Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Ruang lingkup dan Cara Penelitian : Methisillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) adalah strain Staphylococcus aureus yang telah mengalami resisten terhadap antibiotika metisilin dan lainnya dalam 1 golongan. Mekanisme resistensi MRSA terjadi karena Staphylococcus aureus menghasilkan Penicillin Binding Protein (PBP2a atau PBP2') yang dikode oleh gen mecA yang memiliki afinitas rendah terhadap metisilin. Saat ini MRSA diuji dengan cara uji resistensi dengan cara Cakram Cxacillin 1 ug. Cara ini memerlukan isolat murni dan kultur bakteri sehingga hasilnya baru bisa diketahui paling cepat 5 hari. Dalam upaya untuk mencari teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk mendeteksi MRSA, deteksi gen mecA dengan teknik PCR merupakan salah satu diagnostik alternatif Tujuan penelitian ini adalah mencari alternatif teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk pemeriksaan MRSA, dalam hal ini PCR. Pengujian dibagi dalam 2 tahap, yaitu : (1). Isolasi dan Identifikasi MRSA secara fenotipik, (2). Deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR yang terdiri dari: optimasi uji PCR untuk deteksi gen mecA, spesifisitas uji PCR, sensitifitas dan spesifisitas deteksi gen mecA sebagai uji diagnostik alternatifMRSA. Basil dan Kesimpulan : Hasil isolasi dan identifikasi secara fenotipik dari 114 isolat diperoleh MRSA sebanyak 76 isolat, dan MSSA sebesar 38 isolat. Berdasarkan hasil penelitian deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR diperoleh 75 isolat menunjukkan hasil positif terhadap gen mecA, sedangkan 1 isolat menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA, isolat tersebut adalah 12951MUI yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI. Dan hasil penelitian ini diperoleh hasil uji PCR gen mecA terhadap beberapa bakteri lain yaitu Staphylococcus epidermidis, S citreus, B. subtilis, Streptococcus beta haemolysicus, E. coli, K. pneumoniae dan P. aeruginosa, ternyata S. epidermidis dan S ciireus menunjukkan hasil PCR positif terhadap gen mecA, sedangkan bakteri lain menunjuldcan hasil negatif terhadap gen mecA. Basil uji PCR gen mecA dibandingkan dengan baku emas pemeriksaan sensitivitas dan spesifisitas secara fenotipik terhadap isolat MRSA dan MSSA adalah 98,7% dan 100%, dan nilai Posistive Predictive Value (PPV)& Negative Predictive Value (NPV) adalah 100% & 97,4%.

Abstrak :
Sebuah prototipe untuk Mesin PCR yang portabel, terjangkau, dan mudah digunakan telah dikembangkan oleh Universitas Indonesia untuk melakukan DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). Studi ini membantu dalam pengembangan perangkat semacam itu agar menjadi Mesin PCR yang efektif dan reliable. Reliability perangkat semacam itu harus diukur dan dipahami untuk memastikan peforma yang optimal dan masa pakai yang tepat. Tujuan dari makalah ini adalah untuk secara khusus melihat sistem Thermal Cycler mesin, sistem di mana kemungkinan kegagalannya paling tinggi. Memahami karakteristik Thermal Cycler dapat membantu menghadirkan perangkat yang lebih baik secara keseluruhan, karena sistem ini menjadi garis keturunan dari keseluruhan proses PCR. Reliability sistem akan ditentukan melalui uji performa dan endurance di mana Thermal Cycler akan terus dipantau dan dianalisis untuk memberikan gambaran mengenai cara kerja perangkat ini, sehingga dapat di upgrade, didesain ulang, atau disiapkan langsung untuk penggunaan komersial. ......A prototype for a portable, affordable, and user-friendly PCR Machine has been developed by the University of Indonesia to perform DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). This study helps in the development of such a device for it to become an effective and reliable PCR Machine. It is imperative that the reliability of such a device is measured and understood to ensure an optimal performance and lifetime. The goal of this paper is to specifically look at the Thermal Cycler system of the machine, the system in which the probability of failure is the highest. Understanding the characteristics of the Thermal Cycler may help bring a better overall device, as this system becomes the bloodline of the whole Polymerase Chain Reaction process. The reliability of the system will be determined through performance and endurance tests where the Thermal Cycler be constantly monitored and analyzed to paint a picture of working of this device, so that it may be upgraded, redesigned, or presented as is for commercial use.

Abstrak :
ABSTRAK
Wabah penyakit endemik seperti malaria, HIV, dan Demam Berdarah dapat menyebar dengan cepat dan dapat menelan korban jiwa jika tidak ditangani dengan tepat dan cepat. Untuk kasus malaria, masih ditemukan angka kematian 429000 pada 2015 berdasarkan WHO. Hal ini disebabkan langkanya tenaga ahli untuk mendeteksi dan perangkat diagnosis penyakit yang mahal dan rumit untuk dioperasikan. Sehingga angka penyebaran malaria banyak ditemukan pada masyarakat menengah kebawah atau daerah terpencil seperti daerah papua Barat. Teknologi deteksi menggunakan meteode PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan salah satu solusi untuk mempercepat diagnosis. Sehingga tujuan dari studi ini adalah mengembangkan kit PCR yang mudah dioperasikan, portable, disposable, rendah data. Penelitian ini berfokus pada pengembangan modul pemanas dari PCR dengan memanfaatkan efek Joule Heating pada silver. Tinta silver dipilih sebagai material pemanas dikarenakan sifatnya yang baik untuk menjadi pemanas dan memilki harga yang relative rendah dan mudah didapatkan. Tujuan khusus penelitian ini adalah melakukan karaktersiasi awal terhadap fabrikasi miniheater dari tinta silver dengan teknik cetak stensil. Miniheater dialiri dengan variasi voltase mulai dari 0.1-1.2 V DC dan mengukur temperature yang dihasilkan. Didapatkan deviasi dari pencetakan sebesar ratarata 1,00mm dengan deviasi 1.90%. pada dimensi lebar tersebut, eletkroda pemanas mencapai 126 CO dalam waktu 16 detik pada input voltase 0.9 Volt DC.

---

ABSTRACT

Outbreaks of endemic diseases such as malaria, HIV, and dengue fever can spread quickly and can cost lives if not handled properly and quickly. In the case of malaria, there were still fatalities of 429,000 in 2015 based on WHO. This is due to the scarcity of medical experts to detect and diagnose the disease and the devices that are expensive and complicated to be operated. This causes high rate of malaria spread mostly found in the middle to lower class or remote areas such as West Papua. Detection technology using the PCR (Polymerase Chain Reaction) method is one solution to speed up the diagnosis. The purpose of this study is to develop PCR kits that are easy to operate, portable, disposable, and low data requirement. This study focuses on the development of heating modules from PCR by utilizing the Joule Heating effect on silver. Silver ink is choosen as the heating material due to its good nature to be a heater and relatively has a low price and is easy to obtain. The specific purpose of this research is to carry out initial characteristics of the fabrication of miniheater from silver ink with stencil printing techniques. Miniheater is fed with voltage variations starting from 0.1-1.2 V DC and measuring the temperature produced. The deviation from printing is obtained at an average of 1.00mm with a deviation of ± 1.90%. on the width dimension, the electrode of the heater reaches 126 CO in 16 seconds at the 0.9 Volt DC input voltage.

Abstrak :
Kuantitasi DNA mitokondria antarjaringan memerlukan suatu metode yang memiliki tingkat akurasi yang tinggi. Polymerase chain reaction (PCR) adalah suatu metode enzimatis yang dilakukan untuk memperbanyak fragmen DNA yang diinginkan. PCR dapat dimanfaatkan untuk kuantitasi DNA dan disebut teknik PCR kuantitatif. Ada dua macam metode dalam teknik PCR kuantitatif yang sering digunakan, yaitu metode regresi linier dan metode koampi ifikasi kompetitif. Pada penelitian mi telah direkayasa plasmid yang mengandung fragmen DNA mitokondria termutasi yang berasal dari penderita Leber's hereditary optic neuropathy (LHON) dan plasmid yang mengandung fragmen DNA mitokondnia normal. Plasmid-plasmid tersebut masing-masing disebut plasmid kompetitor dan plasmid target, serta dapat dipergunakan sebagai DNA kompetitor dan DNA target pada teknik PCR kuantitatif metode koamplifikasi kompetitif, sedangkan metode regresi tinier hanya membutuhkan plasmid target. Dengan plasmid tersebut telah diuji tingkat akurasi antara metode regresi tinier dengan metode koamplifikasi kompetitif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode koamplifikasi kompetitif memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode regresi tinier.

Abstrak :
[Southeast Asian Ovalocytosis (SAO), thalassemia α, serta defisiensi enzim G6PD (Glukosa-6-Fosfat Dehidrogenase) merupakan kelainan sel darah merah yang terjadi akibat adanya mutasi. Kelainan sel darah merah tersebut banyak ditemukan pada daerah endemik malaria. Hal tersebut diduga terkait dengan adanya mekanisme proteksi terhadap parasit malaria. Penelitian bertujuan untuk mengetahui frekuensi penderita SAO, thalassemia α, G6PDd/SAO dan G6PDd/thalassemia α. Metode deteksi yang dilakukan yaitu dengan pengamatan morfologi eritrosit, perhitungan sel darah total (CBC), serta biologi molekuler menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Berdasarkan hasil PCR, didapatkan frekuensi penderita SAO sebesar 11,4%, thalassemia α sebesar 15,2%, G6PDd/SAO sebesar 0,8% , serta penderita G6PDd/thalassemia α sebesar 0,32%. Manifestasi klinis dapat dilihat dari nilai perhitungan sel darah total (CBC) penderita G6PDd/SAO dan G6PDd/thalassemia α yang cenderung rendah. ;Southeast Asian Ovalocytosis (SAO), α thalassemia, and G6PD (Glucose-6-Phosphate- Dehydrogenase) enzyme deficiency are red blood cell disorders that occur due to mutations in the DNA. These red blood cell disorders are commonly found in malaria endemic areas. That lead to the asumption that may provide protection against malaria parasite. The research done in order to determine the frequency of SAO, α thalassemia, G6PDd/SAO, and also G6PDd/ α thalassemia. Detection method used by erythrocytes morphological observation and also from haematological profile. In addition, for more accurate result used moleculer method detection by Polymerase Chain Reaction (PCR). Based on PCR, result showed frequency for SAO 11,4%, α thalassemia 15,2%, G6PDd/SAO 0,8% , and for G6PDd/ α thalassemia 0,32%. Haematological profile from suffered showed tend to be lower. ;Southeast Asian Ovalocytosis (SAO), α thalassemia, and G6PD (Glucose-6-Phosphate- Dehydrogenase) enzyme deficiency are red blood cell disorders that occur due to mutations in the DNA. These red blood cell disorders are commonly found in malaria endemic areas. That lead to the asumption that may provide protection against malaria parasite. The research done in order to determine the frequency of SAO, α thalassemia, G6PDd/SAO, and also G6PDd/ α thalassemia. Detection method used by erythrocytes morphological observation and also from haematological profile. In addition, for more accurate result used moleculer method detection by Polymerase Chain Reaction (PCR). Based on PCR, result showed frequency for SAO 11,4%, α thalassemia 15,2%, G6PDd/SAO 0,8% , and for G6PDd/ α thalassemia 0,32%. Haematological profile from suffered showed tend to be lower. , Southeast Asian Ovalocytosis (SAO), α thalassemia, and G6PD (Glucose-6-Phosphate- Dehydrogenase) enzyme deficiency are red blood cell disorders that occur due to mutations in the DNA. These red blood cell disorders are commonly found in malaria endemic areas. That lead to the asumption that may provide protection against malaria parasite. The research done in order to determine the frequency of SAO, α thalassemia, G6PDd/SAO, and also G6PDd/ α thalassemia. Detection method used by erythrocytes morphological observation and also from haematological profile. In addition, for more accurate result used moleculer method detection by Polymerase Chain Reaction (PCR). Based on PCR, result showed frequency for SAO 11,4%, α thalassemia 15,2%, G6PDd/SAO 0,8% , and for G6PDd/ α thalassemia 0,32%. Haematological profile from suffered showed tend to be lower. ]

Abstrak :
[Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis potensi HA/TCP/Kitosan sebagai scaffold dalam teknik rekayasa jaringan tulang melalui ekspresi gen osteogenik COL1A1 dari sampel cDNA hasil biopsi tulang Macaque nemestrina. Masing-masing Macaque nemestrina terdiri atas kelompok perlakuan kombinasi scaffold dan kontrol (kelompok pertama dengan HA/TCP50:50, kelompok kedua dengan HA/TCP70:30, dan kelompok ketiga dengan HA/TCP/Kitosan). Uji kuantitatif dilakukan dengan Real Time PCR, dan secara semi-kuantitatif dengan analisis gel doc hasil uji elektroforesis. Hasil penelitian menunjukkan kecenderungan peningkatan ekspresi gen COL1A1 pada kelompok perlakuan dibandingkan dengan kelompok kontrol, serta kelompok perlakuan HA/TCP/Kitosan tertinggi pada minggu ke-4, namun secara statistik tidak berbeda bermakna., This study examines the potential of HA/TCP/Chitosan Scaffold in Bone Tissue Engineering from COL1A1 gene expression of cDNA samples that were taken from Macaque nemestrina bone. Each Macaque nemestrina had scaffold treated and control sample (First group was treated with HA/TCP50:50, second group with HA/TCP70:30, and third group with HA/TCP/Kitosan). Results were obtained quantitatively by Real Time PCR, and semi-quantitively by gel doc analysis of electrophoresis. Result shows increasing trend of COL1A1 in treatment group compared with control group, and HA/TCP/Kitosan scaffold treated group was the highest after 4 weeks, although there were no significant differences statistically]

Abstrak :
ABSTRAK
PCR (Polymerase Chain Reaction) adalah sebuah teknik replikasi DNA. Teknik PCR konvensional dengan sampel diam (statik) memiliki kekurangan dari segi waktu operasi yang teramat lama. Untuk mengatasi masalah tersebut, didesain PCR dengan sistem sampel dinamis (mengalir) untuk mempercepat waktu operasi. Riset ini bertujuan untuk menganalisis aliran fluida yang terjadi pada kanal mikro PCR dengan dimensi penampang 250μm×250μm. Terdapat 3 desain PCR yang memiliki variasi banyaknya siklus proses PCR. Hasil menunjukkan bahwa 2 dari 3 PCR tidak dapat memenuhi fungsi alir dimana terjadi rembesan akibat kurang melekatnya hubungan antara PDMS dan penyumbatan pada PCR akibat terjadinya penyempitan pada kanal mikro.

---

ABSTRACT
PCR (Poylmerase Chain Reaction) is a DNA replication technique. Convensional PCR with static samples has limitation especially in operation time. It required a lot of time to be operated. To answer this issue, PCR that can cut operation time is designed. This study aimed to analyze fluids flow that occured within the PCR's microchannel which results of designing and realization process. There are 3 designs that vary in PCR's cycle process. Furthermore, this study reveals that 2 out of 3 PCR are not able to fulfill flow functioning which is caused by leakeage and the fluid was not flowing.

Abstrak :
Gelatin merupakan bahan utama penyusun cangkang kapsul. Salah satu cara untuk mengetahui adanya kandungan gelatin porsin dalam campuran gelatin adalah dengan deteksi molekuler terhadap sekuens sitokrom b cyt b pada DNA dari gelatin. Penelitian ini dilakukan untuk mengoptimasi kondisi metode PCR-RFLP dalam mendeteksi kandungan porsin dan bovin dari cangkang kapsul dalam campurannya sehingga diperoleh metode yang sensitif dan efisien, karena rendahnya jumlah DNA trace setelah proses pembentukan gelatin dan pengolahannya menjadi kapsul. Optimasi dilakukan pada ekstraksi DNA, kondisi PCR, dan sensitivitas metode PCR-RFLP. Ekstraksi dioptimasi agar diperoleh jumlah DNA yang cukup dan dapat teramati pada gel agarosa. Kondisi optimum untuk PCR DNA reference dan kapsul diperoleh dengan pemilihan DNA polimerase yang memberikan hasil terbaik. Hasil amplifikasi DNA reference campuran bovin-porsin didigesti menggunakan enzim restriksi BsaJI. Enzim restriksi BsaJI memotong gen sitokrom b porsin menjadi dua fragmen, yaitu 228 bp dan 131 bp. Optimasi sensitivitas metode PCR-RFLP menunjukkan metode mampu mendeteksi hingga konsentrasi 0,01 porsin dalam campurannya dengan bovin, dianalisis dengan kuantifikasi berbasis software dan pengamatan visual. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode PCR-RFLP dapat digunakan sebagai metode deteksi awal dan sensitif dalam mendeteksi porsin dengan konsentrasi rendah dalam campuran gelatin.

---

Detection of porcine, as one of gelatin sources, can be done by molecular detection of cytochrome b sequence in DNA. This study was aimed to optimize the PCR RFLP method in detecting porcine in capsule shell and porcine in mixtures with bovine in gelatin to obtain a sensitive and efficient method. Optimization was carried out for DNA extraction, PCR conditions, and the sensitivity of PCR RFLP method. Due to very low DNA trace in gelatin after various manufacturing process, the extraction was optimized to obtain sufficient DNA yield which was visible on the agarose gel. The optimum condition for DNA amplification was obtained by selecting the most suitable DNA polymerase. Amplified various concentrations of porcine bovine DNA mixtures and capsule shell DNA were digested using BsaJI restriction enzyme. BsaJI restriction enzyme was able to cleave porcine cytochrome b gene into two fragments of 228 bp and 131 bp. The optimization of the sensitivity of PCR RFLP method showed that method is able to detect up to 0.01 porcine in mixtures with bovine analyzed using software based quantification and visual observation. Result demonstrated that the PCR RFLP method is sensitive and suitable for early detection of porcine DNA in gelatin mixtures.

Abstrak :
Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin. Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin. Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif. ......Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions. The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized. Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells.

Abstrak :
ABSTRAK
Tujuan utama dari studi ini adalah untuk mengembangkan sebuah bentuk Thermal cycler yang efektif dan ramah pengguna untuk melaksanakan polymerase chain reaction (PCR) untuk DNA. Karya tulis ini meneliti kemampuan untuk memanufaktur Thermal cycler dengan metode konvensional dan komponen yang umum tersedia untuk mencapai hasil kinerja yang efektif dengan biaya produk yang rendah dibandingkan model yang tersedia secara komersial. Umumnya, thermal cycler menggunakan blok pemanas perak yang berfungsi sebagai wadah pemanas untuk mencapai perbuahan temperatur yang cepat dan keseragaman suhu, tapi Lab-on-a-chip (LoC) dari Polydimethylsiloxane (PDMS) digunakan dibandingkan perak untuk mencapai sifat biocompatibility dengan beragam sampel. Komputer mini Raspberry-Pi digunakan sebagai pengendali untuk mencapai kinerja kendali yang diperlukan sembari menyediakan ruang untuk pengembangan lebih lanjut. Karakterisasi dari proses pemanasan dan PCR dilakukan untuk memagami fenomena perpindahan panas dan kecepatan siklus suhu dalam lingkungan PDMS. Karya tulis ini juga menyertakan analisa dari kecepatan siklus berkaitan dengan parameter kendali dari Thermal cycler yang sudah diproduksi. Pada akhirnya, karakterisasi dan hasil analisa akan menunjukkan kemampuan performa yang telah dicapai thermal cycler.

---

ABSTRACT
The ultimate goal of this study is to develop an effective and user-friendly form of Thermal cycler to perform DNA Polymerase Chain Reaction (PCR). This paper research the ability to manufacture a Thermal cycler using conventional methods and readily available components to achieve an effective performance result with low production cost compared with commercially available counterparts. Commonly, Thermal cycler use silver heating block to act as a heating vessel for samples to achieve fast temperatur changes and uniformity in temperatur, but Polydimethysiloxane (PDMS) lab-on-a-chip (LoC) is utilized in contrast to silver as heating vessel in this study to achieve biocompatibility with various samples. Raspberry-Pi pocket computer was utilized as a controller to achieve the necessary control with room for future capabilities addition and improvement. Characterization of the heating and PCR processes was done to understand the heat transfer phenomenon and thermal cycling speed in PDMS environment. This paper also includes analysis of the cycle speed in correspond to the control parameters of the manufactured Thermal cycler. Ultimately, the characterization and analysis results will show the achieved performance capabilities of the Thermal cycler.