Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Virus SARS-CoV-2 atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 adalah virus yang telah menyebabkan penyakit COVID-19. Sampai saat ini tindakan untuk kasus COVID-19 masih dilakukan dengan diagnosis cepat secara kualitatif untuk menilai adanya virus SARS-CoV-2 pada pasien yang ditujukan untuk mencegah penyebaran penyakit tersebut, sehingga dibutuhkan perkembangan diagnosis secara kuantitatif untuk mengetahui jumlah virus SARS-CoV-2 yang dapat bermanfaat untuk menilai respons terapi pada pasien COVID-19 maupun untuk studi penemuan obat antivirus SARS-CoV-2. Pada penelitian ini dikembangkan metode kuantifikasi virus SARS-CoV-2 dengan menggunakan in vitro transcribed RNA SARS-CoV-2 dengan target gen N menggunakan primer N158 yang diketahui dapat mendeteksi varian alpha, beta, delta dan omicron sekuens isolat Indonesia. Metode yang dilakukan yaitu plasmid p-Bluescript yang mengandung gen N158 ditransformasikan ke dalam sel E. coli BL21(DE3), kemudian sel transforman diperbanyak di dalam media pertumbuhan dan dipurifikasi untuk diambil plasmid yang mengandung gen N. Plasmid kemudian dilinearisasi, ditranskripsi dan dipurifikasi untuk memperoleh RNA standar. RNA standar yang diperoleh kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan Spektrofotometer UV-Vis NanoDrop untuk memperoleh nilai copy number/μL dan dilakukan pengenceran serta one-step RT-qPCR untuk memperoleh nilai Ct pada tiap konsentrasi pengenceran. Nilai-nilai tersebut kemudian digunakan untuk membuat kurva standar nilai Ct vs log copy number. Kurva standar RNA diperoleh dengan persamaan y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) dan efisiensi PCR sebesar 101,2%. Kurva standar RNA yang dibuat telah memenuhi syarat akseptabilitas kurva standar PCR

---

SARS-CoV-2 or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 is a virus that causing COVID-19 disease. Until now, the action for COVID-19 cases are being carried by qualitative rapid diagnosis to assess the presence of SARS-CoV-2 virus in patients that lead to prevent the spread of COVID-19 disease, therefore the development of diagnosis is needed to determine the viral load of SARS-CoV-2 which can be useful for assessing response of therapy in COVID-19 patients and for drug screening of antiviral for SARS-CoV-2 studies. This study developed a quantification method for SARS-CoV-2 virus using in vitro transcribed SARS-CoV-2 RNA targeting N gene with N158 primer that known can detect alpha, beta, delta and omicron varian from sequences of Indonesian isolates. The method using pBluescript plasmid that contain N158 gene is transformed to E. coli BL21(DE3) cells, then transformans cell is amplified in growth medium and purified to get the plasmid containing N gene, the plasmid then linearized, transcribed and purified to get standard RNA. Using a Spectrophotometer UV-Vis NanoDrop, the concentration of standard RNA is obtained and the copy number/ μL can be calculated. The RNA standard is diluted and quantified by one-step RT-qPCR to know the Ct value at different concentrations. Ct value vs log copy number standard curve is constructed and the equation of RNA standard curve y = -3,29x + 41,34 (R2 = 0,9972) is obtained with percentage of PCR efficiency 101,2%. Thus, the RNA standard curve is qualified PCR standard curve."

"Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) merupakan penyakit yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Penyakit ini dapat menular melalui cairan yang berasal dari hidung atau mulut penderita. Simulasi penambatan molekul dengan PyRx memprediksi senyawa Teofilin dan Dexamethason dapat berinteraksi baik dengan spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2, dengan ΔGbinding yang diperoleh adalah berturut-turut sebesar -6,3; -7,8; -8,1 kcal/mol melalui nteraksi pada residu Ala348, Arg357 dan Val341. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Teofilin dan Dexamethason memiliki potensi untuk dijadikan agen pengenal SARS-CoV 2. Namun simulasi dengan penambatan molekul juga menunjukan bahwa hemagglutinin (HA) H1N1 berpotensi menganggu pengukuran spike glikoprotein SARS-CoV 2. Hasil studi komputasi ini menjadi acuan untuk pengujian potensi Teofilin dan Dexamethason sebagai agen pengenal SARS-CoV 2 dengan HA H1N1 sebagai uji interferensi. Selanjutnya Studi elektrokimia dengan teknik voltametri siklik menggunakan elektroda boron-doped diamond (BDD) pada Teofilin menunjukkan puncak arus oksidasi pada potensial +0,506 V dan puncak arus reduksi pada potensial -0,5 V. Arus yang dihasilkan linear pada rentang konsentrasi 10 μM sampai 100 μM. Deteksi spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dilakukan dengan melihat penurunan arus oksidasi Teofilin dengan kehadiran spike glikoprotein S2 SARS-CoV 2 dan virus kultur SARS- CoV 2 pada waktu optimum 10 menit. Penurunan arus linier pada rentang konsentrasi 1 ng/mL sampai 200 ng/mL. Sedangkan Dexamethason tidak elektroaktif namun pengukuran dengan spektrofotometri UV-Vis menunjukkan puncak absorbansi pada bilangan gelombang 241 nm.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a disease caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). This disease can be transmitted through droplets from the nose or mouth of the patient. Molecular docking simulation with PyRx predicts Theophylline and Dexamethason compounds can interact well with the spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2, with G_bindings obtained are -6.3, respectively; -7.8; -8.1 kcal/mol via interaction with residues Ala348, Arg357 and Val341. So that theophylline and dexamethason have the potential to be used as SARS-CoV 2 identification agents. However, simulations with molecular docking also show that hemagglutinin (HA) H1N1 has the potential to interfere with the measurement of the SARS-CoV 2 spike glycoprotein with bioactive compounds. The results of this computational study serve as a reference for testing potential Theophylline and Dexamethasone as identification agents for SARS-CoV 2 and HA H1N1 as an interference compound. Furthermore, electrochemical studies using cyclic voltammetry techniques using boron-doped diamond (BDD) electrodes on theophylline showed peak oxidation currents at +0.548  V potential and peak reduction currents at -0.5 V potentials. The resulting currents were linear in the concentration range of 10 M to 100 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 was carried out by observing a decrease in the oxidation current of Theophylline in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 and cultured virus SARS-CoV 2 at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Meanwhile, Dexamethasone is not electroactive, but measurements using UV-Vis spectrophotometry show the absorbance peak at a wave number of 241 nm. This absorbance is linear in the concentration range of 10 M to 200 M. Detection of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 with Dexamethasone was carried out by decreasing absorbance in the presence of spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2. at the optimum time of 10 minutes. Linearity current decrease in the concentration range of 1 ng/mL to 200 ng/mL. Furthermore, the interference test performed with HA-H1N1 and spike glycoprotein S2 SARS-CoV 2 showed that neither the current in theophylline nor the peak absorption of Dexamethasone changed significantly. These results indicate Theophylline and Dexamethasone are selective against the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 and can be applied as identification agents on the SARS-CoV 2 spike glycoprotein S2 sensor."