Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, dan merupakan bagian yang paling lestari dan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin. Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus. Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot. Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitop yang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut. Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut. Latar belakang: Protein VP6 rotavirus adalah protrein struktural utama yang berperan penting selama replikasi, dan merupakan bagian yang paling lestari dan memiliki potensi dalam menstimulasi respon imun, yaitu sebagai protein target yang dapat menstimulasi sel T, dan memiliki epitop yang cross-reactive di antara genotipe rotavirus lainnya, sehingga memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai vaksin. Tujuan: Untuk mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 rotavirus strain Indonesia, serta pengklonaan gen dan ekspresi protein VP6 pada Escherichia coli BL21 untuk pengembangan vaksin rotavirus. Metode: RNA rotavirus R55 dan R10 diperoleh dari ekstraksi sampel klinis. RNA tersebut kemudian diamplifikasi dengan reaksi RT-PCR dan menghasilkan amplikon 1194 bp yang selanjutnya disekuensing untuk konfirmasi dan mengetahui karakterisasi molekular protein VP6 secara bioinformatika. Gen VP6 sebagai sisipan dan plasmid pQE-80L sebagai vektor direstriksi ganda dengan enzim restriksi dan diligasi menggunakan enzim ligasi. Produk ligasi ditransformasikan pada sel kompeten E.coli Top 10 dan diseleksi klon pembawa plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan yang mengandung gen VP6 ditransformasikan ke sel kompeten E.coli BL21. Ekspresi protein dilakukan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi dianalisis dengan SDS-PAGE dan dikonfirmasi dengan Uji Western Blot. Hasil: Sekuen asam amino gen VP6 rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 memiliki tingkat homologi yang tinggi dengan epitop yang lestari bila dibandingkan dengan strain vaksin dan kandidat vaksin rotavirus; strain R55 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe I, strain R10 lebih dekat kekerabatannya dengan rotavirus genotipe II. Sekuen VP6 rotavirus strain R55 dan R10 menunjukkan tingkat hidrofobisitas yang sama, hal ini mengindikasikan sejenis protein permukaan atau protein yang bersifat hidrofilik. Hasil analisa struktur sekunder pada strain R55 dan R10 menunjukkan adanya perbedaan pada posisi asam amino 149-152 dan 341-349. Telah didapatkan klon pQE-80L yang mengandung gen VP6 dari strain R55 dan R10. Ekspresi protein VP6 pada SDS-PAGE menunjukkan adanya perbedaan intensitas pita protein antara sel E. coli yang diinduksi IPTG dengan yang tidak diinduksi, mengindikasikan protein VP6 diduga berhasil diekspresikan. Konfirmasi ekspresi protein menggunakan Western-Blot menunjukkan hasil yang sama antara sel yang diinduksi dengan yang tidak diinduksi, namun hasil ini perlu dikonfirmasi lebih lanjut. Kesimpulan: Hasil karakterisasi molekular protein VP6 rekombinan dan pengklonaan gen VP6 dari rotavirus strain Indonesia R55 dan R10 dapat dikembangkan sebagai studi awal pada pengembangan vaksin subunit berbasis protein VP6 rekombinan. Namun untuk tahap ekspresi protein rekombinan VP6 perlu optimasi lebih lanjut. ......Background: VP6 protein is an intermediate layer on rotavirus outer capsid shell which is the major structural protein and play an important role in replication cycle. VP6 protein is a conserved region that can induce immune response as target protein of T cell with cross-reactive epitopes within another genotypes. Objectives: This research conducted to determine the molecular characterization of rotavirus VP6 recombinant protein of Indonesia strain, and to determine the clone and expression of VP6 protein in Escherichia coli BL21 for development of rotavirus vaccine. Methods: Rotavirus RNA was extracted from clinical sample of R55 and R10 strains that having correlation with genotipes I and II rotavirus. RNA samples were amplified with RT-PCR reaction and produced 1194 bp amplicon, and sequencing reaction were conducted to confirm and analyze the molecular characterization of VP6 protein in bioinformatics. VP6 gene as insert and pQE-80L plasmids as vector were double restricted and then ligated by ligation enzyme. Product of ligation were transformed to E.coli Top 10 competent cells and the clones were selected to get the recombinant plasmids which bearing VP6 gene. The recombinant plasmid than subcloned to E.coli BL21 competent cells and induced by IPTG and its pellets were loaded directly onto SDS-PAGE, approximately 45 kDa protein was observed on the SDS-PAGE. The protein was analyzed using Western-blotting. Results: Level of amino acids homology from R55 and R10 rotavirus strain compared with vaccine strains and vaccine candidate strains showed high level of homology, with the conserved regions of T-cell epitopes. R55 strain having close relativity with genotype I while R10 strain having close relativity with genotype II. there are the same level of hydrophobicity between R55 and R10 which indicated as surface proteins or as a hydrophilic protein. The differences of secondary structure between R55 and R10 in amino acids position of 149-152 and 341-349. The VP6 cloned obtained from E.coli Top 10 with pQE-80L plasmid. The profile of expressed VP6 recombinant protein from R55 and R10 strains in SDS-PAGE showed the different intensity of protein between induced condition with IPTG and non-induced condition, indicated that VP6 protein might be successfully expressed. The Western-Blot assay showed the same result between the cell that induced and non-induced, but it still need another confirmation. Conclusion: The result of molecular characterization from VP6 recombinant protein and the cloned of VP6 gene that obtained from R55 and R10 rotavirus strains of Indonesia could be applied as a preliminary study to develop rotavirus candidate vaccine based on subunit vaccine.

Abstrak :
Pendahuluan: Rotavirus merupakan virus dengan tingkat penularan tinggi pada anak di bawah usia 5 tahun yang dapat dicegah dengan vaksinasi. Penelitian ini merupakan penelitian pertama di Indonesia yang bertujuan mengevaluasi penerimaan orangtua terhadap vaksinasi rotavirus bagi anak berusia di bawah 5 tahun. Metode: Sampel penelitian merupakan orangtua yang dipilih secara consecutive sampling. Perhitungan jumlah sampel menggunakan rumus sampel tunggal. Kriteria inklusi adalah orangtua yang memiliki anak berusia di bawah 5 tahun serta mengisi kuesioner dengan lengkap. Kriteria eksklusi adalah orangtua yang tidak mengisi kuesioner dengan lengkap atau mengundurkan diri dari penelitian. Data ditabulasi berdasarkan usia, pendidikan, pekerjaan, penghasilan, pengetahuan, sikap, dan perilaku terhadap rotavirus, serta sikap terhadap vaksinasi. Uji yang digunakan adalah metode uji Chi-square untuk mengetahui hubungan dari faktor tersebut dengan penerimaan terhadap vaksinasi rotavirus. Hasil: Dari 108 responden, 13 (12%) menolak pemberian vaksinasi rotavirus bagi anak mereka. Didapatkan hubungan yang signifikan antara sikap orangtua terhadap vaksinasi dengan penerimaan orangtua terhadap vaksinasi rotavirus (p = 0,000). Tidak terdapat hubungan yang signifikan antara usia (p = 0,375), pendidikan (p = 0,636), pekerjaan (p = 0,500), penghasilan (p = 0,290), pengetahuan (p = 1,000), sikap (p = 0,689), dan perilaku terhadap rotavirus (p = 0,592) dengan penerimaan vaksinasi rotavirus. Kesimpulan: Sikap orangtua yang positif terhadap vaksinasi berhubungan secara signifikan dengan penerimaan vaksinasi rotavirus. ......Introduction: Rotavirus is a highly spread virus in children under 5 years old that could be prevented by vaccination. This study was the first performed in Indonesia to evaluates the parents’ acceptance towards rotavirus vaccination. Methods: The samples of this study are parents who were chosen by consecutive sampling. The inclusion criterias are the parents who have children under 5 years old and have completed the questionnaire. The exclusion criterias are parents who did not fill all the questions or those who resigned from the study. Data are tabulated based on age, education, occupation, income, knowledge, attitude, and behavior towards rotavirus, and attitude towards vaccination. Method used in this study to analyze the data is Chi-square test to find correlation between those factors with rotavirus vaccination acceptance. Results: Of the 108 respondents, 13(12%) rejected the acceptance towards rotavirus vaccination. There was a significant correlation between parental attitude towards vaccination with rotavirus vaccination acceptance (p = 0,000). There were no significant correlation between parental age (p = 0,375), education (p = 0,636), occupation (p = 0,500), income (p = 0,290), knowledge (p = 1,000), attitude (p = 0,689), and behavior (p = 0,592) toward rotavirus with rotavirus vaccination acceptance. Conclusion: Parental positive attitude toward vaccination showed significant correlation with rotavirus vaccination acceptance.

Abstrak :
Deteksi dan identifikasi rotavirus A menggunakan sampel feses anakanak penderita diare di Denpasar, Jakarta, Makassar, Mataram, dan Yogyakarta dilakukan di Bacterial Diseases Program US NAMRU-2, Jakarta, dari Februari hingga Mei 2008. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman genotipe rotavirus A di Indonesia, khususnya di daerah penelitian. Responden penelitian adalah 1.726 anak berusia 1 hingga 71 bulan, terdiri atas 39,28% anak perempuan dan 60,25% anak laki-laki penderita diare yang berobat ke puskesmas atau rumah sakit dari September hingga Desember 2007. Metode deteksi dan identifikasi yang digunakan adalah seminested-multiplex RT-PCR. Deteksi terhadap rotavirus A menghasilkan prevalensi sebesar 56,89% (982 dari 1.726 sampel). Prevalensi rotavirus A pada anak perempuan (39%) lebih rendah dibandingkan prevalensi pada anak laki-laki (60,49%), dengan anakanak dalam kelompok umur 1--12 bulan memiliki prevalensi tertinggi (63,14%) dan terdapat kecenderungan penurunan prevalensi pada kelompok umur yang semakin besar. Identifikasi genotipe rotavirus A menghasilkan 5 tipe gen pengkode VP7 (genotipe G1, G2, G3, G4, dan G9) serta 6 tipe gen pengkode VP4 (genotipe P[4], P[6], P[8], P[9], P[10], dan P[11]), dengan prevalensi kombinasi genotipe tertinggi (11%) adalah G1P[8].

Abstrak :
Rotavirus adalah salah satu virus penyebab diare yang penularannya melalui jalur fecal-oral, yaitu menular dari feses penderita yang tidak sengaja masuk ke mulut orang yang sehat. Infeksi rotavirus menjadi penyebab umum diare pada bayi dan anak-anak, terutama di negara-negara dengan sanitasi lingkungan yang kurang baik. Gejala infeksi rotavirus bisa muncul setelah 2 hari terpapar virus ini. Salah satu gejala yang paling sering terjadi adalah diare. Penelitian ini bertujuan untuk meningkatkan pengetahuan dan kualitas hidup pasien dengan memberikan edukasi secara digital di Puskesmas Kecamatan Pulo Gadung mengenai pelayanan informasi obat terkait Imunisasi rotavirus dengan menggunakan media Booklet dan Leaflet sebagai penunjang. Pelaksanaan pemberian pelayanan informasi berdasarkan studi literatur pada Petunjuk Teknis Pemberian Imunisasi Rotavirus (RV) Kementerian Kesehatan RI 2023. Hasil berdasarkan data dari Badan Pusat Statistik (BPS) Provinsi DKI Jakarta, selama 3 tahun berturut-turut dari tahun 2018, 2020, 2021, Jakarta Timur termasuk salah satu kota yang memiliki jumlah kasus diare yang disebabkan oleh infeksi rotavirus. Upaya yang dapat dilakukan dengan memberikan edukasi menggunakan media digital berupa booklet dan leaflet agar memudahkan pasien untuk mengingat tentang pentingnya imunisasi rotavirus dan menerapkan dalam kehidupan sehari-hari. ...... Rotavirus is a virus that causes diarrhea which is transmitted via the fecal-oral route, that is, it is transmitted from the feces of sufferers who accidentally enter the mouth of a healthy person. Rotavirus infection is a common cause of diarrhea in infants and children, especially in countries with poor environmental sanitation. Symptoms of rotavirus infection can appear after 2 days of exposure to this virus. One of the most common symptoms is diarrhea. This research aims to improve patient knowledge and quality of life by providing digital education at the Pulo Gadung District Health Center regarding drug information services related to rotavirus immunization using booklet and leaflet media as support. Implementation of providing information services based on literature studies in the Technical Instructions for Providing Rotavirus (RV) Immunization of the Indonesian Ministry of Health 2023. Results based on data from the DKI Jakarta Province Central Statistics Agency (BPS), for 3 consecutive years from 2018, 2020, 2021, Jakarta Timur is one of the cities that has the highest number of cases of diarrhea caused by rotavirus infection. Efforts that can be made are by providing education using digital media in the form of booklets and leaflets to make it easier for patients to remember the importance of rotavirus immunization and apply it in everyday life.

Abstrak :
Latar Belakang. Rotavirus merupakan penyebab terbesar dari penyakit diare akut pada anak balita. Gejala klinis yang ditimbulkan yaitu diare, demam, muntah, nyeri perut, dan dehidrasi. Berdasarkan hasil penelitian di dua kota tahun 2007, ditemukan 47% Rotavirus sebagai penyebab diare akut di RS Hasan Sadikin, Bandung, sedangkan di RS Dr Sardjito, Yogyakarta ditemukan 32%. Biaya pemeriksaan laboratorium untuk mendeteksi adanya Rotavirus sangat mahal pada laboratorium tertentu saja. Belum diketahui kemampuan mendeteksi diare yang disebabkan Rotavirus berdasarkan beberapa gejala klinis dan karakteristik anak balita dengan diare akut. Objektif. Mengeksplorasi model prediksi untuk diagnosis diare yang disebabkan infeksi Rotavirus pada anak balita dengan diare akut dengan berdasarkan informasi gejala klinis dan karakteristik anak. Metode. Analisis dilakukan dengan menggunakan subsampel data penelitian utama Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Kementrian Kesehatan RI yang berjudul "Identifikasi dan Uji Resistensi Mikroorganisme Penyebab Diare Pada Anak Balita di Indonesia tahun 2011". Data anak balita dengan diare yang dirawat di Rumah Sakit Umum Serang selama tahun 2012 dikumpulkan melalui kuesioner. Selain gejala klinis dan karakteristik anak, dikumpulkan juga sampel tinja untuk dilakukan pemeriksaan adanya Rotavirus dengan metode Real-Time PCR. Hasil. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gejala demam, kondisi tinja cair dan karakteristik anak (meliputi umur balita dan tidak diberi ASI) dapat digunakan untuk memprediksi adanya infeksi Rotavirus pada anak balita dengan diare akut. Model prediksi untuk nilai duga positif terjadinya infeksi Rotavirus pada anak diare akut sebesar 71,43%, berdasarkan gejala klinis (meliputi demam dan kondisi tinja cair) dan karakteristik anak (umur balita dan tidak diberi ASI). Pada anak diare akut yang mengalami gejala demam, kondisi tinja cair, umur 1-12 bulan, dan tidak diberi ASI, dugaan penyebab diare akut adalah rotavirus dengan peluang sebesar 82,1%. Simpulan dan Saran. Karakteristik anak dan beberapa gejala klinis dapat digunakan untuk menduga penyebab diare akut yang disebabkan Rotavirus. Mendasari hasil penelitian disarankan agar anak diare yang diikuti dengan demam dan kondisi tinja cair, perlu mendapat penanganan segera dengan diawali rehidrasi dan dapat dijadikan masukan bagi kebijakan dalam tatalaksana diare akut yang disebabkan Rotavirus. ...... Background. Rotavirus is the common cause of acute diarrheal disease in children under five years old with the several clinical symptoms such as watery stool, fever, vomiting, abdominal pain and dehydration. Based on the previous studies, the prevalence rotavirus among underfive children between 32% and 47% at two hospital in the two cities in the year 2007. Laboratory cost for examining Rotavirus is very expensive. Until now, we don?t know how accurate to predict Rotavirus as a cause of acute diarrhea among underfive children based on the information of clinical symptoms and children?s characteristics. Objectives. The aim of this study is to explore the prediction model for diagnosing Rotavirus diarrhea among underfive children by clinical symptoms and other characteristics. Methods. Using data from the main study of ?Identification and resistance analysis of microorganism causing diarrhea among children under five years old in Indonesia? was analyzed?. The study collected data from the questionnaire and also specimens in Serang Hospital in 2012. The analyses were completed by laboratory data from the specimens by Real-Time PCR. Results. The results of the study found that fever, watery stools and age under 12 months without having breastfeeding can be used as prediction model of Rotavirus infections among children with acute diarrhea. The prediction model of positive predictive value of Rotavirus infection of acute diarrhea is 71,43%. The positive predictive value is fulfilled from clinical symptoms including fever and watery stools and toddlers without having breastfeeding. Children presenting acute diarrhea with fever, watery stools, age under 12 months and no breast feeding had the prediction value 82,1%. Conclusion and recommendation. Characteristics and clinical symptoms of children underfive might be used to predict diarrhea caused by Rotavirus. Rehydration of acute diarrhea of Rotavirus infection is important step in management of acute diarrhea among underfive children.

Abstrak :
Penelitian ini menilai peran genetik rotavirus terhadap keparahan diare pada populasi bayi dan balita di rumah sakit dan puskesmas, pada 2005?2008. Keanekaragaman genotipe rotavirus sangat tinggi; 7 variasi genotipe umum (didominasi G1P[8]) dan 52 genotipe tidak umum (didominasi G4G9P[8]). Rotavirus genotipe tidak umum terdistribusi merata di rumah sakit dan puskesmas. Terhadap genotipe umum, genotipe tidak umum mempunyai PR 1,2 pada keparahan diare. Karakter gen VP7 berperan penting/menentukan peran genotipe GP pada keparahan. Status nutrisi memodifikasi efek peran genotipe pada keparahan diare. Faktor umur dan faktor pemberian sendiri antibiotik secara independen berperan menentukan keparahan. Koinfeksi tidak signifikan merubah derajad keparahan diare infeksi yang diakibatkannya.

---

This study assessed the rotavirus genetic role on diarrhea severity in infants and young children population in hospitals and primary health centers, at 2005-2008. Genotype diversity of rotavirus is very high; 7 variations common genotype (dominated by G1P[8]) and 52 uncommon genotypes (predominantly G4G9P[8]). Rotavirus uncommon genotypes are distributed equally in both health centers. Against common genotypes, uncommon genotypes have a PR 1.2 in the severity of diarrhea. VP7 genes play an important character and define the role of GP genotype. Nutritional status modify the effects of genotype on the severity of diarrhea. Age and antibiotic are risk factors for severity of diarrhea, independently. Coinfection did not significantly alter the degree of severity of acute infectious diarrhea.