Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kemiripan karakter morfologi dan genetik antara Epinephelus chlorostigma dan E. areolatus sering menyebabkan kekeliruan antara kedua spesies. Hibiridisasi alami antara spesies kerapu tidak jarang terjadi dan dapat diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan genetik. Penelitian dilakukan bertujuan untuk mengidentifikasi E. chlorostigma dan E. areolatus dengan marka mitokondria Sitokrom C oksidase subunit I (COI) dan menganalisis peristiwa hibrisasi antara kedua spesies dengan marka inti Recombination activating gene 1 (RAG1). Total 19 sampel yang telah diidentifikasi berdasarkan morfologi sebagai E. chlorostigma dan E. areolatus diperoleh dari Maluku Utara, Nusa Tenggara Barat, dan Aceh. Sekuens COI sepanjang 656 bp berhasil mengidentifikasi spesies dengan kemiripan yang tinggi (98-100%) berdasarkan database NCBI dan BOLD walaupun beberapa sampel E. areolatus menunjukkan kemiripan yang tinggi terhadap sekuens E. chlorostigma dari kedua database. Jarak genetik inter-spesies berdasarkan sekuens COI teramati sebesar 0,071, cukup untuk delimitasi spesies. Rekonstruksi filogenetik COI, RAG1kedua marka berhasil memisahkan klade kedua spesies dengan konsisten dan tidak mengindikasikan terjadinya peristiwa hibridisasi. Satu posisi basa polimorfik, posisi 1120 bp, di elektroferogram menunjukkan puncak ganda pada sekuens RAG1 epanjang 1492 bp. Sekuens RAG1 E. areolatus menunjukkan variasi nukleotida sementara sekuens E. chlorostigma teramati monomorfik. Namun, peristiwa hibridisasi tidak dapat disimpulkan akibat rendahnya jumlah sampel. 

---

Morphological and genetic similarities between Epinephelus chlorostigma and Epinephelus areolatus often cause confusion between the two species. Natural hybrids among grouper species are a common occurrence and may be identified by morphological and genetic characteristics. This study aims to identify E. chlorostigma and E. areolatus samples using the mitochondrial marker Cytochrome C oxidase subunit I (COI) gene and analyze hybridization events using the nuclear marker Recombination activating gene 1 (RAG1) gene.  A total of 19 samples morphologically identified as E. chlorostigma and E. areolatus, originating from North Maluku, West Nusa Tenggara, and Aceh, were analyzed. The COI sequence of 656 bp length successfully identified all samples as respective putative species with high similarities (98–100%) based on NCBI and BOLD databases, although several E. areolatus samples showed high similarity results with E. chlorostigma sequences from both databases. The interspecific genetic distance of the COI sequence was observed to be 0,071, enough to discriminate the two species. Phylogenetic reconstruction of COIand RAG1 genes consistently divided putative species into distinct clades. Phylogenetic tree of AG1 was recovered with low bootstrap value thus hybrid assumption cannot be proven. One polymorphic base site at 1120 bp with double peaks on the electropherograms was observed out of 1,492 bp of the RAG1 gene. E. areolatus sequences showed varying nucleotides between populations, while E. chlorostigma sequences showed monomorphic nucleotides. However, due to the small sample size, hybridization events cannot be inferred."

"Penggunaan halal kit komersial dan qPCR dalam mendeteksi kehalalan produk pangan masih minim dilakukan di Indonesia. Hal ini dikarenakan sebagian besar kit deteksi berbasis PCR masih diimpor sehingga pendeteksian kehalalan pangan belum ekonomis. Selain itu, gen referensi untuk uji kehalalan suatu produk yang ditetapkan dalam International Organization for Standardization (ISO) juga masih sangat terbatas. Oleh karena itu, diperlukan adanya gen alternatif dalam mendeteksi kehalalan pangan, seperti gen COI. Gen tersebut digunakan karena bersifat sensitif, stabil, serta memiliki laju mutasi dan variabilitas yang rendah. Tujuan penelitian ini adalah merancang primer gen COI secara in-silico dengan nilai spesifisitas dan sensitivitas yang baik, serta dapat digunakan sebagai gen alternatif ISO. Tahapan desain primer yang dilakukan menghasilkan sepasang primer dan probe terbaik, yaitu primer forward 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, primer reverse 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, dan probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. Ekstraksi dan purifikasi DNA sampel ayam, sapi, babi domestik, dan babi hutan dilakukan menggunakan GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. DNA yang telah diisolasi selanjutnya dikuantifikasi menggunakan Nanodrop Spectrophotometer. Hasil kuantifikasi DNA yang dilakukan pada keempat sampel menunjukkan nilai kemurnian pada absorbansi A260/A280 berada pada rentang nilai 1,136—2,000 dan nilai konsentrasi DNA berada pada rentang nilai 70—1060 μg/mL. Suhu annealing optimal yang diperoleh adalah 57oC. Uji spesifisitas primer COI dan ACTB menggunakan metode qPCR menunjukkan bahwa kedua primer masih dapat mengamplifikasi sekuens DNA ayam dan persentase spesifisitas kedua primer yang didapatkan melalui perhitungan adalah 50%. Hasil uji sensitivitas primer COI menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 1 pg/µL, nilai efisiensi (E) sebesar 82,55%, dan linearitas (R2) sebesar 0,9855. Hasil uji sensitivitas primer ACTB menunjukkan nilai limit of detection (LoD) sebesar 5 pg/µL dengan nilai efisiensi (E) sebesar 92,22%; dan linearitas (R2) sebesar 0,9951. Hasil uji sensitivitas primer COI dan ACTB menunjukkan nilai persentase sensitivitas yang sama, yaitu sebesar 100%, namun primer COI dinilai lebih sensitif dalam mendeteksi gen target karena menunjukkan nilai LoD yang lebih rendah daripada primer ACTB, yaitu sebesar 1 pg/µL. Berdasarkan keseluruhan hasil yang diperoleh, diperlukan adanya penelitian lebih lanjut terhadap primer gen COI untuk meningkatkan spesifisitasnya dalam mendeteksi kandungan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dan babi hutan (Sus scrofa) pada produk pangan agar dapat digunakan sebagai primer alternatif untuk pengembangan halal kit berbasis qPCR di Indonesia.

---

The use of commercial halal kits and qPCR in detecting halal food products is still minimal in Indonesia. This is because most of the PCR-based detection kits are still imported so the detection of halal food is not yet economical. In addition, the reference gene for the halal test of a product specified in the International Organization for Standardization (ISO) is still very limited. Therefore, it is necessary to have alternative genes in detecting food halalness, such as the COI gene. The gene is used because it is sensitive, stable, and has a low mutation rate and variability. This study aimed to design an in-silico primer for the COI gene with good specificity and sensitivity, which could be used as an alternative gene for ISO. The primer design phases were carried out to produce the best primer and probe pair, namely forward primer 5’- GTA ACT GAC TCG TAC CGC TAA TAA -3’, reverse primer 5’- GTA ATA GGA AGG ATG GTG GAA GT -3’, and probe 5’- AGC TCC CGA TAT GGC CTT TCC ACG TA -3’. DNA extraction and purification of chicken, cattle, domestic pig, and wild boar samples were carried out using the GenEluteTM-E Single Spin Blood DNA Kit. The isolated DNA was then quantified using a Nanodrop Spectrophotometer. The results of DNA quantification performed on the four samples showed that the purity values for the absorbance of A260/A280 were in the range of 1.136-2.000 and the DNA concentration values were in the range of values of 70—1060 μg/mL. The optimal annealing temperature obtained is 57oC. The specificity test of COI and ACTB primers using the qPCR method showed that both primers were still able to amplify chicken DNA sequences and the percentage specificity of the two primers obtained by calculation was 50%. The results of the COI primary sensitivity test showed a limit of detection (LoD) value of 1 pg/µL, an efficiency value (E) of 82.55%, and a linearity (R2) of 0.9855. The ACTB primary sensitivity test results showed a limit of detection (LoD) value of 5 pg/µL with an efficiency value (E) of 92.22%; and linearity (R2) of 0.9951. The results of the COI and ACTB primer sensitivity tests showed the same sensitivity percentage value, which was 100%, but the COI primer was considered more sensitive in detecting target genes because it showed a lower LoD value than the ACTB primer, which was 1 pg/µL. Based on the overall results obtained, further research is needed on the COI gene primer to increase its specificity in detecting domestik pork (Sus scrofa domesticus) and wild boar (Sus scrofa) content in food products so that it can be used as an alternative primer for developing qPCR-based halal kits in Indonesia."

"Penelitian ini mengembangkan metode deteksi spesies babi (Sus scrofa) pada sampel daging campuran menggunakan automasi ekstraksi DNA magLEAD gC. DNA dianalisis menggunakan PCR dan TaqMan probe RT-PCR dengan primer spesifik untuk gen Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), dan NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Hasil menunjukkan bahwa ekstraksi DNA otomatis menghasilkan konsentrasi DNA 129,4–388,5 ng/μL pada daging mentah dan 66,4–89,5 ng/μL pada bakso dengan rasio kemurnian A260/A280 dan 260/A230 > 1,8. Primer COI, Cytb dan ND5 dapat mendeteksi DNA babi. PCR dan RT-PCR in vitro menunjukkan ketiga primer hanya mendeteksi DNA babi. Efisiensi amplifikasi RT-PCR primer COI, Cytb, dan ND5 adalah 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) dengan batas deteksi 0,0001 ng/μL, 0,001 ng/μL, dan 0,001 ng/μL. Primer/probe Cytb dan ND5 mendeteksi bakso dengan campuran daging babi hingga 0,1% (w/w).

---

This study developed a method to detect pig species (Sus scrofa) in mixed meat samples using automated DNA extraction with the magLEAD gC. DNA was analyzed using PCR and TaqMan probe RT-PCR with specific primers for the genes Cytochrome c oxidase I (COI), Cytochrome b (Cytb), and NADH5 dehydrogenase 5 (ND5). Results showed that automated DNA extraction produced DNA concentrations of 129.4–388.5 ng/μL in raw meat and 66.4–89.5 ng/μL in processed meatballs with purity ratios A260/A280 dan 260/A230 > 1.8. The COI, Cytb and ND5 primers could be used to detect pig DNA. In vitro PCR and RT-PCR showed that all three primers only detected pig DNA. The RT-PCR amplification efficiency for COI, Cytb, and ND5 primers were 144,14% (R2=0,982), 88,05% (R2=0,998), dan 81,25% (R2=0,997) with detection limits of 0.0001 ng/μL, 0.001 ng/μL, and 0.001 ng/μL. The Cytb and ND5 primers/probes detected meatballs with pig meat content as low as 0.1% (w/w)."

"ABSTRACTThis research describes whether the social presence can be obtained from online learning of distance education setting. Data in this study employed questionnaire adapted from Rovai (2002) which identified 3 aspects of social presence, namely connectedness aspect, learning aspect, and socio-emotional aspect. Data was taken from 60 students who participated in an 8-weeks online learning. The results showed that all aspects have positive attitudes from students' point of views. The students experienced connectedness aspect, learning aspect, and socio-emotional aspect in online learning regardless the learning situation which was mostly text-based setting."

"Maraknya perburuan dan perdagangan ilegal bagian tubuh harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae) telah mengancam populasi satu-satunya harimau endemik Indonesia. Bagian tubuh diduga harimau sumatra hasil perdagangan ilegal sering kali dalam kondisi tidak utuh dan sudah mengalami pemrosesan sehingga menyulitkan identifikasi barang bukti temuan tersebut. Aplikasi biologi molekuler dengan memanfaatkan DNA unik pada harimau sumatra menjadi penting untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan markah Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) daerah gen COI pada sampel forensik harimau sumatra dan mengetahui asal usulnya. Primer spesifik dirancang dalam penelitian ini untuk mendapatkan urutan yang informatif dalam mengidentifikasi sampel forensik. Sampel yang didapatkan terdiri dari kulit, tulang, bubuk tulang, dan gigi yang berasal dari Balai Konservasi Sumber Daya Alam (BKSDA) Aceh, Taman Nasional Bukit Barisan Selatan, Taman Nasional Batang Gadis, dan hasil temuan tim forensik dari Garut. Sebanyak 57% sampel berhasil di amplifikasi dan tujuh di antaranya berhasil dilanjutkan ke tahap sequencing. Hasilnya primer yang dirancang berhasil mengidentifikasi seluruh sampel sebagai harimau sumatra, tetapi tidak dapat membedakan asal usul masing-masing sampel. Studi lebih lanjut diperlukan untuk memaksimalkan penggunaan markah FINS hingga pembentukan haplotipe.

---

The rampant poaching and illegal trading of Sumatran tiger parts (Panthera tigris sumatrae) has threatened the endemic tiger population that is the only one in Indonesia. Body parts suspected to be the result of illegal trade in Sumatran tigers are often incomplete and have undergone processing, making it difficult to identify the evidence found. The application of molecular biology by utilizing the unique DNA in the Sumatran tiger is important to overcome this problem. This study aims to develop Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) markers for the COI gene region in forensic samples of Sumatran tigers and determine their origin. A special primer was designed in this study to obtain an informative sequence in forensic sample identification. The samples obtained consisted of skin, bone, bone powder, and teeth from the Aceh Natural Resources Conservation Agency (BKSDA), Bukit Barisan Selatan National Park, Batang Gadis National Park, and the findings of the forensic team from Garut. around 57% of the total sample was successfully amplified and seven of them were successfully proceed to the sequencing stage. The result was that the designed primer succeeded in identifying all samples as Sumatran tigers, but could not distinguish the origins of each sample. Further studies are needed to maximize the use of FINS markers to haplotype formation."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan salah satu spesies invasif perairan tawar. Keberadaan spesies tersebut membawa dampak buruk bagi ekosistem sehingga perlu dieradiksi dengan cara pendeteksian dini. Pendeteksian dini suatu spesies akuatik dapat dilakukan menggunakan pendekatan molekular yang efektif dan non-invasif, yaitu metode environmental DNA dan quantitative PCR. Penelitian dilakukan untuk mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ di Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. Metode yang digunakan dalam peneitian ini adalah isolasi dengan PCI, amplifikasi dengan qPCR secara triplikat menggunakan primer COI dari gen mitokondria. Berdasarkan pengujian limit of detection (LOD) dan limit of quantification (LOQ) yang ditentukan dari kurva standar memiliki LOD sebesar 220.164 salinan DNA/reaksi dan LOQ sebesar 667.163 salinan DNA/reaksi. Keberadaan kura-kura brazil terdeteksi di lima situ pada tahun 2021 dan enam situ pada tahun 2022. Tidak ditemukan pengaruh faktor lingkungan terhadap keberadaan kura-kura brazil yang ditentukan berdasarkan ANOVA Satu Arah dengan nilai p > 0,05. Keberadaan Kura-kura brazil di Universitas Indonesia dapat dideteksi menggunakan eDNA dan digunakan sebagai kegiatan pemantauan dan eradikasi spesies asing invasif di ekosistem perairan urban.

---

Red-eared slider (Trachemys scripta elegans) is one of the most invasive freshwater species. The existence of this species affects their non-native ecosystem in a negative manner, that ideally it should be eradicated by conducting an early detection of the ecosystem. Early detection of an aquatic species can be done by using the environmental DNA and quantitative PCR methods, as both use effective molecular and non-invasive approach. This study was conducted to detect the presence of red-eared slider within the ecosystem of 6 ponds located at Universitas Indonesia, Depok, Indonesia. The methods that are used in the study covered isolation with PCI, amplification with qPCR in triplicate using primer COI from the mitochondria gen. Limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) were then examined by referring to the standard curve, LOD held the value of 220,164 of DNA copies/reaction, while LOQ held the value of 667,163 of DNA copies/reaction. The presence of red-eared slider was then proven in the ponds within the ecosystem; 5 in 2021 and 6 in 2022. The influence between the presence of red-eared slider and pH was not found, the conclusion is backed with calculation using One Way ANOVA using p-value > 0,05. The presence of red-eared slider in Universitas Indonesia can be detected using eDNA, which later can be utilized as a tool to observe and eradicate the foreign species within the urban water ecosystem"

"Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dan kekerabatan ikan cupang menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Keragaman genetik diketahui menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Amplifikasi Cytochrome Oxidase I dilakukan menggunakan primer HCO dan LCO dengan hasil sekuens yang diperoleh berukuran 680 pb. Hasil alignment sekuens menunjukkan keragaman genetik yang kurang signifikan pada B. imbellis, sedangkan pada B. pallifina, B. patoti, dan B. unimaculata menunjukkan keragaman yang cukup signifikan. Tiga spesies ikan cupang dari Kalimantan memiliki kekerabatan yang dekat. Namun demikian, kekerabatan ikan cupang dari Kalimantan dengan ikan cupang dari Sumatera cukup jauh.

---

This study aims to determine the genetic diversity and kinship of fighting fish using Cytochrome Oxidase I. Cytochrome Oxidase I is used to know the genetic diversity of fighting fish. Primer HCO and LCO were used to amplify 680 bp of Cytochrome Oxidase I. The results of sequence alignment showed less significant genetic diversity for B. imbellis, whereas B. pallifina, B. patoti, and B. unimaculata show significant diversity. Three species of fighting fish from Kalimantan are closely related. However, the kinship of fighting fish from Kalimantan with fighting fish from Sumatra are far enough."

"Diabetes Mellitus tipe 2 merupakan penyakit kronis yang dalam penatalaksanaan penyakit tersebut memerlukan biaya yang besar karena pengobatan dilakukan secara intensif dan berlangsung terus menerus seumur hidup. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis biaya per episode pengobatan rawat jalan penyakit DM tipe 2 dan faktor-faktor yang berhubungan dengan biaya tersebut berdasarkan perspektif RSUD Pasar Rebo pada tahun 2015. Penelitian ini merupakan penelitian analitik deskriptif dengan rancangan penelitian cross sectional. Hasil penelitian menunjukkan total biaya pengobatan rawat jalan penyakit DM Tipe 2 selama setahun adalah sebesar Rp. 593.839.605, rata-rata biaya per episode pengobatan rawat jalan penyakit DM Tipe 2 di RSUD Pasar pada tahun 2015 adalah Rp 417.131 dan ada hubungan yang signifikan antara rata-rata biaya per episode pengobatan rawat jalan penyakit DM tipe 2 dengan umur, lama berobat dan jumlah komplikasi. Rata-rata pembayaran BPJS Kesehatan per episode pengobatan rawat jalan penyakit DM Tipe 2 di RSUD Pasar pada tahun 2015 adalah Rp 208.260. Dengan demikian, rata-rata pembayaran BPJS Kesehatan per episode pengobatan rawat jalan penyakit DM Tipe 2 lebih rendah dibandingkan biaya RSUD Pasar Rebo pada tahun 2015.

---

Type 2 Diabetes mellitus is a chronic disease that requires big cost for the intensive treatments carried out through out patients rsquo lives continuously. The aim of this research is to analyze the cost per episode of type 2 DM out patient treatments and the related factors based on RSUD Pasar Rebo perspective in2015. This research is a descriptive analytical study with cross sectional design. The results showed the total cost of type 2 DM out patient treatments for a year isRp. 593.839.605, the average cost per episode of type 2 DM outpatient treatmentsat RSUD Pasar Rebo in 2015 is Rp 417.131 and there is significant correlation between the average cost per episode of type 2 DM outpatient treatments with patients age, the duration of treatment and the number of complications. The average payment BPJS Kesehatan provided for type 2 DM out patient treatments per episode at RSUD Pasar Rebo in 2015 is Rp 208.260. Therefore, the averagepayment BPJS Kesehatan provided for type 2 DM out patient treatments per episode is lower than the cost needed at RSUD Pasar Rebo in 2015."