Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"[ABSTRAKHierarchical clustering merupakan metode yang efektif dalam membentuk pohonfilogenetik dengan mengetahui matriks jarak antar barisan DNA. Salah satu carauntuk membuat matriks jarak yaitu dengan cara menggunakan metode -mer.Kelebihan dari metode -mer yaitu lebih efisien dalam segi waktu. Langkahlangkahdalam membuat matriks jarak dengan metode -mer dimulai denganmembentuk -mer sparse matrix dari masing barisan DNA. Selanjutnya,membentuk -mer singular value vector. Pada tahap akhir yaitu menghitung jarakantar vektor. Pada tesis ini akan dilakukan analisis terhadap barisan DNA MERSCoVdengan mengimplementasi Hierarchical clustering menggunakan -merssparse matrix sehingga dapat diketahui leluhur dari masing-masing barisan DNAMERS-CoV.

---

ABSTRACTHierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic byknowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make thedistance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The stepsto make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparsematrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is countingdistance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoVby implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that willbe known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV., Hierarchical clustering is an effective method in creating phylogenetic byknowing the distance matrix between DNA sequence. One of methods to make thedistance matrix use -mer method. -mer is more efficient than others. The stepsto make distance matrix using -mer method starts from creating -mer sparsematrix. Then, creating -mer singular value vector. The last steps is countingdistance each vectors. This thesis will analyze the sequence of DNA MERS-CoVby implementing Hierarchical clustering using k-mers sparse matrix so that willbe known the ancestor of each sequence of DNA MERS-CoV.]"

"Severe acute respiratory syndrome (SARS) merupakan penyakit infeksi pernafasan akut berat yang disebabkan oleh virus korona baru. Virus baru ini dinamakan SARSCoronavirus (SARS-CoV). Mengingat tidak spesifiknya gejala yang ditimbulkan, masih belum adanya obat dan vaksin yang efektif, serta masih adanya kemungkinan berulangnya wabah SARS, maka sistem pendeteksi yang cepat dan akurat sangat diperlukan. Salah satu sistem pendeteksi cepat yang dikembangkan saat ini adalah dengan metode RT-PCR: Keunggulan sistem deteksi dengan RT-PCR adalah, disamping dapat mendeteksi infeksi lebih dini karena RNA virus relatif.mudah ditemukan pada awal infeksi, sistem ini juga dapat mendeteksi tidak hanya SARS-CoV, tapi juga beberapa virus korona yang lain, dengan menggunakan primer yang sama. Hal ini dimungkinkan karena dari beberapa penelitian memperlihatkan bahwa daerah open reading frame (ORF) lb pol merupakan daerah yang sangat lestari pada kelompok virus korona termasuk SARS-CoV. Dalam penelitian ini sudah berhasil disintesis cDNA SARS-QoV yang mengandung daerah lestari pada virus korona. Disamping mengandung daerah yang lestari, daerah di dalam fragmen yang dihasilkan dari produk PCR, juga terdapat daerah yang sangat spesifik untuk SARS-CoV. Selanjutnya DNA SARS-CoV, disisipkan ke plasmid pBluesrcipt®II KS, sehingga berhasil mengkonstruksi plasmid pembawa fragmen DNA SARS CoV yang akan digunakan sebagai pola cetak RNA standar. RNA standar yang dihasilkan dapat digunakan sebagai kontrol positif untuk sistem pendeteksi virus korona dengan metode RT-PCR."

"Proyeksi kebutuhan energi untuk sector transportasi di Indonesia sampai pada tahun 2025 mencapai 30% dari total energi nasional dan Sebagian besar, asal energi tersebut dari energi fosil. Untuk mengurangi ketergantungan energi fosil tersebut, maka pemerintah Indonesia membuat target penggunaan bioethanol sebagai campuran bahan bakar sebesar 20% pada tahun 2025. Selain itu penggunaan methanol juga sudah banyak diteliti dan memberikan dampak positif. Salah satunya adalah pembuatan methanol dari methana yang berasal dari proses carboncapture. Disisi lain, percampuran gasoline dengan alcohol satu macam memberikan efek COV (Coefficient of Variation) meningkat, sehingga ada kemungkinan penambahan ethanol dalam bahan bakar campuran gasoline-ethanol memberikan dampak pengurangan nilai COV, terutama pada kondisi Lean Combustion, sehingga penelitian ini ingin mengetahui efek penggunaan Gasoline Ethanol Methanol (GEM) dengan variasi campuran bahan bakar dengan udara, ditinjau dari Power, Torsi, SFC, Emisi, Serta COV. Hasilnya, nilai power dan torsi tertinggi berada di variasi λ= 1,1 pada semua GEM, selain itu, SFC terendah diperoleh pada titik E10M10 di putaran mesin 6000 RPM, dilihat dari Emisi menjadi lebih baik saat λ nilainya semakin meningkat, serta nilai COV menjadi Turun dengan penambahan methanol.

---

The projected energy demand for the transportation sector in Indonesia until 2025 reaches 30% of the total national energy and most of this energy comes from fossil energy. To reduce dependence on fossil energy, the Indonesian government has made a target of using bioethanol as a fuel mixture by 20% by 2025. In addition, the use of methanol has also been widely studied and has had a positive impact. One of them is the manufacture of methanol from methane which comes from the carbon capture process. On the other hand, mixing gasoline with one type of alcohol has an increased COV (Coefficient of Variation) effect, so there is a possibility that the addition of ethanol in a gasoline-ethanol fuel mixture will reduce the COV value, especially in Lean Combustion conditions, so this study wants to know the effect of using Gasoline Ethanol Methanol (GEM) with variations in the mixture of fuel and air, in terms of Power, Torque, SFC, Emissions, and COV. As a result, the highest power and torque values are at a variation of λ = 1.1 for all GEMs, in addition, the lowest SFC is obtained at point E10M10 at 6000 RPM engine speed, seen from Emissions that get better when λ increase, and COV values decrease with the addition of methanol."

"ABSTRAKPenelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis tanah, korelasi parameter tanah dengan kedalaman, dan korelasi antar parameter tanah di wilayah DKI Jakarta berdasarkan hasil pengujian laboratorium di Laboratorium Mekanika Tanah Universitas Indonesia. Hasil penelitian ini menunjukan bahwa jenis tanah DKI Jakarta dominan terdiri dari 2 (dua) jenis tanah yaitu MH (lanau dengan plastisitas tinggi) dan SM (pasir berlanau). Berdasarkan korelasi parameter tanah dengan kedalaman di wilayah DKI Jakarta maka didapatkan kadar air (Wc) berkisar 19.7-133.5%, liquid limit (LL) berkisar 39-129%, plastic limit (PL) berkisar 28-77%, plasticity index (PI) berkisar 8-51.5%, density (γ) berkisar 12.8-18.5 kN/m3, specific gravity (Gs) berkisar 2.5-2.77, kohesi (c) berkisar 0-69 kN/m2, sudut geser berkisar 0-31°, angka pori (e0) berkisar 0.4-3.1, tegangan overburden (Po) berkisar 15-144 kPa, tegangan pre-consolidated (Pc) berkisar 37-358 kPa, indeks kompresi (Cc) berkisar 0.09-1.51, dan indeks pemampatan kembali (Cr) berkisar 0.01-0.32. Berdasarkan korelasi index properties dan engineering properties, yaitu korelasi antara Cc dengan PI, Cc dengan LL, Cc dengan e0, Cc dengan Wc, e0 dengan Wc, dan e0 dengan γ, menghasilkan koefisien korelasi dengan tingkat hubungan kuat, kecuali korelasi antara Cc dengan PI dan Cc dengan LL pada Kelompok 1 dan Kelompok 2 kurang dapat diandalkan karena memiliki koefisien korelasi dengan tingkat hubungan rendah.

---

ABSTRACTThis study aims to determine the type of soil, the correlation of soil parameters with depth, and the correlation between soil parameters in the DKI Jakarta region based on the results of laboratory testing at the University of Indonesia's Laboratory of Soil Mechanics. Statistical data processing uses Microsoft Excel to graph, linear equations, calculation of the coefficient of variance (COV) and correlation coefficients. The results of this study indicate that the type of soil in the DKI Jakarta area is dominant consisting of 2 (two) types of soil, namely MH (silt with high plasticity) and SM (silty sand) with high plasticity. Based on the correlation of soil parameters with depth in the DKI Jakarta area, the Wc was 19.7-133.5%, LL was 39-129%, PL was 28-77%, PI was 8-51.5%, γ was 12.8-18.5 kN/m3, Gs was 2.5-2.77, c was 0-69 kN/m2, friction angles was 0-31°, e0 was 0.4-3.1, Po was 15-144kPa, Pc was 37-358kPa, Cc was 0.09-1.51, and Cr was 0.01-0.32. Based on correlation index properties and engineering properties, the correlation between Cc and PI, Cc with LL, Cc with e0, Cc with Wc, e0 with Wc, and e0 with γ, produces a correlation coefficient with a strong level of correlation."

"Jumlah kendaraan bermotor di Indonesia mengalami pertumbuhan sebesar 8,19% hingga tahun 2017. Meningkatnya jumlah kendaraan menunjukkan bahwa Indonesia membutuhkan ketersediaan bahan bakar yang banyak untuk memfasilitasi kegiatan sehari - hari. Tetapi, pertumbuhan jumlah kendaraan tidak diiringi dengan peningkatan produksi minyak dan juga menunjukkan ketergantungan yang tinggi terhadap sumber energi tak terbarukan masih tinggi. Salah satu sumber energi yang berpotensi untuk dikembangkan dan dapat menjadi alternatif bahan bakar adalah bioetanol. Campuran bioetanol membuat bahan bakar lebih sulit terbakar dengan sendirinya sehingga tekanan yang dihasilkan akan lebih konsisten. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis pengaruh pemanfaatan campuran bahan bakar bioetanol E10 dengan modifikasi penggunaan zat aditif oxygynated cyclooctanol sebesar 0,3%; 0,5%; dan 1,3% terhadap produksi emisi gas buang yaitu nilai CO, CO2, HC, dan O2 serta kaitannya dengan Coefficient of Variations (COV). Hasil penelitian menunjukkan bahwa semakin banyak persentase zat aditif oxygenated cyclooctanol menyebabkan nilai CO dan HC menurun sedangkan nilai CO2 dan O2 meningkat. Nilai COV terkecil diperoleh sebesar 5% juga dihasilkan oleh campuran E10+1,3% oxygenated cyclooctanol pada putaran 8500 rpm. Penambahan zat aditif oxygynated cyclooctanol memiliki pengaruh yang baik terhadap produksi emisi gas buang. Penurunan COV juga memberikan dampak yaitu membuat proses pembakaran yang lebih konsisten dan juga memiliki pengaruh yang baik terhadap emisi gas buang yang dihasilkan.

---

The number of motorized vehicles in Indonesia experienced a growth of 8.19% until 2017. The increasing number of vehicles shows that Indonesia needs the availability to a lot of fuel to facilitate daily activities. However, the growth in the number of vehicles was not accompanied by an increase in oil production and this also showed a high dependence on non-renewable energy sources. One source of energy that has the potential to be developed and can be an alternative fuel is bioethanol. Bioethanol mixture will make the fuel more difficult to burn by itself so that the pressure generated in the combustion chamber will be more consistent. This research was conducted to analyze the effect of using a mixture of bioethanol E10 with the modification of using oxygynated cyclooctanol by 0.3%; 0.5%; and 1.3% to the fuel emissions released namely CO, CO2, HC, O2 and its relation to the Coefficient of Variations (COV). The results showed that the increasing percentage of oxygenated cyclooctanol additives caused CO and HC values ​​to decrease while CO2 and O2 values ​​increased. The smallest COV value that is 5% was also produced by a mixture of E10 + 1.3% oxygenated cyclooctanol at 8500 rpm. This shows that the addition of oxygynated cyclooctanol additive has a good effect on the production of exhaust emissions. The reduction in COV also has an impact of making the combustion process more consistent and has a good effect on the resulting emissions produced.

"

"Konsumsi energi per jenis pada tahun 2019, menunjukkan konsumsi terbesar adalah BBM sebesar 42%. Besarnya konsumsi BBM dikarenakan penggunaan teknologi dari peralatan BBM masih lebih efisien, terutama pada sektor transportasi. Untuk memenuhi kebutuhan energi tersebut, dibutuhkan sumber energi alternatif selain dari energi fosil. Sementara itu, pemerintah sendiri sudah mengatur pada Perpres Nomor 22 Tahun 2017 tentang rencana umum energi nasional bahwa pemerintah merancang target energi alternatif untuk menopang kebutuhan BBM hingga tahun 2050 dengan Bahan Bakar Nabati (BBN). Pemerintah Indonesia menargetkan penggunaan bioetanol digunakan sebagai campuran di kendaraan sampai 20% dari volume (E20) pada tahun 2025. Selain itu, penggunaan metanol juga diteliti dengan hasil memberikan dampak positif bagi kendaraan yakni menahan naiknya nilai coefficient of variation (COV). Di sisi lain, pencampuran gasoline dengan alkohol membuat nilai COV semakin meningkat pada kondisi lean combustion. Untuk itu, penelitian ini ingin mengetahui efek dari campuran bahan bakar Gasoline Etanol dan Metanol (GEM) dengan variasi campuran bahan bakar dengan udara ditinjau dari coefficient of variation (COV). Hasilnya menunjukkan tekanan puncak maksimal diperoleh pada campuran M20 pada lambda (?) 1,1 pada RPM 6000 karena efek dari metanol yang mempunyai pembakaran lebih cepat dibandingkan etanol dan gasoline dan nilai COV tertinggi diperoleh pada campuran M20 dengan ?=1,3 RPM 7000 dan nilai COV terendah diperoleh pada campuran M20 dengan ?=1,0 RPM 8000. Kondisi pembakaran yang excess air atau semakin kurus (lean), membuat nilai coefficient of variation (COV) semakin buruk dengan menggunakan bahan bakar Gasoline Etanol Metanol (GEM).

---

Energy consumption per type in 2019 shows that the largest consumption is fuel, amounting to 42%. The amount of fuel consumption is due to the use of technology from fuel equipment which is still more efficient, especially in the transportation sector. To meet these energy needs, alternative energy sources are needed other than fossil energy. Meanwhile, the government itself has regulated in Presidential Decree No. 22 of 2017 concerning the general national energy plan that the government designs alternative energy targets to support fuel needs until 2050 with Biofuels (BBN). The Indonesian government is targeting the use of bioethanol to be used as a mixture in vehicles up to 20% of volume (E20) in 2025. In addition, the use of methanol is also studied with the results of having a positive impact on vehicles, namely holding back the increase in the value of the coefficient of variation (COV). On the other hand, mixing gasoline with alcohol makes the COV value increase in lean combustion conditions. For this reason, this study wants to know the effect of a mixture of Gasoline Ethanol and Methanol (GEM) fuels with variations in the mixture of fuel and air in terms of the coefficient of variation (COV). The results show that the maximum peak pressure is obtained in the M20 mixture at lambda (?) 1.1 at 6000 RPM due to the effect of methanol which has a faster combustion than ethanol and gasoline and the highest COV value is obtained in the M20 mixture with ?=1.3 RPM 7000 and the lowest COV value was obtained in the M20 mixture with ?=1.0 RPM 8000. Excess air or lean combustion conditions make the coefficient of variation (COV) value worse when using Gasoline Ethanol Methanol (GEM) fuel."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit ini dapat menular melalui cairan yang berasal dari hidung atau mulut penderita. Simulasi penambatan molekul dengan PyRx memprediksi senyawa Teofilin dan Dexamethason dapat berinteraksi baik dengan spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2, dengan ΔGbinding yang diperoleh adalah berturut-turut sebesar -6,3; -7,8; -8,1 kcal/mol melalui nteraksi pada residu Ala348, Arg357 dan Val341. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Teofilin dan Dexamethason memiliki potensi untuk dijadikan agen pengenal SARS-CoV 2. Namun simulasi dengan penambatan molekul juga menunjukan bahwa hemagglutinin (HA) H1N1 berpotensi menganggu pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV 2. Hasil studi komputasi ini menjadi acuan untuk pengujian potensi Teofilin dan Dexamethason sebagai agen pengenal SARS-CoV 2 dengan HA H1N1 sebagai uji interferensi. Selanjutnya Studi elektrokimia dengan teknik voltametri siklik menggunakan elektroda boron-doped diamond (BDD) pada Teofilin menunjukkan puncak arus oksidasi pada potensial +0,506 V dan puncak arus reduksi pada potensial -0,5 V. Arus yang dihasilkan linear pada rentang konsentrasi 10 μM sampai 100 μM. Deteksi spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dilakukan dengan melihat penurunan arus oksidasi Teofilin dengan kehadiran spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dan virus kultur SARS- CoV 2 pada waktu optimum 10 menit. Penurunan arus linier pada rentang konsentrasi 1 ng/mL sampai 200 ng/mL. Sedangkan Dexamethason tidak elektroaktif namun pengukuran dengan spektrofotometri UV-Vis menunjukkan puncak absorbansi pada bilangan gelombang 241 nm.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This disease can be transmitted through droplets from the nose or mouth of the patient. Molecular docking simulation with PyRx predicts Theophylline and Dexamethason compounds can interact well with the spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2, with G_bindings obtained are -6.3, respectively; -7.8; -8.1 kcal/mol via interaction with residues Ala348, Arg357 and Val341. So that theophylline and dexamethason have the potential to be used as SARS-CoV 2 identification agents. However, simulations with molecular docking also show that hemagglutinin (HA) H1N1 has the potential to interfere with the measurement of the SARS-CoV 2 spike glycoprotein with bioactive compounds. The results of this computational study serve as a reference for testing potential Theophylline and Dexamethasone as identification agents for SARS-CoV 2 and HA H1N1 as an interference compound. Furthermore, electrochemical studies using cyclic voltammetry techniques using boron-doped diamond (BDD) electrodes on theophylline showed peak oxidation currents at +0.548  V potential and peak reduction currents at -0.5 V potentials. The resulting currents were linear in the concentration range of 10 M to 100 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 was carried out by observing a decrease in the oxidation current of Theophylline in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 and cultured virus SARS-CoV 2 at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Meanwhile, Dexamethasone is not electroactive, but measurements using UV-Vis spectrophotometry show the absorbance peak at a wave number of 241 nm. This absorbance is linear in the concentration range of 10 M to 200 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 with Dexamethasone was carried out by decreasing absorbance in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2. at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Furthermore, the interference test performed with HA-H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 showed that neither the current in theophylline nor the peak absorption of Dexamethasone changed significantly. These results indicate Theophylline and Dexamethasone are selective against the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 and can be applied as identification agents on the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 sensor."

"Middle east respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) telah menjadi wabah saat ini, infeksi MERS-CoV menyebabkan gangguan pada sistem pernapasan, pencernaan, bahkan menyebabkan kematian dengan rata-rata kematian yang disebabkan infeksi MERS-CoV mencapai 50%. Sampai saat ini belum ditemukannya vaksin atau obat yang efektif untuk mengurangi infeksi MERS-CoV. papain-like protease (PLpro) bertanggung jawab untuk melepaskan potein nonstruktual yang berperan penting dalam proses pematangan virus. Dengan menginhibisi papain-like protease (PLpro) dengan suatu ligan, akan menghambat proses pelepasan protein nonstruktural, sehingga mengurangi infeksi yang diakibatkan oleh virus MERS-CoV. Melalui studi bioinformatika dengan metode molecular docking dan melalui analisis drug scan, didapatkan inhibitor berbasiskan senyawa peptida siklis komersial yang dapat berikatan dengan PLpro dan mengurangi proses infeksi yaitu Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine). Melalui analisis molecular dynamics, inhibitor ini stabil dalam tubuh baik dalam keadaan normal (310 K) dan keadaan demam (312 K), sehingga senyawa Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat terbarukan MERS-CoV.

---

Middle east respiratory syndrome (MERS-CoV) has become the current outbreak, MERS-CoV infection results in illness in respiratory system, digestive, and even lad to death with an average mortality caused by MERS-CoV infection reaches 50%. Until now no effective vaccine or drug to ward off MERS-CoV infection. Papain-like protease (PLpro), is responsible for cleavage of nonstructural potein that is important for viral maturation. Inhibition the papain-like protease (PLpro) with a ligand will block the cleavage process of nonstructural protein, thus reduce the infection of MERS-CoV.

Through of bionformatics study with molecular docking, molecular dynamics and drug scan analysis, Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) was obtained as a inhibitor of commercial cyclic peptide, it can inhibit the papain-like protease (PLpro) and reduce infection process. With molecular dynamics analysis, this inhibitor was stable at normal body temperature (310 K) and fever temperature (312 K), with the result that Aldosterone Secretion Inhibiting Factor (1-35) (bovine) has a potential as novel candidate drug."