amplification through PCR reactions, and sequencing. The results of this study indicate that the CO1 gene is able to identify that tilapia fish that live in saltwater lakes, Dead Sea Lake Oemasapoka are the same species as tilapia fish that live in freshwater lakes, Lake Ledulu with a similar percentage of 99,53-100%. Reconstruction of the phylogenetic tree using the Maximum Likelihood method Kimura 2-Parameter evolution model, and 1000x bootstrap test showed that tilapia fish from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu were in the same clade with a genetic distance of 0.000-0.004. Analysis of haplotype diversity of tilapia fish obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu there is one haplotype with a diversity value of 0.0824. The low value of this haplotype diversity can be caused by a low migration rate.

Abstrak :
Berdasarkan data WHO pada pertengahan Juli 2021 lebih dari 185,2 juta orang di seluruh dunia terinfeksi virus corona atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Virus ini menyerang penapasan manusia yang dapat mengakibatkan infeksi paru-paru pada manusia dan bahkan dapat menyebabkan kematian. Tercatat bahwa lebih dari 4 juta orang di seluruh dunia meninggal akibat terinfeksi virus corona. Di Indonesia sendiri pada pertengahan Juli 2021 tercatat lebih dari 2,4 juta orang ternfeksi virus corona dan lebih dari 65,4 ribu orang meninggal akibat terinfeksi virus corona. Berdasarkan data tersebut, perlu dilakukan analisis kekerabatan virus SARS-CoV-2 untuk mengurangi penyebaran dan memberikan batasan sosial dari negara satu dengan negara lainnya. Identifikasi kekerabatan dari virus covid-19 dan penyebarannya dapat dilakukan dengan cara pembentukan pohon filogenetik dan clustering. Pada penelitian ini pohon filogenetik akan dibangun berdasarkan metode Hierarchical Clustering dengan menggunakan metode Multiple Encoding Vector dan K-Mer berdasarkan translasi DNA kodon menjadi asam amino. Jarak Euclidean akan digunakan untuk menentukan matriks jarak. Penelitian ini selanjutnya menggunakan metode K- Means Clustering untuk melihat penyebarannya, dimana nilai k ditentukan dari jumlah centroid yang dihasilkan dari metode Hierarchical Clustering. Penelitian ini mengambil sampel barisan DNA SARS-CoV-2 dari beberapa negara yang tertular. Dari hasil simulasi, nenek moyang SARS-CoV-2 berasal dari China. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa leluhur covid-19 yang paling dekat dengan Indonesia berasal dari India, Australia dan Spanyol. Selain itu dari hasil simulasi dihasilkan bahwa barisan DNA SARS-CoV-2 terdiri dari 9 cluster dan cluster keenam adalah kelompok yang memiliki anggota paling banyak. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa metode ini sangat opitimal dalam pengelompokan data dengan nilai 97.4%. ......Based on WHO data in middle of July 2021, Coronavirus or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is infecting more than 185.2 million people worldwide. The virus attacks human breathing, which can cause lung infections and can even cause death. More than 4 million people worldwide have died due to being infected with the coronavirus. In Indonesia alone, in mid-July 2021, there were more than 2.4 million people infected with the corona virus and more than 65.4 thousand people died from being infected with the corona virus. Based on those covid-19 survivor data, it is necessary to carry out a kinship analysis of the coronavirus to reduce its spreading. Identification of the kinship of the covid- 19 virus and its spread can be done by forming a phylogenetic tree and clustering. This study uses the Multiple Encoding Vector method and K-mer based on translation DNA codon to amino acid in analyzing sequences and Euclidean Distance to determine the distance matrix. This research will then use the Hierarchical Clustering method to determine the number of initial centroids and cluster, which will be used later by the K-Means Clustering method kinship in SARS-CoV-2 DNA sequence. This study took samples of DNA sequences of SARS-CoV-2 from several infected countries. From the simulation results, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The results of the analysis also show that the closest ancestors of covid-19 to Indonesia came from India, Australia and Spain. In addition, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The SARS- CoV-2 DNA sequence is also consisted of 9 clusters, and the sixth cluster is the group that has the most members. The results also show that this method is very optimal in a grouping of data with a value of 97.4%.