Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menjadi keadaan darurat kesehatan medis yang sedang berlangsung di seluruh dunia. Reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) berfungsi sebagai titik masuk SARS CoV-2, sementara transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) dan 3 chymotrypsin-like protease (3CLPro) terlibat dalam proses lebih lanjut dan replikasi virus. Inhibisi dari reseptor dan protease SARS CoV-2 dapat membatasi penularan virus ini. Penelitian ini dilakukan untuk menemukan kandidat inhibitor ACE2, TMPRSS2, dan 3CLPro dari metabolit sekunder invertebrata laut Indonesia. Metode yang digunakan adalah penapisan virtual dengan target makromolekul yang didapat dari laman RSCB PDB, yaitu ID 2AJF, 7MEQ, dan 6LU7. Kesimpulan penelitian ini adalah bahwa hasil penapisan virtual memperoleh tujuh senyawa uji yang memiliki afinitas ikatan terhadap ketiga target yaitu Pre-neo-kauluamine (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,8 kkal/mol pada 3CLPro), Nakijiquinone V (-8,2 kkal/mol pada ACE2; -7,8 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,5 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10,1 kkal/mol pada ACE2; -8,4 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Jaspamide Q (-9,5 kkal/mol pada ACE2; -9,2 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,3 kkal/mol pada 3CLPro), Saranoside S (-9,7 kkal/mol pada ACE2; -7,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -7,2 kkal/mol pada 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10,2 kkal/mol pada ACE2; -9,6 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro), dan Jaspamide R (-9,3 kkal/mol pada ACE2; -8,7 kkal/mol pada TMPRSS2; -6,9 kkal/mol pada 3CLPro). ......The coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become an ongoing medical health emergency worldwide. The angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor serves as the entry point for SARS-CoV-2, while transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and chymotrypsin-like protease 3 (3CLpro) are involved in further processing and viral replication. Inhibition of these SARS-CoV-2 receptor and protease can limit the spread of this virus. This study was conducted to find candidate inhibitors of ACE2, TMPRSS2, and 3CLPro from secondary metabolites of Indonesian marine invertebrates. The method used was virtual screening with macromolecular targets obtained from the RSCB PDB website, namely ID 2AJF, 7MEQ, and 6LU7. Based on the results of virtual screening, seven test compounds were found to have binding affinity towards all three targets, namely Pre-neo-kauluamine (-9.7 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.8 kcal/mol) on 3CLPro), Nakijiquinone V (-8.2 kcal/mol on ACE2; -7.8 kcal/mol on TMPRSS2; -7.5 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine C (-10.1 kcal/mol on ACE2; -8.4 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal/mol on 3CLPro), Jaspamide Q (-9.5 kcal/mol on ACE2; -9.2 kcal/mol on TMPRSS2; -7.3 kcal /mol on 3CLPro), Saranoside S (-9.7 kcal/mol on ACE2; -7.7 kcal/mol on TMPRSS2; -7.2 kcal/mol on 3CLPro), Acanthomanzamine E (-10.2 kcal/mol on ACE2; -9.6 kcal/mol on TMPRSS2; -6.9 kcal/mol on 3CLPro), and Jaspamide R (-9.3 kcal/mol on ACE2; -8.7 kcal/mol on TMPRSS2; -6 .9 kcal/mol at 3CLPro).

Abstrak :
Penghambatan aktivitas elastase dapat diterapkan sebagai metode untuk melindungi terhadap penuaan kulit. Penelitian ini dilakukan untuk memperoleh tanaman Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor elastase menggunakan penapisan virtual dengan piranti lunak penambatan molekul AutoDock. Penapisan virtual dari 1406 senyawa dari basis data senyawa tanaman obat di Indonesia terhadap penghambatan elastase diperoleh peringkat tertinggi yakni senyawa leucadenon A-D. Pengujian secara in vitro terhadap penghambatan elastase dilakukan terhadap ekstrak dan fraksi daun Melaleuca leucadendron L. yang mengandung senyawa leucadenon A-D yang menempati peringkat 5 besar teratas dari hasil penapisan virtual. Daun segar M. leucadendron L. diekstraksi secara maserasi dengan pelarut aseton kemudian difraksinasi dengan kloroform. Fraksi kloroform difraksinasi kembali menggunakan kromatografi cair vakum sehingga didapatkan 6 fraksi (A-F) yang digabungkan berdasarkan profil KLT. Persen inhibisi elastase berturut-turut pada konsentrasi 50; 25; dan 12,5 µg/mL, fraksi A adalah 68,3; 57,0; dan 47,6% dan fraksi B adalah 68,1; 64,0; dan 48,3%. Pada konsentrasi yang sama, nilai persen inhibisi fraksi A dan B lebih besar jika dibandingkan asam oleanolat yaitu 62,4; 55,9; dan 46,5%. Uji kinetika enzim menunjukkan fraksi B daun M. leucadendron L. menginhibisi elastase secara kompetitif. Hasil identifikasi golongan senyawa menunjukkan bahwa fraksi A dan B daun M. leucadendron L. mengandung flavonoid dan terpen.

---

Inhibition of elastase activity can be applied as a method to protect against skin aging. This research was conducted to obtain Indonesian plants that have potential as elastase inhibitors using virtual screening with the molecular docking software AutoDock. Virtual screening of 1406 compounds from a database of medicinal plants in Indonesia on the inhibition of elastase obtained the highest rank is leucadenone A-D. In vitro assay on elastase inhibitory of leaves extract and fractions Melaleuca leucadendron L. containing leucadenone A-D compounds which ranks the top 5 of the virtual screening results. Fresh leaves of M. leucadendron L. extracted by maceration with acetone and then fractionated with chloroform. Chloroform fraction was fractionated using vacuum liquid chromatography and obtained 6 fractions (A-F) were combined based on TLC profiles. Percent inhibition of elastase at concentrations of 50; 25; and 12.5 µg/mL respectively, fraction A was 68.3; 57.0; and 47.6% and fraction B was 68.1; 64.0; and 48.3%. At the same concentration, percent inhibition of fractions A and B greater than oleanolat acid was 62.4; 55.9; and 46.5%. Enzyme kinetics assays showed that B fraction leaves Melaleuca leucadendron L. inhibited competitively. Phytochemical screening showed that A and B fraction leaves of M. leucadendron L. contained flavonoids and terpenes.

Abstrak :
[ABSTRAK Virus Dengue (DENV) menyebabkan infeksi penyakit yang mengancam sekitar 40% populasi dunia. Hingga saat ini belum tersedia obat antiviral yang dapat digunakan sebagai upaya pengobatan penyakit yang disebabkan infeksi DENV. Dengan melakukan virtual screening terhadap 308 peptida siklis komersial, dicari kandidat obat yang mampu menginhibisi sebuah situs pengikatan β-OG yang terdapat pada protein envelope DENV. Melalui metode simulasi penambatan dan dinamika molekul serta analisis terhadap sifat farmakologi dan toksisitas dari senyawa-senyawa peptida yang ditapis, diketahui ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki afinitas yang baik dengan situs pengikatan β-OG binding pocket serta diprediksi memiliki sifat sebagai obat yang relatif baik. Ligan tersebut juga membentuk kompleks yang stabil dengan protein envelope pada temperatur 310 K dan 312 K. Ligan Cyclo(-D-Trp-Tyr) memiliki potensi sebagai inhibitor β-OG binding pocket untuk selanjutnya dikembangkan menjadi obat antiviral terhadap infeksi DENV.

---

ABSTRACT , Dengue Virus (DENV) has caused infectious disease which put roughly 40% of world population at risk. Antiviral drug against DENV infection remains unavailable up until now. By screening to 308 commercial cyclic peptides virtually, this research aims to find drug candidate which can inhibit β-OG binding site. Through molecular docking and molecular dynamics simulation, along with pharmacology and toxicity analyzing, it is discovered that Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand has good affinity with β-OG binding pocket and is predicted to has relatively acceptable drug properties. Ligand forms stabile complexity with nvelope protein in 310 K and 312 K. Cyclo(-D-Trp-Tyr) ligand is revealed to be potential inhibitor of β-OG binding pocket. Thus, it is feasible for furher development as antiviral drug against DENV infection.]