Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Studi tentang biotransformasi asetonitril menggunakan bakteri Gram positif yang diisolasi dari sedimen sungai yang sudah tercemar limbah industri di kawasan Cibinong, Jawa Barat telah dilakukan. Sebanyak 200 isolat bakteri telah diskrining aktivitasnya dalam mendegradasi senyawa nitril, dan didapatkan 2 isolat unggulan yaitu isolat 100A dan 100D. Hasil skrining pada medium mineral yang mengandung asetonitril dengan konsentrasi 100 mM, menunjukkan indikasi kuat bahwa bakteri tersebut mampu menghasilkan enzim nitril hidratase dan amidase. Akan tetapi, kedua bakteri tersebut tidak mampu tumbuh pada media yang mengandung benzonitril. Hasil ini didukung dengan data karakterisasi secara molekuler dengan menggunakan primer spesifik, dimana isolat 100A dan 100D secara positif mengandung gen penyandi α-nitril hidratase dan amidase. Pada posisi pertama susunan asam amino dari gen penyandi α-nitril hidratase terdapat perbedaan antara isolat 100A (Methionine 1) dan 100D (Glycine 1). Hasil identifikasi berdasarkan analisis filogenetik menggunakan sekuen 16S ribosomal DNA menunjukkan bahwa kedua bakteri ini memiliki kekerabatan yang sangat dekat dengan Rhodococcus qingshengii, R. baikonurensis dan R. erythropolis. Analisis pairwise nucleotide alignment menunjukkan bakteri 100A dan 100D memiliki susunan nukleotida yang lebih mirip dengan R. qingshengii, sehingga kedua isolat bakteri tersebut diberi nama Rhodococcus aff. qingshengii 100A dan Rhodococcus aff. qingshengii 100D.

---

Study of the biotransformation of acetonitrile using Gram-positive bacteria isolated from sediment of industrial waste contaminated river in Cibinong, West Java has been carried out. A total of 200 bacterial isolates were screened for their activity in degrading nitrile compounds of which two isolates with highest activity were selected for the molecular characterization. Screening of nitrile degrading enzymes using mineral medium 100 mM acetonitrile showed that isolates 100A and 100D capable of producing α-nitrile hidratase and amidase enzymes. However, both bacteria are unable to grow on media containing benzonitrile. These results were supported by molecular characterization using specific primers, where isolates100A and 100D positively contain genes encoding α-nitrile hidratase and amidase. There was a difference at the first position of amino acid composition of the gene encoding α-nitrile hidratase between isolates 100A (Methionine1) and 100D (Glycine1). Identification based on phylogenetic analysis using 16S ribosomal DNA sequences showed that the two bacteria have a very close relationship with Rhodococcus qingshengii, R. baikonurensis and R. erythropolis. Based on the analyses using pairwise nucleotide alignment, the nucleotide sequences of strain 100A and 100D more similar to R. qingshengii, therefore, these bacteria were named Rhodococcus aff. qingshengii 100A and Rhodococcus aff. qingshengii 100D."

"Some actinomtcetes isolated from waigeo Raja Ampat Regency Papua have been identificated. Those isolates were also characterized for their cellulotic and phosphate solubilizing ability....."

"Telah dilakukan penelitian mengenai optimasi ekstraksi total DNA(metagenom) dan deteksi gen penyandi lipase dari sampel tanah denganmetode PCR. Sampel tanah yang digunakan berupa tanah gembur dantanah lingkungan sampah organik di kawasan PUSPIPTEK, Serpong.Ekstraksi metagenom menggunakan metode direct extraction dan indirectextraction. Deteksi gen lipase menggunakan metode PCR dengan primerbsublip dari gen lipase Bacillus subtilis dan primer geobaclip dari gen lipaseGeobacillus sp. Hasil ekstraksi DNA secara indirect dan optimasi PCRdengan primer EU forward dan U reverse berhasil mendapatkan gen 16SrDNA sehingga membuktikan adanya organisme prokariotik pada keduasampel tanah tersebut dan tidak adanya inhibitor yang menghambat prosesPCR. Hasil amplifikasi dengan menggunakan primer yang didesain darimultiple alignment tidak mendapatkan gen penyandi lipase. Desain primeryang lebih optimal sangat diperlukan untuk penelitian selanjutnya."

"Bakteri asam laktat (BAL) disebut food grade microorganism atau dikenal sebagai mikroorganisme yang generally recognized as safe (GRAS) yaitu mikroorganisme yang tidak berisiko terhadap kesehatan. BAL penting pada industri produk susu, sebab BAL digunakan sebagai zat pengasam pada susu. Yoghurt merupakan salah satu produk susu yang menggunakan bakteri asam laktat untuk fermentasi. Hampir semua produk susu ini mengklaim bahwa produk mereka mengandung kultur hidup probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi ulang 6 isolat BAL yang telah diisolasi sebelumnya dari berbagai minuman susu menggunakan teknik molekular dengan melakukan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan sekuensing DNA menggunakan primer oligonukleotida. Primer-primer 16S rDNA yang digunakan pada penelitian ini adalah spesifik dengan bakteri asam laktat seperti yang telah dilaporkan dalam beberapa penelitian. Enam isolat yang ditumbuhkan kembali pada medium agar MRS yang kemudian diinokulasi ke dalam medium MRS cair untuk dilakukan ekstraksi DNA. Genomic DNA diperoleh dari 5 isolat BAL yang digunakan sebagai cetakan dalam PCR, sementara Leuconostoc mesenteroides TISTR 120 adalah kontrol positif. Hasil yang diperoleh hanya 1 amplikon berhasil diidentifikasi, namun bukan termasuk BAL, yaitu Staphylococcus saprophyticus.

---

Lactic acid bacteria (LAB) are food grade microorganism or known as microorganism that possess generally recognized as safe (GRAS). LAB are important in dairy product industry, because they have been used as an acid substance in milk. Yoghurt is one of the dairy product that uses LAB for fermentation. Almost all of this dairy product claim that they contain living culture of probiotics in their product. The aim of this study was to identify six isolates of LAB isolated previously from various dairy product samples by molecular technique performing Polymerase Chain Reaction and DNA sequencing using 16S rDNA oligonucleotide primers. The 16S rDNA primers used in this study is highly specific for lactic acid bacteria as reported in several studies. Six isolates of LAB were choosen to be reconfirmed compare to previous study. LAB were grown on de Man Rogosa Sharpe agar medium and were subsequently inoculated into MRS broth for DNA extraction. Genomic DNA obtained from 5 LAB isolates were used as tempelate in PCR whereas Leuconostoc mesenteroides TISTR 120 was the positive control. Result revealed that only one amplicon was identified succesfully, but not the member of LAB, however, i.e Staphylococcus saprophyticus."