Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKGen Maturase-K (matK) merupakan gen yang terdapat pada kloroplas. matK digunakan sebagai penanda untuk melihat variasi genetik kakao Trinitario dan Forastero asal Indonesia dan introduksi. Sampel kakao yang digunakan dalam penelitian adalah Sul-1, MCC-01, dan Pa-191 yang merupakan varietas Forastero serta HJ-5 dan PB-1 yang merupakan Trinitario. Hasil penelitian menunjukkan urutan basa nukleotida daerah matK pada kelima sampel berhasil diketahui dan terdapat perbedaan basa nukleotida daerah matK yang diamplifikasi dengan primer mac02 pada sampel Sul-1 dan Pa-191 dan dengan primer mac09 pada sampel PB-1. Data yang diperoleh dibentuk menjadi dendogram yang menunjukkan bahwa terjadi pengelompokkan antara kakao varietas Trinitario dan Forastero.

---

ABSTRACTMaturase-K gene (matK) is a gene found in chloroplast. The matK used as a marker to determine genetic variation of Indonesian’s Trinitario and Forastero cacao and cacao’s introduced from England. Samples of cacao used in the study are Sul-1, MCC-01, and Pa-191 grouped as Forastero and HJ-5 and PB-1 grouped as Trinitario. The results of research showed that matK’s sequence of the five samples has successfully identified and there were variations in nucleotides sequence of matK which were amplified by mac02 primer on Sul-1 and Pa-191 and by mac09 primer on PB-1. Subsequently, the data obtained were formed into dendogram grouped between Trinitario and Forastero."

"Pandemi virus corona SARS-CoV-2 di seluruh dunia telah menyebabkan besarnya populasi manusia yang terinfeksi COVID-19. Penyebaran virus yang massive membutuhkan alat diagnostik yang cepat, sehingga keputusan terkait kebijakan kesehatan, pembatasan publik, dan keputusan karantina dapat diambil dengan tepat. Polymerase chain reaction (PCR) adalah standar emas dalam pengujian asam nukleat yang mendeteksi viral ribonucleic acid (RNA). Meskipun real-time RT- PCR sensitif dan reliabel, namun prosesnya memakan waktu yang cukup lama sehingga tidak cukup untuk menjawab kebutuhan diagnosis di masa pandemi global COVID-19. Amplifikasi isotermal merupakan salah satu metode yang dapat digunakan sebagai alternatif PCR. Metode amplifikasi isotermal yang paling banyak diterapkan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Pada penelitian ini dilakukan perancangan prototipe berbasis pemanas poliamida yang dapat mempermudah proses reaksi LAMP. Sistem ini dapat menghasilkan suhu konstan 60˚C-65˚C dalam 30 menit dengan nilai error rata-rata pengukuran sensor suhu sebesar 1.75% dengan akurasi 98.25%. Pada pengujian perbandingan nilai suhu pada sensor dengan suhu dalam tube terdapat error rata-rata sebesar 1.75% dengan akurasi 95.45%. Kuantifikasi intensitas fluoresens juga telah berhasil dilakukan dengan tingkat zat fluorosensi yang berbeda-beda dengan membaca nilai keabuan minimal 102,76

---

The SARS-CoV-2 coronavirus pandemic worldwide has caused a large number of people to be infected with COVID-19. The massive spread of the virus requires rapid diagnostic tools, so that appropriate health, public and policy decisions can be made. Polymerase chain reaction (PCR) is the gold standard in nucleic acid testing that detects viral ribonucleic acid (RNA). Although real-time RT-PCR is sensitive and reliable, the process takes a long time so it is not sufficient to answer the need for diagnosis during the global COVID-19 pandemic. Isothermal amplification is one method that can be used as an alternative PCR. The most widely applied isothermal amplification method is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). In this study, a prototype based on a polyimide heater was designed that could facilitate the LAMP reaction process. This system can produce a constant temperature of 60˚C-65˚C in 30 minutes with an average error value of 1.75% of temperature sensor measurements with an accuracy of 98.25%. In testing the comparison of the temperature value on the sensor with the temperature in the tube, there is an average error of 1.75% with an accuracy of 95.45%. Fluorescence intensity quantification has also been successfully carried out with different levels of fluorescence intensity and can read a minimum gray value of 102,76"

"Gempabumi Yogyakarta pada 27 Mei 2006 telah menimbulkan banyak kerusakan dan korban jiwa dalam sejarah gempa Yogyakarta. Distribusi kerusakan gempabumi ini terjadi di Kabupaten Bantul dan sekitarnya yang letaknya jauh dari episenter gempa, fenomena ini sering disebut dengan site amplification. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis lima parameter site penyebab kerusakan yaitu: Vs30, ketebalan lapisan sedimen, geometri basin, impedance ratio, dan topografi permukaan, serta parameter paling dominan yang menyebabkan terjadinya kerusakan. Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah Data Mikrotremor, dengan pengolahan menggunakan metode HVSR (Horizontal to Vertical Spektral Ratio) dan Inversi kurva HVSR untuk mengidentifikasi struktur geologi bawah permukaan. Hasil penelitian memperlihatkan kesesuaian nilai amplifikasi terhadap distribusi kerusakan. Amplifikasi tinggi memiliki klasifikasi batuan berupa tanah sedang berdasarkan analisis Vs30 dan berada pada lapisan sedimen setebal 50 hingga lebih dari 120 meter. Daerah kerusakan berada diatas titik terdalam basin, sehingga daerah tersebut memiliki nilai bobot tertinggi. Analisis impedance ratio pada daerah kerusakan memiliki nilai rendah. Hal ini dikarenakan padatnya lapisan sedimen pada lapisan terdalam. Analisis topografi permukaan memberikan gambaran bahwa tidak ada pengaruh signifikan dari parameter topografi dikarenakan daerah kerusakan berada pada dataran yang cenderung datar. Dalam kerjadian gempabumi ini parameter yang paling dominan penyebab peningkatan amplifikasi sehingga menimbulkan kerusakan adalah geometri basin.

---

The Yogyakarta earthquake on May 27 2006 caused the most damage and death in the history of Yogyakarta earthquakes. The distribution of earthquake damage occurred in Bantul Regency and its surroundings which are located far from the earthquake epicenter, this phenomenon is often called site amplification. This research aims to analyze five site parameters that cause damage, namely: Vs30, sediment layer thickness, basin geometry, impedance ratio, and surface topography, as well as the most dominant parameters that cause damage. The data used in this research is Microtremor Data, processed using the HVSR (Horizontal to Vertical Spectral Ratio) method and HVSR curve inversion to identify subsurface geological structures. The research results show the suitability of the amplification value to the damage distribution. High amplification has a site classification in the form of medium soil based on Vs30 analysis and is located in sediment layers 50 to more than 120 meters thick. The damage area is above the deepest point of the basin, so this area has the highest weight value. The impedance ratio analysis in the damaged area has a low value. This is due to the dense layer of sediment in the deepest layer. Surface topography analysis shows that there is no significant influence from topographic parameters because the damage area is on a plain that tends to be flat. In this earthquake, the most dominant parameter that caused the increase in amplification to cause damage was the basin geometry."

"Gen cobU Pseudomonas denitriflcans merupakan salah satu gen yang berperan dalam tahap akhir sintesis vitamin B12. Gen cobU menyandi enzim nicotinate nucleotide: dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (NN: DMB1 PRT). Gen cobU Pseudomonas denitriflcans Schlegel BioMCC B12 F942/288 telah diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer-primer spesifik, cobU5 (23 mer) dan cobU6 (23 mer). Kedua primer tersebut memiliki suhu leleli 54° C dan kandungan GC sebesar 56%. Primer-primer didisain berdasarkan publikasi Cameron dkk. (1991). DNA diisolasi dari Pseudomonas denitriflcans Schlegel BioMCC B12 F942/288 menggunakan Wizard Genomic DNA Purification Kit*. Kondisi amplifikasi dioptimasi pada suhu annealing, pada kisaran 50?55° C, suhu optimal yang diperoleh adalah 52° C. Produk amplifikasi dianalisis dengan teknik elektroforesis gel agarosa 1%. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa proses amplifikasi berjalan kurang spesifik, terdapat pita gen cobU dengan ukuran yang diharapkan( 1.124 pb) dan pita-pita lainnya. Hasil tersebut kemudian dipuriflkasi untuk digunakan dalam pengklonaan gen cobU."

"Latar belakang: Diagnosis tuberkulosis (TB), khususnya pada pasien HIV masih merupakan masalah tersendiri, terutama pada daerah dengan sumber daya terbatas. Pemeriksaan mikroskopis hapusan bakteri tahan asam (BTA) merupakan metode yang sederhana dan cepat tetapi hanya mendeteksi 30% -40% kasus Tb sedangkan kultur (baku emas) membutuhkan waktu pemeriksaan yang berminggu-minggu. Metode genotipe (PCR dan isothermal amplification) memiliki sensitivitas yang tinggi dan kerjanya cepat tetapi metode ini masih sangat kompleks dan membutuhkan peralatan khusus. Cross-priming amplification (CPA) merupakan metode amplifikasi DNA secara isothermal dengan menngunakan multiprimer dan enzim polymerase dengan tehnik pembacaan hasil amplifikasi yang sederhana. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaanCPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB tanpa/dengan HIV. Metode: 20 sputum pasien non-HIV tersangka TB dan 37 sputum pasien HIV tersangka TB diperiksa dengan CPA dan PCR TB LMK FKUI. Hasil: Semua yang terdeteksi positif dengan CPA juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 20% hasil yang terdeteksi negatif oleh CPA terdeteksi sebagai positif di PCR dan semua yang terdeteksi negatif oleh PCR terdeteksi negatif juga di CPA sedangkan hasil negatif di CPA (20%) masih terdeteksi positif oleh PCR. Dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien HIV/AIDS tersangka TB paru Terdapat hubungan bermakna antara CPA dengan PCR TB LMK FKUI, hampir semua hasil positif oleh CPA (94.1%) juga dideteksi positif oleh PCR tetapi 30% hasil negatif oleh CPA terdekteksi sebagai positif oleh PCR dan hampir semua hasil negatif oleh PCR (93.3%) terdeteksi negatif juga oleh CPA. Kesimpulan: Terdapat hubungan bermakna antara CPA dan PCR TB LMK FKUI dalam mendeteksi M. tuberculosis pada sputum pasien tersangka TB paru. PCR TB LMK FKUI lebih sensitif dibanding CPA dalam mendeteksi M.tuberculosis.

---

Background: The diagnosis tuberculosis (TB) especialy in HIV patients remains a major obstacle to global control of TB, especially in resource limited settings. Light microscopy in sputum smears as common method in detection acid-fast bacilli (AFB) is specific but it only detects 30% to 40% of TB patients, while culture methods as gold standart in TB diagnostic require several weeks of incubation time. Genotypic method (polymerase chain reaction (PCR) and isothermal amplification) is known very sensitive and works fast but it requires special equipment and complex protocols in amplifying and detection amplified products. Cross-priming amplification (CPA) principle is isothermal amplification using multiple cross-linked primers (six to eight primers) and detection of amplified products is performed on special design plastic which is easy to performed and identified.

Objective: The study aimed to determine difference of PCR and CPA to detect M. tuberculosis in sputum specimens from suspected pulmonary tuberculosis without/with HIV patients.

Methods: 20 sputum samples suspected pulmonary TB of non-HIV patients and 37 sputum samples suspected pulmonary TB of HIV patients were subjected to CPA and PCR TB LMK FKUI.

Results:. All samples which were positive by CPA were also PCR positive but 20% result that were CPA negative were still positive by PCR and all samples with PCR negative were negative detected by CPA while some samples that were negative by CPA were still positive detected by PCR (20%). In HIV/AIDS population, there were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI which all positive result of CPA (94.1%) were also PCR positive but 30% of CPA negative were still CPA positive and almost all of PCR negative (93.3%) were CPA negative.

Conclusion: There were significant correlation between CPA and PCR TB LMK FKUI in ditected of M.tuberculosis in sputum of suspected pulmonary TB in populations of non HIV/AIDS patients and HIV/AIDS patients."

"ABSTRACTAnalisis hazard gempa untuk wilayah Indonesia sudah disusun dalam peraturan gempa Indonesia (SNI-1726-2012) untuk Peak Ground Acceleration (PGA) dan spektrum respons dibatuan dasar, sedangkan aplikasiuntuk disai struktur harus dihitung dipermukaan dengan mempertimbangkan efek tanah lokal. Analisis respon spesifik situs pada empat lokasi yang telah diketahui kondisi tanahnyaberdasarkan hasil uji pengeboran dan standard penetration test (SPT) yaitu di serang, sukabumi, cilacap, dan wonogiri yaitu lokasi stasiun seismografmilik BAdan Meteorologi Klimatologi dan Geofisika (BMKG). Hasil analisis pada seluruh lokasi tersebut diperoleh spektrum respons dipermukaan pada periode 1,0 detik terjadi amplikasi, sedangkan pada PGA dan spektrum respons 0,2 detik terjadi deamplikasi. Bila deibandingkan dengan ASCE-07-10 untuk jenis tanah sedang (SD) memperlihatkan nilai nilai amplifikasi hasil penelitian yang lebih rendah. Hal ini tentunya akan menjadi bahan kajian dan evaluasi lebih lanjut untuk kebutuhan praktis."

"ABSTRAKMelihat serangan DNS Amplification Attack DAA terus melakukan evolusi wujud dan ukuran, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut tentang cara yang efektif dan implementasi yang tepat untuk menangkal serangan tersebut. Penelitian ini berfokus untuk melakukan pendekatan yang sederhana yaitu menggunakan Hop Count dari nilai TTL menggunakan konfirmasi ICMP untuk diimplementasikan di Server DNS Recursive Resolver untuk mengkonfirmasi kesamaan jarak hop antara Server DNS dengan Pengirim DNS Request.Penelitian ini dilakukan dengan menambahkan fungsi whitelist dan blacklist pada algoritma Hop-Count. Penambahan ini disinyalir dapat membuat antisipasi searngan menjadi lebih baik dengan mengurangi dampak ICMP Flooding yang disebabkan oleh konfirmasi Hop Count. Simulasi serangan dilakukan dalam topologi yang dibangun dalam GNS3 dengan memberikan variasi jarak hop count baik dari attacker maupun dari target kepada server DNS.Penelitian ini menyimpulkan bahwa algoritma ini berhasil mencegah serangan DAA secara efektif. Penambahan server yang digunakan pada penelitian ini juga memperlihatkan dampak penambahan efek serangan yang disebabkan olehnya dan berhasil dicegah dan algoritma HC berhasil mencegahnya. Penelitian ini juga berhasil mencegah potensi munculnya serangan ICMP Flooding hingga 99.

---

ABSTRACT As DNS Amplification Attack DAA attack keeps evolving in form and size, it is urge to take further research on how to prevent the attack effectively and using the proper implementation. This research focus to do a simple approach using Hop Count value based on TTL value which utilize ICMP confirmation to be implemented in a DNS Recursive Resolver Server to confirm that DNS Server and DNS Reques sender have the same hop distance.This research is done by adding whitelist and blacklist to Hop Count algorithm. This addition allegedly will reduce ICMP Flooding as the consequences of Hop Count confirmation. The simulation will run in GNS3 based topology which will vary the hop count distance from either attacker or target to DNS Server.This research concluded that our algorithm succeeded preventing the DAA. The increasing number of DNS Server used also showed the increasing of attack size, but the HC algorithm could still manage. This research also manage to prevent the potential ICMP Floodinng up to 99 ."

"Amplifikasi isotermal merupakan metode yang popular pada saat ini sebagai alternatif PCR (polymerase chain reaction) untuk melakukan amplifikasi asam nukleat. Tidak seperti PCR yang memerlukan perubahan suhu siklik, amplifikasi dapat dilakukan pada suhu konstan dalam metode amplifikasi isotermal. Salah satu metode amplifikasi isotermal yang sangat banyak diaplikasikan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Sejak pertama kalinya ditemukan pada tahun 2000, LAMP dimanfaatkan secara luas untuk deteksi berbagai jenis patogen. Dalam penelitian ini, dirancang suatu prototipe yang dapat memfasilitasi reaksi LAMP. Prototipe terdiri dari dua sistem: sistem pemanas yang berfungsi untuk menyediakan suhu konstan 60oC terhadap sampel untuk aplikasi LAMP dan sistem deteksi optik berbasis fluoresens yang digunakan untuk melakukan kuantifikasi intensitas fluoresens dalam 6 tabung sampel 0,5mL dengan kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, 0,1mL, dan 0mL. Agar panas dapat disalurkan sampel dengan baik, dirancang sebuah blok panas (heat block). Selain itu, sebuah housing prototipe juga dirancang untuk menyokong komponen dan mendukung proses deteksi fluoresens. Berdasarkan hasil penelitian ini, sistem pemanas sederhana menggunakan kontrol PID dan blok panas yang dirancang mampu mempertahankan suhu pada setpoint 60oC dan 65oC, sehingga dapat digunakan untuk aplikasi LAMP. Selain itu, sistem optik yang dirancang mampu memfasilitasi proses deteksi optik berbasis fluoresens. Proses kuantifikasi intensitas fluoresens menunjukkan bahwa intensitas emisi fluoresens proporsional terhadap kadar fluorescence agent dalam sampel, dimana sampel dengan total volume 0,5mL pada kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, maupun 0,1mL dapat menghasilkan emisi cahaya dengan nilai keabuan minimal 121,179.

---

Isothermal amplification is a popular method today as an alternative to PCR (polymerase chain reaction) for nucleic acid amplification. Unlike PCR which requires cyclic temperature changes, amplification can be carried out at a constant temperature in the isothermal amplification method. One of the most widely applied isothermal amplification methods is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Since it was first discovered in 2000, LAMP has been widely used to detect various types of pathogens. In this research, a prototype is designed that can facilitate the LAMP reaction. The prototype consists of two systems: a heating system which serves to provide a constant temperature of 60oC to the sample for the LAMP application and a fluorescence-based optical detection system which is used to quantify the fluorescence intensity in 6 sample tubes of 0.5mL with fluorescence agent content of 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, 0.1mL, and 0mL. In order for heat to be transferred to the sample properly, a heat block is designed. In addition, a prototype housing is also designed to support components and support the fluorescence detection process. Based on the results of this study, the designed simple heating system with PID control and heating block are able to maintain a temperature at a setpoint of 60oC dan 65oC, so it can be used for LAMP applications. Moreover, the designed optical system is able to facilitate fluorescence-based optical detection process. The fluorescence intensity quantification process showed that fluorescent emission intensity is proportional to the content of fluorescence agent in the sample, where the sample with total volume of 0.5mL in which the fluorescence agent content is 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, and 0.1mL can generate light emission with gray value of minimal 121.179."

"Monascus sp. isolated from cikapundang river,Bandung was mutated using ethyl methanesulfonate (2.5%,90 min)....."