Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Dengue adalah penyakit virus akut yang disebabkan oleh virus RNA dari famili Flaviviridae dan disebarkan oleh nyamuk Aedes betina. Setiap tahunnya terjadi sekitar 50 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebesar 22.000, kebanyakan pada kanak-kanak. Gejala yang muncul dapat berkisar dari demam tanpa gejala hingga komplikasi yang ditakuti seperti demam berdarah dan syok. Virus Dengue (DENV) memiliki empat serotipe yang berbeda, yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Hingga saat ini vaksin atau pengobatan yang efektif untuk menangani endemi demam berdarah dengue belum ditemukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam flavonoid sebagai inhibitor protease NS2B-NS3 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protease NS2B-NS3 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam flavonoid. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa flavonoid dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protease NS2B-NS3 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam flavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protease NS2B-NS3 DENV berdasarkan nilai Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa-senyawa dengan substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 yang memiliki nilai Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik. ......Dengue is an acute viral disease caused by an RNA virus of the Flaviviridae family and is spread by the female Aedes mosquito. Every year there are about 50 million cases of dengue infection worldwide, with a death toll of 22.000, mostly in children. Presenting symptoms can range from asymptomatic fever to dreaded complications such as scarlet fever and shock. Dengue virus (DENV) has four different serotypes, namely DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. Until now, there is no effective vaccine or treatment to treat this endemic dengue hemorrhagic fever (DHF). This research aims to identify natural compounds flavonoids as protease inhibitors NS2B-NS3 on DENV virus serotypes 1–4 using in silico methods, to analyse the interaction between NS2B-NS3 protease and the flavonoid natural compound ligands, and to explain the pharmacokinetic processes which include Absorption, Distribution , Metabolism and Excretion (ADME), as well as toxicity characteristics of natural ligand compounds. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) website and the flavonoid compound ligands from the PubChem database. Screening for drug properties of the ligands was carried out using the OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were carried out using the rigid and induced fit docking protocol using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of ADME properties and drug toxicity was performed on the DataWarrior OSIRIS software, and pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of flavonoids have the potential to inhibit the DENV NS2B-NS3 protease based on its ?Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 with low ?Gbinding values, RMSD values below 2, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.

Abstrak :
Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi salah satu masalah kesehatan yang utama di dunia, terutama Asia, Afrika, dan Amerika. Infeksi ini telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara. World Health Organization memperkirakan terjadi 100 juta kasus tiap tahun dan sebanyak 2,5 miliar orang atau 40% dari populasi dunia berisiko terjangkit infeksi virus ini. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Akhir-akhir ini peptida telah dikembangkan dalam drug design. Dalam penelitian ini digunakan peptida yang sudah dipasarkan secara komersial. Tujuan penelitian ini adalah untuk penapisan peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor protein NS2B-NS3 DENV melalui metode penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul. Inhibisi terhadap enzim NS3 protease dapat menyebabkan terhambatnya aktivitas enzimatiknya sehingga poliprotein yang terbentuk dari translasi RNA menjadi tidak dapat dipotong-potong dan poliprotein tetap berada dalam bentuk satu untai panjang yang utuh. Akibatnya protein protein lain yang vital bagi keberlangsungan replikasi virus dengue tidak dapat terbentuk. Penelitian ini menghasilkan ligan Atrial Natriuretic Factor (3-28) (human) sebagai kandidat obat terbaik. Simulasi dinamika molekul menunjukkan bahwa senyawa ini tetap stabil pada kenaikan suhu tubuh menjadi 312 K. ...... A disease caused by dengue virus infection has become one of the major health problems in the world, especially Asia, Africa, and America. This infection has become endemic in more than 100 countries. The World Health Organization estimates that 100 million cases occur each year and as many as 2.5 billion people or 40% of the world population at risk of contracting this virus infection. Therefore, we need an antiviral that can inhibit the activity of enzymes involved in the replication in the body. Lately peptide drug design has been developed. This study uses peptides that has been marketed commercially. The purpose of this study was to screen the commercial cyclic peptides that can be used as an inhibitor of NS3 protein NS2B DENV-through molecular docking and molecular dynamics simulations. Inhibition of NS3 protease enzyme can lead to inhibition of enzymatic activity so polyprotein formed from the translation of RNA can not be cut into pieces and polyprotein remain in the form of a long strand. Proteins that consequently vital for the sustainability of dengue virus replication can not be formed. This research resulted Atrial natriuretic factor (3-28) (human) as the best drug candidate. Molecular dynamics simulations indicate that this compound remains stable at body temperature of 312 K.

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominan disebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapat dilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkan vaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein ini merupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV dan memiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan isolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transforman Saccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan dengan meningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution buffer dari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diuji secara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metode Bichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3 telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300 mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusi dengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi protein diperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

---

ABSTRACT
Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominan disebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapat dilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkan vaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein ini merupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV dan memiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan isolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transforman Saccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan dengan meningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution buffer dari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diuji secara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metode Bichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3 telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300 mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGE menunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusi dengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi protein diperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

Abstrak :
Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. ......Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor.

Abstrak :
Cefixime merupakan obat yang termasuk ke dalam kelompok antibiotik cephalosporin. Cefixime digunakan dalam berbagai pengobatan untuk infeksi yang disebabkan oleh bakteri. Di beberapa negara dan penelitian cefixime diberikan kepada pasien yang terserang virus dan salah satunya adalah demam berdarah dengue. Pada penelitian ini, dilakukan modifikasi struktur dari cefixime (antibiotik generik) yang biasanya digunakan sebagai antibakteri. Prinsip dalam memodifikasi cefixime dengan merubah beberapa gugus yang ada agar hasil modifikasi menjadi lebih polar dan hidrofil. Setelah dilakukan screening terhadap cefixime, ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H dan 648 modifikasinya, dilakukan docking terhadap 12 ligan terbaik yang memiliki nilai ΔG lebih kecil bila dibandingkan ligan standar Bz-Nle-K-R-R-H. Ligan dengan kode C261, C385, dan C386 menjadi tiga ligan terbaik yang memiliki nilai ΔG terkecil. Berdasarkan hasil ADMET Test ke tiga ligan modifikasi cefixime terbaik memiliki sifat yang sama baiknya berdasarkan sifat bioavailabilitas oral, sifat hidrofobisitas, dan sifat toksisitas. Cefixime memiliki empat ikatan hidrogen dengan NS2B-NS3 protease dengan satu ikatan hidrogen tersebut berikatan dengan sisi aktif. Dapat disimpulkan cefixime memiliki kemampuan sebagai inhibitor NS2B-NS3 protease yang cukup baik. Berdasarkan beberapa parameter yang dilakukan, ligan C261 merupakan ligan modifikasi cefixime terbaik. ......Cefixime, which used to treat many different types of infections caused by bacteria, is in a group of drugs called cephalosporin antibiotics. But in some countries and researchs, cefixime administered to patients who suffered virusbased disease and one of them is Dengue Haemorrhagic Fever (DHF). In this research, structure of cefixime (a generic antibiotic) which usually used as an antibacterial is modified. The principle in modifying cefixime is by changing some of the atom groups that exist, so cefixime becomes more polar and hydrophilic. After screening standard cefixime, a standard ligand Bz-Nle-K-R-RH and 648 cefixime modifications, performed the best 12 ligands docking based on ΔG values that smaller than standard ligand Bz-Nle-K-R-R-H. Ligands with codes C261, C385, and C386 into three of the best ligand has the smallest values of ΔG. Based on the results of the ADMET Test three best cefixime modification ligand have similar properties based on oral bioavailability and hydrophobicity properties. Standard cefixime has four hydrogen bonds with the NS2B-NS3 protease include one hydrogen bond with the active side. Result shows that cefixime has a good ability as a NS2B-NS3 protease inhibitors. Based on several parameters in this research, the ligand C261 is the best ligand of cefixime modification.