Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 17 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Muhammad Ichsan
Abstrak :
Avian influenza H5N1 hingga akhir Februari 2007 telah menyerang 102 orang dan menevvaskan 81 orang yang terinfeksi di Indonesia. Dengan mempertimbangkan makin tingginya angka kejadian dan mortalitas akibat penyakit ini, diperlukan metode untuk deteksi dini infeksi virus serta perlu dipelajari epitope virus agar dapat dibuat ranoangan vaksin. Pembuatan desain primer dari sekuens nukleotida segmen 5 (nukleokapsid protein) virus H5N1 di Indonesia dilakukan dengan software off-/ine FastPCR versi 4.0. Untuk memprediksi epitope peptide binding-MHC l terhadap nukleokapsid protein (NP) virus H5N1 di Indonesia, digunakan program on-line peptide binding to MHC class l molecules dengan alamat situs vi/vi/vv.immuneepitope.org. Dari studi in silioo, diperoleh 11 maoam left primer dan 6 maoam nght primer yang khas untuk sekuen nukleotida NP tertentu. Pada prediksi epitope peptide binding-MHC l, epitop NP mempunyai afinitas tinggi di 18 allele. Afinitas tertinggi terdapat pada allele 55401, untuk epitop LPACVYGLA dengan nilai |C50 sebesar 0,74 n|V|. Hal Iain yang juga perlu diperhatikan dalam prediksi epitop yaitu ikatan yang munoul pada allele A0201, hanya ada pada sekuen protein ke 59 (A/Indonesia/CDC184/2005(H5N1)), untuk epitop RLIQNSITV dengan nilai |050 sebesar 43,1 nIV|. Terdapat perbedaan antara prediksi epitop NP menggunakan database viral protein dengan protein hasil translasi sekuens nukleotida yang diperoleh dari amplifikasi DNA. Perbedaan itu disebabkan karena perbedaan panjang protein hasil translasi dengan protein database. Prediksi epitop hasil translasi mempunyai afinitas tinggi terhadap IVIHC kelas nanya di 'I5 allele dengan perbedaan pada allele AO206, A1 '|O'|, dan B4403_ Epitop-epitop pada allele tersebut berada pada bagian-bagian yang tidak teramplifikasi ketika dilakukan PCR in Sillco yaitu bagian terminal Sekuen asam amino protein database.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2007
S30453
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Dwi Mustika Handayani
Abstrak :
Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K. ......Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
S55619
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Katrin Widani
Abstrak :
Penelitian ini membahas tentang gambaran epidemiologi kasus konfirmasi Avian Influenza dan pengetahuan, sikap petugas serta ketersediaan Logistik di Puskesmas Wilayah Kota Tangerang Tahun 2008. Latar belakang pemilihan judul skripsi ini adalah tingginya angka kematian Flu Burung di wilayah Kota Tangerang dan belum diketahui nya pengetahuan dan sikap petugas terhadap kejadian Avian Influenza serta ketersediaan logistik di puskesmas. Rancangan penelitian adalah serial kasus dan potong lintang. Untuk serial kasus merupakan data mengenai gambaran epidemiologi kejadian Avian Influenza di wilayah Kota Tangerang dan desain potong lintang digunakan untuk menggambarkan pengetahuan, sikap petugas, dan ketersediaan logistik di puskesmas wilayah Kota Tangerang. Analisis data secara univariat dan tabulasi silang antara karakteristik individu dengan pengetahuan dan sikap. Data dalam penelitian ini adalah data primer dan data sekunder. Data primer diambil dengan menggunakan kuesioner. Jumlah sampel dari penelitian ini adalah 45 orang. Hasil penelitian menyebutkan bahwa gambaran epidemiologi kejadian Avian Influenza di Wilayah Kota Tangerang Paling banyak terjadi pada usia diantara 15 sampai 35 tahun, ada persamaan proporsi antara laki-laki dan perempuan yang menderita kasus Avian Influenza, hanya 1 orang yang memiliki pekerjaan berisiko yaitu sebagai penjual pupuk yang bersinggungan langsung dengan produk unggas, gejala yang dialami oleh kasus adalah batuk, sesak nafas, dan pneumonia. kasus memiliki kecepatan deteksi dini yang lama, yaitu lebih dari 5 hari. Kasus yang memiliki lama sakit lebih dari 6 hari menga lami kematian. kasus sebagian besar datang ke klinik swasta untuk memeriksakan dirinya, kasus banyak terjadi pada bulan januari dan di kecamatan cipondoh.Tingkat Pengetahuan Petugas Puskesmas sebagian besar memiliki pengetahuan yang baik dan lebih dari setengah petugas puskesmas memiliki sikap kurang baik terhadap kejadian Avian Influenza. Pengetahuan dan sikap mengenai penyakit Avian influenza berdasarkan karakteristik petugas puskesmas menunjukkan karakteristik petugas yang memiliki pengetahuan dan sikap baik, yaitu petugas berusia < 30 tahun, perempuan, pernah ikut pelatihan, pernah memiliki pengalaman terhadap kasus AI pada manusia, dan memiliki beban kerja hanya 1 program. Pengetahuan yang baik petugas puskesmas memiliki karakteristik pendidikan lanjutan SMU, lama masa kerja ≤ 10 tahun memiliki aktivitas lain di luar sebagai petugas, pernah melakukan penyelidikan epidemiologi, dan pernah melakukan penyuluhan. Sikap yang baik memiliki karakteristik pendidikan sederajat SMU, masa kerja ≤ 10 tahun, tidak pernah mengikuti penyelidikan epidemiologi, dan tidak pernah melakukan penyuluhan. Ketersediaan logistik di puskesmas Kota Tangerang umumnya sudah cukup baik meliputi Tamiflu, pemeriksaan laboraturium, Keberadaan alat pelindung diri, media Informasi, dan sistem surveilans ILI dan Pneumonia. Dari penelitian ini disarankan untuk melakukan sosialisasi tentang penyakit Avian Influenza kepada klinik swasta untuk kecepatan deteksi dini, sosialisasi kepada masyarakat untuk mengandangkan unggas, pelatihan untuk petugas puskesmas, melengkapi sarana logistik yang masih kurang.
Depok: Universitas Indonesia, 2008
S-Pdf
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Nur Salim Ridlo
Abstrak :
Kemampuan virus Influenza A dalam menginfeksi manusia sangat bergantung pada receptor binding yang dimiliknya. Protein yang berfungsi sebagai receptor binding pada virus ini adalah haemagglutinin. Influenza A akan mampu menginfeksi manusia dan dapat menyebar antar manusia apabila protein haemagglutinin telah mengenali SA α-2,6 Gal sebagai receptor pada manusia. Virus Influenza A subtipe H5N1 telah ditemukan dapat menginfeksi manusia namun belum mampu menular antar manusia. Dari hasil analisis mutasi terhadap sekuan haemagglutinin didapatkan bahwa sekuen protein haemagglutinin pada virus H5N1 belum menyamai sekuan protein haemagglutinin pada virus Influenza A yang telah menjadi pandemik yaitu subtipe H1N1, H2N2, dan H3N2 sehingga belum mampu menyebar antar manusia. Sekuan utama yang mendukung penyebaran pada manusia adalah asam amino posisi 226 dan 228 pada protein Haemagglutinin. Pada saat virus menjadi pendemik maka asam amino posisi 226 telah berubah menjadi Leu dan pada posisi 228 telah berubah menjadi Ser. Sedangkan pada virus H5N1 masih berupa Gln pada posisi 226 dan Gly pada posisi 228 yang merupakan pengenal SA α-2,3 Gal receptor pada burung. Selain pada posisi tersebut perbedaan juga ditemukan pada posisi 251 dan posisi 258. Pada subtipe yang telah menjadi pandemik sekuen posisi 251 adalah Leu dan posisi 258 adalah Phe, sedangkan pada H5N1 Phe pada 251 dan Tyr pada 258. Dari hasil ini dapat diprediksi sekuen H5N1 yang dapat menjadi pandemik yaitu apabila telah terjadi perubahan pada sekuen posisi 226 dan 228 serta didukung dengan perubahan pada posisi 251 dan 258.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2008
S30368
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
cover
Rame
Abstrak :
Influenza) AI H5N1 merupakan salah satu penyakit menular akibat virus yang sangat menakutkan karena dapat menjadi pandemik dan mortalitasnya yang sangat tinggi pada manusia. Vaksin AI H5N1 untuk manusia sangat sulit dibuat terkait tingginya HLA polymorphism pada manusia dan virus H5N1 yang mudah bermutasi melalui antigenic drift dan reassortment. Beberapa epitope telah diprediksi dari perwakilan protein hemagglutinin, neuraminidase, dan matrik 2 baik host human maupun host avian yang diseleksi melalui multiple sequence alignment (server T-Coffee). Pendekatan in silico dilakukan melalui kombinasi prediksi pada tahap-tahap respon imun oleh adanya antigen yaitu; proteasomal cleavage (PAPROC), Transporter Antigen Processing (TAP) binding (TAPPred), dan Major Histocompatibility complex (MHC) I binding (ProPredI) pada 47 allele Human Leukocyte Antigen (HLA) A, B dan C. Untuk meningkatkan respon imun, epitope MHC II juga diprediksi melalui ProPredII pada 51 allele HLA-DR. Epitope B-cell diprediksi dengan DiscoTope 1.0 server (conformational epitope) dan BepiPred 1_0b Server (sequential epitope). Vaksin peptida polyvalent (polytope) diperoleh dari kombinasi terbaik epitope B-cell dan T-cell sebagai representasi variasi allele HLA dan protein virus sehingga diharapkan mampu memberikan respon imun humoral dan selular terhadap lebih dari satu subtipe virus H5N1 dan/ atau mencegah virus influenza tipe A lain. Kandidat vaksin ditentukan berdasarkan konservasi score dan evaluasi visual accessibility struktur 3D. Struktur 3D virus dan vaksin diprediksi dan dimodelling menggunakan server CPHmodels dan Molecular Visualisation & Modelling (MVM). Hasil struktur 3D dianalisis dan divalidasi menggunakan MVM, Ramachandran Plot (RAMPAGE), BLASTp (database protein human- PDB virus native), dan FeatureMap3D. Kandidat vaksin peptida yang terdiri dari 260 asam amino dari epitope MHC I, MHC II, dan B-cell ternyata masih memiliki struktur 3D yang mirip dengan protein envelope virus native sehingga diprediksi dapat memicu respon imun yang sama seperti pada protein virus native.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2007
T40057
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Elizabeth Ika Prawahju Arisetianingsih
Abstrak :
Expression of Virus Like Particles (VLP) containing the Influenza A haemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) may require simultaneous expression ofthe genes that encodes the proteins in order to obtain a balanced composition of I-IA and NA molecules in the VLP for optimal induction of protective immune response due to the increase of NA molecules in the VLP vaccine preparation. Such a condition can be more easily achieved by placement of the genes in the same vector DNA. A DNA construct for simultaneous expression of H5N1 Irriluenza A HA and NA proteins was thus constructed utilizing a pre constructed vector as the initial backbone DNA, which was a pcDNA3.I/His A plasmid that contained an insertion of the H5N1 NA gene. The sequences of internal ribosomal entry site (IRES) belonging to Murine Leukemia Virus (MLV) and Human Immrmodeficiency Virus (HIV), the HA gene of H5N1 influenza A, and the bsf gene of HIV IRES were introduced into the backbone DNA, such that the resulting DNA contains the MLV IRES upstream to the NA gene and the HIV IRES upstream to the HA gene, while the bsf gene was placed in between the NA gen and the HIV IRES. The IRES sequences were introduced for simultaneous expression of the HA and NA genes during the G2/ Mitosis phase of the cell cycle, while the bsf gene was introduced to prevent reinitiation process after termination of translation. The orientation and the accuracy of the nucleotide sequences of the inserted DNA fragments were analyzed using PCR and nucleotide sequencing. A clone that bears the inserted DNA fragments in the correct orientations with nucleotide sequences that have been confirmed by nucleotide sequencing to support proper expression of the HA and NA proteins, was obtained.
Ekspresi Virus Like Particles (VLP) mengandung haemagglutinin (HA) dan neuraminidase (NA) Iniluenza A mungkin memerlukan ekspresi gen yang mengkode protein secara simultan supaya memperoleh komposisi molekul HA dan NA dalam VLP untuk induksi optimal respon imun protektif karena peningkatan molekul NA dalam penyiapan vaksin VLP. Kondisi tersebut dapat dengan mudah dicapai melalui penempatan gen dalam vektor DNA yang sama. Rancangan DNA untuk ekspresi protein HA dan NA Influenza H5Nl, kemudian dibuat menggunakan vektor pra konstruksi sebagai DNA backbone awal, yaitu plasmid pcDNA3.l/His A yang mengandung gen sisipan NA HSN1. Sekuen internal ribosomal entry site (IRES) Murine Leukemia Vims (MLV) dan Human Immimodeiicieney Virus (HIV), gen HA Influenza A HSN1, dan gen bsf-IRES HIV dimasukkan ke dalam DNA backbone, sehingga menghasilkan DNA yang mengandung IRES MLV pada hulu gen NA dan IRES HIV pada hulu gen HA, sedangkan gen bsf terletak di antara gen NA dan IRES HIV. Sekuen IRES dimasukkan untuk ekspresi gen HA dan NA secara simultan selama fase G2 / mitosis dalam siklus sel, sedangkan gen bsf dimasukkan untuk menoegah proses reinisiasi setelah terminasi translasi. Orientasi dan akurasi sekuen nukleotida iiagmen DNA sisipan dianalisis menggunakan pobrmerase chain reaction (PCR) dan sequencing nukleotida. Klona yang membawa fragmen DNA sisipan dengan selcucn nukleotida dalam orientasi benar telah dikonfirmasi melalui sequencing nukleotida untuk mendukxmg kebeuaran ekspresi protein HA dan NA yang diperoleh.
Depok: Universitas Indonesia, 2009
T32307
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Sipahutar, Feimmy Ruth Pratiwi
Abstrak :
ABSTRAK
Sejak Tahun 2003-2013, Indonesia menempati urutan teratas dalam jumlah kasus dan mortalitas yang mencapai 192 kasus avian influenza dan mengakibatkan 160 orang meninggal dunia. Avian influenza disebabkan oleh virus influenza A subtipe H5N1. Virus H5N1 memiliki dua target utama dalam netralisasi virus, yaitu hemaglutinin dan neuraminidase. Hemaglutinin dan neuraminidase bersifat antigenik menyebabkan sifat patogenitas virus H5N1 dari unggas ke manusia. Salah satu intervensi imun yang paling efektif dalam mengurangi jumlah kasus avian influenza yaitu vaksin. Beberapa vaksin influenza yang diimunisasikan tidak memberikan perlindungan sistem imun secara menyeluruh. Hal ini disebabkan karena vaksin tersebut tidak mengikat epitope patogen. Perancangan epitope sebagai vaksin dari hemaglutinin dan neuraminidase dilakukan dengan pendekatan secara immunoinformatika, untuk memprediksi epitope yang berikatan dengan sel B dan sel T (HLA kelas I dan kelas II). Server BCPred digunakan untuk memprediksi sel B, serta server Propred, Propred I, netMHCpan dan netMHCIIpan digunakan untuk memprediksi epitope sel T. Hasil prediksi memperoleh 2 kandidat epitope hemaglutinin dan 1 kandidat epitope neuraminidase sel B yang akan terikat dengan sel T CD4+ (HLA kelas II), serta 5 kandidat epitope hemaglutinin dan 4 kandidat epitope neuraminidase sel T yang akan berikatan dengan sel T CD8+ (HLA kelas I). Visualisasi epitope menggunakan MoE 2008.10, dilakukan untuk menunjukkan afinitas ikatan epitope-HLA berdasarkan nilai minimum energi bebas (ΔG). Visualisasi epitope hemaglutinin menghasilkan 4 epitope terbaik (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, dan IGTSTLNQR) dan 2 epitope neuraminidase (NPNQKIITI dan CYPDAGEIT) yang memiliki afinitas pengikatan yang terbaik dari ligand HLA.0
ABSTRACT
From 2003 to 2013, Indonesia has the highest number of human cases and mortality for avian influenza A, 192 cases with 160 fatalities. Avian influenza is caused by influenza A virus subtype H5N1. This virus has two primary target to neutralize the virus, namely haemagglutinin and neuraminidase. They were antigenically inducing the pathogenicity of birds to human. The most effective immunologic intervention is vaccine. Some of the existing influenza vaccines were not providing sufficient protection for human?s immune system. It is caused by inability of the vaccine binding to the pathogenic epitope. Designing epitope based vaccine from haemagglutinin and neuraminidase has been done by immunoinformatic approach, in order to predict the binding of epitope cell B and T (class I and class II HLA). BCPred server was utilized to predict B cell epitope and Propred, Propred I, netMHCpan, netMHCIIpan were utilized to predict T cell epitope. Two B cell epitope of haemagglutinin candidates and one B cell epitope of neuraminidase candidates were obtained to bind T cell CD4+ (class II HLA), and also fiveT cell epitope haemagglutinin and four T cell epitope neuraminidase were obtained to bind T cell CD8+ (class I HLA). The visualization of epitope was using MoE 2008.10. It shows the binding affinity of epitope- HLA based on minimum free energy (ΔG). Based on the result visualization, four epitopes haemaglutinin (MEKIVLLLA, CPYLGSPSF, KCQTPMGAI, and IGTSTLNQR) and two epitopes neuraminidase (NPNQKIITI and CYPDAGEIT) were computed as having the best binding affinity from HLA ligand.
2013
T35520
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ekawati Betty Pratiwi
Abstrak :
Virus Influenza A H5N1 sampai saat ini masih menjadi masalah kesehatan yang signifikan. Kemampuan genetic drift dan shift virus dapat menjadi ancaman bagi efikasi vaksin influenza A H5N1 yang ada saat ini. Pengembangan vaksin influenza berbasis respon sel T CD8 diharapkan dapat memberikan daya proteksi silang yang lebih luas. FATTC-CTL assay merupakan suatu metode pengukuran aktivitas sel sitotoksik sel T CD8 melalui kuantifikasi lisis sel target pengekspresi antigen dan protein penanda oleh sel T CD8. Tahapan awal untuk pembuatan FATTC-CTL assay adalah konstruksi plasmid penyandi mRNA bisistronik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkonstruksi plasmid penyandi mRNA bisistronik pengekspresi protein Hemaglutinin (HA) dari H5N1 dan protein penanda enhanced Green Fluorescent (eGFP) melalui sistem internal ribosome entry site (IRES). Gen eGFP, HA H5N1, dan elemen IRES HIV-1 diklona ke dalam vektor ekspresi mamalia pcDNA5FRT/TO. Konstruksi plasmid rekombinan penyandi mRNA bisistronik tersebut kemudian ditransfeksi transien ke dalam sel CHO-K1. Analisis ekspresi dari plasmid bisistronik dilakukan dengan pengamatan hasil pewarnaan imunofluoresens menggunakan mikroskop konfokal. Kuantifikasi ekspresi sel pengekspresi eGFP diketahui menggunakan perangkat TALI cytometer. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen Hemaglutinin (HA) H5N1, sekuen IRES HIV-1, dan eGFP berhasil diklona ke dalam vektor plasmid pcDNA5FRT/TO. Pengujian transfeksi transien terhadap seluruh klona plasmid, yaitu plasmid wild type pcDNA5FRT/TO, pcDNA5FRT/TO-eGFP, pcDNA5FRT/TO-IRESHIV1-GFP, pcDNA5FRT/TO-HA H5N1 dan pcDNA5FRT/TO-HA H5N1-IRESHIV1-GFP ke dalam sel CHO-K1 menunjukkan bahwa protein Hemaglutinin dan eGFP berhasil diekspresikan. Perbandingan rerata sel CHO-K1 pengekspresi eGFP dari sel setelah ditransfeksi dengan setiap konstruksi plasmid tersebut di atas menunjukkan bahwa ekspresi eGFP pada sel CHO-K1 ditransfeksi plasmid rekombinan pengekspresi mRNA bisistronik HA dan eGFP relatif lebih rendah dibandingkan yang ditransfeksi plasmid rekombinan pengekspresi mRNA monosistronik eGFP maupun plasmid rekombinan pengekspresi mRNA bisistronik yang mengandung gen penyandi eGFP dan IRES HIV-1. ...... H5N1 Influenza A infection remains a significant human and animal health problem in the worldwide. The continuous antigenic drift and shift of virus can become threatens the efficacy of the influenza vaccines nowadays. Development of CD8 T cells response based influenza vaccine is expected to provide the broader cross protection. Fluorescent Antigen-Transfected Target Cell-CTL (FATT-CTL) assay is currently developing method to measure the activities of CD8 cytotoxic T cells. The aim of this study is to construct and transiently expressing the bicistronic vector carried H5N1 hemagglutinin (HA H5N1) and enhanced green fluorescent protein (eGFP) gene, linked with internal ribosome entry site element of HIV-1. The eGFP, HA H5N1, and IRES HIV-1 gene were cloned into pcDNA5FR/TO plasmid. The recombinant plasmid encoding bicistronic mRNA was transiently transfected into CHO-K1 cell. Analysis of the bicistronic plasmid expression were done by indirect immunofluorescence and visualized with confocal microscope. Quantification of cells expressing eGFP protein were done by using TALI cytometer. The nucleotide sequencing result showed that the open reading frame of the Hemaglutinin (HA) H5N1–IRES HIV-eGFP DNA was accurately cloned into pcDNA5FRT/TO. Transient transfection of all the plasmid constructs (wild type pcDNA5FRT/TO, pcDNA5FRT/TO-eGFP, pcDNA5FRT/TO-IRESHIV1-GFP, pcDNA5FRT/TO-HA H5N1 and pcDNA5FRT/TO-HA H5N1-IRESHIV1-GFP) show that hemagglutinin and enhanced green fluorescent protein successfully expressed in CHO-K1 cells. Comparison of mean CHO-K1 cells expresssing eGFP from cells after transfected with each plasmid construction above shows that EGFP expression in CHO-K1 cells transfected recombinant plasmids expressing HA and eGFP bicistronic mRNA relatively lower than those transfected recombinant plasmid expressing EGFP mRNA monocistronic and recombinant plasmid expressing bicistronic mRNA containing EGFP-coding genes and IRES HIV-1.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2013
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Debie Rizqoh
Abstrak :
Indonesia is one country with highest number cases of H5N1 influenza virus infection. Therefore, it is necessary to attempt to overcome the infection and prevent a pandemic. Vaccines are one of the effective efforts for the prevention of infectious diseases. This study will be developed H5N1 virus-like particle (VLP) vaccine detection system with green fluorescent protein (GFP). H5N1 VLP and GFP protein encoding plasmid was constructed in a transient pBACgus4x-1 which has four promoters of baculovirus expression, two polh promoters and two p10 promoters. Construction of plasmid transient conducted gradually. Each H5N1 VLP protein (HA, NA, and M) encoding gene and the eGFP gene was inserted in a different promoter. Based on analysis of polymerase chain reaction (PCR), restriction enzymes and sequencing, the recombinant plasmid construction pBACM1H5N1eGFP successfully obtained. Co-transfection of pBACM1H5N1eGFP with BacVector® 1000 showed GFP successfully expressed. GFP expressed continuously from co-transfection until 5th passage and used as a parameter of recombinant baculovirus infection and VLP encoding protein expression. Until the passage of the 5th, the highest percentage of expression is 3%. PCR results have confirmed the presence of VLP and GFP gene in Sf9 cells infected with recombinant baculovirus. Results of immunostaining using polyclonal antibodies against HA, NA and M are observed in confocal microscopy have shown the presence of H5N1-forming protein expression is at GFP expressing cells. GFP detection system to control the H5N1 VLP expression has been successfully performed. The increase of titer recombinant baculovirus in Sf9 cells is required to detect recombinant baculovirus and VLP.
Indonesia merupakan salah satu negara dengan kasus infeksi virus influenza H5N1 terbanyak dibandingkan negara lainnya. Oleh karena itu perlu dilakukan usaha untuk menanggulangi infeksi dan mencegah terjadinya pandemi. Vaksin merupakan salah satu upaya yang efektif untuk pencegahan penyakit infeksi. Dalam penelitian ini akan dikembangkan vaksin virus-like particle (VLP) H5N1 dengan sistem pendeteksi green fluorescent protein (GFP). Protein pengkode VLP H5N1 dan GFP dikonstruksi dalam satu plasmid transien pBACgus4x-1 yang memiliki empat promotor ekspresi baculovirus yaitu dua promotor polh dan dua promotor p10. Konstruksi plasmid transien dilakukan secara bertahap. Setiap gen pengkode VLP H5N1 (HA, NA, dan M) serta gen eGFP diinsersi di promotor yang berbeda. Berdasarkan hasil analisis polymerase chain reaction (PCR), enzim restriksi dan sekuensing, konstruksi plasmid rekombinan pBACM1H5N1eGFP berhasil diperoleh. Kotransfeksi pBACM1H5N1eGFP dengan BacVector® 1000 memperlihatkan GFP berhasil diekspresi. Protein GFP berhasil diekspresi secara kontinu dari tahap ko-transfeksi hingga pasase ke-5 dan dijadikan sebagai parameter infeksi baculovirus rekombinan dan ekspresi protein pembentuk VLP. Hingga pasase ke-5, persentase ekspresi paling tinggi hanya 3%. Hasil PCR telah mengkonfirmasi adanya gen penyandi VLP dan GFP di sel SF9 yang terinfeksi baculovirus rekombinan. Hasil immunostaining menggunakan antibodi poliklonal terhadap HA, NA dan M yang diamati pada mikroskop konfokal telah menunjukkan adanya ekspresi protein pembentuk H5N1 yang berada pada sel pengekspresi GFP. Sistem pendeteksi GFP untuk kontrol ekspresi VLP H5N1 telah berhasil dilakukan. Peningkatan titer baculovirus rekombinan pada sel SF9 diperlukan untuk mendeteksi Baculovirus rekombinan dan VLP.
Depok: Universitas Indonesia, 2015
T58720
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2   >>