Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar Belakang. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) sampai sekarang masih menjadi ancaman kesehatan global. Baku emas diagnosis COVID-19 adalah pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring. Pengambilan sampel dengan cara ini memiliki kekurangan seperti rasa tidak nyaman pada pasien, risiko perdarahan, dan risiko paparan pada tenaga medis. Saliva merupakan salah satu alternatif sampel yang bisa digunakan untuk tujuan ini. Tujuan. Mengetahui sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, nilai duga negatif, dan akurasi RTPCR saliva. Metode. Penelitian potong lintang pasien dewasa suspek COVID-19 pada April-Juni 2021 di instalasi gawat darurat rumah sakit Siloam Lippo Village. Pasien yang memenuhi syarat dan menyatakan setuju dilakukan pemeriksaan RT-PCR dari sampel usap nasofaring dan saliva. RTPCR dikerjakan dengan menilai gen N dan gen ORF1AB menggunakan alat Rotorgen QPlex-5Plus dengan batas positif CT Value < 40. Hasil. Sebanyak 126 pasien suspek COVID-19 yang eligible ikut penelitian selama periode studi. Enam pasien menolak mengikuti penelitian. Analisis akhir dikerjakan pada 120 pasien dengan proporsi laki-laki 42,5% dan median usia 50 tahun. Hasil RT-PCR positif ditemukan pada 69 (57,5%) sampel saliva dan 75 (62,5%) sampel usap nasofaring. Sensitivitas uji RT-PCR COVID19 dari sampel saliva adalah 86,67% (95% CI 76,84- 93,42), spesifisitasnya 91,11% (95% CI 78,78- 97,52). Nilai NDP yang didapat adalah 94,20% (95% CI 86,39-97,65) dan nilai NDN yang didapat 80,39% (95% CI 69,57-88,03). Akurasi yang didapat adalah 88,33% (95% CI 81,2093,47). Rerata CT value RT-PCR dari sampel saliva lebih tinggi dibandingkan sampel nasofaring, baik pada gen N (mean saliva 26,22 vs nasofaring 22,18; p= 0,01) maupun ORF1AB (mean saliva 26,39 vs nasofaring 23,24; p= 0,01). Simpulan. Saliva yang diambil dengan metode drooling merupakan sampel yang akurat untuk pemeriksaan RT-PCR COVID-19.

---

Background. Coronavirus Disease-19 (COVID-19) is still a global health problem. Diagnostic gold standard for COVID-19 is RT-PCR of the nasopharyngeal swab specimen. However, this method has several issues such as patient’s discomfort, risk of bleeding, and risk of exposure to examiner. Saliva is a viable alternative sample for this examination. Aim. To find out the sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, and accuracy of saliva RT-PCR. Method. Crossectional study in adult patient with suspect ofCOVID-19 during April-June 2021 in emergency unit Lippo Village Hospital. Eligible and agreed patient are examined with RT-PCR from nasopharyngeal swab and saliva. RT-PCR was done by targeting gene N and ORF1AB using Rotorgen QPlex-5-Plus with CT value cut off 40. Result. A total of 126 suspected COVID-19 cases were admitted to ER during study period. Six patients were disagree to join. Final analysis was carried out on 120 patients (42.5% male, media age 60). Positive RT-PCR was found in 69 (57.5%) saliva specimens and 75 (62.5%) nasopharyngeal specimens. Sensitivity of saliva specimens was 86.67% (95% CI 76.84- 93.42), with specificity of 91.11% (95% CI 78.78-97.52). NDP of saliva was 94.20% (95% CI 86.39-97.65) with NDN of 80.39% (95% CI 69.57-88.03). Saliva’s accuracy was 88.33% (95% CI 81.20-93.47). Mean CT value of saliva specimens was higher than nasopharyngeal specimens in both gene N (mean saliva 26.22 vs nasopharyngeal 22.18; p= 0.01) and ORF1AB (mean saliva 26.39 vs nasopharyngeal 23.24; p= 0.01). Conclusion. Saliva collected with drooling method is an accurate sample for COVID-19 RT-PCR."

"Latar Belakang : Pasien yang terinfeksi COVID-19 sering menunjukkan gejala pencernaan. Dalam beberapa penelitian telah menemukan RNA SARS CoV-2 dalam spesimen faecal pasien yang terinfeksi. Tujuan : Mengetahui nilai RT-PCR faecal dan membandingkannya dengan RT-PCR naso-orofaring sebagai standar emas pada pasien COVID-19. Metode : Penelitian ini adalah studi deskriptif observasional, mendeteksi partikel virus melalui pemeriksaan RT-PCR pada faecal pasien COVID-19 yang dirawat di rumah sakit. Penelitian dilakukan di Rumah Sakit Nasional Dr. Cipto Mangunkusumo, Rumah Sakit Mitra Keluarga Depok, Rumah Sakit Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan Rumah Sakit Ciputra, Indonesia. Swab naso-oro-orofaringeal dan spesimen feses dikumpulkan untuk deteksi RNA SARS CoV-2. Hasil : Diperoleh 98 sampel. Dalam penelitian ini memiliki nilai sensitifitas yang rendah (38,10%) juga nilai NPV (20,00%). Namun memiliki spesifisitas tinggi (92,86%) juga nilai PPV (96,97%). Kesimpulan : Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil positif pada pemeriksaan RT-PCR faecal  sangat baik digunakan untuk membantu menegakkan diagnosis COVID-19. Namun hasil negatif tidak dapat digunakan untuk menyingkirkan COVID-19. Oleh karena itu, pemeriksaan RT-PCR faecal merupakan tes yang sangat baik sebagai tes konfirmasi COVID-19.  RT-PCR faecal kurang tepat jika digunakan sebagai tes pada awal masuk pasien COVID-19 (screening), RT-PCR swab naso-orofaring masih lebih baik digunakan sebagai standar diagnostik (screening) untuk COVID-19.

---

Background: Patients infected by COVID-19 also show gastrointestinal.  In some studies have found  SARS CoV-2 RNA in faecal specimens of infected patients. Aims: This study will test the performance of faecal reserve transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) when compared with naso-oropharyngeal swab RT-PCR as the gold standard test in COVID-19. Materials and Methods: This is an observational descriptive study by detection viral particle  by  RT-PCR on faecal from patients which suspected or probable cases of hospitalized COVID-19 infection, conducted in Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital, Mitra Keluarga Depok Hospital, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital, Indonesia. Naso-oropharyngeal swab and faecal spesimens were collected for RNA SARS CoV-2 detection. Results: We analized 98 subjects. Sensitivity and specificity of faecal were 38,10% and 92,86%, the positive and negatif predictive value were 96,97% and 20,00%. Conclusion: Faecal specimen has low sensitivity value (38.10%) and NPV (20.00%). However, it has a high specificity (92.86%) and PPV (96.97%). Positive results were very well used to help enforce the diagnosis of COVID-19, but negative results cannot be used to exlude COVID-19. This is an excellent test as a confirmation test of COVID-19, but may not be used as an additional test at beginning of diagnostik COVID-19 patients."

"Penelitian mengenai tingkat ekspresi gen identitas bunga (SEPALLATA) dilakukan pada tiga bagian Hibiscus rosa-sinensis l., yaitu daun, epicalyx, dan kelopak bunga. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekpresi gen SEPALLATA pada epicalyx. Analisis tingkat ekspresi dilakukan secara kualitatif dengan metode two-steps RT-PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis agarosa. Metode modified-CTAB digunakan untuk isolasi RNA H. rosa-sinensis dan dilanjutkan dengan pemberian perlakuan DNase untuk menghilangkan gDNA yang masih tersisa. Selanjutnya, RNA diubah menjadi cDNA dengan metode Reverse Transcription dan diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan adanya hasil amplifikasi SEPALLATA pada epicalyx menggunakan primer GH7SEP1, namun tidak pada epicalyx menggunakan primer GH1SEP1. Konfirmasi menggunakan primer GH7SEP1 forward dan GH1SEP1 reverse tidak menunjukkan adanya hasil amplifikasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa hasil amplifikasi yang didapatkan menggunakan baik primer GH1SEP1 maupun GH7SEP1 diduga kuat teramplifikasi dari gen SEPALLATA.

---

Research on floral-identity gene (SEPALLATA) expression level has been done in three parts of Hibiscus rosa-sinensis; they are leaves, epicalyx and calyx. This research was conducted to observe expression of the SEPALLATA gene in epicalyx. The expression level analysis was done qualitatively by the two-steps RT-PCR and visualized using agarose electrophoresis. Hibiscus rosa-sinensis RNA was isolated using the modified-CTAB method and continued by DNase-treatment to eliminate gDNA in mixture. Furthermore, RNA was used to make cDNA using the Reverse Transcription method and amplified using the PCR method by specific primers. The result showed the presence of SEPALLATA amplification in epicalyx using GH7SEP1 primer, yet not on epicalyx using GHSEP1 primer. Confirmation using GH7SEP1 forward primer and GH1SEP1 reverse primer did not show any amplification. Sequencing and alignment results suggested that amplifications using GH1SEP1 or GH7SEP1 were allegedly, of which amplified from SEPALLATA gene."

"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021. Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.

---

Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.

Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.

Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.

Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021."

"Leukemia mieloblastik akut (LMA) merupakan kelainan sel punca hematopoetik yang dikarakterisasi oleh ekspansi progenitor mieloid yang tidak terdiferensiasi. Mutasi NPM1 ekson 12 merupakan perubahan genetik yang paling sering diketahui pada pasien LMA dengan kariotipe normal. Saat ini belum ada penelitian tentang mutasi ekson 12 gen NPM1 tipe A pada populasi Indonesia, sehingga belum ada data dan laporan mengenai mutasi ekson 12 gen NPM1 tipe A pada populasi orang Indonesia. Penelitian ini memiliki tujuan umum yaitu mengetahui karakteristik mutasi ekson 12 gen NPM1 pada pasien LMA dewasa di RSCM dan RSKD dan tujuan khusus yaitu mengetahui frekuensi kejadian mutasi tipe A pada ekson 12 gen NPM1 dan mengetahui benar atau tidaknya bahwa mutasi tersebut ditemukan pada pasien LMA dewasa di RSCM dan RSKD dengan kariotipe normal. Penelitian bersifat deskriptif dengan desain potong lintang. Sampel diperiksa dengan teknik ASO-RT-PCR dan hasil negatif dilanjutkan dengan seminested-ASO-RT-PCR. Hasil penelitian memperlihatkan 8 sampel (24,24%) dari total 33 sampel terdeteksi positif mengalami mutasi tipe A dan mutasi tersebut lebih banyak ditemukan pada pasien LMA dewasa di RSCM dan RSKD dengan kariotipe abnormal. Saran dari penelitian ini yaitu perlu dilakukan studi dengan jumlah sampel lebih banyak dan perlu dilakukan sequencing untuk mengetahui tipe mutasi lain dari ekson 12 gen NPM1.

---

Acute Myeloid Leukemia (AML) is a hematopoietic stem cell disorders characterized by expansion of myeloid progenitors that are not differentiated. Exon 12 NPM1 mutations are the most frequent genetic alterations detected in AML patients with normal karyotype. Currently there is no study on type A exon 12 NPM1 gene mutation in Indonesian population. The general objective of this study was to determine the characteristic of exon 12 NPM1 gene mutation in adult AML patients at RSCM and RSKD. While the specific objectives were to determine the frequency of type A exon 12 NPM1 gene mutation and to observe if this mutation was found on adult AML patients with normal karyotype.

This research was designed as a cross sectional descriptive study. Samples were examined for type A mutation in exon 12 NPM1 gene using ASO-RT-PCR technique followed by seminested-ASO-RT-PCR for samples showing negative result. From this study, we found that 8 samples (24.24%) from a total of 33 samples were positively detected for type A mutation. In addition, we also found that this mutation was more frequent in adult AML patients with abnormal karyotype. Further study with larger number of samples and analysis by DNA sequencing is needed to better characterize this type A mutation and to find other type of mutation in exon 12 NPM1 gene respectively."

"Serologic assays are commonly used for screening (ELISA) and for confirmation (Western blot) of HIV-1 infection; however, both assays have potentially yielded the false-positive or false-negative results. In this study, a diagnostic RTPCR assay as an alternative test for detection of HIV-1 was developed. Forty-six plasma specimens from highly risky groups, who visited a voluntary counseling and testing for HIV (VCT) in Sanglah Clinic of General Hospital, Denpasar, Bali, were tested by RT-PCR assay with specific primers for Pol region of HIV-1 genome. The results of the RT-PCR tests were then compared with those of serologic tests to obtain the sensitivity and specificity of RT-PCR assay.The results of this study showed that the RT-PCR assay could detect 17 (sensitivity: 65.4%) of 26 serologically positive specimens and was unexpectedly able to detect 2 (specificity: 90%) of 20 serologically negative specimens. Thus, the RT-PCR assay developed in this study is potential to be used as an alternative test, even though there are numerous aspects, particularly the sensitivity, that need to be improved in further research."

"Tanaman dadap ayam (Erythrina variegata L.) mengandung senyawa yang telah diteliti secara in silico mampu menghambat enzim transkiptase balik RT HIV-1 dengan energi pengikatan (∆G) sebesar -10,43 kcal/mol. Selain itu, ekstrak metanol daun dadap ayam menunjukkan adanya aktivitas penghambatan terhadap enzim RT HIV-1 dengan persen penghambatan 97,64% pada konsentrasi 5 mg/ml dibandingkan dengan standar lamivudin. Dengan latar belakang tersebut, dilakukan penelitian untuk mengisolasi senyawa aktif yang terdapat pada ekstrak metanol daun dadap ayam dan dilakukan uji aktivitas terhadap isolat.Uji aktivitas dilakukan secara in vitro menggunakan enzim RT HIV-1 dengan lamivudin sebagai baku pembanding. Uji in vitro menunjukkan fraksi etil asetat sebagai fraksi teraktif dengan nilai IC50 sebesar 429,28 µg/ml. Dari fraksi etil asetat didapatkan senyawa isolat. Senyawa isolat kemudian dielusidasi strukturnya menggunakan spektrofotometer UV, IR, MS, 1H-NMR, 13C-NMR, dan 2D-NMR dan disimpulkan sebagai senyawa apigenin-7-O-β-D-glukopiranosida. Uji in vitro senyawa isolat dengan metode kolorimetri menggunakan kit enzim transkriptase balik menunjukkan nilai IC50 sebesar 100,59 µg/ml sementara lamivudin menunjukkan nilai IC50 sebesar 128,86 µg/ml.

---

Erythrina variegata L. containing compounds that have been studied in silico capable to inhibit the HIV-1 reverse transcriptase enzyme with binding energy of -10,43 kcal/mol. Beside that, Erythrina variegata leaves methanolic extract showed an inhibitory activity against HIV-1 RT enzyme with percent inhibition of 97.64% at concentration of 5 mg/mL compared to lamivudine as standard. Depend on this result, this research was held to isolate the active compound as HIV-1 RT inhibitor which is contained in the Erythrina variegata leaves methanolic extract.Activity assay are conducted in vitro using HIV-1 RT colorimetric assay. This assay showed that an ethyl acetate fraction is the most active fraction with IC50 of 429.28 µg/ml. The isolated compound from ethyl acetate fraction was elucidated by spectroscopic tools including UV, IR spectrophotometry, mass, 1D and 2D NMR spectroscopy. The result concluded that an isolated compund as apigenin-7-O-β-D-glucopyranoside. The isolated compound showed inhibitory activity of HIV-1 RT with an IC50 of 100.59 µg/ml compared to lamivudine which showed an IC50 of 128.86 µg/ml."

"Treatment with antiretroviral drugs is the most clinically successful strategy for preventing HIV progression to AIDS. But some patients who have received antiretroviral treatment of undesirable effects are the presence of mutations and virus selection reacted to one or more antiretroviral drugs. Drug resistance testing is extremely important for the management of ART therapy failure in HIV patients. The commercial genotypic tests are too expensive to be used in low income countries. In house method for reverse transcriptase and protease was available in Indonesia. The objective of this study is to develop in house method for integrase inhibitor and evaluated by the analytical sensitivity and specificity, accuracy and reproducibility. First, primer designed and followed by testing primer in specificity comparing to Hepatitis C HCV RNA and total cellular RNA from PBMC. Sensitivity assay was assessed by serial dilution of HIV viral load and several subtypes of HIV 1. Precision and linearity were carried out on 3 replicates of samples from sensitivity. Accuracy was assessed by comparing 5 samples from HIVDR proficiency testing TAQAS and sequences generated by in house method. The primers specific only to HIV. Stable test sensitivity up to 1000 copies ml viral load and sensitive to all tested HIV 1 subtypes. accuracy shows 100 sequence results identic with TAQAS panels.

---

Terapi antiretroviral merupakan strategi yang paling berhasil secara klinis untuk mencegah progresi HIV ke AIDS. Tetapi pada beberapa pasien yang telah menerima pengobatan antiretroviral terjadi mutasi dan seleksi virus akibat pengobatan. Uji genotyping sangat penting untuk manajemen kegagalan terapi ARV pada pasien HIV. Tes genotyping komersial terlalu mahal untuk digunakan di negara berkembang seperti Indonesia. Metode in-house untuk reverse transcriptase dan protease telah tersedia di Indonesia. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan metode in-house untuk inhibitor integrase dan dievaluasi dengan sensitivitas dan spesifisitas, akurasi, presisi reprodusibilitas. Pertama, primer dirancang dan diikuti dengan pengujian primer pada spesifisitas yang membandingkan RNA Hepatitis C HCV dan total RNA seluler dari PBMC. Uji sensitivitas dinilai dengan dilusi berseri viral load HIV dan beberapa subtipe HIV-1. Presisi dan linearitas dilakukan pada 3 ulangan sampel dari sensitivitas. Akurasi dinilai dengan membandingkan 5 sampel dari uji profisiensi HIVDR TAQAS dan sekuen yang dihasilkan dengan metode in-house. Primer hanya spesifik untuk HIV. Sensitivitas tes stabil sampai viral load 1000 kopi/mL dan sensitif terhadap semua subtipe HIV-1 yang diuji. Keakuratan menunjukkan hasil urutan 100 identik dengan panel TAQAS."