Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Pada dua dekade terakhir ini, telah dikembangkan suatu metode deteksi infeksi HPV yang memiliki tingkat akurasi sensitifitas yang jauh lebih tinggi dibandingkan Pap Smear, yaitu Hybrid Capture. Peneihian ini bertujuan untuk mendapatkan rancangan primer secara in silica sebagai pengganti probe untuk memodifikasi Hybrid Capture. Sekuens DNA HPV didapat dari database Los Alamos National Laboratory. Sekuens genom HPV hanya difokuskan pada daerah Late Gene (L 1 dan L2) yang berfungsi untuk menyandi protein kapsid (pembungkus) HPV. Sequence alignment dilakukan masing-masing untuk sekuens L 1 dan L2 HPV dari database yang bertujuan untuk mencari kesamaan antar sekuens. Hasil yang diperoleh adalah conserved region antar sekuens nukleotida sebagai template pelekatan primer. Agar hasil analisis conserved region dapat dipertanggung jawabkan, maka perlu dilakukan database similiarity searching melalui Basic Local Alignment Search Tool (BLA?T). Diperoleh 7 region terbaik, yaitu region 1 dari hasil alignment daerah gen L 1 tipe HPV 16; 18; 31; 45. Region 21, 31,43,45, 46 dari hasil alignment daerah gen L 1 tipe HPV 11; 16; 18; 31; 35; 68 Regi?n 52 dari hasil alignment daerah gen L2 tipe HPV 16; 18; 52.

Abstrak :
ABSTRAK
Latar belakang: Human papillomavirus (HPV) merupakan etiologi kanker serviks dan kanker oral. Berbeda dengan kanker serviks, data infeksi HPV oral di Indonesia belum diketahui. Prevalensi infeksi HPV oral yang pernah diteliti pada populasi normal sebesar 1,3−9,2% dan meningkat pada pasien dengan infeksi HPV serviks (18,1%). Tujuan: Mengetahui prevalensi infeksi HPV oral pada pasien kanker serviks dan distribusi tipe HPV, serta mengevaluasi faktor yang berperan dalam terjadinya infeksi. Metode: Penelitian desain potong lintang pada 30 subjek penelitian kanker serviks. Dilakukan pengambilan sampel dari rongga mulut dan orofaring dengan menggunakan brushing untuk mendeteksi DNA HPV dengan nested-PCR elektroforesis dilanjutkan pemeriksaan genotyping HPV metode hibridisasi. Hasil: Prevalensi infeksi HPV oral pada pasien kanker serviks 56,7% dengan tipe HPV risiko tinggi ditemukan 43,3%. HPV tipe 51, 16, dan 18 merupakan tipe HPV risiko tinggi yang paling sering ditemukan di mukosa oral. Tidak didapatkan lesi oral pada seluruh subjek penelitian. Terdapat 1 subjek yang mempunyai tipe HPV yang sesuai antara oral dan serviks (11,1%). Simpulan: Hasil prevalensi infeksi HPV oral yang tinggi menunjukkan perlunya deteksi infeksi HPV oral dan mengetahui faktor risiko yang berhubungan dengan infeksi, serta perkembangannya dalam proses keganasan.

---

ABSTRACT
Background: Human papillomavirus (HPV) is an etiologic agent for both oropharyngeal and cervical cancers. In contrast to cervical cancer, the data of oral HPV infection in Indonesia is not yet known. The prevalence of oral HPV infection in normal population is about 1,3−9,2% and increase in patients with cervical infection (18,1%). Objective: To evaluate the prevalence and type distributions of oral HPV infections in patients with cervical cancer, and evaluate the risk factor which contribute to its occurrence. Methods: Cross-sectional study on 30 subjects, previously diagnosed with cervical carcinoma. Oral mucosal cells were collected by brushing from their oropharyngeal area. HPV DNA detection was caried out using nested-PCR and the HPV Genotyping (HPV genoflow array test). Results: The prevalence of oral HPV infection of patients with cervical cancer is 56,7%, the high-risk HPV type prevalence is 43,3%. The HPV high risk 51, 16 and 18 were most found in oral mucosa. Clinically healthy oral mucosa without any lession was observed in all cases. Only one subject has same HPV type in oral and cervical mucosa (11,1%). Conclusion: Results show a high prevalence of oral HPV infection. It is important to detect HPV in oral and the risk factors associated with infection and progression to malignancy.

Abstrak :
Salah satu metode clustering yang banyak digunakan karena unggul dari sisi kestabilannya adalah metode Self Organizing Map. Pada tesis ini dibahas penggunaan metode SOM pada DNA Human Papillomavirus (HPV) yang menjadi penyebab utama penyakit kanker serviks, yaitu penyakit kanker yang menempati urutan pertama di negara berkembang. DNA HPV yang digunakan adalah sebanyak 18 buah yang diambil berdasarkan complete genome terbaru. Dengan menggunakan program berbasis opensource R, proses clustering berhasil mengelompokkan 18 tipe HPV ke dalam dua buah cluster berbeda, yang terdiri dari 2 tipe HPV di cluster pertama sementara 16 tipe HPV lainnya di cluster ke dua. Hasil analisis 18 tipe HPV adalah berdasarkan tingkat keganasannya, atau tingkat kesulitan dalam penyembuhannya. Dua di antara tipe HPV yang berada di cluster pertama tergolong jenis HPV jinak, sementara 16 tipe HPV yang berada di cluster ke dua tergolong jenis HPV ganas. ...... One of the most widely used clustering method, since it has advantage on its robustness is Self Organizing Map (SOM) method. This thesis discusses the application of SOM method on Human Papillomavirus (HPV) DNA which is a main cause of cervical cancer disease, the most dangerous cancer in developing countries. We use 18 types of HPV DNA based on the newest complete genome. By using open-source-based program R, clustering process can separate 18 types of HPV into two different clusters. There are two types of HPV in the first cluster while 16 others in the second cluster. The Analyzing result of 18 types HPV based on the malignancy of the virus (the difficultness to cure). Two of HPV types the first cluster can be classified as tame HPV, while 16 others in the second cluster are classified as vicious HPV.

Abstrak :
ABSTRACT
Kanker serviks adalah salah satu penyakit malignansi yang cukup berbahaya, dengan 500.000 kejadian baru dan 240.000 kematian setiap tahunnya. Walau etiologi intinya, human papillomavirus (HPV), telah diketahui sejak tahun 1990-an, sepertinya terdapat kofaktor-kofaktor yang mendorong kejadian penyakit ini. Salah satu yang menarik untuk diteliti adalah Epstein-Barr virus (EBV). Pada penelitian ini, 20 sampel swab serviks dari pasien dengan kanker serviks (positif HPV risiko tinggi), sementara 48 sampel swab serviks dari pasien dengan penyakit non-kanker serviks (negatif HPV). EBV dideteksi menggunakan uji real time PCR, sementara level DNA EBV dihitung berdasarkan persamaan Livak. Hubungan infeksi EBV sebagai kofaktor terhadap infeksi HPV dianalisis menggunakan statistik. Secara kualitatif, ditemukan bahwa populasi subyek positif EBV memiliki risiko sekitar 2,388 kali lebih mungkin menderita infeksi HPV dibandingkan populasi negatif EBV. Secara kuantitatif, jumlah DNA EBV pada populasi subyek dengan kanker serviks dan positif EBV sekitar 71 kali lebih tinggi dibandingkan dengan populasi subyek dengan kanker serviks dan negatif EBV. Secara statistik, hubungan infeksi EBV sebagai kofaktor terhadap infeksi HPV secara kualitatif maupun kuantitatif tidak bermakna (p > 0,05). Penelitian dengan populasi yang lebih besar dan multicenter dibutuhkan untuk menyokong hasil penelitian ini.

---

ABSTRACT
Cervical cancer is one of the most dangerous malignant diseases, with around 500,000 new cases and 240,000 deaths each year. Although its main etiology, HPV, has been associated clearly with it since the 1990s, there appears to be various cofactors driving the pathophysiology of this disease, with one of the most interesting ones being EBV. In this study, 68 cervical swab samples with known HPV DNA content is analysed for the presence of EBV DNA. 2-by-2 table analytic statistics with various methods are then conducted to understand the connections between these two pathogens and the patients disease. It is found that in this sample population, patients with HPV are around 2.388 times more likely to be infected by EBV. The amount of EBV DNA in the case population is also found to be around 71 times more than in the control population. However, both results are statistically insignificant (p > 0.05). In conclusion, the results found shows interesting proof for the complicicity of EBV in the pathophysiology of cervical cancer, although statistically insignificant. Studies with a larger population and multicentered approach are needed to support the findings of this study.

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native.

Abstrak :
Kanker serviks yang banyak menyerang wanita di dunia disebabkan oleh human papillomavirus. Gen Late-2 (L2) human papillomavirus adalah gen yang menyandi protein kapsid minor dan memiliki daerah conserved yang mampu menginduksi cross-neutralizing antibodies. Penelitian bertujuan memperoleh klona gen L2. Gen L2 diamplifikasi menggunakan primer L2F (forward) dan L2R (reverse) serta diligasi dengan vektor pBluescript II KS (+) yang sebelumnya didigesti dengan enzim NotI. Hasil ligasi ditansformasi menggunakan metode kejutan panas ke dalam Escherichia coli TOP10 yang sebelumnya telah dibuat menjadi kompeten. Hasil efisiensi transformasi adalah 5,8 x 105 cfu/μg. Hal tersebut menunjukkan E. coli cukup kompeten karena berada pada kisaran antara 5 x 105—2 x 107 cfu/μg. Hasil transformasi ditumbuhkan dalam medium LB agar berampisilin yang telah ditambahkan X-gal dan IPTG. Sebanyak lima koloni putih dan 10 koloni biru tumbuh dalam medium, namun tak satupun koloni putih tersebut membawa plasmid rekombinan. Hasil analisis menunjukkan gen L2 belum berhasil diklona. Adanya koloni putih kemungkinan disebabkan mutasi, sedangkan sedikitnya koloni yang tumbuh disebabkan proses ligasi yang tidak berhasil.

Abstrak :
Latar belakang: Kanker merupakan penyakit dengan insidensi yang berkembang pesat. Salah satu dari jenis kanker tersebut adalah kanker orofaring. Kanker orofaring mempunyai beberapa faktor risiko salah satunya Human Papillomavirus (HPV). Terdapat peningkatan insidensi karsinoma sel skuamosa orofaring yang terkait dengan HPV. Mahasiswa medis memegang kontribusi yang penting dalam diagnosis, skrining, dan vaksinasi HPV untuk menekan perkembangan kanker orofaring yang terkait HPV, namun memiliki tingkat pengetahuan yang kurang mengenai kanker orofaring yang terkait HPV. Belum pernah ada penelitian di Indonesia terkait pengetahuan kanker orofaring yang terkait HPV pada mahasiswa ilmu kesehatan. Tujuan: Untuk mengetahui tingkat pengetahuan mahasiswa Rumpun Ilmu Kesehatan terhadap kanker orofaring yang terkait HPV. Metode: Penelitian deskriptif analitik potong lintang pada 1004 mahasiswa Rumpun Ilmu Kesehatan menggunakan kuesioner yang telah diadaptasi serta diuji validitas dan reliabilitasnya. Hasil: Mayoritas responden mempunyai tingkat pengetahuan yang tidak memadai pada semua aspek pertanyaan. Jumlah responden dengan tingkat pengetahuan yang memadai untuk pengetahuan secara keseluruhan adalah 8,6%, pengetahuan umum HPV 42,2%, pengetahuan tentang kanker orofaring terkait HPV 2%, dan tingkat pengetahuan vaksin HPV 14,9%. Usia, jenis kelamin, tahun masuk, dan asal fakultas membedakan tingkat pengetahuan keseluruhan, pengetahuan umum HPV, dan pengetahuan tentang vaksin HPV. Selanjutnya, tingkat pengetahuan kanker orofaring terkait HPV dibedakan oleh tahun masuk dan asal fakultas. Kesimpulan: Tingkat pengetahuan mahasiswa Rumpun Ilmu Kesehatan UI terhadap HPV, kanker orofaring yang terkait HPV, serta vaksin HPV belum memadai. Tingkat pengetahuan secara umum dibedakan oleh faktor usia, jenis kelamin, tahun masuk, dan asal fakultas. ......Background: Cancer is a disease with a rapidly growing incidence. One of these types of cancer is oropharyngeal cancer. Oropharyngeal cancer has several risk factors, one of which is the Human Papillomavirus (HPV). There is an increased incidence of HPV related squamous cell carcinoma of the oropharynx. Medical students play an important contribution in the diagnosis, screening, and vaccination of HPV to suppress the development of HPV-related oropharyngeal cancer, but have a lack of knowledge about HPV-related oropharyngeal cancer. There has never been any research in Indonesia assessing knowledge on HPV related oropharyngeal cancer in health science cluster students. Objective: To determine the level of knowledge of Health Sciences Cluster students regarding HPV related oropharyngeal cancer. Method: Cross-sectional analytic descriptive study on 1004 health sciences cluster students using a questionnaire that has been adapted and tested for its validity and reliability. Results: The majority of respondents have an inadequate level of knowledge on all aspects of the question. The percentage of respondents with an adequate level of overall knowledge was 8.6%, general knowledge of HPV 42.2%, knowledge of HPV-related oropharyngeal cancer 2%, and knowledge of HPV vaccine 14.9%. Age, sex, year of entry, and faculty origin differentiated the level of overall knowledge, general knowledge of HPV, and knowledge of the HPV vaccine. Furthermore, the level of knowledge of HPV-related oropharyngeal cancer was differentiated by year of entry and faculty origin. Conclusion: The level of knowledge of health sciences cluster students on HPV, HPV related oropharyngeal cancer, and the HPV vaccine is inadequate. The level of knowledge is generally differentiated by factors of age, gender, year of entry, and faculty origin.

Abstrak :
Infeksi HPV merupakan penyebab penyakit menular seksual terbanyak. Meskipun HPV sering dikaitkan dengan perempuan dan kanker serviks, data menunjukkan insiden yang tinggi pada kalangan pria dan perempuan. Tetapi, kesadaran mengenai infeksi dan vaksinasi HPV masih rendah pada kalangan pria. Mahasiswa kedokteran sejak tahap preklinik memiliki peran dalam manajemen HPV masa mendatang. Studi ini bertujuan untuk mengeksplorasi hubungan pengetahuan dengan perilaku mahasiswa preklinik laki-laki terkait infeksi dan vaksinasi HPV. Studi potong lintang ini meneliti mahasiswa preklinik laki-laki di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Subjek diberikan kuesioner daring tentang pengetahuan dan perilaku terhadap infeksi dan vaksinasi HPV. Kemudian, dilakukan uji statistik chi-square untuk mengetahui hubungan pengetahuan dengan perilaku mahasiswa laki-laki preklinik FKUI terhadap infeksi dan vaksinasi HPV. Terdapat 120 mahasiswa FKUI tingkat 1, 2, dan 3 yang terlibat dalam studi ini. Sebanyak 90,8% sampel memiliki pengetahuan baik mengenai infeksi dan vaksinasi HPV, sedangkan 38% sampel menunjukkan perilaku tepat terkait vaksinasi HPV. Analisis bivariat menunjukkan tidak terdapat hubungan signifikan (p>0,05) antara tingkat pengetahuan dan perilaku mahasiswa FKUI preklinik mengenai infeksi serta vaksinasi HPV. Namun, diperlukan penelitian lebih lanjut untuk mengeksplorasi hubungan antara pengetahuan dan perilaku tersebut. ......HPV infection is the leading cause of sexually transmitted diseases. While HPV is often associated with women and cervical cancer, data show a high incidence among men and women. However, awareness about HPV remains low among men. Medical students in the pre-clinical phase play a critical role in the future management of HPV. This study explores the relationship between knowledge and practice among male pre-clinical students concerning HPV infection and vaccination. This cross-sectional study examined male pre-clinical students from Faculty of Medicine Universitas Indonesia. Subjects were given an online questionnaire regarding their knowledge and practice towards HPV infection and vaccination. The chi-square statistical test was used to determine the correlation between knowledge and practice of male pre-clinical students at FKUI regarding HPV infection and vaccination. A total of 120 students from FKUI in first, second, and third year participated in this study. 90.8% of the sample showed good knowledge about HPV infection and vaccination, while 38% exhibited appropriate practice regarding HPV vaccination. Bivariate analysis indicated no significant correlation (p>0.05) between the knowledge and practice of pre-clinical students at FKUI regarding HPV infection and vaccination. However, further research is needed to explore the relationship between knowledge and practice on this topic.