Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Osteoartritis (OA) adalah penyakit degeneratif yang ditemukan pada orang usia lanjut. Seiring bertambahnya usia, kemungkinan menderita penyakit OA meningkat. Senyawa IL-1β ditemukan dalam jumlah tinggi pada pasien dengan OA dan diketahui meningkatkan aktivitas enzim yang merosot jaringan tulang rawan. TGF-β3 diprediksi sebagai penginduksi kuat dari sintesis matriks ekstraseluler (ECM) dan memainkan peran penting sebagai agen penghambat untuk IL-1β. Dalam penelitian ini proses simulasi dinamika molekul dengan program Amber dilakukan dengan mengacu pada langkah-langkah kerja yang dilakukan oleh Chris Lim & David A. Case dan Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. Dalam proses simulasi dinamika molekuler bertujuan untuk membuat vesikel Solid Lipid Nanoparticle (SLN) yang tersusun dari minyak zaitun (fase minyak) dan tristearin (fase lemak) yang mengandung senyawa (protein) TGF-β3. Hasil dari proses simulasi menunjukkan bahwa nilai total perubahan total energi berkurang (nilai rata-rata 0 - 20 ns adalah 37,105,0541 kkal / mol dan pada waktu simulasi 100-120 ns adalah 36,570.2858 kkal / mol) dan Pengurangan grafik energi total tidak terlalu curam dalam periode 100 - 120 ns yang menunjukkan bahwa kondisi sistem cukup stabil. Kepadatan rata-rata meningkat (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 0,9943 cm3 / mol dan pada 100 - 120 ns pada 1.0001 cm3 / mol). Nilai rata-rata volume sistem menurun (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 309.902.5324 Å3 dan pada waktu simulasi 100 ns - 120 ns pada 308.116.6341 Å3). Data kepadatan dan volume interpretasi sistem dari hasil simulasi, karena nilai kepadatan berbanding terbalik dengan nilai volume sistem, sejalan dengan rumus untuk mendapatkan nilai kerapatan suatu objek. Nilai suhu sistem cukup stabil dari awal hingga akhir simulasi, yang berkisar dari 303 ° K (30 ° C). Dengan memperoleh hasil ini, para peneliti telah berhasil melakukan proses simulasi dinamika molekul untuk membuat vesikel SLN yang mengandung TGF-β3 bersama dengan rincian komponen pendukung simulasi.

---

Osteoarthritis (OA) is a degenerative disease found in elderly people. As we get older, the chance of suffering from OA increases. IL-1β compounds are found in high amounts in patients with OA and are known to increase the activity of enzymes that degenerate cartilage tissue. TGF-β3 is predicted as a strong induction of extracellular matrix (ECM) synthesis and plays an important role as an inhibiting agent for IL-1β. In this research the molecular dynamics simulation process with the Amber program is carried out with reference to the work steps carried out by Chris Lim & David A. Case and Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. In the molecular dynamics simulation process aims to make Solid Lipid Nanoparticle (SLN) vesicles composed of olive oil (oil phase) and tristearin (fat phase) containing TGF-β3 (protein) compounds. The results of the simulation process show that the total value of total energy change is reduced (the average value of 0-20 ns is 37.105.0541 kcal / mol and at the time of simulation 100-120 ns is 36.570.2858 kcal / mol) and the reduction in the total energy graph is not too steep in the period 100-120 ns which indicates that the system condition is quite stable. Average density increases (at simulation time 0 - 20 ns at 0.9943 cm3 / mol and at 100-120 ns at 1,0001 cm3 / mol). The average value of the system volume decreases (at simulation time 0 - 20 ns at 309,902.5324 Å3 and at simulation time 100 ns - 120 ns at 308,116,6341 Å3). Data density and system interpretation volume from the simulation results, because the density value is inversely proportional to the system volume value, in line with the formula to get the density value of an object. The system temperature value is quite stable from the beginning to the end of the simulation, which ranges from 303 ° K (30 ° C). By obtaining these results, the researchers have succeeded in carrying out a molecular dynamics simulation process to make SLN vesicles containing TGF-β3 together with details of the supporting components of the simulation.

Abstrak :
ABSTRAK
Pelipatan protein merupakan hal penting dalam pembentukan struktur native protein dan fungsi biologisnya. Kesalahan pelipatan protein dapat menyebabkan penyakit seperti Alzheimers dan fibrosis kistik. Struktur native protein Transforming growth factor b3 (TGF-b3) berbentuk dimer yang diperoleh dari hasil pelipatan monomer identik. Struktur native TGF-b3 dapat diperoleh dari rekombinan TGF-b3 dari E.coli dengan beberapa perlakuan kimia, namun proses ini cenderung membentuk badan iklusi yang mengandung protein non-aktif. Pada umumnya, protein yang terlipat dengan benar menjadi bentuk native merupakan protein yang aktif. Oleh karena itu diperlukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui mampukah monomer protein TGF-b3 melakukan selffolding. Simulasi dinamika molekuler protein menggunakan perangkat Amber dilakukan pada rantai asam amino struktur monomer protein TGF-b3 dengan identitas PDB 1TGJ. Proses simulasi dilakukan selama 9 μs menggunakan parameter gabungan Amber forcefield ff14SBonlysc, GBNeck2, dan mbondi3 dalam sistem yang tidak menghitung interaksi atom dengan air. Hasil simulasi diperoleh struktur yang berbeda dari struktur monomer kristal protein pada PDB. Rata-rata RMSD dari perbandingan kedua struktur didapatkan kurang lebih 15-16 Å dengan RMSD terendah yakni 14,0479 Å. Dari simulasidinamika molekuler yang dilakukan dengan pendekatan all atom dalam implisit solven, diperoleh struktur monomer non-native protein TGF-b3

---

ABSTRACT
Protein folding has an important role in the formation of native structure and their biological functions. Incorrect folding can cause diseases such as Alzheimer's and cystic fibrosis. The structure of Transforming growth factor b3 (TGF-b3), in the form of dimers, obtained from folded monomer. Its native structure can be obtained from recombinant TGF-b3 from E. coli when given several chemical treatments, but prone to be misfolded therefore a molecular dynamics simulation is needed to determine whether self-folding of monomer TGF-b3 can be done. Molecular dynamics simulations of protein using Amber software were performed on amino acid chains of monomer TGF-b3 from PDB, the identity is 1TGJ. The simulation process is carried out for 9 μs using a combined parameter of Amber forcefield ff14SBonlysc, GBNeck2, and mbondi3 at an implicit water environment. Unfortunately, the structure obtained from the simulation was different from its monomer crystal structure. The average RMSD we got in the comparison between result structure and monomer crystal structures was approximately 15-16 Å with the lowest RMSD was 14,0479 Å. From the molecular dynamics simulation carried out with the approach of all atoms in implicit water, the non-native structure of monomer TGF-b3 protein was obtained.

Abstrak :
Epidermal Growth Factor (EGF) adalah polipeptida yang memegang peranan penting dalam penyembuhan luka. Namun, EGF memiliki keterbatasan apabila diaplikasikan secara topikal yaitu tingkat permeasinya rendah sehingga vesikel lipid transfersom dipilih untuk membawa EGF karena memiliki karakteristik deformabilitas tinggi. Melalui simulasi dinamika molekuler akan didapatkan visualisasi pembentukan vesikel transfersom. Penelitian dilakukan untuk menemukan metode simulasi dinamika molekuler yang dapat menghasilkan berkas output sehingga visualisasi akhir vesikel lipid transfersom untuk protein EGF dapat diperoleh. Simulasi dilakukan dengan menggunakan program Amber. Sebelum simulasi dilakukan, protein EGF dan bahanbahan vesikel perlu dipersiapkan untuk menghasilkan berkas parameter dan topologi. Berkas-berkas ini digunakan selama proses simulasi dinamika molekuler yang diawali dengan tahap minimisasi, pemanasan pertama, pemanasan kedua, ekuilibrasi, dan diakhiri dengan tahap produksi. Hasil simulasi divisualisasikan dengan menggunakan Visual Molecular Dynamics (VMD). Selain itu juga, analisis dilakukan terhadap hasil simulasi diperoleh kestabilan simulasi terjadi pada saat 100 20 ns hingga 130 ns sehingga simulasi dapat dihentikan. Visualisasi yang didapatkan dari hasil simulasi ini tidak menunjukan keberadaan protein EGF di dalam vesikel lipid tetapi hanya menempel di bagian luar vesikel lipid. Oleh karena itu, untuk penelitian berikutnya simulasi dinamika molekuler transfersom dapat dilakukan dengan ukuran kotak virtual yang lebih besar serta penambahan komponen pelarut (air) pada saat pengemasan kotak virtual.

---

Epidermal Growth Factor (EGF) is a polypeptide that has an important role in the process of wound healing. However, EGF has a limitation if it is applied topically since it has a low permeation level so that lipid vesicle transfersome has been chosen to transport EGF since it has high level of deformability. Through molecular dynamics simulation the researcher will get visualization of transfersome formation process. The research is conducted to find the method for molecular dynamic simulation that can produce an output archive so that it can visualize the final lipid vesicle transfersome for protein EGF to be achieved. This simulation is done using the Amber programme. Before the simulation is conducted, the protein EGF and the ingredients for the vesicle are needed to be prepared for the parameter and the topology archives. The archives will be used throughout the molecular dynamic simulation process, which will be started with the minimization stage, the first Heating, the second Heating, equilibration, and end with the production stage. The result of the simulation will be visualized using Visual Molecular Dynamics (VMD). Furthermore, this analysis is brought towards the result that achieves the stabilization of the simulation that happens on 100 20 ns until 130 ns, meaning that the simulation can be stopped. The achieved visualization from the simulation does not show the protein EGF to be inside of the lipid vesicle, and it only adheres to the outer layer of the lipid vesicle. Therefore, for the next research, molecular dynamic simulation for transfersome can be done using a bigger virtual box and an addition to the solvent matter (water) when the packaging of the virtual box occurs.

Abstrak :
Walaupun industri minyak kelapa sawit telah dikenal kontribusinya yang baik terhadap perekonomian, diketahui juga bahwa proses ekstraksi dalam industri tersebut memberi dampak negatif terhadap lingkungan, seperti destilasi uap yang membutuhkan banyak energi serta menyebabkan sebagian tokoferol ikut teruapkan bersama asam lemak bebas. Perhatian besar mulai ditujukan pada cairan ionik dan pelarut eutektik dalam (Deep Eutectic Solvents / DES), termasuk NADES (Natural Deep Eutectic Solvents), salah satunya dengan bahan dasar betain-polyol sebagai metode alternatif ekstraksi asam palmitat sewajarnya mulai dikembangkan untuk menggantikan metode destilasi uap. Percobaan melalui simulasi dinamika molekuler (MD) yang menggunakan piranti lunak AMBER ini berfungsi sebagai studi awalan dan komplementer terhadap penelitian in vitro. Eksperimen berlangsung dalam berbagai perbandingan betain monohidrat dengan donor ikatan hidrogen (HBD) gliserol atau propilenglikol pada suhu percobaan, yaitu 313 K atau 323 K, dengan maupun tanpa disertai asam palmitat. Data energi total dipilih sebagai parameter utama baik atau tidaknya solvasi pelarut. Parameter lainnya adalah densitas, fungsi distribusi radial (RDF) dan analisis ikatan hidrogen. Setelah simulasi, disimpulkan bahwa campuran Betain monohidrat- gliserol memiliki sifat solvasi yang lebih baik daripada Betain monohidrat- propilenglikol. Konsentrasi HBD yang digunakan juga berbanding lurus terhadap peningkatan energi total, sehingga campuran betain monohidrat-gliserol pada perbandingan 1:8 adalah campuran terbaik dalam eksperimen ini. ......Despite the contributions the palm oil industry towards the economy, the palm oil extraction process is also known to deliver negative impacts on the enviroment. A large attention has been drawn onto ionic liquids and deep eutectic solvents (DES) to replace the steam destilation method, one that requires a large amount of energy and causing much of the desired tocopherol content vaporize together with the free fatty acids, so that a betaine-polyol based NADES (Natural Deep Eutectic Solvents) utilization as an alternative method to extract palmitic acid, needs to be developed. This molecular dynamics (MD) simulation, conducted using AMBER software, is aimed to be a pre- and complementary study to a in vitro experiment. The experiment is conducted in various concentration ratios of betaine monohydrate with glycerol and propyleneglycol as hydrogen bond donor (HBD) on experimental temperatures of 313 K or 323 K, with or without palmitic acid. The total energy data is chosen as the primary parameter of their solvation performance. Other parameters are density, radial distribution function (RDF), and hydrogen bond analysis. After the simulations, it is concluded that the Betaine monohydrate-glycerol NADES posesses an overall better solvation performance than its propyleneglycol counterpart. The HBD concentration used is also directly proportional towards total energy value, so that the betaine-glycerol NADES mixture at 1:8 concentration ratio holds the best results in this experiment.