Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Bakteriosin merupakan senyawa protein yang memiliki efek bakterisida terhadap mikroorganisme lain. Bakteriosin yang dihasilkan bakeri asam laktat sangat potensial untuk digunakan sebagai pengawet makanan alami. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh medium pertumbuhan MRS, CMG dan CM terhadapaktivitas antimikroba. Leuconostoc mesenteroides Pbac1. Penentuan zona hambatan pertumbuhan terhadap bakteri indikator. Lactobacillus acidilactici dilakukan melalui uji antagonisme dengan metode difusi sumur agar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bakteri indikator yang sensiftif yaitu L. plantarum dan L. acidilactici, sedangkan media terbaik untuk pertumbuhan bkateri indikator sensitif adalah MRS. Diameter zona hambatan terhadap L. plantarum adalah 1.28 cm dan terhadap L. acidilactici adalah 1.23 cm. Media terbaik untuk memproduksi supernatan Leuconostoc mesenteroides Pbac1 degnan aktivitas bakteriosin tertinggi adalah MRS dengandiameter zona hambatan terhadap L. plantarum 1.28 cm. dan terhadap L. acidilactici 1.19 cm. Titer aktivitas bakteriosin adalah 100 AU/ml. Berdasarkan hasil di atas, media MRS digunakan untuk uji aktivitas bakteriosin dari supernata kultur L. mesenteroides Pbac 1 dengansumber karbon berbeda yaitu glukosa, maltosa dan manosa. Hasil menunjukkan bahwa glukosa merupakan sumber karbon terbaik dengan diameter zona hambatan terhdap L. plantarum dan L. acidilactici adalah 1.23 cm. Titer aktivitas bakteriosin terhadap bakteri indikator pada uji tersebut adalah 100 AU/ml.

---

Bacteriocin activity of Leuconostoc mesenteroides Pbac1 bacteria on several media. Bacteriocin is a proteinaceous compound that has bactericidal action against microorganisms. Bacteriocins from lactic acid bacteria are very potential as natural food biopreservatives. The aim of the research was to know the infl uence of the growth medium; MRS, CMG, LTB and CM on antimicrobial activity of Leuconostoc mesenteroides Pbac1. Growth inhibition zone determination has been carried out by antagonism assay, as well as diffusion method using Lactobacillus plantarum, Leuconostoc mesenteroides, Staphylococcus aureus, Lactobacillus pentosus and Lactobacillus acidilactici as indicator strains. The results showed that L. plantarum and L. acidilactici were the sensitive indicators. The best growth medium for antagonism assay of the two sensitive indicator bacteria was MRS, which showed inhibition zone diameter of 1.28 cm and 1.23 cm, respectively. The most active supernatant was produced by L. mesenteroides Pbac1 grown on MRS, which inhibited the growth of L. plantarum and L. acidilactici with respective zone diameter of 1.28 cm and 1.19 cm. Bacteriocin titre activity against sensitive indicator bacteria was 100 AU/ml. Based on the result, MRS was further utilized to study the effect of the different carbon sources i.e glucose, maltose and mannose on bacteriocin activity of L. mesenteroides Pbac1. The results showed that glucose was the best carbon source as indicated by the widest diameter of inhibition zone, i.e 1.23 cm, against both indicator strains. Bacteriocin titre activity of the latter study was 100 AU/ml.

Abstrak :
Resistensi antimikroba adalah salah satu masalah utama yang dihadapi oleh berbagai sektor, dimana masalah ini mengancam efektivitas dari upaya pencegahan dan pengobatan dari penyakit yang disebabkan oleh infeksi mikroba sehingga diperlukan adanya strategi baru untuk mengatasi masalah ini. Salah satu molekul yang secara aktif dipelajari dan dipertimbangkan sebagai strategi alternatif adalah peptida antimikroba yang diproduksi secara alami oleh bakteri yang disebut bakteriosin, terutama yang dihasilkan oleh kelompok Bakteri Asam Laktat (BAL). Penelitian ini bertujuan untuk mengonfirmasi dan mengkarakterisasi bakteriosin dua peptida unik dalam kelas IIb yang diproduksi oleh Streptococcus macedonicus MBF10-2 dengan pendekatan in silico dan konfirmasi sekuens DNA penyandi nonlantibiotiknya. DNA genomik bakteri diesktraksi dari hasil kultur dan gen penyandi nonlantibiotik disekuens dengan metode Sanger. Hasil sekuens dibandingkan dengan sekuens gen penyandi nonlantibiotik hasil Whole Genome Sequencing (WGS) untuk mendeteksi keberadaan mutasi pada sekuens DNA dan asam amino yang dihasilkan. Sekuens asam amino dari kedua peptida kemudian dilakukan pemodelan menggunakan metode de novo, saling ditambatkan, dan divisualisasikan untuk melihat ikatan dan interaksi yang terbentuk. Hasil penambatan Sm1 dengan Sm2 menunjukkan terbentuknya interaksi pada motif A25xxxA29 dan A29xxxG33 dari Sm1, serta S11xxxA15 dan A38xxxA42­ dari Sm2. Penambatan kedua peptida dengan sesamanya menunjukkan terbentuknya interaksi di residu Ala-19, motif G8xxxG12, dan motif A25xxxA29 pada Sm1, serta residu Ala-42, Gly-16, dan motif S11xxxA15 pada Sm2 sehingga diprediksi peptida tunggal sudah memiliki aktivitas inhibisi. Prediksi ini perlu ditelusuri lebih lanjut dengan uji in vitro. ......Antimicrobial resistance is one of the urgent and growing problems that many sectors are facing which threatens the effectivity of preventive and curative effort on treating diseases caused by microbial infection, thus posing the need to discover a novel strategy in order to tackle the problem. One potential molecule currently being actively studied and considered to be an alternative strategy is an antimicrobial peptide naturally produced by bacteria called bacteriocin, especially those produced by the Lactic Acid Bacteria (LAB) group. This study aims to identify and characterize a unique two-peptide bacteriocin within the class IIb bacteriocin produced by Streptococcus macedonicus MBF10-2 through in silico approach and confirmation of its coding DNA. The bacteria’s genomic DNA was extracted from culture and its bacteriocin-coding DNA was sequenced with Sanger Sequencing method. The sequence result was then compared with the initial Whole Genome Sequencing result to detect any mutation in the DNA and its translated amino acid sequence. The amino acid sequence of the two peptides were then modeled with de novo method, docked with each other, and visualized to see the bonds and interactions formed. The docking result showed interactions within the A25xxxA29 and A­29xxxG33 motifs of Sm1 and the S11xxxA15 and A38xxxA42 motifs of Sm2. Docking of each peptide with its own showed interactions in Ala-19, the G8xxxG12 and A25xxxA29 motifs of Sm1 and Ala-42, Gly-16, and the S11xxxA15 motif of Sm2. These interactions pose the possibility that a single peptide might have an inhibition activity of some degree when working on its own. This possibility should be investigated further through an in vitro test.

Abstrak :
Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip. Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model. On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host.