Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Penyakit demam berdarah merupakan ancaman serius bagi permasalahan kesehatan dunia. Sekitar 100 negara merupakan wilayah endemik bagi demam berdarah dengue dan sekitar 2,5 milyar penduduk dunia memiliki resiko terjangkit penyakit ini. Hingga saat ini masih belum ada pengobatan yang efektif untuk penyakit ini. Pada penelitian ini dilakukan perancangan ligan peptida siklis sebagai inhibitor enzim NS5 metiltransferase virus dengue secara in silico. Dilakukan penyejajaran terhadap sekuen NS5 metiltransferase yang terdapat pada NCBI dan diperoleh struktur tiga dimensi enzim dari Protein Data Bank dengan kode 2P41. Perancangan ligan menghasilkan sebanyak 1635 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan SAM dan 736 ligan peptida siklis untuk target sisi ikatan RNA-cap. Docking oleh ligan dan standar untuk masing-masing sisi ikatan dilakukan terhadap enzim NS5 metiltransferase. Didapatkan sebanyak delapan ligan terbaik dengan empat ligan untuk masing-masing target sisi ikatan SAM dan RNA-cap. Delapan ligan ini memiliki afinitas ikatan dan potensi inhibisi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Berdasarkan prediksi toksisitas dan drug scan, kedelapan ligan peptida siklis memiliki sifat farmakologi yang lebih baik daripada ligan standar.

---

Dengue is a dangerous disease facing the world. About 100 countries are endemic for dengue fever anad about 2.5 billion people at risk of contracting this disease. To date, there is currently no effective treatment for this disease. This study conducted designing of cyclic peptide ligands as enzyme inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by in silico. Multiple sequence alignment is performed on the NS5 methyltransferase collected from NCBI and three dimensional structure of the enzyme obtained from the Protein Data Bank with the code 2P41. The design produce 1635 cyclic peptide ligand of SAM binding site and 736 ligand of RNA-cap binding site. Docking by the ligand and standards for each binding site performed to the NS5 methyltransferase enzyme. It is obtained eight best ligand, four ligand for each binding site of SAM and RNA-cap. All of eight ligand have a better binding affinity and inhibitory potency. Based on prediction of toxicity and drug scans, eight cyclic peptide ligands have better pharmacological properties than standard ligands.

Abstrak :
Penyakit demam berdarah dengue masih menjadi permasalahan kesehatan global, dan merupakan penyakit yang endemik di lebih dari 100 negara. Mengetahui efek dari mutasi pada virus sangat penting pada prosesmdesain dan pengembangan obat. Pada penelitian ini, mutasi dan pengaruhnya dianalisis pada NS5 virus dengue dengan menggunakan protein kode 3P8Z sebagai sekuens utama. Berdasarkan hasil analisis mutasi terjadi pada sekuen NS5 virus dengue serotipe 3. Glutamin menjadi metionin pada posisi 10 dan treonin menjadi isoleusin pada posisi 55. Residu yang termutasi merupakan bagian dari domain SAdenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063), adanya mutasi diprediksikan dapat mengganggu fungsi protein. Berdasarkan hasil penambatan molekul, dari 100 senyawa terbaik hanya 17 senyawa antiviral yang terpilih. Pada penelitian ini penentuan ligan terbaik tidak hanya berdasarkan hasil penambatan molekul, tetapi juga melalui tahapan prediksi ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi dan Toksisitas),bioavailabilitas serta efek ligan terhadap kesehatan. Terdapat 3 ligan terbaik yang dapat diusulkan sebagai kandidat antiviral pada virus dengue yaitu UNQ15038, UNQ16938 dan UNQ14727. Studi simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa kompleks protein-ligan stabil pada temperatur 310 K dan 312 K. Kompleks paling stabil terdapat pada kompleks protein 3P8Z dengan ligan UNQ15038.

---

Dengue fever is still a major health problem, which is endemic in more than 100 countries. Information about the effects of the virus mutation is important in drug design and development. In this research, the mutations and their effects were analyzed in NS5 dengue virus by using 3P8Z protein as the main sequence. The result of mutation analysis showed that mutation occurs in NS5 of DENV serotype 3. Glutamine mutates into methionine at position 10 and threonine mutates into isoleucine at position 55. These residues are part of the domain named S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Methyltransferase (IPR029063). The wildtype and mutant residue have the different properties, which can disturb this domain and abolish its function. Based on the result of molecular docking simulation, from 100 best compounds only 17 compounds werenselected. Determination of the best ligand not only based on molecular docking simulation but also analyze the ADMET (absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity), bioavailability and health effect of the ligands. There are three best ligands that can be proposed as antiviral candidates, the ligands are UNQ15038, UNQ16948 and UNQ14727. Molecular dynamics simulation study showed that the protein-ligand complexes are stable at temperature 310 K and 312 K. The most stable complex is the protein 3P8Z with ligand UNQ15038.

Abstrak :
ABSTRAK
Infeksi dengue (DENV) merupakan salah satu penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue melalui vektor nyamuk dari genus Aedes, khususnya oleh Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Hingga saat ini belum ada pengobatan yang efektif untuk mengatasi infeksi dengue. Salah satu pengobatan baru yang dibutuhkan bersifat antivirus yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Pada penelitian ini dilakukan pengujian dari senyawa asam galat dan enam turunannya (benzil-, propil, dialil-, alil-, etil-, dan salisil galat) secara in vitro pada sel Huh7it-1 dengan DENV2 dan secara in silico dengan docking protein-ligan terhadap strain NGC dan 251 sekuens NS5 pada GenBank (NS5 konsensus). Salisil galat merupakan kandidat paling potensial secara in vitro (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) dan in silico (S: -16,793 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propil galat dan etil galat ditemukan potensial secara in vitro (untuk propil galat, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; untuk etil galat, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), namun secara in silico paling rendah nilainya (untuk propil galat, nilai S: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771 μM; untuk etil galat, nilai S: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974 μM). Melalui docking pada sekuens konsesus NS5 diketahui, setiap jenis asam galat potensial tersebut dapat berikatan dengan masing-masing GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Secara keseluruhan, turunan asam galat hasil modifikasi memberikan hasil lebih baik dibandingkan dengan senyawa aslinya

---

ABSTRACT
Dengue infection (DENV) is an endemic disease in tropical and subtropical regions caused by dengue virus that is transmitted by mosquitos of Aedes aegypti and Aedes albopictus. Currently, there is no effective treatment to overcome dengue infection. As alternative, a new approach of drug is needed by targeting inhibition of enzyme activity that responsible for viral replication. In this research examined synthetic gallic acid and its six derivatives (benzyl-, propyl, diallyl-, allyl-, ethyl-, and salicyl gallate) through in vitro in Huh7it-1 with DENV2 and in silico with protein-ligand docking against 251 sequences NS5 in GenBank. Salicyl gallate was the best candidate in in vitro analysis (IC50: 12,18 μg/ mL, CC50: 259,35 μg/ mL, SI: 21,30) and in in silico analysis (S: -16,739 kkal/ mol, pKi 3,344 μM). Propyl- and ethyl gallate were showed potential in in vitro (for propyl gallate, IC50: 13,19 μg/ mL, CC50: 241,85 μg/ mL, SI: 18,33; for ethyl gallate, IC50: 14,39 μg/ mL, CC50: 185,60 μg/ mL, SI: 7,24), however showed lowest scoring in in silico (for propyl gallate, S score: -11,908 kkal/mol, pKi 5,771μM; for ethyl gallate, S score: -5,513 kkal/mol, pKi 4,974μM). Using docking, each of potential gallic acid types above was able to bind to GLU715, LYS668, ASN701, THR584; ARG472, ASP663, ARG207; dan LYS139, ARG207. Overall, derivatives gallic acid modified was showed better result rather than original compound

Abstrak :
ABSTRAK
Virus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrrika dan Amerika. Berdasarakan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue diseluruh dunia setiap tahunnya, akan tetapi belum terdapat vaksin maupun antivirus yang mampu mencegah dan mengobati penyakit ini. Penelitian ini dilakukan untuk memanfaatkan bahan alam untuk menginhibisi aktivitas enzimatis dari sisi aktif NS5 Methyltransferase yang berperan dalam mensintesis cap-RNA virus dengue. Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa bahan alam yang diunduh dari pangkalan data UNPD sebanyak 229.000. Metode insilico yang digunakan adalah metode penampisan (virtual screening) yang dikemudian dilakukan penambatan molekul (molecular docking) terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Didapatkan sebanyak 3 senyawa inhibitor terbaik yang telah melalui tahap uji farmakologi untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat.

---

ABSTRACT
Dengue virus is a health problem faced by the world, especially tropical countries and subtropics such as Asia, Africa and America. Based on data collected by WHO there are around 50-100 million cases of dengue infection throughout the world each year, but there are no vaccines or antiviral agents that are able to prevent and treat this disease. This study was conducted to utilize natural materials to feed enzymatic activity from the active side of NS5 Methyltransferase which plays a role in synthesizing dengue virus RNA. The inhibitor compounds used were natural material compounds downloaded from UNPD database totaling 229,000. The insilico method used is a method of screening (virtual screening) which is carried out by molecular tethering (molecular docking) to the inhibitor on the active side of the target protein. The best 3 inhibitor compounds were obtained which had gone through the pharmacological test stage to be used as drug candidates.

Abstrak :
Dengue adalah penyakit akut yang disebabkan oleh virus RNA yang termasuk dalam keluarga Flaviviridae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam Isoflavon sebagai inhibitor protein NS5 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protein NS5 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa Isoflavon dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protein NS5 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protein NS5 DENV berdasarkan nilai ∆Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa- senyawa dengan substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 yang memiliki nilai ∆Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2 Å, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

---

Dengue is an acute disease caused by an RNA virus belonging to the Flaviviridae family. The aim of this study is to identify natural compound isoflavone as an in silico inhibitor of the NS5 protein in DENV serotypes 1–4, analyze the interactions between the NS5 protein and isoflavone compound ligands, and elucidate the pharmacokinetic processes, including Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME), as well as toxicity of the natural compound ligands. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB), and isoflavone compound ligands were sourced from PubChem. Drug property screening against the ligands was conducted using OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were performed using rigid and induced fit docking protocols on the NS5 protease using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of drug ADME properties and toxicity was carried out using OSIRIS DataWarrior as well as pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of Isoflavonoids have the potential to inhibit the DENV NS5 protein based on its ∆Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 with low ∆Gbinding values, RMSD values below 2 Å, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.

Abstrak :
Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual. ......Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening.