Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) disebabkan oleh infeksi virus SARS CoV-2, dan telah dilaporkan banyak menyebabkan kematian di berbagai negara. Pada pasien COVID-19, ditemukan perubahan kadar asam amino, baik asam amino esensial maupun non esensial, yang dikaitkan dengan proses inflamasi dan infeksi. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui profil asam amino esensial dan non esensial, serta mengetahui perbedaannya pada pasien terkonfirmasi COVID-19 severe dan non severe. Penelitian dilakukan dengan metode potong lintang di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo dan Laboratorium HGRC pada Januari-Desember 2021. Total subjek adalah 128 subjek, terdiri dari 70 subjek (54,7%) kelompok severe dan 58 subjek (45,3%) kelompok non severe. Profil asam amino pada pasien terkonfirmasi COVID-19 severe dan non-severe, secara klinis ditemukan sedikit perbedaan dengan rentang effect size d 0,08-0,48. Tidak terdapat perbedaan bermakna keseluruhan profil asam amino antara kelompok severe dan non severe (p>0,05). Temuan ini diharapkan dapat memberi kontribusi dalam proses penyembuhan pasien terutama pada kondisi infeksi/inflamasi akut, serta menurunkan angka morbiditas dan mortalitas melalui penambahan asupan makanan atau terapi suplementasi potensial pada penderita dengan kadar asam amino yang lebih rendah ......Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) is an infection, caused by SARS CoV-2 virus infection, and had been reported that cause death in many countries. Patients with COVID-19 infection, could have amino acid alteration, both in essential and non essential, which are associated in inflammation and infectious processes. The main objective of this study, was to know the essential and non essential amino acid profile, and to determine the differences in severe and non severe COVID-19 patients. This cross sectional study was conducted at Dr. Cipto Mangunkusumo National Central Public Hospital and HGRC Laboratory, from January-December 2021. There were 128 subjects, consisted of 70 subjects (54.7%) in severe group and 58 subjects (45.3%) in non severe group. The amino acid profile in severe and non-severe COVID-19 patients, clinically were found slight different, with the effect size range d 0.08-0.48. There was no significant difference in all amino acid, between severe and non severe group (p>0.05). These findings were expected to contibute in recovery process especially in infection/acute inflammation state, decreased the morbidity and mortality, through additional intake and potential supplementation therapy in lower amino acid patients.

Abstrak :
Cases of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Indonesia are still increasing and even higher in the last few weeks. Contact tracing and surveillance are important to locate cases in the community, including asymptomatic individuals. Diagnosis of COVID-19 depends on the detection of viral RNA, viral antigen, or indirectly, viral antibodies. Molecular diagnosis, using real time, reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), is the common standard method; however, it is not widely available in Indonesia and requires a high standard laboratory. Rapid, point-of-care antibody testing has been widely used as an alternative; however, interpretation of the results is not simple and now it is no longer used by the Indonesian government as a screening test for people travelling between locations. Thus, the rapid antigen detection test (Ag-RDT) is used by the Indonesian government as a screening test for travellers. As a result, many people buy the kit online and perform self-Ag-RDT at home. This raises the question of how safe and accurate it is to perform self-Ag-RDT at home. Before a test is applied, it is suggested to research its sensitivity and specificity, as compared to gold standard, and its limitations. In this article, laboratory diagnosis of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is discussed, with an emphasis on Ag-RDT and the recommendation to use it properly in daily practice.

Abstrak :
SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA. ......SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine.

Abstrak :
3-Chymotrypsine-Like Protease (3CLpro) adalah enzim yang memiliki fungsi utama dalam siklus hidup Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Enzim ini dapat digunakan sebagai target protein untuk mencari obat baru. Tanaman herbal diharapkan memiliki kontribusi besar dalam pencegahan dan pengobatan Corona Virus Disease 2019 (COVID-19), karena banyak tanaman herbal mungkin memiliki afinitas yang kuat terhadap 3CLpro dalam pengobatan COVID-19. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menguji aktivitas penghambatan, komponen fitokimia, dan antioksidan ekstrak sembilan tanaman herbal yang diekstraksi dengan metode Ultrasound Assisted Extraction (UAE) yang berpotensi menghambat rekombinan SARS-CoV-2 3CLpro secara in vitro. Sebagai hasilnya, dapat digunakan untuk menemukan kandidat obat baru untuk terapi COVID-19. Penentuan aktivitas antioksidan menggunakan metode DPPH dan ABTS, total polifenol dan total flavonoid menggunakan metode Folin Ciocalteu dan quercetin. Dari sembilan tanaman herbal yang diuji, daun Jamblang (Syzygium cumini) memiliki aktivitas penghambatan paling aktif dengan nilai penghambatan 3CLpro (IC50 = 226 μg/ml) dengan total polifenol 413±1,83 mg GAE/g ekstrak dan total flavonoid sebesar 12,09 ±0,03 mg QE/g ekstrak. Pengukuran aktivitas antioksidan dengan DPPH diperoleh nilai IC50 sebesar 3,75 ± 0,01 μg/ml, dan dengan ABTS diperoleh nilai IC50 4,43±0,06 μg/ml. Hal ini menunjukkan bahwa daun Jamblang bisa menjadi sumber potensial anti-COVID. ......The 3-chymotrypsin-like protease (3CLpro) is an enzyme that has a major function in the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) life cycle. It has the potential to be used as a protein target in the search for novel medications. Herbal plants contribute to the prevention and treatment of the 2019 coronavirus disease (COVID-19), as many of them might have a strong affinity for 3CLpro in the treatment of COVID-19. This study was aimed at screening nine herbal plant extracts for their potential in inhibiting recombinant SARS-CoV-2’s 3CLpro, as well as determining the phytochemical components and antioxidant activity of the most effective extract. Extracts were prepared from Phyllanthus niruri, Sonchus arvensis, Clitoria terntea, Caesalpinia sappan, Syzygium polyanthum, Psidium guajava, Averrhoa carambola, Andrographis paniculata, and Syzygium cumini. The extracts were used to perform the 3CLpro enzyme inhibition assay. The total phenolic content (TPC) and total flavonoid content (TFC) were determined from the extract with the most inhibitory activity. The DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl) and ABTS (2,2'-azinobis [3-ethylbenzothiazoline-6-sulphonic acid]) methods were utilized for estimating the antioxidant activity of the extract. From the nine herbal plants screened, Syzygium cumini had the most effective inhibitory activity with a value of 3CLpro (IC50 = 226 μg/ml). The TPC and TFC were 413±1.83 mgGAE/g extract and 12.091±0.037 mgQE/g extract, respectively. The IC50 values for the antioxidant activity recorded for the DPPH and ABTS methods were 3.75±0.0149 and 4.43±0.06 μg/ml, respectively. The findings of this study suggest that Syzygium cumini leaves could be a potential source of COVID-19 medication.

Abstrak :
SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Sampai saat ini, telah muncul banyak lineage dengan karakter yang berbeda, dan beberapa diantaranya memiliki infektifitas lebih tinggi dibandingkan lineage lainnya. Perubahan nukleotida akibat mutasi menjadi penyebab munculnya lineage baru Dalam penelitian ini, telah dilakukan analisa untaian gen SARS-CoV-2 yang berasal dari beberapa lineage berbeda, yang dilanjutkan dengan analisa epitop sel B, dan sel T. Setelahnya, dilakukan desain vaksin menggunakan epitop terbaik dan dihubungkan dengan linker yang berupa asam gabungan asam amino, yang kemudian dilanjutkan dengan analisa fisikokimia dan alergenisitas kandidat vaksin. Setelahnya, kandidat vaksin dilanjutkan ke tahap simulasi molecular docking. Berdasarkan hasil yang diperoleh dari penelitian ini, terdapat 2 epitop 9-mer HLA kelas I dan 7 epitop 15-mer HLA kelas II yang dapat digunakan untuk mencakup seluruh untaian yang terpilih. Vaksin kandidat yang terpilih disusun dengan menggunakan linker tertentu dan epitop yang telah diperoleh sebelumnya. Dari simulasi molecular docking yang telah dilakukan dari vaksin kandidat terhadap 3 reseptor antigenik, diperoleh hasil simulasi berupa energi center kompleks sebesar -1161,4 kkal/mol (TLR-3), -1034,1 kkal/mol (HLA-C*14:02), -1064,3 kkal/mol (HLA-DRB1*07:01). ......SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since late 2019. The virus has spread widely in the world due to its high infectivity. To date, many lineages have emerged with different characters, and some of them have higher infectivity than other lineages. Nucleotide changes due to mutations are the cause of the emergence of new lineages In this study, the SARS-CoV-2 gene strands from several different lineages were analysed, followed by epitope analysis of B cells and T cells. After that, vaccine design was carried out using the best epitopes and connected with a linker in the form of an amino acid combination, followed by physicochemical and allergenicity analysis of vaccine candidates. After that, the vaccine candidate is continued to the molecular docking simulation stage. Based on the results obtained from this study, there are 2 9-mer HLA class I epitopes and 7 15-mer HLA class II epitopes that can be used to cover all selected strands. The selected candidate vaccines were prepared using specific linkers and previously obtained epitopes. From the molecular docking simulation of the candidate vaccines against 3 antigenic receptors, the simulation results showed the centre complex energy of -1161.4 kcal/mol (TLR-3), -1034.1 kcal/mol (HLA-C*14:02), -1064.3 kcal/mol (HLA-DRB1*07:01).

Abstrak :
Infeksi Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) pada derajat berat dan kritis dapat menyebabkan kejadian sindrom badai sitokin, dimana jika tidak ditangani secara tepat dapat menyebabkan kegagalan multiorgan. Tocilizumab merupakan antagonis reseptor IL-6 yang telah disetujui dan disarankan sebagai pengobatan untuk menurunkan mortalitas yang disebabkan oleh kejadian sindrom badai sitokin. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis efektivitas dan kejadian peningkatan enzim transaminase pada pasien terkonfirmasi COVID-19 di Rumah Sakit Universitas Indonesia dengan terapi tocilizumab. Penelitian ini dilakukan secara observasional retrospektif dengan desain cross-sectional di Rumah Sakit Universitas Indonesia tahun 2020-2021 dengan teknik total sampling. Pada penelitian ini sejumlah 68 pasien memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi, sebagian besar pasien yang menerima terapi tocilizumab adalah laki-laki (58.8%), bergolongan darah B dan O (masing-masing 33.8%), memiliki komorbid hipertensi (47.1%), dan menerima terapi remdesivir (69.1%). Sebanyak 47 dari 68 pasien (69.12%) mengalami kejadian peningkatan enzim transaminase setelah pemberian tocilizumab. Pasien yang menerima terapi tocilizumab lebih banyak mengalami perburukan (55.9%) berdasarkan WHO Clinical Progression Scale tetapi lebih banyak yang mengalami perbaikan (66.2%) berdasarkan nilai CRP. Karakteristik pasien yang berpengaruh terhadap keberhasilan terapi tocilizumab adalah komorbid obesitas (OR: 1.745, 95% CI: 1.196-2.546; P = 0.015) berdasarkan WHO Clinical Progression Scale, golongan darah AB (OR: 3.647, 95% CI: 2.433-5.468; P = 0.001) dan O (OR: 5.333, 95% CI: 1.385-10.541; P = 0.014), serta terapi remdesivir (OR: 3.208, 95% CI: 1.091-9.434; P = 0.050) berdasarkan nilai CRP, serta terapi komorbid diabetes mellitus (OR: 0.208, 95% CI: 0.071-0.610; P = 0.005) berdasarkan Length of Stay (LOS). ......Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection in severe and critical state can cause the occurrence of cytokine storm syndrome, if this condition not treated properly it can cause multi-organ failure. Tocilizumab is an IL-6 receptor antagonist that has been approved and suggested as a treatment to reduce mortality caused by the occurrence of cytokine storm syndrome. This study aims to analyze the effectiveness and incidence of elevated transaminase enzymes in COVID-19 patients at Universitas Indonesia Hospital receiving tocilizumab therapy. This research was conducted retrospectively observational with cross-sectional design at Universitas Indonesia Hospital in 2020-2021 using total sampling. In this study a total of 68 patients met the inclusion and exclusion criteria, the majority of patients who received tocilizumab therapy were male (58.8%), blood group B and O (33.8% each), had comorbid hypertension (47.1%), and receiving remdesivir therapy (69.1%). 47 of 68 patients (69.12%) experienced elevated transaminase enzymes after tocilizumab administration. Patients who received tocilizumab therapy experienced more worsening (55.9%) based on the WHO Clinical Progression Scale but more experienced improvements (66.2%) based on CRP values. Patient characteristics that influence the effectiveness of tocilizumab therapy are comorbidities, obesity (OR: 1.745, 95% CI: 1.196-2.546; P = 0.015) based on WHO Clinical Progression Scale, blood type AB (OR: 3.647, 95% CI: 2.433-5.468; P = 0.001) and O (OR: 5.333, 95% CI: 1.385-10.541; P = 0.014), remdesivir therapy (OR: 3.208, 95% CI: 1.091-9.434; P = 0.050) based on CRP level, and diabetes mellitus (OR: 0.208, 95% CI: 0.071-0.610; P = 0.005) based on Length of Stay (LOS).

Abstrak :
Latar Belakang: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) adalah penyakit infeksi saluran pernapasan yang pertama kali ditemukan di Wuhan. Sejak ditetapkan sebagai pandemi oleh WHO hingga 3 Juli 2021 terdapat sebanyak 183.098.615 kasus terkonfirmasi positif COVID-19 dengan jumlah kematian sebesar 3.964.145 kasus di seluruh dunia. Secara etiologi COVID-19 disebabkan oleh varian coronavirus baru yang dikenal sebagai SARS-CoV-2. Individu yang terinfeksi SARS-CoV-2 sebagian besar mengalami gejala ringan atau asimtomatik. Namun, pada sebagian orang dengan usia lanjut dan mengidap penyakit komorbid manifestasi gejala berat lebih sering ditemui. Salah satu faktor yang berkaitan terhadap manifestasi COVID-19 adalah respons imun host. Molekul sitokin merupakan protein yang berperan untuk mengaktifkan mekanisme perlawanan terhadap virus. Pengetahuan tentang profil imunitas yang diperantarai oleh sitokin dari saluran napas atas masih sangat sedikit sekali yang dipelajari. Penentuan biomarker yang dapat dijadikan penanda keparahan juga perlu untuk diketahui. Metode: Sampel swab NP diperoleh dari pasien terkonfirmasi positif COVID-19. Subjek dibagi menjadi 2 kategori berdasarkan manifestasi COVID-19 gejala ringan dan berat. Kadar sitokin (pg/ml) IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A, dan GMCSF dianalisis dari sampel swab NP menggunakan Luminex® assay. Hasil: Faktor demografi seperti usia (p=0,024) dan komorbid (p=0,017) secara signifikan berperan dalam menentukan keparahan gejala pada pasien COVID-19. Kadar (pg/ml) IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A, dan GMCSF antara kedua kelompok pasien COVID-19 gejala ringan dan berat tidak berbeda signifikan. Namun demikian, terdapat kecenderungan bahwa kadar (pg/ml) IL-2, IL-4, IL-13, dan GMCSF meningkat pada kelompok pasien COVID-19 gejala berat. Sedangkan, kadar (pg/ml) IL-10 dan IL-17A cenderung menurun pada pasien COVID-19 yang bergejala berat. Selain itu, rasio antara IL-2/IL-10 secara signifikan (p=0,004) lebih tinggi pada pasien COVID-19 gejala berat. Sebanyak 65,7% pasien COVID-19 dengan gejala berat memiliki nilai rasio IL-2/IL-10 yang tinggi. Kesimpulan: Kadar sitokin (pg/ml) IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A dan kemokin GMCSF (pg/ml) dari sampel swab NP dapat terdeteksi menggunakan Luminex® assay. Rasio kadar sitokin IL-2/IL-10 dapat dijadikan sebagai kandidat biomarker keparahan infeksi COVID-19 di masa mendatang. ......Background: Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a respiratory tract infectious disease. Since the outbreak in Wuhan, COVID-19 was declared as a pandemic by WHO. Data from July 3rd, 2021, showed that there have been 183,098,615 confirmed positive cases of COVID-19 with a death toll of 3,964,145 worldwide. Etiologically COVID-19 is caused by the new coronavirus known as SARS-CoV-2. The majority of people infected with SARS-CoV-2 experience mild symptoms or even are asymptomatic. However, for some people with older age and having comorbid diseases, severe manifestations are very common. Host immune response is one of the factors which affect disease severity. Playing a vital role in activating the immune system against viruses, cytokine protein can also contribute to the severity. Currently, very little is known about the profile of cytokine-mediated immunity from the upper respiratory tract. This research is aimed to find a potential candidate of biomarkers to predict severity in the early phase of COVID-19 infections. Methods: NP swab samples were obtained from patients who were positively confirmed for COVID-19. Subjects were divided into 2 categories based on the manifestation as mild or severe symptoms of COVID-19. Cytokine levels (pg/ml) of IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A, and GMCSF were analyzed from NP swab samples using Luminex® assay. Results: Demographic factors such as age (p=0.024) and comorbidities (p=0.017) significantly played a role in determining severity of COVID-19 patients. The levels (pg/ml) of IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A, and GMCSF between the two groups of patients with mild and severe COVID-19 symptoms were not significantly different. However, there was a tendency that the levels (pg/ml) of IL-2, IL-4, IL-13, and GMCSF to increase in the group of patients with severe COVID-19 symptoms. Meanwhile, levels (pg/ml) of IL-10 and IL-17A tend to decrease in COVID-19 patients with severe symptoms. In addition, the ratio of IL-2/IL-10 was significantly (p=0.004) higher in severe COVID-19 patients. A total of 65.7% of COVID-19 patients with severe symptoms had high values of IL-2/IL-10 ratio. Conclusion: Cytokine levels (pg/ml) of IL-2, IL-4, IL-10, IL-13, IL-17A, and GMCSF from NP swab samples can be detected using the Luminex® assay. The ratio of IL-2/IL-10 cytokine levels can be used as a biomarker candidate to predict severity for COVID-19 infection in the future.

Abstrak :
COVID-19 merupakan penyakit yang sangat cepat menular, disebabkan oleh virus Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Pada awal tahun 2020 dunia dikejutkan dengan keberadaan virus baru yang berasal dari Tiongkok ini. Virus ini diduga pertama kali menular melalui kelelawar yang dijual di pasar tradisional di Wuhan, Provinsi Hubei, Tiongkok. Namun sampai saat ini belum diketahui perantara yang bertanggung jawab atas penularan dari hewan ke manusia. Walaupun belum diketahui perantara penularan dari hewan ke manusia, kini virus tersebut menular dengan cepat dari manusia ke manusia dan membuat lumpuh sebagian besar negara di dunia. Seperti namanya, virus ini menyerang saluran pernafasan terutama paru-paru. Tidak hanya paru-paru, virus ini juga dapat menargetkan organ lain yang memiliki ACE2, seperti ginjal. Di ginjal, banyak ditemukan ACE2 terutama pada bagian tubulus. Tujuan penulisan ini adalah untuk mengulas sejumlah pustaka mengenai virus SARS-CoV-2 dan kaitannya dengan penurunan fungsi ginjal. Sumber pustaka dicari dengan kata kunci COVID-19 SARS-CoV-2, COVID-19 and kidney, COVID-19 and ACE2, ACE2 and kidney, serta SARS-CoV-2 and kidney. Sumber pustaka yang digunakan adalah yang sumber dengan Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris. Beberapa data dari rumah sakit menunjukkan penurunnan fungsi ginjal pada beberapa pasien COVID-19 dan dapat berpengaruh pada kematian pasien. Salah satu hasil penelitian tersebut melampirkan hasil analisis imunohistokimia, menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat menyebabkan nekrosis pada tubulus.

Abstrak :
Coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit pernapasan menular yang disebabkan oleh jenis coronavirus baru. Penyakit ini sebelumnya disebut dengan 2019-nCoV atau 2019 novel coronavirus. Virus penyebab COVID-19 ini adalah SARS-CoV-2. Terdapat varian SARS-CoV-2 lain yang memiliki potensi berdampak besar bagi kesehatan masyarakat seperti Lambda dan Mu. Ada pula kelompok varian SARS-CoV-2 under monitoring yang belum diketahui dampak dan bentuk penyebarannya di tingkat masyarakat. Kappa, Iota, dan Epsilon merupakan beberapa contoh varian yang termasuk ke dalam kelompok tersebut. World Health Organization (WHO) terus melakukan pengawasan kemunculan varian SARS-CoV-2 yang baru. Varian SARS-CoV-2 yang telah diketahui penularan dan dampaknya cukup signifikan pada masyarakat hingga saat ini adalah Alpha, Beta, Delta, Gamma, dan Omicron. Penelitian ini menggunakan data dari kelima varian SARS-CoV-2 tersebut. Penelitian ini mengimplementasikan program unsupervised dari machine learning yaitu simulasi proses clustering untuk mengelompokkan varian SARS-CoV-2. Dilakukan ekstraksi fitur terhadap data sekuens protein SARS-CoV-2 menggunakan package discere dalam bahasa pemrograman Python. Melalui proses ekstraksi fitur dihasilkan 27 fitur data sekuens protein SARS-CoV-2 yang siap digunakan. Elbow method kemudian diimplementasikan terhadap data untuk mengetahui jumlah pembentukan cluster yang optimal untuk digunakan pada clustering. Berdasarkan elbow method didapatkan jumlah cluster optimal untuk simulasi clustering sebanyak  dan dilakukan juga simulasi dengan  untuk memberi kesempatan kepada seluruh varian untuk membentuk clusternya sendiri.  Metode clustering yang digunakan pada penelitian ini adalah spectral clustering. Cluster yang dihasilkan kemudian dievaluasi menggunakan metrik evaluasi silhouette score serta melihat runtime pada setiap simulasi yang dilakukan. Hasil silhouette score untuk simulasi dengan  bernilai 0,614 dan untuk simulasi dengan  yang bernilai 0,631. Durasi rata-rata runtime mencatat bahwa simulasi dengan  dengan 6,566 detik lebih baik dibanding simulasi dengan  dengan 7,529 detik. Berdasarkan hasil tersebut, spectral clustering dapat dilakukan terhadap varian SARS-CoV-2 dengan pemilihan jumlah cluster  menggunakan elbow method. ...... Coronavirus disease (COVID-19) is an infectious respiratory disease caused by a new type of coronavirus. This disease was previously called 2019-nCoV or 2019 novel coronavirus. The virus that causes COVID-19 is the SARS-CoV-2. There are several variants of SARS-CoV-2 that have the potential to have a major impact on public health, such as Lambda and Mu. There is also a group of variants of SARS-CoV-2 under monitoring whose impact and form of spread are unknown at the community level. Kappa, Iota, and Epsilon are some examples of variants that belong to this group. The World Health Organization (WHO) continues to monitor the emergence of a new variant of SARS-CoV-2. The variants of SARS-CoV-2 that are known to transmit and have a significant impact on society so far are Alpha, Beta, Delta, Gamma and Omicron. This study uses data from that five variants of SARS-CoV-2. This study implements an unsupervised program from machine learning, which is a simulation of the clustering process to group variants of SARS-CoV-2 . Feature extraction was carried out on the SARS-CoV-2 protein sequence data using discere package in the Python programming language. Through the feature extraction process, 27 features of the SARS-CoV-2 protein sequence data were produced which were ready for use. The elbow method is then implemented on the data to find out the optimal number of cluster formations for use in clustering. Based on the elbow method, the optimal number of clusters for the clustering simulation is  and a simulation with  is also carried out to provide an opportunity for all variants to form their own clusters. The clustering method used in this study is spectral clustering. The resulting clusters are then evaluated using the silhouette score evaluation metric and looking at the runtime in each simulation that is performed. The results of the silhouette score for the simulation with  is worth 0.614 and for the simulation with  it is worth 0.631. The average duration of the runtime noted that the simulation with  with 6.566 seconds was better than the simulation with  with 7.529 seconds. Based on these results, spectral clustering can be carried out on the SARS-CoV-2 variant by selecting the number of  clusters using the elbow method.

Abstrak :
Latar Belakang. Pandemi COVID-19 yang terjadi sejak akhir tahun 2019 telah menginfeksi puluhan juta orang di di dunia, termasuk di Indonesia. Tes pemeriksaan PCR sebagai tes standar untuk diagnosis merupakan salah satu upaya pencegahan sekunder penting untuk mencegah penyebaran penyakit, mengetahui besar masalah dan pengambilan keputusan segera untuk upaya pencegahan selanjutnya. Adanya jeda waku yang panjang untuk menunda pemeriksaan diagnosis PCR ini berpotensi menimbulkan penyebaran virus yang lebih luas dan kemungkinan kesalahan diagnosis. Tujuan. Mengetahui gambaran jeda waktu diagnosis pasien COVID-19 dan faktor-faktor pasien yang berpengaruh. Metode Penelitian. Penelitian dilakukan dengan Sumber data Rekam Medis pasien rawat inap COVID-19 tahun 2020 di Rumah Sakit Universitas Indonesia dengan pendekatan cross sectional. Total sampling dilakukan dengan menerapkan kriteria inklusi dan eksklusi. Hasil. Dari 254 subjek penelitian, laki-laki lebih banyak (55.1%). Panjang jeda waktu diagnosis di luar fasilitas pelayanan kesehatan median 6 hari, di fasilitas pelayanan kesehatan 1 hari, dan total 7 hari. Jumlah pasien terlambat di luar fasilitas pelayanan ksesehatan lebih banyak dibandingn dengan terlambat di dalam fasilitas pelayanan kesehatan (80.7% vs. 5.7%). Dari uji chi-square, faktor yang berhubungan dengan keterlambatan diagnosis yaitu jenis kelamin (p=0.013), umur (p=<0.01), status perkawinan (p=0.021), pendidikan (p=0.024), riwayat kontak (p=0.031), dan gejala (p=0.003). Kesimpulan. Ada hubungan antara keterlambatan diagnosis COVID-19 dengan beberapa faktor demografi dan faktor penyakit pasien. ......Background. The COVID-19 pandemic that has occurred since the end of 2019 has infected tens of millions of people worldwide, including in Indonesia. PCR test as a standard test for diagnosis is one of the important secondary prevention efforts to prevent the spread of the disease, find out the magnitude of the problem and make immediate decisions for further prevention. This long delay in delaying PCR diagnosis may represent a wider spread of the virus and a possible misdiagnosis. Objective. To find out the description of the time lag in the diagnosis of COVID-19 patients and the factors that influence it Research methods. The study was conducted using Medical Record data sources for COVID-19 inpatients in 2020 at the Universitas Indonesia Hospital with a cross sectional approach. Total sampling was done by applying inclusion and exclusion criteria. Results. Of the 254 research subjects, more men (55.1%). The length of time delay for diagnosis outside health care facilities is a median of 6 days, at a health service facility 1 day, and a total of 7 days. The number of late patients outside health care facilities was higher than those late in health care facilities (80.7% vs. 5.7%). From the chi-square test, factors associated with late diagnosis were gender (p=0.013), age (p=<0.01), marital status (p=0.021), education (p=0.024), contact history (p=0.031), and symptoms (p=0.003). Conclusion. There is a relationship between the delay in the diagnosis of COVID-19 with several demographic factors and patient disease factors.