Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Avian influenza H5N1 hingga akhir Februari 2007 telah menyerang 102 orang dan menevvaskan 81 orang yang terinfeksi di Indonesia. Dengan mempertimbangkan makin tingginya angka kejadian dan mortalitas akibat penyakit ini, diperlukan metode untuk deteksi dini infeksi virus serta perlu dipelajari epitope virus agar dapat dibuat ranoangan vaksin. Pembuatan desain primer dari sekuens nukleotida segmen 5 (nukleokapsid protein) virus H5N1 di Indonesia dilakukan dengan software off-/ine FastPCR versi 4.0. Untuk memprediksi epitope peptide binding-MHC l terhadap nukleokapsid protein (NP) virus H5N1 di Indonesia, digunakan program on-line peptide binding to MHC class l molecules dengan alamat situs vi/vi/vv.immuneepitope.org. Dari studi in silioo, diperoleh 11 maoam left primer dan 6 maoam nght primer yang khas untuk sekuen nukleotida NP tertentu. Pada prediksi epitope peptide binding-MHC l, epitop NP mempunyai afinitas tinggi di 18 allele. Afinitas tertinggi terdapat pada allele 55401, untuk epitop LPACVYGLA dengan nilai |C50 sebesar 0,74 n|V|. Hal Iain yang juga perlu diperhatikan dalam prediksi epitop yaitu ikatan yang munoul pada allele A0201, hanya ada pada sekuen protein ke 59 (A/Indonesia/CDC184/2005(H5N1)), untuk epitop RLIQNSITV dengan nilai |050 sebesar 43,1 nIV|. Terdapat perbedaan antara prediksi epitop NP menggunakan database viral protein dengan protein hasil translasi sekuens nukleotida yang diperoleh dari amplifikasi DNA. Perbedaan itu disebabkan karena perbedaan panjang protein hasil translasi dengan protein database. Prediksi epitop hasil translasi mempunyai afinitas tinggi terhadap IVIHC kelas nanya di 'I5 allele dengan perbedaan pada allele AO206, A1 '|O'|, dan B4403_ Epitop-epitop pada allele tersebut berada pada bagian-bagian yang tidak teramplifikasi ketika dilakukan PCR in Sillco yaitu bagian terminal Sekuen asam amino protein database.

Abstrak :
Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K. ......Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K.