Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Bakteri pendegradasi senyawa hidrokarbon dapat diisolasi dari daerah yang terkontaminasi polutan, seperti habitat mangrove. Isolat bakteri SM1_7 telah diisolasi dari habitat mangrove Suaka Margasatwa Muara Angke, Jakarta Utara. Penelitian bertujuan untuk menganalisis kemampuan degradasi senyawa hidrokarbon dan mengarakterisasi isolat bakteri SM1_7. Pengukuran pertumbuhan dilakukan dengan metode viable plate count dan analisis senyawa hidrokarbon dengan GC/MS. Karakterisasi bakteri dilakukan dengan pengecatan Gram, pengamatan morfologi, dan karakterisasi biokimia. Hasil pengukuran pertumbuhan menunjukkan bahwa isolat bakteri SM1_7 mampu tumbuh di medium Bushnell Haas + 1% (v/v) minyak diesel yang menunjukkan peningkatan 2,3x109 CFU/mL menjadi 3,31x1011 CFU/mL setelah inkubasi 12 jam. Isolat bakteri SM1_7 mampu mendegradasi senyawa hexadecane (C16H35) sebanyak 13,95%, heptadecane (C17H36) sebanyak 17,66%, dan eicosane (C20H42) sebanyak 19,14%. Hasil karakterisasi fenotipik bakteri menunjukkan bahwa isolat bakteri SM1_7 diduga termasuk ke dalam genus Pseudomonas. ...... Hydrocarbon degrading bacteria can be isolated from contaminated areas, such as mangrove. Bacteria isolate SM1_7 has been isolated from mangrove habitat Suaka Margasatwa Muara Angke, North Jakarta. The objectives of the research is to analyze the capability of isolate SM1_7 for degrading hydrocarbons and characterize bacterial isolate SM1_7. Growth measurements was performed using viable plate count method and analysis of hydrocarbon degradation was carried out using GC/MS. Bacterial characterization was done using Gram stains, observing morphological characteristics, and analysis of biochemical characteristics. The results show that bacteria isolate SM1_7 is able to grow in Bushnell Haas medium + 1% (v/v) diesel oil displaying an increase from 2,3x109 CFU/mL to 3,31x1011 CFU/mL after 12 hours incubation. Bacteria isolate SM1_7 is able to degrade hexadecane (C16H35) 13,95%, heptadecane (C17H36) 17,66%, and eicosane (C20H42) 19,14%. The result of phenotypic characterization showed that bacteria isolate SM1_7 is assumed to be from genus Pseudomonas.

Abstrak :
ABSTRAK
Salah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya diagnosis untuk deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus tuberkulosis yang resisten terhadap beberapa obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis secara global. Dengan ditemukannya teknik molekuler "spoligotyping" (spacer olygonucleotide typing) yang dilakukan berdasarkan analisis keragaman jumlah dan letak daerah diantara lokus direct repeat (DR) DNA M, tuberculosis dan hibridisasi menggunakan pelacak spacer oligonucleotide yang terletak diantara daerah DR ini akan dapat memperlihatkan perbedaan antar galur. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan deleksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M. tuberculosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan kultur kuman.

Sebanyak 30 sampel yang terdiri dari 29 sampel klinik bakteri Al tuberculosis yang dikumpulkan dari 28 penderita tuberkulosis dan I sampel kuman standard Al BGC dilakukan pemeriksaan mikroskopik BTA, kultur pada media Lowenstein Jensen, uji bioldmia, uji resistensi serta ekstraksi DNA. DNA hasil ekstraksi kemudian diamplifikasi dengan menggunakan oligonukleotida DRa dan DRb 5'biotinylated sebagai primer untuk amplifikasi lokus direct repeat (DR) DNA M tuberculosis. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan pelacak (probe) yang terdiri dari I set oligonukleotida (43 jenis spacer oligonucleotides). Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan alat deteksi substrat kemiluminesen ECL (Amersham) dan dipaparkan pada film sinar-X ( Hyperfilm ECL; Amersham).

Dari hasil penelitian terlihat bahwa ekstraksi DNA M. tuberculosis dengan menggunakan metode Boom maupun Fenol-Kloroform dapat menghasilkan DNA dengan tingkat kemurnian atau nilai rasio absorbansi (a. 2601280) berkisar 1,4-1,9. Keberhasilan isolasi DNA ini telah dibuktikan dengan adanya pita DNA dalam gel agarosa dari hasil amplifikasi PCR dengan ukuran 541 bp, yang sesuai dengan fragmen DNA Al tuberculosis yang disintesis dengan menggunakan primer Pt8 dan Pt9. Hibridisasi telah dilakukan untuk menentukan galur pada 9 dari 30 sampel yang berhasil dikumpulkan dan di dapatkan 8 pola pita hibridisasi unik yang menunjukkan adanya 8 galur yang berbeda. Pada 2 sampel sputum yang dikumpulkan dalam 2 waktu pengambilan yang berbeda dari seorang penderita tuberculosis, memberikan pola pita hibridisasi yang sama. 4 galur MDR-TB (Multi Drug Resistance - Tuberculosis) dalam sampel penelitian ini mempunyai pola kekerabatan yang lebih dekat dibandingkan dengan 3 galur lainnya yang sensitif terhadap semua jenis Obat Anti Tuberculosis. Dari ke 9 sampel yang diidentifikasi dengan teknik spoligotyping, dapat menunjukkan perbedaan antar galur dan diperoleh 8 pola pita hibridisasi DNA Al. tuberculosis yang dapat digunakan sebagai penanda epidemiologi untuk bakteri penyebab penyakit tuberkulosis di Indonesia.

Teknik spoligotyping dapat menjadi alternatif disamping isolasi M. tuberculosis untuk mendeteksi adanya bakteri M. tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk memantau penyebaran kuman penyakit tuberkulosis yang sangat penting untuk dikembangkan lebih lanjut.

Abstrak :
Di alam banyak ditemukan jamur pelapuk kayu yang dapat dimakan. Salah satunya adalah genus Pleuratus (jamur tiram), yang merupakan salah satu perombak utama bahan lignoselulosa di hutan tropis (Kurtzman & Zadrazil, 1982). Jamur tersebut telah diterima masyarakat sebagai sumber bahan makanan tambahan (Suprapti, 1987). Jamur tiram memiliki nilai gizi cukup baik (Crisan & Sand, 1978; Bano & Rajarathnam, 1982, dan Djarwanto & Suprapti, 1992), Selain itu, jamur P. ostrecrrrrs dapat menghambat pertumbuhan tumor pada tikus sebesar 75,3% (Chang, 1993). Kayu akasia (Acacia mangium Willd.), damar (Agathis borneensis Warp.), dan karet (Hevecr brasiliensis Muell. Arg.) merupakan tiga dari beberapa jenis kayu yang dikembangkan sebagai pohon hutan tanaman industri. Di Indonesia, limbah lignoselulosa yang merupakan produk sampingan industri kehutanan terdapat melimpah. Tanpa perlakuan terhadap limbah tersebut maka proses pelapukan secara alami akan memakan waktu yang relatif lama, sehingga menimbulkan pencemaran lingkungan. Mempertimbangkan bahwa sumber daya kayu dan jamur pelapuk banyak terdapat di Indonesia, maka terbuka peluang untuk memanfaatkannya secara bersamaan sehingga akan diperoleh nilai tambah yang lebih baik dibandingkan apabila dimanfaatkan secara terpisah atau dibiarkan begitu saja. Dengan memanfaatkan kekayaan tersebut secara bijaksana, diharapkan akan mempunyai andil dalam pelestarian sumberdaya alam dan kemungkinan terbukanya lapangan kerja Baru. Ketahanan kayu yaitu daya tahan suatu jenis kayu terhadap beberapa faktor seperti jamur, serangga, dan binatang laut. Di daerah tropis, nilai suatu jenis kayu untuk keperluan konstruksi sangat ditentukan oleh keawetannya, karena kayu yang berkelas kuat satu, tidak akan ada artinya jika kelas awetnya rendah, sehingga kelas pakainya juga rendah. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui pertumbuhan dan produktivitas sembilan isolat jamur Pleurolus dalam mengkonversi limbah lignoselulosa menjadi biomasa yang dapat dimakan, dan kemampuan jamur tersebut melapukkan balok tiga jenis kayu hutan tanaman. Jenis jamur yang diteliti yaitu Pleurolus flabellalrrs Berk. & Br., P. oslrealus Jacq. ex Fr., dan P. sajor-caju (Fr) Sing., masing-masing terdiri dari tiga isolat yang diperoleh dari lapangan di Jawa Barat dan koleksi Puslitbang Hasil Hutan, Bogor. Untuk mengetahui pertumbuhan miselium jamur pada media agar dipergunakan Malt Extract Agar (MEA), dan Potato Dextrose Agar (PDA) dalam cawan petri. Media produksi dibuat dari serbuk gergaji kayu akasia, damar, dan karet, masing-masing sebanyak 77,5%, ditambah dengan dedak 20%, gips 1,0%, CaCO3 1,0%, urea 0,5%, dan air suling secukupnya. Masing-masing komposisi dicampur hingga homogen dan dimasukkan ke dalam kantong plastik PVC sebanyak 450 gram, kemudian disterilkan dan diinokulasi dengan isolat jamur tersebut. Efisiensi konversi biologi (EKB) dinyatakan dalam persentase bobot tubuh buah jamur segar terhadap bobot bahan media kering, sesuai dengan penelitian Silverio el al. (1981), Royse (1985), Diable & Royse (1986), dan Madan el al. (1987). Kemampuan jamur dalam melapukkan balok kayu diuji dengan metode Kolleflask sesuai standar DIN 52176. Sebagai pembanding digunakan Schizophyllum commune Fr. Data bobot tubuh buah, jumlah pilaus, frekuensi panen, nilai EKB dan pengurangan berat balok kayu dianalisis dengan menggunakan rancangan faktorial 3x3x3 (jenis kayu, jenis jamur dan isolat) dengan lima ulangan. Hasilnya menunjukkan bahwa miselium jamur Pleurolus dapat tumbuh baik pada media MEA maupun PDA. Laju pertumbuhan miselium pada media agar berkisar antara 5,5-8,8 mm/hari. Laju pertumbuhan yang tinggi ditemukan pada P. ostreatus isolat II, sedangkan yang rendah pada P. flabellatus isolat II. Isolat jamur yang cepat tumbuh untuk masing-masing jenis yaitu P. flabellatus isolat III, P. ostreatus isolat I dan II, dan P. sajor-caju isolat I dan III. Sampai umur tiga minggu setelah inokulasi, pertumbuhan miselium pada permukaan media serbuk gergaji kayu akasia paling cepat. Laju pertumbuhan miselium berturut-turut adalah P. ostreatus, diikuti P. sajor-caju, dan yang paling lambat adalah P. flabellatus. Laju pertumbuhan yang cepat adalah P. ostreatus isolat I & II, dan P. sajor-caju isolat I & III. Permulaan panen jamur tercepat adalah P. flabellatus isolat III, diikuti oleh P. flabellatus isolat II & I, dan yang paling lambat adalah P. sajor-caju isolat II. Frekuensi panen dan jumlah pileus P. flabellatus adalah paling tinggi. Frekuensi panen yang tinggi umumnya pada isolat II, sedangkan jumlah pileus isolat I umumnya paling banyak. Kemampuan jamur Neuron's dalam mengkonversi media yang paling tinggi adalah pada kayu karet, dan yang paling rendah pada kayu damar. Produktivitas dan biokonversi yang tinggi dihasilkan oleh P. ostretus isolat I dan II, P. flabellatus isolat I, sedangkan P. sajor-caju hampir sama untuk masing-masing isolat. P. flabellatus isolat I dan II merupakan strain yang berbeda dengan isolat III, P. ostreatus isolat I adalah satu strain dengan isolat III yang berbeda dengan isolat II, sedangkan P. sajor-caju isolat I dan III memiliki strain yang berbeda dengan isolat II. Pemanfaatan limbah serbuk gergaji tersebut merupakan salah satu upaya mengefisiensikan pemanfaatan sumber daya kayu yang berimplikasi pada konservasi sumber daya alam, karena biokonversi membantu mempertahankan lingkungan dari timbunan sisa bahan organik yang berlebihan, dan memberikan nilai tambah berupa biomassa jamur yang dapat dimakan. Kemampuan P. sajor-caju melapukkan kayu rendah, sedangkan kemampuan P. ostrealus lebih tinggi. Pada umumnya ketiga jenis jamur Pleurotus isolat II dan lII lebih merusak kayu daripada isolat I. Derajat pelapukan kayu akasia oleh jamur Pleurolus tidak berbeda dengan damar, sedangkan pada kayu karet lebih tinggi. Pengurangan berat kayu yang tinggi ditemukan pada kayu karet yang diinokulasi dengan P. ostreatus isolat II dan P. flabelatus isolat III. Kemampuan jamur Pleura's dalam melapukkan contoh uji balok kayu umumnya lebih rendah dibandingkan dengan S. commune.

Abstrak :
Salah satu penyebab kegagalan pengendalian tuberkulosis di Indonesia, adalah karena lemahnya deteksi dini kasus infeksi disamping kegagalan terapi kasus yang resisten terhadap obat anti tuberkulosis dan hambatan dalam melakukan kontrol tuberkulosis. Dengan ditemukannya teknik molekuler spoligotyping (spacer obgofrzicleolide tying) yang dilakukan berdasarkan polimorfisme/keragaman spacer diantara daerah direcz repeat (DR) pada genom M tuberculosis complex, dapat dilakukan pembedaan gaiur-galur diantara M tuberculosis complex. Peneiitian ini bertujuan untuk melakukan deteksi cepat sekaligus dapat membedakan galur M tubercosis langsung dari spesimen klinik tanpa melakukan pembiakan kuman. Sebanyak 29 sampei klinik bakteri M tuberculosis, terdiri dari 5 sampel sputum penderita tuberkulosis dan 24 sampel isolat M tuberculosis dilakukan pemeriksaan mikroskopik BTA, pembiakan pada medium Lowenstein-Jensen, uji biokimia, uji resistensi. Serta ekstraksi DNA. Sebagai standard digunakan l galur ,M bovis BCG dari vaksin BCG. DNA dari sampel isolat diekstraksi dengan fenol-kloroform, DNA dri sampel sputum dan M bovis BC G diekstraksi dengan metode Boom. DNA hasil ekstraksi dibulctikan dengan teknik PCR menggunakan pimer Pt8 & Pt9 untuk melihat fragmen spesifik DNA tuberculosis complex berukuran 54l bp. Pada teknik spoligogfping, uji PCR dilakukan dengan primer DRa dan DRb berlabel biotin untuk ampliiikasi sekwens direct repeat (DR) DNA M tuberculosis complex. DNA hasil amplifikasi dihibridisasi dengan 1 set pelacak yang terdiri dan 43 jenis oiigonukleotida space; menggunakan membran Hybond N'. Deteksi DNA hasil hibridisasi dilakukan dengan Streptavidin Horseradish Peroksidase dan alat deteksi substrat khemiluminesen ECL (Amersham) kemudian dipaparkan pada film sinar-X( Kodak). Hasil dan Kesimpulan: Sebanyak 8 sampel klinik dari penderita tuberkulosis dan 1 sampe1M bovis BCG, telah dianalisis dengan teknik spoligozjvping. Hasil identifikasi dari 9 sampel yang dihibridisasi menunjukkan 8 pola hibridisasi yang berbeda, satu diantara isolat MDR yang dianalisis, mempunyai pola hibtfidisasi yang identik dengan galur Beijing yang ditemukan luas di Asia Timur dan juga telah ditemukan di Inggris. Dua Sampel sputum dari seorang pendentatuberkulosis yang dikumpulkan dalam 2 kali pengambilan yang berbeda memberikan pola hibridisasi yang sama. Teknik spoligozyping dapat diterapkan Iangsung pada sampei kiinik untuk deteksi cepat infeksi M tuberculosis sekaligus dapat membedakan galur kuman pada penderita tuberkulosis, sehingga dapat digunakan untuk diagnosis dan pemantauan penyebaran kurnau penyakit tuberkulosis.

Abstrak :

Rubus fraxinifolius dan R. rosifolius merupakan tanaman Rubus yang dapat ditemukan di daerah pegunungan Indonesia. Kedua tanaman memiliki morfologi buah yang mirip yaitu berbentuk berry merah dan edible, serta mengandung senyawa golongan triterpenoid, polifenol dan flavonoid.  Beberapa spesies Rubus dilaporkan memiliki aktivitas sebagai antiaging yaitu antielastase, antioksidan, dan antitirosinase. Penelitian ini bertujuan untuk menelaah aktivitas antiaging secara in vitro pada ekstrak dan isolat dari tanaman R. fraxinifolius dan R. rosifolius. Batang, buah, dan daun kedua tanaman diekstraksi menggunakan alat Soxhlet serta dilakukan skrining aktivitas anti elastase dan antioksidan.  Selanjutnya terhadap ekstrak terpilih dilakukan pemisahan, fraksinasi dan isolasi senyawa. Isolat yang didapat diidentifikasi menggunakan spektrometri FTIR, ¹H-NMR, ¹³C-NMR, DEPT, HSQC, HMQC, HMBC, dan LC-MS, serta diuji aktivitas antielastase, antitirosinase dan sitotoksisitas pada sel fibroblast secara in vitro. Hasil ekstraksi bertingkat menunjukkan bahwa ekstrak metanol daun R. fraxinifolius memiliki aktivitas antielastase dan antioksidan tertinggi dengan masing-masing IC₅₀ 57,45 dan 4,33 µg/ml. Terhadap fraksi metanol daun R. fraxinifolius (DFM) dilakukan pemisahan menggunakan kromatografi cair vakum dan diperoleh 11 fraksi. Uji antielastase fraksi menunjukkan fraksi paling aktif adalah DFM8. Selanjutnya dilakukan isolasi lebih lanjut terhadap DFM8 dan diperoleh 3 isolat. Hasil elusidasi struktur menunjukkan bahwa ketiga isolat merupakan suatu triterpen pentasiklik tipe ursan. Hasil telaah data pengujian DEPT, HMQC, HSQC, HMBC serta IR dan MS disimpulkan senyawa DFM 8a adalah asam 2,3-glikol, 19α-hidroksi-12-ursen-23,28-dioat (C₃₂H₄₈O₇, BM 544); DFM8b asam 2,3-propanandiol, 19α-hidroksi-12-ursen-28-oat (C₃₃H₅₂O₅, BM 528,38); dan DFM8c asam 2,3-glikol-19α-hidroksi-23,24-nor-12-ursen-28-oat (C₃₀H₄₆O₅, BM 486,33). Ketiga senyawa hasil isolasi ini merupakan senyawa baru dan belum pernah ditemukan sebelumnya. Uji aktivitas antielastase senyawa DFM8a, DFM8b, dan DFM8c memiliki IC₅₀ berturut-turut adalah 122,199; 98,22; dan 54,33 µg/ml, serta antitirosinase dengan IC₅₀ 207,8; 221,5; dan 335,9 µg/ml. Uji toksisitas menunjukkan bahwa ekstrak DFM, fraksi DFM8, dan isolat DFM8b tidak toksik terhadap sel fibroblas NIH/3T3.

---

Rubus fraxinifolius and R. rosifolius are Rubus genus, which can be found in the mountain of Indonesia. Both plants have similar fruit morphology: red and edible berries and contain triterpenoid, polyphenols, and flavonoids. Some species of Rubus are reported to have antiaging activity, antielastase, antioxidant, and antityrosinase. This study aims to examine the in vitro antiaging activity of extracts and isolated compounds from R. fraxinifolius and R. rosifolius. The stems, fruits, and leaves of both plants were extracted and screened for antielastase and antioxidant activity. Furthermore, the selected extracts were separated, fractionated, and isolated to yield isolates. The obtained isolates were identified using FTIR spectrometry, ¹H-NMR, ¹³C-NMR, DEPT, HSQC, HMQC, HMBC, and LC-MS, and also were tested for antielastase, antityrosinase, and cytotoxicity activities in fibroblast cells. The continuous extraction results showed that the methanol extract of R. fraxinifolius leaves had the highest antielastase and antioxidant activity with IC₅₀ 57.45 ppm and 4.33 ppm, respectively. The methanol fraction of R. fraxinifolius (DFM) leaves were separated using vacuum liquid chromatography and obtained 11 fractions. The antielastase assay of fractions gave the most active fraction was DFM8. Then, further isolation of DFM8 was carried out, and three isolates were obtained. The structural elucidation showed that the three isolates were ursane-type of pentacyclic triterpenes. The results of DEPT, HMQC, HSQC, HMBC, IR and MS spectrometry test concluded that the compound DFM 8a was 2,3-glycol, 19α-hydroxy-12-ursen-23,28-dioic acid (C₃₂H₄₈O₇, MW 544); DFM8b 2,3-propanandiol, 19α-hydroxy-12-ursen-28-oic acid (C₃₃H₅₂O₅, MW 528.38); and DFM8c 2,3-glycol-19α-hydroxy-23,24-nor-urs-12-en-28-oic acid (C₃₀H₄₆O₅, MW 486.33). All isolated compounds are new compounds and have never been found before. The IC₅₀ of antielastase activity of DFM8a, DFM8b, and DFM8c were 122.199; 98.22; and 54.33 ppm, respectively, and the IC₅₀ of antityrosinase activity were 207.8; 221.5; and 335.9 ppm, respectively. Toxicity tests showed that the DFM extract, the DFM8 fraction, and the DFM8b were not toxic to NIH/3T3 fibroblast cells.

Abstrak :
Filtrat biakan yang diperoleh dlpekatkan, kemudian dilakukan pengujian anatisa karakterisasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasr enzim a-amilase ekstraseluler yang dihasilkan dari isolat bakteri SW2. Isolasi dilakukan setelah bakteri tersebut difermentasi pada media pati kentang selama 39 jam pada temperatur 60°C, pH 7,5 di dalam shaker incubator yang berkecapan 150 rpm. Uji karakterisasi enzim meliputi; penentuan temperatur dan pH optimum, penentuan stabilitas i' termal enzim, penentuan aktivator dan inhibitor, penentuan berat molekul, pengaruh penyimpanan terhadap stabilitas enzim serta penentuan produk hidrolisis substrat yang dikatalisis enzim. Enzim a-amilase yang diperoleh memiliki aktivitas optimum pada temperatur 70°C dan pH 6,0. Enzim tersebut merupakan a-amilase logam yang bersifat termofil dan termostabil. Ion logam yang meningkatkan aktivitas enzim adalah Na"^, \C, Ca^* dan Mn^"^ sedangkan ion logam yang menghilangkan aktivitas enzim adalah Ni^"^, Zn^* dan Fe^"^, aktivitas enzim berkurang dengan adanya SDS dan urea. Berat molekul enzim kasar a-amilase ekstraseluler SW2 diperkirakan sekitar 180 kDa. Reaksi hidrolisis yang dikatalisis a-amilase ini pada berbagai polisakarida menghasilkan produk utama G1, G2, G3, G4 dan cabang dekstrin. Uji stabilitas, terhadap penyimpanan selama 4 bulan, menunjukkan aktivitas enzim mengalami penurunan sebesar ±29% bila disimpan pada temperatur 4°C dan penurunan sebesar ±50% bila disimpan pada temperatur 30°C.