Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 35 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Abstrak :
Summary: Experts from academia and both the biotechnology and pharmaceutical industries introduce biological, medical and methodological aspects of the emerging field of epigenomics.
Cambridge, UK: Cambridge Univ. Press, 2014
572.865 EPI
Buku Teks  Universitas Indonesia Library
cover
Yudisthira Oktaviandie
Abstrak :
Penelitian mengenai tingkat ekspresi gen identitas bunga (SEPALLATA) dilakukan pada tiga bagian Hibiscus rosa-sinensis l., yaitu daun, epicalyx, dan kelopak bunga. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekpresi gen SEPALLATA pada epicalyx. Analisis tingkat ekspresi dilakukan secara kualitatif dengan metode two-steps RT-PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis agarosa. Metode modified-CTAB digunakan untuk isolasi RNA H. rosa-sinensis dan dilanjutkan dengan pemberian perlakuan DNase untuk menghilangkan gDNA yang masih tersisa. Selanjutnya, RNA diubah menjadi cDNA dengan metode Reverse Transcription dan diamplifikasi dengan metode PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan adanya hasil amplifikasi SEPALLATA pada epicalyx menggunakan primer GH7SEP1, namun tidak pada epicalyx menggunakan primer GH1SEP1. Konfirmasi menggunakan primer GH7SEP1 forward dan GH1SEP1 reverse tidak menunjukkan adanya hasil amplifikasi. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa hasil amplifikasi yang didapatkan menggunakan baik primer GH1SEP1 maupun GH7SEP1 diduga kuat teramplifikasi dari gen SEPALLATA. ......Research on floral-identity gene (SEPALLATA) expression level has been done in three parts of Hibiscus rosa-sinensis; they are leaves, epicalyx and calyx. This research was conducted to observe expression of the SEPALLATA gene in epicalyx. The expression level analysis was done qualitatively by the two-steps RT-PCR and visualized using agarose electrophoresis. Hibiscus rosa-sinensis RNA was isolated using the modified-CTAB method and continued by DNase-treatment to eliminate gDNA in mixture. Furthermore, RNA was used to make cDNA using the Reverse Transcription method and amplified using the PCR method by specific primers. The result showed the presence of SEPALLATA amplification in epicalyx using GH7SEP1 primer, yet not on epicalyx using GHSEP1 primer. Confirmation using GH7SEP1 forward primer and GH1SEP1 reverse primer did not show any amplification. Sequencing and alignment results suggested that amplifications using GH1SEP1 or GH7SEP1 were allegedly, of which amplified from SEPALLATA gene.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Bismi Yasinta Maharani
Abstrak :
Agen pembawa materi genetik atau vektor berperan penting dalam mekanisme penghantaran gen. Vektor non-viral seperti liposom merupakan alternatif yang menjanjikan karena memiliki imunogenisitas yang lebih rendah daripada vektor viral. Namun, instabilitas dan rendahnya ekspresi gen merupakan tantangan utama dari penghantaran gen menggunakan vektor non-viral. Penggunaan polimer kationik polietilenimin (PEI) dengan berat molekul tinggi seperti PEI-25.000 efektif dalam menghasilkan ekspresi gen yang tinggi, tapi bersifat toksik terhadap sel. Maka dari ituOleh karena itu, formulasi liposom berbasis PEI yang memiliki berat molekul rendah diperlukan untuk meningkatkan efektivitasnya sebagai agen transfeksi. Pada penelitian ini, digunakan PEI bercabang dengan berat molekul 800 Da (PEI-800) yang diformulasikan dengan kolesterol dan Tween menjadi liposom dengan PEI-800 dan PEI-25.000 sebagai kontrol pembanding. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan kompleks DNA-liposom berbasis PEI-800 dan kolesterol (1:0,5; 1:1; 1:2; 1:3; 1:4) dalam mengkondensasi dan melindungi materi genetik dari degradasi enzim, efektivitas liposom sebagai agen transfeksi pada galur sel Human Embryonic Kidney (HEK-293T), dan toksisitas liposom terhadap galur sel HEK-293T. Liposom dipreparasikan dengan metode dispersi etanol dan kompleks DNA-liposom dikarakterisasi secara lebih lanjut untuk mengetahui mobilitas, stabilitasnya terhadap degradasi enzim, dan kemampuannya mengkondensasi DNA. Liposom juga dievaluasi secara in vitro dengan uji MTT untuk mengetahui tingkat sitotoksisitasnya dan digunakan untuk transfeksi gen pengode Green Fluorescence Protein (GFP) pada galur sel HEK-293T untuk mengetahui efektivitas transfeksinya. Kompleks DNA-liposom dengan perbandingan 1:2 sampai 1:4 terhadap DNA mampu mengkondensasi DNA dan melindungi DNA dari degradasi enzim DNAse secara sempurna sehingga tidak terbentuk pita DNA pada gel elektroforesis. Liposom yang diformulasikan tidak mampu mengekspresikan GFP dengan baik pada galur sel HEK-293T, tapi bersifat non-toksik, yaitu menunjukkan ≥70% viabilitas sel. Liposom berbasis polimer kationik PEI-800 yang diformulasikan dengan kandungan kolesterol yang tinggi (10 µmol) dan Tween lebih efektif dalam mengkondensasi DNA dibandingkan kontrol. Karakterisasi kompleks DNA-liposom perlu dilakukan lebih lanjut dengan menentukan ukuran partikel dan zeta potensial. Evaluasi secara in vitro kompleks DNA-liposom juga perlu dilakukan pada galur sel mamalia lain dan secara in vivo untuk mengetahui efektivitasnya. ......Gene delivery vehicles or vectors play a very important role in the mechanism of delivery. Non-viral vectors such as liposomes are promising alternatives to viral vectors because they are less imunogenic. However, instability and low expression are the major challenges in gene delivery using non-viral vectors. The use of cationic polymer polyethyleneimine (PEI) with high molecular weight like PEI-25.000 is effective in resulting high gene expression, but is toxic to the cells. Therefore, formulations of cationic polymer PEI with low molecular weight are needed to increase the efficiency. In this study, branched polyethyleneimine with molecular weight of 800 Da (PEI-800) that is formulated with cholesterol and Tween as cationic polymer based liposome, and PEI-800, PEI-2500 is used to as controls. This study aims to understand the ability of PEI-800 and cholesterol-based liposome complexes with DNA (1:0,5; 1:1; 1:2; 1:3; 1:4) in condensing and protecting genetic materials from enzyme degradation, efficiency of liposomes as transfection agents in Human Embryonic Kidney (HEK-293T) cell lines, and the toxicity of liposomes to HEK-293T cell lines. Liposomes were prepared using ethanol dispersion method and DNA-liposomes complexes were further characterized for their mobility, stability against enzyme degradation, and the ability to condense DNA. Liposomes are also evaluated in vitro for the cytotoxicity using MTT assay and are used to transfect Green Fluorescent Protein (GFP) encoding gene to HEK-293T cell lines to know their transfection efficiency. DNA-liposomes complexes with 1:2 to 1:4 ratio were able to condense DNA and protect DNA against the degradation of DNAse effectively. Although DNA-liposomes complexes resulted in low expression of GFP in HEK-293T cell lines, liposomes were non-toxic, showing ≥70% cell viability. Liposomes with higher cholesterol content (10 µmol) and presence of Tween are more effective in condensing DNA than controls. Further characterization of DNA-liposome complexes’, particle size and zeta potential for instance is needed. In vitro evaluation in other mammalian cell lines and in vivo evaluation are needed to further determine the efficiency of low molecular weight PEI based liposomes.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sri Widiyanti Rahayu Hilia
Abstrak :
Telah dilakukan penelitian tentang Keanekaragaman parem Etnis Karo di Pasar Pancur Batu, Kabupaten Deli Serdang, Sumatera Utara. Tujuan penelitian adalah untuk mendokumentasikan pengetahuan lokal pedagang obat tradisional etnis Karo di Pasar Pancur Batu, Kabupaten Deli Serdang, Sumatera Utara dalam pemanfaatan parem. Metode penelitian dilakukan dengan teknik wawancara semistruktural dan terbuka serta pengambilan data tumbuhan untuk dilakukan identifikasi. Wawancara dilakukan pada tujuh pedagang dari tujuh kios yang terdapat di pasar Pancur Batu. Pertanyaan meliputi jenis parem, kegunaan, bahan baku yang digunakan, dan cara pembuatan parem. Tumbuhan obat yang digunakan sebagai bahan baku pembuatan parem mencapai 145 spesies dari 49 famili. Parem dengan jumlah bahan tumbuhan tertinggi terdapat pada parem dingin yang berjumlah rata-rata 43 spesies tumbuhan. Zingiberaceae merupakan famili yang memiliki spesies bahan penyusun parem terbanyak yaitu berjumlah 20 spesies tumbuhan. Sebanyak 40 famili tumbuhan obat dimanfaatkan pada bagian daun. Sebanyak 69% dari 145 spesies tumbuhan obat bahan pembuatan parem berhabitus herba. Parem dingin merupakan parem yang memiliki potensi untuk dikembangkan lebih lanjut karena memiliki bahan tumbuhan yang bermanfaat dalam merawat kulit. Hal tersebut terlihat dari rata-rata jumlah spesies penyusun parem dingin yang terdapat di Pasar Pancur Batu. Perlu penelitian lebih lanjut mengenai metabolit sekunder yang terdapat pada bahan tumbuhan penyusun parem tersebut. ......Research has been carried out on the diversity of ethnic Karo parem in Pancur Batu Market, Deli Serdang Regency, North Sumatera. The aim of the study was to document the local knowledge of traders of traditional Karo ethnic medicine at Pancur Batu Market, Deli Serdang Regency, North Sumatera in the utilization of the parem. The research method was carried out by semi-structural and open interview techniques and plant data collection for identification. Interviews were conducted at seven traders from seven kiosks located in Pancur Batu market. Questions include the type of parem, uses, raw materials used, and the way of making parem. Medicinal plants that are used as raw material for making parem reach 145 species from 49 families. the parem with the highest amount of plant material is found in the cold parem, which amounts to an average of 43 species of plants. Zingiberaceae is the family that has the most species of parem making material, amounting to 20 species of plants. As many as 40 families of medicinal plants are used in the leaves. As many as 69% of the 145 species of medicinal plants which produce herbaceous herbal medicine. Parem dingin is a parem that has the potential to be developed further because it has plant ingredients that are beneficial in caring for the skin. This can be seen from the average number of parem dingin component species found in Pancur Batu Market. Further research is needed regarding secondary metabolites found in the plant material that composes the parem.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jihan Anita Pradevi
Abstrak :
Kanker kolorektal adalah kanker yang berlokasi dibagian kolon atau rektum dengan indikasi awal adalah keberadaan polip non-kanker. Kanker kolorektal menempati urutan ketiga sebagai kanker ganas dan urutan kedua dengan tingkat mortalitas tertinggi di tingkat dunia. Peningkatan morbiditas kanker kolorektal tercatat pada orang dewasa berusia 30-40 tahun. Prevalensi dan urgensi deteksi dini kanker kolorektal diperlukan untuk mendapatkan hasil diagnosis kanker sebagai solusi pengobatan kanker. Gen MDR1 sebagai gen penghabisan obat membentuk resistensi terhadap pengobatan yang menyebabkan kegagalan dalam kemoterapi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen MDR1 pada kanker kolorektal. Penelitian ini menggunakan metode qPCR yang bersifat spesifik dan sensitif pada satu target. Berdasarkan hasil qPCR diperoleh di antara 10 penderita kanker kolorektal terdapat 6 penderita yang positif terdeteksi gen MDR1 dan 4 penderita tidak mengekspresikan gen MDR1. Khususnya, ekspresi mRNA tertinggi diamati pada penderita yang telah mengalami metastasis terutama menuju hepar. Secara statistik, pengujian menggunakan Shapiro-Wilk (0,049 < 0,05) menyatakan data tidak terdistribusi normal antara kelompok jaringan normal dan kanker kolorektal. Sedangkan, pada uji Mann Whitney U (0,065 > 0,05) tidak terdapat perbedaan signifikan antara jaringan normal dan jaringan kanker kolorektal. Rekomendasi selanjutnya adalah dengan menggunakan sampel lebih banyak untuk melihat pola ekspresi gen. ......Colorectal cancer is cancer located in the colon or rectum with the initial indication is the presence of non-cancerous polyps. Colorectal cancer ranks third as a malignant cancer and ranks second with the highest mortality rate in the world. The increase in colorectal cancer recorded in adults aged 30-40 years. The prevalence and urgency of early detection of colorectal cancer is obtained to get the results of a cancer diagnosis as a cancer treatment solution. The MDR1 gene as a drug efflux forms resistance to treatment causes failure in chemotherapy. This study aims to determine the expression of the MDR1 gene in colorectal cancer. This study uses the qPCR method which is specific and sensitive to one target. Based on the qPCR results, it was found that among 10 patients with colorectal cancer, there were 6 patients who were positive for the MDR1 gene and 4 patients were negative the MDR1 gene. In particular, the highest mRNA expression was observed in patients who had metastasized mainly to the liver. Statistically, the Shapiro-Wilk test (0.049 < 0.05) stated that the data were not normally distributed between the normal tissue groups and colorectal cancer. Meanwhile, the Mann Whitney U test (0.065 > 0.05) means that there is no significant difference between normal tissue and colorectal cancer tissue. The next recommendation is to use more samples to see the pattern of gene expression.
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Garry Soloan
Abstrak :
Latar Belakang: Hipoksia hipobarik intermiten (IHH) merupakan kondisi penurunan tekanan barometric yang juga menurunkan tekanan parsial oksigen, sehingga mengurangi kadar oksigen yang dapat digunakan oleh sel-sel tubuh. Dalam kondisi ini, sel sel tubuh akan mengaktifkan hypoxia-inducible factors (HIFs), sebuah keluarga faktor transkripsi yang diketahui meregulasi respon sel terhadap kondisi hipoksia. Salah satu isoform adalah hypoxia-inducible factor-2α (HIF-2α) yang diketahui teraktivasi dalam kondisi hipoksia, dan merupakan basis molekuler untuk mencetuskan respon fisiologis terhadap hipoksia dan memberikan kemampuan bagi sel-sel untuk beradaptasi. Namun, aktivasi HIF-2α juga diimplikasikan dalam patogenesis kondisi patologik seperti kanker dan perlemakan hati. Maka dari itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola ekspresi HIF-2α pada jaringan hati saat dipaparkan pada kondisi hipoksia hipobarik intermiten. Metode: 25 tikus Wistar dikelompokkan menjadi satu grup kontrol dan empat grup perlakuan yang dipaparkan terhadap hipoksia hipobarik secara episodik. RNA yang diproduksi di jaringan hati kemudian diekstraksi dan dianalisis menggunakan quantitative real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). Ekspresi relatif HIF-2α dihitung menggunakan Livak method. Hasil: Keempat grup perlakuan menunjukkan peningkatan rata-rata ekspresi relatif HIF- 2α ketika dibandingkan dengan grup kontrol. Terdapat peningkatan ekspresi relatif HIF- 2α pada kelompok tikus yang dipaparkan terhadap 4-episode hipoksia hipobarik. Kesimpulan: Hipoksia hipobarik intermiten adalah stimulus poten dalam ekspresi HIF- 2α. Hasil studi ini menunjukkan bahwa ada peningkatan ekspresi HIF-2α pada semua jaringan hati tikus yang dipaparkan hipoksia hipobarik intermiten. Terdapat peningkatan ekspresi HIF-2α yang signifikan pada jaringan hati tikus yang dipaparkan kepada 4 episode hipoksia hipobarik. Peningkatan ekspresi HIF-2α tersebut memberikan kemampuan bagi sel hepatosit untuk melakukan adaptasi terhadap kondisi hipoksia. ......Introduction: Intermittent hypobaric hypoxia (IHH) is the condition where there is low barometric pressure leading to decrease in partial pressure of oxygen to support cellular processes, that alternates with conditions of normoxia. This condition forces the body to activate the hypoxia-inducible factors (HIFs) system, a family of transcription factors which regulates cellular responses towards hypoxic insults. One of the isoforms of HIFs is hypoxia-inducible factor-2α (HIF-2α) is known to be activated under hypoxic conditions and acts as the molecular basis for physiologic response toward hypoxia but is also implicated in certain pathologic process such as tumorigenesis and hepatic steatosis. Therefore, this research aims to investigate the pattern of HIF-2α expression after intermittent hypobaric hypoxia exposures. Methods: 25 Wistar rats are divided into 5 different groups, with one control group and 4 other groups exposed to different frequencies of hypobaric hypoxia episodes. Isolated RNA was then extracted from the liver tissue of rats and analyzed via quantitative real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). Relative mRNA expression is calculated via the Livak method. Results: In comparison to the control group, all treatment groups showed an increase in mean relative expression of HIF-2α mRNA. there is a statistically significant increase in relative expression of HIF-2α mRNA in rat liver exposed to four episodes of hypobaric hypoxia. Conclusion: Intermittent hypobaric hypoxia is a potent stimulus that triggers the expression of HIF-2α. Results of this research showed that across all treatment groups exposed to hypobaric hypoxia episodes, there is an increase in the relative expression of HIF-2α. There is a statistically significant increase in HIF-2α expression among rats exposed to 4 episodes of hypobaric hypoxia. This increase in HIF-2α expression allow hepatocytes to adapt to the hypoxic insults.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Akbar Aulia Bahar
Abstrak :
Latar Belakang: Hipoksia merupakan kondisi kurangnya oksigen yang dapat menyebabkan perubahan dalam metabolisme sel yang berdampak pada penggunaan glukosa dan tingkat glikogen hati. Gangguan yang berkelanjutan dapat menyebabkan hipoglikemia yang mengakibatkan penurunan produktivitas dalam berbagai profesi. Untuk mengatasi hal ini, studi ini menjelajahi efek terapi hipoksik hipobarik intermiten akut terhadap ekspresi fosfoenolpiruvat karboksikinase 1 (PCK-1) di hati. PCK-1 merupakan gen penting dalam glukoneogenesis, dan meskipun telah banyak diteliti, belum ada yang melihat efek spesifik yang dimiliki terapi ini terhadap ekspresi PCK-1. Dengan melihat perubahan metabolic dan adaptasi terhadap paparan berulang, penelitian ini berharap dapat berkontribusi dalam pencegahan penurunan kapasitas kerja, terutama pada atlet dan Angkatan Udara Indonesia. Metode: Penelitian ini dilakukan secara in vivo menggunakan 25 tikus Wistar yang dibagi menjadi 5 kelompok eksperimen berbeda. Setiap kelompok menerima paparan terapi hipoksia hipobarik yang berbeda dengan menggunakan lingkungan hipobarik simulasi. Setelah itu, hewan tersebut di-eutanasia, kemudian sampel darah dan hati diekstraksi. RNA diisolasi dari sampel yang terkumpul dan diukur levelnya menggunakan spektrofluorometer. Terakhir, ekspresi mRNA PCK-1 diukur menggunakan qRT-PCR. Hasil: Percobaan ini menunjukkan peningkatan ekspresi mRNA PCK-1 pada semua kelompok perlakuan saat dibandingkan dengan kelompok kontrol, tingkat ekspresi tertinggi dapat terlihat pada kelompok eksperimental 1. Semua peningkatan tersebut terbukti signifikan secara statistik. Kesimpulan: Ditemukan bahwa paparan hipoksia hipobarik intermiten dapat meningkatkan ekspresi mRNA PCK-1 di hati tikus. Terjadi peningkatan setelah 4 episode paparan, hal ini diduga sebagai respons fisiologis hati terhadap kondisi hipoksia untuk upregulate gen yang terlibat dalam metabolism glukosa dan glutamin. Peningkatan ini akan mendukung jalur anabolik. ......Introduction: Hypoxia, a condition of oxygen deficiency, causes alteration in cellular metabolism which impact glucose utilization and liver glycogen level. Continued disruption may lead to hypoglycemia leading to decreased productivity in various professions. To alleviate this issue this study explores the effect of acute intermittent hypoxic hypobaric treatment on the expression of phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 (PCK-1) in the liver. PCK-1 is an essential gene in gluconeogenesis, although it has been extensively studied, none has explored the specific effect that this therapy has on its expression. This research aims at revealing the adaptive metabolic mechanism of the liver tissue towards intermittent hypoxic hypobaric, this was accomplished by measuring PCK1. Methods: The study was conducted in vivo using 25 Wistar rats that was arranged into 5 groups. Each group received different amount of exposure to hypobaric hypoxia therapy utilizing simulated hypobaric environment. Post-treatment the animals was euthanized, then liver samples were extracted. RNA was isolated from the collected samples and then quantified using spectrophotometer. Lastly, PCK-1 mRNA expression was analysed using qRT-PCR. Results: The experiment yielded an increase of PCK-1 mRNA expression in all treatment groups when compared to the control, with the highest increase of expression seen in experimental group 1. Statistical analysis through Mann-whitney test revealed that there is variation between significance. There was a decrease between experimental group 2, 3 and 4 which indicates an adaptive response towards repeated IHH. Conclusion: It was discovered that intermittent hypobaric hypoxia exposure increased PCK-1 mRNA expression in the liver of rats. An increase was seen after 4 episodes of exposure, this was postulated to be the result of a physiological response to the hypoxic conditions done by the liver to upregulate genes involved in glucose metabolism. This upregulation will support anabolic pathways.
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Abraham, David, editor
Abstrak :
This book is a primer for translational vascular medicine and discusses the evolving and exciting areas of basic science applied to vascular medicine. The book is based on the third vascular biology conference held at The Royal College of Physicians in 2008. It provides a large amount of new basic and clinical information and the contributors are world leaders.
London : Springer, 2012
e20420788
eBooks  Universitas Indonesia Library
cover
Hendy Fergus Atheri Hura
Abstrak :
ABSTRAK
Penelitian ini mengimplementasikan metode spectral clustering-Fuzzy C-Means pada tiga microarray data ekspresi gen, dengan tujuan untuk mengelompokkan gen-gen yang memiliki tingkat ekspresi yang similar. Spectral clustering secara teoritis terdiri dari tiga tahap utama yaitu: membangun matriks jarak, membentuk matriks Laplacian, dan proses partisi, khususnya dalam tesis ini menggunakan algoritma partisi Fuzzy C-Means. Oleh karena itu, implementasi dari spectral clustering-FCM lebih sederhana dan intuitif pada pelaksanaannya. Analisis cluster singkat juga akan dipaparkan untuk masing-masing microarray data yang digunakan yaitu: Carcinoma, Leukemia, dan Lymphoma. Hasil cluster yang sangat baik didapatkan, sehingga metode yang diusulkan memiliki potensi besar ke depannya dalam penelitan pada bidang medis.
ABSTRACT
This research implements the spectral clustering FCM method on three microarray gene expression data, with the aim of grouping genes with similar expression levels. Spectral clustering is theoretically composed of three main stages building distance matrix, forming Laplacian matrix, and partitioning process, especially in this thesis using Fuzzy C Means partition algorithm. Therefore, the implementation of spectral clustering FCM is simpler and more intuitive in its implementation. Brief cluster analysis will also be presented for each microarray data used Carcinoma, Leukemia, and Lymphoma. Excellent cluster results are obtained, so the proposed method has great potential for future research in the medical field.
2017
T48274
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Jullend Gatc
Abstrak :
Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan salah satu virus paling mematikan yang merusak sistem imun manusia melalui interaksi antar protein (PPI). Oleh karena itu, diperlukan suatu metode prediksi yang dapat melihat secara luas interaksi antar protein. Integrasi dari berbagai jenis data yang berbeda merupakan salah satu pendekatan untuk melihat interaksi protein secara luas. Dalam penelitian ini dibangun metode untuk prediksi PPI dengan mengintegrasikan gene expression dan ontology menggunakan Bayesian Network. Langkah pertama pada proses integrasi ini yaitu mencari nilai likelihood ratio berdasarkan evidence berupa nilai probabilistik PPI pada masing-masing dataset. Dimana likelihood ratio diperoleh dari kombinasi evidence menggunakan Bayesian Network. Kemudian hasil prediksi yang diperoleh diverifikasi menggunakan database NIAID sebagai Gold-Standard. Dari hasil keseluruhan eksperimen, model yang dibangun ini dievaluasi menggunakan Positive Predictive Value (PPV) dan memperoleh presisi mencapai 85.07%. .......Human Immunodeficiency Virus (HIV) is one of the most deadly virus that could damage the human immune system through protein interaction (PPI). Therefore, the extremely prediction method that determine interactions between proteins extensively is required. The integration of different data is one of the approaches to look at the proteins interactions. In this research, a prediction model of PPI by integrating gene expression and gene ontology using Bayesian Networks will be developed. The first step in the integration process is to find the value of likelihood ratio based on evidence from each dataset. Furthermore the likelihood ratio is obtained from a combination of evidence using Bayesian Networks. Finally, the prediction results will be verified using a database of NIAID as Gold-Standard. Overall, we use PPV as an evaluation method which achieve precision around 85.07%.
Depok: Fakultas Ilmu Komputer Universitas Indonesia, 2013
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4   >>