Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit menular coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus corona baru yang dikenal sebagai severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Virus ini masuk ke dalam tubuh manusia melalui interaksi protein spike SARS-CoV-2 dengan Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 merupakan seng metalopeptidase yang banyak diekspresikan di sel epitel saluran pernapasan. Menargetkan reseptor ACE2 dianggap sebagai target terapeutik penting dalam mengendalikan COVID-19. Penelitian in silico ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor ACE2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang terdapat pada pangkalan data Herbal DB dengan metode penapisan virtual berbasis penambatan molekuler menggunakan makromolekul ACE2 (PDB ID: 1R4L). Berdasarkan hasil optimasi dan validasi, diperoleh parameter terbaik menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box sebesar 22,5 x 22,5 x 22,5 Å, exhaustiveness 16 dan num modes 9. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 14 peringkat senyawa terbaik dengan ∆G terendah, yaitu Kuwanon G, Kasiamin C, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-feruloil)glukosida 4'-O-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Kasiaflavan-(4αà8)-epiafzelekin, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-p-kumaroil)glukosida 4'-O-glukosida, Kameliasida B, Galokatekin-(4αà8)-epigalokatekin-3-O-galat, ent-Epiafzeiekin-(4αà8)-epiafzelekin, Klitorin, Asam lantat, Nimolisinol, Prosianidin B1 dan Prodelfinidin B1. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul ACE2, yaitu Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 dan Tyr515. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 14 senyawa tersebut berpotensi menjadi kandidat inhibitor ACE2.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease caused by a novel coronavirus known as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters the human body through the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 is a zinc-dependent metallopeptidase that is widely expressed in respiratory epithelial cells. Targeting the ACE2 receptor is considered an important therapeutic target in controlling COVID-19. This in silico study was aimed to obtain candidate ACE2 inhibitors from Indonesian natural compounds in Herbal database using molecular docking-based virtual screening method. Based on the results of optimization and validation, the best parameters were obtained using AutoDock Vina in PyRx with a grid box size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å, exhaustiveness 16 and num modes 9. Based on virtual screening, 14 compounds were obtained with the lowest ∆G: Kuwanone G, Cassiamin C, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-feruloyl)glucoside 4'-O-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy- 6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Cassiaflavan-(4αà8)-epiafzelechin, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-p-coumaroyl)glucoside 4'-O-glucoside, Camelliaside B, Gallocatechin-(4αà8)-epigallocatechin-3-O-gallate, ent-Epiafzeiechin-(4αà8)-epiafzelechin, Clitorin, Lantic acid, Nimolicinol, Procyanidin B1 and Prodelphinidin B1 . Most of these compounds interacted with amino acid residues at the active site of ACE2 macromolecule, namely Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 and Tyr515. Therefore, it can be concluded that these 14 compounds are potential candidates for ACE2 inhibitors."

"Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) merupakan enzim yang berperan pada proses perbaikan DNA Single Strand Break (SSB) yang mengkatalisis proses Poly(ADP-ribosyl)ation atau PARylation. Kerusakan DNA yang terdapat pada sel kanker kolorektal memicu enzim PARP-1 untuk memperbaiki kerusakan tersebut dan menjaga kelangsungan hidup sel kanker. Inhibisi PARP-1 dilakukan untuk mencegah perbaikan DNA yang terjadi pada sel kanker kolorektal. Penelitian ini dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB untuk mendapatkan senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PARP-1. Penelitian ini menggunakan makromolekul dengan PDB ID 6NRI dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, nilai exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Cassiamin C (-13,9 kkal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11,8 kkal/mol), Chitranone (-11,7 kkal/mol), Cassameridine (-11,6 kkal/mol), Palmarumycin CP1 (-11,4 kkal/mol), Yuehchukene (-11,3 kkal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-11,1 kkal/mol), Roxburghine B (-11,1 kkal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kkal/mol), dan Withanolide (-11 kkal/mol). Berdasarkan afinititas penambatannya, kesepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai kandidat inhibitor PARP-1 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) is an enzyme that plays a role in the DNA Single Strand Break (SSB) repair process that catalyzes the process of Poly(ADP-ribosyl)ation or PARylation. DNA damage in colorectal cancer cells triggers the PARP-1 enzyme to repair the damage and keep cancer cells alive and replicate. PARP-1 inhibition was performed to prevent DNA repair that occurs in colorectal cancer cells. This research is an in silico study with a virtual screening method for natural compounds contained in the HerbalDB database to obtain compounds that have potential as PARP-1 inhibitors. This study uses a macromolecule with PDB ID 6NRI from the RCSB PDB page. The best parameter obtained from the optimization and validation process used in the virtual filtering process is using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 18.75 x 18.75 x 18.75 , exhaustiveness value of 8, and num mode 9. Virtual screening process shows 10 compounds with the best binding affinity, namely Cassiamin C (-13.9 kcal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11.8 kcal/mol), Chitranone (-11.7 kcal/mol ), Cassameridine (-11.6 kcal/mol), Palmarumycin CP1 (-11.4 kcal/mol), Yuehchukene (-11.3 kcal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3 -o- gallate (-11.1 kcal/mol), Roxburghine B (-11.1 kcal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kcal/mol), and Withanolide (-11 kcal/mol). Based on their binding affinity, the ten compounds have potential as PARP-1 inhibitor candidates and can be used for further research.

"

"Terapi kanker kolorektal dengan menggunakan agen kemoterapi seperti 5-flourourasil, kapesitabin, irinotekan, leukovorin, dan oksaliplatin memiliki permasalahan terkait tingkat toksisitasnya yang tinggi, selain itu agen kemoterapi bekerja secara tidak spesifik pada target tertentu yang dapat merusak sel-sel normal sehingga diperlukan obat yang bekerja secara selektif pada reseptor tertentu. Berdasarkan beberapa penelitian mengenai kanker kolorektal, telah ditemukan sebuah reseptor yang terlibat pada mekanisme kanker kolorektal. Reseptor tersebut adalah TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor TNIK yang berasal dari senyawa bahan alam Indonesia yang diprediksi memiliki potensi untuk menghambat sel kanker kolorektal . Senyawa bahan alam yang berasal dari pangkalan data HerbalDB dilakukan penapisan virtual terhadap reseptor target TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ) dengan ID 5AX9 pada situs RSCB PDB. Penapisan virtual dilakukan menggunakan program AutoDock yang telah divalidasi sebelumnya menggunakan senyawa pengecoh. Program penambatan AutoDock divalidasi menggunakan parameter EF dan AUC. Grid box yang dipilih berdasarkan hasil validasi, yakni grid box 60 x 60 x 60 dengan evaluasi energi maksimal sebesar 250.000 (Short). Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa yang memberikan nilai ΔG terbaik, yaitu Mutatokrom, Anteraksantin, Mangostenon a, Violaksantin, Morusin, Kriptokrom, Erikristagallin, (+)-Talrugosin, Kasiamin c, Stigmastanol. Nilai energi pengikatan yang diberikan dari kesepuluh senyawa tersebut berada pada rentang -11,17 – 9,79 kkal/mol sehingga dapat disimpulkan bahwa sepuluh senyawa hasil penelitian tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor TNIK.

---

Colorectal cancer therapy using chemotherapeutic agents such as 5-flourouracil, capecitabin, irinotecan, leucovorin, and oxaliplatin has problems related to its high level of toxicity, besides that chemotherapeutic agents don’t work specifically on certain targets so that they can damage normal cells, so the drugs that work selectively on certain receptors are needed . Based on several studies about colorectal cancer, a receptor has been found which is involved in colorectal cancer mechanism. This receptor is TNIK (TRAF2 and NCK-interacting Kinase). The aim of this research is to find candidates for TNIK inhibitors derived from Indonesian natural compounds which are predicted to have the potential to inhibit colorectal cancer cells. Natural compounds derived from the HerbalDB database were subjected to virtual screening using TNIK as a target receptor (TRAF2 and NCK-interacting Kinase ) ID 5AX9 obtained on the RSCB PDB site. Virtual screening was done using an AutoDock program that had been previously validated using actives and decoys compounds. The AutoDock program was validated using the parameters of EF and AUC. The grid box which was used in virtual screening using AuotoDock based on the validation results is 60 x 60 x 60 with a maximum energy evaluation 250,000 (Short). Based on the results of virtual screening, ten compounds which gave the best ΔG values were Mutatochrome, Antheraxanthin, Mangostenone a, Violaxanthin, Morusin, Cryptochrome, Erycristagallin, (+)-Thalrugosine, Cassiamin c, Stigmastanol. The binding energy values ​​given from the ten compounds were in the range of -11.17 to 9.79 kcal/mol so it can be concluded that the ten compounds from the virtual screening results could be proposed as candidate TNIK inhibitors."