Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia diketahui memiliki aktivitas antivirus yang baik. SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyebar luas menyebabkan pandemi sehingga menyebabkan kebutuhan mendesak untuk pencarian obat efektivitas tinggi dengan efek samping yang lebih sedikit daripada antivirus yang tersedia saat ini. Penelitian dilakukan untuk mencari kandidat senyawa melawan SARS-CoV-2 dengan menggunakan pendekatan komputasi. Sebanyak 137 senyawa disaring menggunakan AutodockVina. Sifat fisikokimia dan profil farmakokinetik yaitu Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, dan Toksisitas (ADMET) diprediksi menggunakan ADMETLab. Penambatan molekul dilakukan pada dua protease SARS-CoV-2 yaitu 3CLpro dan PLpro menggunakan AutoDockTools. Hasil penambatan molekul, kandidat senyawa Pre-neo-kaluamine dari spesies Acanthostrongylophora ingens memiliki potensi menghambat 3CLpro, dengan nilai energi ikatan sebesar -10,35 kkal/mol. Cortistatin F dari spesies Corticium complex memiliki nilai energi ikatan sebesar -10,62 kkal/mol terhadap PLpro. Acanthomanzamine C dari spesies Acanthostrongylophora ingens dapat melakukan penargetan ganda pada kedua protease 3CLpro dan PLpro, dengan nilai energi ikatan berkisar dari -10 kkal/mol hingga -14 kkal/mol. Semua senyawa kandidat menunjukkan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan referensi dari masing masing protease yaitu nirmatrelvir dan 3k. Simulasi dinamika molekul dilakukan dengan AMBER 22 dan memberikan hasil yang sejalan dengan penambatan molekul yaitu menunjukkan stabilitas ikatan yang baik antara ligan uji dan protease. ......The secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates are known to have good antiviral activity. SARS-CoV-2, a widespread virus causing a pandemic, necessitates an urgent search for high-effectiveness drugs with fewer side effects than currently available antivirals. This research utilized a computational approach to identify candidate compounds against SARS-CoV-2. AutodockVina filtered 137 compounds, while ADMETLab predicted their physicochemical properties and pharmacokinetic profiles (ADMET). Subsequently, AutoDockTools performed molecular docking on the SARS-CoV-2 proteases, 3CLpro and PLpro. The results showed that Pre-neo-kaluamine from Acanthostrongylophora ingens has the potential to inhibit 3CLpro with a bond energy of -10.35 kcal/mol, and Cortistatin F from Corticium complex has a binding energy of -10.62 kcal/mol to PLpro. Acanthomanzamine C from Acanthostrongylophora ingens can double target both proteases with binding energy ranging from -10 kcal/mol to -14 kcal/mol. All candidate compounds exhibited higher affinity than the reference ligands (nirmatrelvir and 3k). Molecular dynamics simulations using AMBER 22 supported the docking results and confirmed good bond stability between the test ligands and the proteases.

Abstrak :
Middle east respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) telah menjadi wabah saat ini, infeksi MERS-CoV menyebabkan gangguan pada sistem pernapasan, pencernaan, bahkan menyebabkan kematian dengan rata-rata kematian yang disebabkan infeksi MERS-CoV mencapai 50%. Sampai saat ini belum ditemukannya vaksin atau obat yang efektif untuk mengurangi infeksi MERS-CoV. papain-like protease (PLpro) bertanggung jawab untuk melepaskan potein nonstruktual yang berperan penting dalam proses pematangan virus. Dengan menginhibisi papain-like protease (PLpro) dengan suatu ligan, akan menghambat proses pelepasan protein nonstruktural, sehingga mengurangi infeksi yang diakibatkan oleh virus MERS-CoV. Melalui studi bioinformatika dengan metode molecular docking dan melalui analisis drug scan, didapatkan inhibitor berbasiskan senyawa peptida siklis komersial yang dapat berikatan dengan PLpro dan mengurangi proses infeksi yaitu Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine). Melalui analisis molecular dynamics, inhibitor ini stabil dalam tubuh baik dalam keadaan normal (310 K) dan keadaan demam (312 K), sehingga senyawa Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat terbarukan MERS-CoV.

---

Middle east respiratory syndrome (MERS-CoV) has become the current outbreak, MERS-CoV infection results in illness in respiratory system, digestive, and even lad to death with an average mortality caused by MERS-CoV infection reaches 50%. Until now no effective vaccine or drug to ward off MERS-CoV infection. Papain-like protease (PLpro), is responsible for cleavage of nonstructural potein that is important for viral maturation. Inhibition the papain-like protease (PLpro) with a ligand will block the cleavage process of nonstructural protein, thus reduce the infection of MERS-CoV. Through of bionformatics study with molecular docking, molecular dynamics and drug scan analysis, Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) was obtained as a inhibitor of commercial cyclic peptide, it can inhibit the papain-like protease (PLpro) and reduce infection process. With molecular dynamics analysis, this inhibitor was stable at normal body temperature (310 K) and fever temperature (312 K), with the result that Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) has a potential as novel candidate drug.

Abstrak :
COVID-19 yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) menjadi pandemi di seluruh dunia pada 2020 hingga 2022. Dari agen terapi yang direkomendasikan, nirmatrelvir dan ritonavir aktif bekerja langsung menargetkan virus. Kemudian berkembang berbagai peluang pengembangan obat yang menargetkan virus secara langsung, dan salah satu target yang menarik adalah papain-like protease (PLpro), yaitu proein yang berperan penting dalam replikasi virus. Beberapa bahan alam yang berpotensi diteliti aktivitas penghambatannya terhadap PLpro adalah bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini). Tujuan dari penelitian ini ialah memprediksi aktivitas penghambatan PLpro kandungan bunga telang (Clitoria ternatea), daun belimbing manis (Averrhoa carambola L.), dan jamblang (Syzygium cumini) yang dilakukan dengan metode penambatan molekul (molecular docking) secara in silico, dan dilanjutkan dengan uji in vitro. Metode penambatan molekul divalidasi dengan metode redocking dan didapatkan nilai RMSD 0,728 Å yang berarti metode valid (RMSD<2,0 Å). Uji penambatan molekul ketiga tanaman tersebut menunjukkan hasil adanya kandungan senyawa yang berpotensi untuk menghambat aktivitas PLpro. Ligan dengan nilai afinitas ikatan ternegatif dari masing-masing tanaman adalah asam folat (jamblang) dengan nilai -8,3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (telang) dengan nilai -7,1 kcal/mol; dan (-)-Epicatechin 3-O-gallate (belimbing manis) dengan nilai -8,6 kcal/mol. Hasil uji in silico dikonfirmasi dengan uji in vitro yang dilakukan dengan fluorescence-based inhibitory assay menggunakan PLpro sebagai protein target, substrat Z-RLRGG-AMC, serta inhibitor kontrol GRL0617. Hasil uji in vitro mendapatkan nilai IC50 GRL0617 3,38 μM. Ekstrak herbal dengan persentase inhibisi terbaik adalah ekstrak tunggal jamblang dengan nilai 66,10%. ......COVID-19 caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virus became the cause of the global pandemic from 2020 until 2022. Among currently recommended therapeutic agents, nirmatrelvir and ritonavir actively works by directly targeting the virus. This leads to various opportunities for developing drugs that acts directly on the structure of the virus. One interesting target for such drugs is the papain-like protease (PLpro) which is a protein that plays a significant role in viral replication. Several natural sources which has potential for their inhibitory activity against PLpro to be studied are butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini). This study aimed to predict the inhibitory activity against PLpro possessed by the chemical contents of butterfly pea (Clitoria ternatea), star fruit (Averrhoa carambola L.) and Java plum (Syzygium cumini) through molecular docking and in vitro assay. Prediction of inhibitory activity against PLpro was done using molecular docking. The molecular docking method was validated using redocking method and RMSD score of 0.728 Å was received. This indicated that the docking method was valid (RMSD<2.0 Å). Molecular docking result showed that all three plants contain chemicals that have potential to inhibit PLpro activity. Ligands with the lowest binding affinity from each plant are folic acid (Java plum) with a score of -8.3 kcal/mol; petunidin 3-glucoside (butterfly pea) with -7.1 kcal/mol; and (-)-Epicatechin 3-O-gallate (star fruit) with -8.6 kcal/mol. Results from in silico study were then confirmed through in vitro assay using fluorescence-based inhibitory assay using PLpro as target protein, Z-RLRGG-ACM as the substrate and GRL0617 as the control inhibitor. IC50 concentration result of GRL0617 was 3,38 μM. Herbal extract with the best inhibition percentage was found to be Java plum with an inhibition percentage of 66.10%.