Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Salah satu strategi untuk mengatasi pandemi Coronavirus disease-19 (COVID-19) ialah melalui diagnosis infeksi virus SARS-CoV-2 secara dini melalui Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Uji RT-PCR merupakan uji deteksi dan kuantifikasi asam nukleat. Salah satu metode ekstraksi asam nukleat adalah dengan bantuan material berbasis silika sebagai kolom matriks. Pada penelitian ini; dilakukan preparasi matriks Silica Coarse (SC) dalam matriks berwujud kolom suspensi, serbuk halus, dan keping cakram yang bersumber dari mineral aluminosilikat kaolin. Kemampuan pengikatan matriks SC berbasis mineral alam tersebut telah berhasil ditingkatkan dengan bantuan kation penyeimbang Na+ dan Guanidium+ yang dijenuhkan di dalam kerangka kaolin. Dilakukan pula upaya peningkatan sifat mekanik cakram SC melalui pengikatan dengan PEG 1500. Matriks Silica Coarse (SC) yang telah mengandung Na+ dan Guanidium+ kemudian dianalisa karakteristik fisikokimia-nya menggunakan instrumen FTIR, XRD, XRF, SEM, dan metode pengukuran luas area BET-distribusi pori BJH. Penelitian ini memberikan hasil bahwa matriks SC pellet basah (berwujud kolom suspensi) memberikan hasil ekstraksi yang dapat diamplifikasi lebih baik di bawah instrumen RT-PCR dibandingkan matriks SC pellet kering (berwujud serbuk halus dan cakram). Seluruh spesimen non aktif RNA virus SARS-CoV-2 yang digunakan dalam uji ekstraksi pada penelitian ini memiliki kisaran nilai ambang Ct < 20. ......One of the strategies to overcome the COVID-19 disease is through diagnostic clinical tests using the Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) test. The RT-PCR test is a detection test and quantification test of nucleic acid. This method is initiated by pre-analytical step, known as extraction of nucleic acids. Extraction of nucleic acid requires silica-based materials as an extraction column. Herein, Silica Coarse (SC) in the form of suspension, powder and discs columns; were prepared from natural Indonesian Kaolinite as an alternative phase-extraction column to binding RNA of SARS-CoV-2. The RNA binding ability in SC was enhanced with chaotropic agents in the form of Na+ and Guanidium+ embedded on the kaolinite silicate framework. We were also improved the mechanical properties of SC discs with addition of PEG 1500. SC, embedded with Na+ and Guanidium+ respectively, then its physicochemical characteristics were studied using FTIR, XRD, XRF SEM, and BET surface area and pore measurement. This work shows that SC suspension column could extract RNA of SARS-CoV-2 that amplified better in RT-PCR test than SC dried columns, with the initial CT value of all the SARS-CoV-2 specimens in the range Ct < 20

Abstrak :
Pandemi virus corona SARS-CoV-2 di seluruh dunia telah menyebabkan besarnya populasi manusia yang terinfeksi COVID-19. Penyebaran virus yang massive membutuhkan alat diagnostik yang cepat, sehingga keputusan terkait kebijakan kesehatan, pembatasan publik, dan keputusan karantina dapat diambil dengan tepat. Polymerase chain reaction (PCR) adalah standar emas dalam pengujian asam nukleat yang mendeteksi viral ribonucleic acid (RNA). Meskipun real-time RT- PCR sensitif dan reliabel, namun prosesnya memakan waktu yang cukup lama sehingga tidak cukup untuk menjawab kebutuhan diagnosis di masa pandemi global COVID-19. Amplifikasi isotermal merupakan salah satu metode yang dapat digunakan sebagai alternatif PCR. Metode amplifikasi isotermal yang paling banyak diterapkan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Pada penelitian ini dilakukan perancangan prototipe berbasis pemanas poliamida yang dapat mempermudah proses reaksi LAMP. Sistem ini dapat menghasilkan suhu konstan 60˚C-65˚C dalam 30 menit dengan nilai error rata-rata pengukuran sensor suhu sebesar 1.75% dengan akurasi 98.25%. Pada pengujian perbandingan nilai suhu pada sensor dengan suhu dalam tube terdapat error rata-rata sebesar 1.75% dengan akurasi 95.45%. Kuantifikasi intensitas fluoresens juga telah berhasil dilakukan dengan tingkat zat fluorosensi yang berbeda-beda dengan membaca nilai keabuan minimal 102,76 ......The SARS-CoV-2 coronavirus pandemic worldwide has caused a large number of people to be infected with COVID-19. The massive spread of the virus requires rapid diagnostic tools, so that appropriate health, public and policy decisions can be made. Polymerase chain reaction (PCR) is the gold standard in nucleic acid testing that detects viral ribonucleic acid (RNA). Although real-time RT-PCR is sensitive and reliable, the process takes a long time so it is not sufficient to answer the need for diagnosis during the global COVID-19 pandemic. Isothermal amplification is one method that can be used as an alternative PCR. The most widely applied isothermal amplification method is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). In this study, a prototype based on a polyimide heater was designed that could facilitate the LAMP reaction process. This system can produce a constant temperature of 60˚C-65˚C in 30 minutes with an average error value of 1.75% of temperature sensor measurements with an accuracy of 98.25%. In testing the comparison of the temperature value on the sensor with the temperature in the tube, there is an average error of 1.75% with an accuracy of 95.45%. Fluorescence intensity quantification has also been successfully carried out with different levels of fluorescence intensity and can read a minimum gray value of 102,76

Abstrak :
Pendeteksian dini penyakit adalah hal yang paling penting untuk melawan suatu wabah penyakit. Akan tetapi hal tersebut menjadi masalah untuk wilayah ataupun daerah yang memiliki akses terbatas terhadap peralatan medis. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction atau LAMP-PCR adalah suatu alat yang mampu mengamplifikasi suatu DNA, sehingga DNA tersebut akan mudah untuk dideteksi. Salah satu komponen yang diperlukan untuk alat LAMP PCR adalah modul pemanas, karena LAMP-PCR bekerja pada suhu yang tinggi yaitu sekitar 65oC. Panas yang dibutuhkan pada alat PCR dapat dihasikan dengan menggunakan suatu electrode dengan bahan campuran silver-polyvinyl alcohol (PVA) yang dialiri oleh listrik. Elektrode silver-pva tersebut akan mengalami fenomena resistive heating sehingga menghasilkan panas. Pada penelitian ini, dilakukan karakterisasi pada pemanas dengan bahan campuran silver-pva. Karakterisasi yang diteliti adalah electrical properties, mechanical properties, dan heat properties. Dari penelitian ini, didapat nilai electrical dan mechanical properties dari elektrode pemanas silver-pva meningkat sebanding dengan semakin tinggi konsentrasi PVA. Diperoleh juga temperature yang dapat dihasilkan oleh electrode pemanas silver-PVA ini adalah sebesar 102oC. ......Early detection of disease is the most important thing to fight against a disease outbreak. However, this is a problem in regions that have limited access to medical equipment. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction or LAMP-PCR is a tool that can amplify a DNA, so that DNA will be easy to detect. One of the components needed for the LAMP PCR device is the heating module, because the LAMP-PCR works at high temperatures. The heat needed on the PCR can be generated by using an electrode with a silver-polivinyl alcohol (PVA) mixture which is electrically flowed. The silver-PVA electrode will experience a resistive heating phenomenon so that it will generate heat. In this study, characterization of heaters with a silver-pva mixture was carried out. The characters examined in this study are electrical properties, mechanical properties, and heat properties. From this study, the electrical and mechanical properties of the silver-pva heating electrode increased in proportion to the higher PVA concentration. The temperature that can be produced by the silver-PVA heating electrode is 102oC.

Abstrak :
Disahkannya UU NO. 33 tahun 2104 tentang jaminan Produk Halal menjadi latar belakang dilakukannya pengembangan metode deteksi molekuler terhadap DNA porsin untuk penentuan kehalalan produk. DNA yang diamplifikasi adalah sekelumit DNA yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin setelah melalui proses pembuatan dengan melibatkan suhu dan pH ekstrem. Oleh karena itu, optimasi metode ekstraksi adalah tahapan terpenting untuk memperoleh jumlah DNA yang memadai. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode optimal untuk memperoleh DNA, menentukan metode deteksi molekular DNA porsin menggunakan metode Polymerase Chain Reaction PCR yang sensitif, serta untuk mendeteksi fragmen DNA porsin yang terdapat pada sampel sediaan obat antibiotik. Jenis metode PCR yang digunakan adalah PCR duplex dan PCR nested yang merupakan metode deteksi molekuler berbasis DNA dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Optimasi perolehan DNA dilakukan dengan mengubah beberapa parameter yang terdiri dari jumlah replikat sampel yang akan diekstraksi, modifikasi komposisi proses resuspensi dan pelisisan sel, jumlah campuran saat tahap awal isolasi DNA, serta tingkat kepekatan dalam pengisolasian DNA tahap akhir. Jumlah replikat gelatin optimum untuk mendapatkan DNA yang memadai adalah sebanyak delapan sampel ekstraksi. Pada penelitian ini dilakukan optimasi kondisi dua jenis PCR yaitu PCR duplex dan PCR nested, serta membandingkan sensitivitas antara kedua metode PCR tersebut. Hasil dikatakan positif mengandung DNA porsin jika terbentuk dua pita hasil amplifikasi 212bp dan 398bp untuk PCR duplex dan satu pita 387bp untuk PCR nested. Hasil uji sensitivitas yang dilakukan di enam titik konsentrasi menunjukan bahwa PCR nested mampu mendeteksi hingga 1 fg/ L sedangkan PCR duplex hanya mampu mendeteksi hingga 1 ng/ L. Hal ini disebabkan oleh PCR nested melalui dua tahapan sedangkan PCR nested hanya melalui satu tahapan PCR. Deteksi yang dilakukan terhadap sampel antibiotik menunjukkan bahwa DNA porsin tidak mampu terdeteksi menggunakan PCR duplex namun mampu terdeteksi mengguunakan PCR nested, sehingga PCR nested lebih efektif untuk diterapkan sebagai metode deteksi awal secara kualitatif namun tidak kuantitatif. ......The establ shment of Law No. 33 years 2104 on the guarantee of halal products became the background of the development of molecular detection methods of DNA porsin for the determination of halal products. The amplified DNA is a trace of DNA still contained in the porcine gelatin after going through a manufacturing process involving extreme temperature and pH. Therefore, the optimization of the extraction method is the most important step to obtain adequate amount of DNA. The aim of this study was to obtain the optimal method of obtaining DNA, to determine the method of detecting molecular DNA of porcine using sensitive Polymerase Chain Reaction PCR method, and to detect porcine DNA fragments found in the sample of antibiotics. The type of PCR method used is duplex PCR and nested PCR which is a DNA based molecular detection method with two DNA sequence targets, DNA cyt b and ATP8. Optimization of DNA acquisition was done by changing some parameters consisting of the number of replicate samples to be extracted, the modification of the resuspension and cellular composition, the amount of mixture at the initial stage of DNA isolation, and the level of concentration in final stage of DNA isolation. The optimum amount of gelatin replicates to obtain sufficient DNA is eight extraction samples. This research conclude optimization of two PCR conditions, PCR duplex and PCR nested, and also comparing the sensitivity between the two PCR methods. The results are said to positively contain porsin DNA if two amplified bands 212bp and 398bp are formed for duplex PCR and one band 387bp for nested PCR. Sensitivity test results performed at six points of concentration showed that nested PCR was able to detect up to 1 fg L while the duplex PCR was only capable of detecting up to 1 ng L. This is caused by PCR nested through two stages while PCR is nested only through one PCR stage. Detection of antibiotic samples showed that porcine DNA could not be detected using duplex PCR but was able to be detected using PCR nested, so that nested PCR was more effective to be applied as a qualitative, but not quantitative, method of early detection.

Abstrak :
Skripsi ini akan membahas kewenangan antara Kementerian Kesehatan Dengan Kementerian Perdagangan terkait penentuan batas tarif tertinggi pemeriksaan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Dalam membidangi urusan ini tentunya melibatkan beberapa kementerian yang menjalankan urusan masing-masing. Tes RT-PCR merupakan salah satu alat kesehatan yang digunakan untuk mendeteksi virus Covid-19 di tubuh seseorang. Jika dilihat dari bidangnya, maka nampak bahwa kewenangan terkait penentuan batas tarif tertinggi pemeriksaan RT-PCR berada di naungan Kementerian Kesehatan. Namun disisi lain, Kementerian Perdagangan juga memiliki kewenangan terkait penentuan Harga Eceran Tertinggi (HET) barang-barang tertentu. HET sendiri pada dasarnya merupakan penentuan batas tarif tertinggi untuk barang-barang yang beredar di masyarakat. Dalam skripsi ini akan melihat bagaimana pembagian kewenangan antar kedua kementerian tersebut. Setelah melihat pembagian kewenangan antar lembaga tersebut maka dapat terlihat apakah terjadi potensi sengketa kewenangan yang terjadi antar lembaga tersebut dalam membidangi urusan tersebut serta bagaimana penyelesaiannya. Metode penelitian dari skripsi ini adalah berbentuk yuridis normatif yang mengacu pada norma hukum yang terletak pada Peraturan Perundang-undangan serta kebiasaan yang berlaku dalam masyarakat. Selain itu tipe penilitian skripsi ini adalah bersifat deskriptif. ......This Thesis will discuss mainly about the authority between the Ministry of Health and Ministry of Trade regarding the Maximum Rate Limit for Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). In dealing with this matter, of course, it involves several ministries that carry out their respective affairs. Test RT-PCR is one of the medical devices used to detect the Covid-19 virus in a person's body. When examines the matters, it appears that the authority regarding the determination of the highest tariff limit for RT-PCR examinations is under the authority of the Ministry of Health. But in the orher side, Ministry of Trade also had the authority regarding to set the highest retail price for some item. The highest retail price itself is basically the determination of the highest price limit for items that circulating in the community. This thesis will discuss how the distribution of authority between these two ministry work. After that, it can be seen whether there is a potential dispute of authority that occurs between the two ministry in charge of this matter and how to resolve it. The research method of this thesis is in the form of normative juridical which refers to the legal norms that lie in the laws and regulations and the prevailing customs in society. In addition, the type of research in this thesis is descriptive.

Abstrak :
Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan strain Staphylococcus aureus yang resistan antibiotik β-laktam. Penelitian deteksi MRSA dilakukan menggunakan metode PCR dengan amplifikasi gen nuc dan mecA. Sampel diambil dari usapan nasofaring 161 orang dewasa ≥50 tahun. Uji sensitivitas antibiotik juga dilakukan untuk mengetahui resistansi pada isolat MRSA. Fragmen DNA untuk gen nuc dan mecA terdeteksi dengan ukuran 255 bp dan 527 bp. Sebanyak 12 sampel (7,5%) dideteksi sebagai MRSA dan diketahui resistan terhadap antibiotik oxacillin dan cefoxitin dari golongan β-laktam. Variasi resistansi pada isolat MRSA terlihat pada antibiotik erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol dan trimethophim/sulfametoxazole. Hasil penelitian mengindikasikan kolonisasi MRSA dapat dideteksi dengan amplifikasi gen nuc dan mecA. ......Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a strain of Staphylococcus aureus that is resistant to β lactame antibiotics. Detection of MRSA was conducted by amplification of nuc and mecA genes using PCR method. Samples were taken from nasopharyngeal swab from 161 adult ≥ 50 years old. Susceptibility test was also done by disc diffusion to determine resistance characteristic in MRSA isolates. DNA fragment for nuc and mecA genes was detected in 255 bp and 527 bp. About 12 MRSA isolates (7,5%) showed resistance toward oxacillin and cefoxitin which belong to β lactame antibiotics. There were variety of resistance in MRSA isolates to other antibiotics, such as erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol, and trimethophim/sulfametoxazole. The results indicate that amplification of nuc and mecA genes by PCR can be used for MRSA detection from nasopharyngeal swab.

Abstrak :
Latar Belakang: Reseptor ACE2 tidak hanya terdapat pada paru-paru, tetapi juga pada saluran pencernaan yang memungkinkan terjadinya infeksi SARS-COV-2 pada enterosit, menimbulkan manifestasi klinis gastrointestinal, dan terdeteksinya RNA virus pada pemeriksaan swab anal. Studi lain di seluruh dunia menunjukkan hasil yang berbeda-beda serta belum didapatkan penelitian serupa di Indonesia.  Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui luaran klinis infeksi COVID- 19 pada pasien yang dilakukan swab anal, mendapatkan hubungan hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal dan derajat keparahan pada pasien COVID-19 di Indonesia.  Metode: Merupakan cabang penelitian dari penelitian utama yang berjudul “Nilai RT-PCR Swab Anal untuk Diagnosis COVID-19 pada Orang Dewasa di Indonesia”. Penelitian ini merupakan studi analitik dengan desain potong lintang. Sampel penelitian merupakan pasien COVID-19 yang menjalani rawat inap di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), RS Mitra Keluarga Depok, RS Mitra Keluarga Kelapa Gading, dan RS Ciputra selama periode April 2020 sampai dengan Januari 2021. Dikumpulkan data demografi, manifestasi klinis, derajat keparahan, dan hasil swab anal PCR SARS-CoV-2. Hasil: 136 subjek penelitian dengan swab nasofaring positif dianalisis. 52 pasien (38,2%) dengan swab anal PCR SARS-CoV-2 positif dan 84 pasien (61,8%) dengan swab anal negatif. Manifestasi klinis saluran cerna tersering, yaitu: mual-muntah 69 pasien (50,7%), nafsu makan menurun sebanyak 62 pasien (45,6%), dan nyeri perut sebanyak 31 pasien (22,8). Terdapat 114 pasien (83,8%) tergolong dalam derajat ringan-sedang dan 22 pasien (16,2%) tergolong dalam berat-kritis. Terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual-muntah (nilai p 0,031). Tidak terdapat hubungan yang bermakna secara proporsi statistik antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan (nilai p 0,844). Simpulan: Terdapat hubungan antara hasil pemeriksaan PCR SARS-CoV-2 swab anal dengan manifestasi klinis gastrointestinal berupa keluhan diare atau mual- muntah dan tidak terdapat hubungan antara variabel hasil pemeriksaan PCR SARS- CoV-2 swab anal dengan derajat keparahan infeksi COVID-19. ......Background: ACE2 receptor is not only found in the lungs, but also in the digestive tract, which allows the occurrence of enterocyte infection, gastrointestinal clinical manifestations, and detection of viral RNA on anal swab PCR. Studies around the world show various results, yet there has been no similar study to be found in Indonesia. Objective: This study aims to determine the clinical outcome of COVID-19 patients with gastrointestinal manifestations who were tested by anal swab, the relationship between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations as well as the severity of COVID-19 patients in Indonesia. Methods: This research is a branch of study titled. The Value of Anal Swab RT- PCR for COVID-19 Diagnosis in Adult Indonesian Patients. This is an analytical study with cross-sectional design. Samples were obtained from hospitalized COVID-19 patients at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo (RSCM), Mitra Keluarga Hospital Depok, Mitra Keluarga Kelapa Gading Hospital, and Ciputra Hospital from April 2020 to January 2021. Demographic data, clinical manifestations, severity, and SARS-CoV-2 PCR anal swab were collected. Results: 136 subjects with positive nasopharyngeal swab were analyzed. Result showed that 52 patients (38.2%) had positive anal swabs PCR SARS-CoV-2 and 84 patients (61.8%) had negative anal swabs. Common gastrointestinal clinical manifestations were: nausea and vomiting in 69 patients (50.7%), anorexia in 62 patients (45.6%), and abdominal pain in 31 patients (22.8). There were 114 patients (83,8%) classified as mild-moderate and 22 patients (16,2%) as severe-critical. There was a statistically significant relationship between anal swab PCR for SARS- CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea- vomiting) (p value 0.031). There was no statistically significant relationship found between anal swab PCR for SARS-CoV-2 test result with the severity of COVID- 19 infection (p value 0.844). Conclusions: There is a relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with gastrointestinal clinical manifestations (diarrhea or nausea-vomiting) and there is no relationship between anal swab PCR SARS-CoV-2 test result with severity of COVID-19 infection.

Abstrak :
Dalam memantau keberhasilan program pengobatan filariasis ditemukan beberapa kendala, sehingga perlu dikembangkan cara diagnosis baru. Dengan kemajuan teknologi biologi molekuler telah dikembangkan cara diagnosis baru untuk penyakit filariasis, yaitu menggunakan pelacak DNA dan polymerase chain reaction (PCR). Cara diagnosis baru ini menghasilkan sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan diagnosis konvensional. Kombinasi penggunaan pelacak DNA dan PCR mampu mendeteksi satu larva filaria dalam vektor dan mampu mendeteksi parasit filaria dalam darah siang penderita filariasis.