Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Pada dua dekade terakhir ini, telah dikembangkan suatu metode deteksi infeksi HPV yang memiliki tingkat akurasi sensitifitas yang jauh lebih tinggi dibandingkan Pap Smear, yaitu Hybrid Capture. Peneihian ini bertujuan untuk mendapatkan rancangan primer secara in silica sebagai pengganti probe untuk memodifikasi Hybrid Capture. Sekuens DNA HPV didapat dari database Los Alamos National Laboratory. Sekuens genom HPV hanya difokuskan pada daerah Late Gene (L 1 dan L2) yang berfungsi untuk menyandi protein kapsid (pembungkus) HPV. Sequence alignment dilakukan masing-masing untuk sekuens L 1 dan L2 HPV dari database yang bertujuan untuk mencari kesamaan antar sekuens. Hasil yang diperoleh adalah conserved region antar sekuens nukleotida sebagai template pelekatan primer. Agar hasil analisis conserved region dapat dipertanggung jawabkan, maka perlu dilakukan database similiarity searching melalui Basic Local Alignment Search Tool (BLA?T). Diperoleh 7 region terbaik, yaitu region 1 dari hasil alignment daerah gen L 1 tipe HPV 16; 18; 31; 45. Region 21, 31,43,45, 46 dari hasil alignment daerah gen L 1 tipe HPV 11; 16; 18; 31; 35; 68 Regi?n 52 dari hasil alignment daerah gen L2 tipe HPV 16; 18; 52.

Abstrak :
Di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan menjadi high risk dan low risk berdasarkan kemampuannya menimbulkan kanker mulut rahim. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk high risk adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus-Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T cell dilakukan dengan server MULTIPRED, sedangkan epitope B cell dengan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Visualisasi data struktur protein L1 HPV-16, berupa Protein Data Bank (PDB), serta posisi epitope yang disubstitusikan dilakukan dengan software Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Didapat dua sekuen vaksin cVLP yang kemudian diuji kesamaan strukturnya dengan struktur protein L1 HPV-16 native melalui BLAST pada database PDB. Hasil BLAST menunjukkan tingkat kesamaan sebesar 96% dan 94%.

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native.

Abstrak :
ABSTRAK
Kanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh para wanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia. Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalam kemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi dua tipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-risk di dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yang terjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatu vaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimeric Virus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 ke dalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicu respon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksi epitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metode algoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingan similaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91% identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homology modeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darl hasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapat struktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database 11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yang dirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagai vaksin

Abstrak :
Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara merancang plasmid dan host berbasis protein kapsid L1 melalui prediksi epitope model algoritma Hidden Markov Model (HMM). Studi in-silico dilakukan untuk menentukan sekuens DNA cVLP HMM1 dan HMM2, kemudian dibuat suatu rancangan DNA rekombinan dengan menggunakan plasmid pUC19 dengan menyisipkan sekuens DNA HMM1 dan HMM2 menggunakan enzim restriksi BamH1, EcoR1 dan HindIII, yang dapat mengekspresikan vaksin cVLP tersebut ke dalam host. Prediksi analisis modifikasi pasca translasi dilakukan agar dapat menentukan host yang sesuai untuk ekspresi cVLP HMM1 dan HMM2. Hasil penelitian secara insilico menunjukkan bahwa hasil modifikasi pasca translasi yang terjadi hanya N-glikosilasi. Persentase host yang diprediksikan sesuai untuk ekspresi HMM1 dan HMM2 yang direkomendasikan SuggestES adalah sel mamalia sebesar 64,66% dan 66,67%, dan sel E.coli sebesar 35,34%, dan 33,33%.

Abstrak :
Berdasarkan hasil penelitian yang pernah dilakukan, diketahui bahwa di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu bagi wanita. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan berdasarkan virulensinya dalam menimbulkan kanker rahim sebagai berikut, yaitu kelompok resiko tinggi dan resiko rendah. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk tingkat resiko tinggi adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim, diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Struktur vaksin cVLP tersebut telah ditemukan dalam penelitian sebelumnya . Dalam kajian ini akan diteliti dampak modifikasi pos translasi , pencarian domain pada cVLP tersebut, dan host yang cocok untuk ekspresi cVLP dengan bantuan software PROSITE , InterProScan, dan Integr8. Dalam kajian in silico ini ditemukan 6 situs modifikasi pos translasi, yaitu situs N-Glikosilasi, N-Miristoilasi, Fosforilasi Protein Kinase dependen cAMP dan cGMP, Fosforilasi Kasein Kinase II, Amidasi, dan fosforilasi protein kinase C. Modifikasi pos translasi ini terjadi terutama pada host eukariot, khususnya pada Saccaromyces cerevicae. Pada S.cereviceae, modifikasi yang terjadi umumnya adalah N-Glikosilasi. Pada virus yang serumpun dengan HPV, yaitu HBV (virus Hepatitis B), modifikasi pos translasi yang terjadi adalah pembentukan lipid lapisan ganda. Berdasarkan kajian in silico, maka modifikasi pos translasi yang dominan adalah Glikosilasi. Pencarian in silico terhadap database domain protein menemukan homologi yang sangat tinggi antara cVLP dengan Kapsid Virion HPV L1 tipe 16.