Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Indonesia adalah salah satu negara yang masih mengalami masalah dengan infeksi virus dengue (DENV). Hingga kini, belum ditemukan antiviral spesifik untuk DENV. Ada beberapa potensi antiviral, salah satunya adalah intervensi pada sekuens untranslated region (UTR) menggunakan small-interfering RNA (siRNA). Penelitian mengenai UTR ini masih relatif terbatas. Pada penelitian ini, dilakukan analisis filogenetik dan homologi pada sekuens UTR DENV-2 dengan data dari Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia dan GenBank. Analisis filogenetik dengan Genetyx 5.1 menunjukkan bahwa ada perbedaan persebaran genotipe berbasis envelope dan UTR. Selain itu, terdapat beberapa area yang sangat highly conserved pada 5’UTR maupun 3’UTR yang berpotensi menjadi target intervensi. ...... Infection of dengue is a major problem in Indonesia as there are no specific antiviral has been successfully developed. There are several promising candidates such as intervention of the untranslated region (UTR) sequence through small-interfering RNA (siRNA). The research for this field is still limited. In this research, the DENV-2’s UTR sequence data from Microbiology Department, Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank are analyzed using Genetyx 5.1 It is found through phylogenetic analysis that there are differences in genotype dissemination based on envelope and UTR. Moreover, there are several highly conserved ar

Abstrak :
Dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Indonesia sejak tahun 1968 hingga tahun 2009 ditetapkan oleh WHO sebagai negara dengan kasus dengue hemorrhagic fever (DHF) tertinggi di Asia Tenggara. Masalah yang ditimbulkan akibat DENV cukup besar, namun hingga saat ini belum ada antivirus untuk DENV. Penelitian ini bertujuan untuk menguji efek ekstrak daun Sandoricum koetjape terhadap replikasi DENV in vitro. Sel Huh7it-1 yang diinfeksikan dengan DENV diberikan ekstrak daun Sandoricum koetjape dengan konsentrasi masing-masing sebesar 40 μg/ml, 20 μg/ml, 10 μg/ml, 5 μg/ml, 2.5 μg/ml, dan 1.25 μg/ml. Kemampuan antiviral ekstrak daun Sandoricum koetjape diukur menggunakan metode focus assay, sedangkan keamanan antiviral diukur menggunakan uji MTT assay. Dari penelitian ini didapatkan nilai CC50 pada sel yang tidak diinfeksi DENV sebesar 188.93 μg/ml, nilai IC50 sebesar 24.67μg/ml, dan selectivity index sebesar 7.66. Uji statistik menunjukkan konsentrasi ekstrak daun Sandoricum koetjape 40 μg/ml dan 20 μg/ml berbeda bermakna dibandingkan dengan kontrol negatif DMSO (p < 0.001). Dapat disimpulkan bahwa ekstrak daun Sandoricum koetjape memiliki potensi sebagai antivirus DENV. ...... Dengue is infectious disease caused by Dengue Virus (DENV). Since 1968 until 2009, Indonesia set by WHO as country with the highest cases of dengue hemorrhagic fever (DHF) in Southeast Asia. Problems caused by DENV infection still big enough, but until now there is no antivirus for DENV. This study aimed to examine the effects of Sandoricum koetjape leaf extract toward DENV replication in vitro. Huh7it-1cells were infected with DENV and given Sandoricum koetjape leaf extract with concentration 40 μg/ml, 20 μg/ml, 10 μg/ml, 5 μg/ml, 2.5 μg/ml, and 1.25 μg/ml respectively. The ability of Sandoricum koetjape leaf extract as DENV antiviral measured using focus assay method, while the safety of antiviral measured using MTT assay. From the experiment, the CC50 level obtained in uninfected cells is 188.93 μg/ml, IC50 value is 24.67μg/ml, and selectivity index is 7.66. Statistical test, concentration 40 μg/ml and 20 μg/ml showed significant results compared to negative control DMSO (p < 0.001). In conclusion, Sandoricum koetjape leaf extract could be considered as one of the candidates for dengue antiviral.

Abstrak :
ABSTRAK
Penelitian terkait karakteristik genetik sekuens virus dengue (DENV) diperlukan dalam menilai kekerabatan antara strain DENV yang tersebar di seluruh dunia. Tujuan dalam penelitian ini adalah membandingkan karakteristik genotype dan sekuens data DENV serotipe 2 (DENV-2) nukleotida envelope dibandingkan dengan sekuens data DENV-2 nukleotida Non-Struktural 1 (NS1). Data didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia untuk strain data yang berasal dari Indonesia dan GenBank untuk strain data yang berasal dari seluruh dunia sebagai data pembanding dengan jumlah sebanyak 42 data, yang kemudian dianalisis menggunakan Genetyx 5.1. Hasil penelitian didapatkan bahwa sekuens data NS1 strain DENV-2 yang berasal dari Indonesia termasuk ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan, serupa dengan hasil analisis data dengan sekuens data envelope strain DENV-2. Sementara pada analisis epitope LX1 yang merupakan epitope khas dari NS1, terdapat berbagai peubahan komponen asam amino pada epitope tersebut dibandingkan dengan sekuens data strain Indonesia yang tergabung ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa filogenetik dengan menggunakan NS1 sebagai bahan analisis dapat digunakan untuk menentukan genotipe. Sehingga gen NS1 pada DENV-2 strain Indonesia masih dapat dipertimbangkan sebagai salah satu dasar metode pengembangan vaksin.

---

ABSTRACT
Studies about genetic characteristic between dengue virus serotype 2 (DENV-2) sequence data is needed to determine its relationship between DENV strain over the world. The main purpose of this study is to compare between characteristic of sequence data DENV-2 envelope nucleotide and sequence data DENV-2 Non- Structural 1 (NS1) nucleotide, and analyze between amino acid homology in this study and related previous studies. 42 data used for this study are obtained from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine University of Indonesia for data from Indonesia and form GenBank for data from other countries as a comparison, which is analyzed with software Genetyx 5.1. NS1 sequence data from DENV-2 strain from Indonesia is classified in Cosmpolitan genotype group, which are similar than data analysis from envelope sequence data from same data. Meanwhile in analysis of LX1 epitope, which is considered as typical epitope from NS1, there are any differences in amino acid component at it compared than strain Indonesia data sequences which are included in Cosmopolitan genotype group. As a conclusion, phylogenetic analysis of NS1 nucleotide is useful for determining the genotypes, which means NS1 DENV-2 gene strain Indonesia can be useful as the basis for vaccine development

Abstrak :
ABSTRAK
Demam berdarah dengue masih terus menjadi penyakit yang mengakibatkan morbiditas dan mortalitas terutama di negara berkembang. Jumlah infeksi di seluruh dunia sendiri mencapai 50 juta hingga 200 juta dengan 75% infeksi berada di asia tenggara. Indonesia sendiri mengalami peningkatan tren infeksi dengue sejak tahun 1998. Pengobatan antiviral terhadap demam berdarah masih belum ditemukan hingga saat ini meskipun infeksi terus meningkat. Penelitian ini bertujuan untuk meneliti efek dari A. communis terhadap replikasi virus dengue. Uji antiviral in vitro dilakukan dengan menggunakan sel yang diinfeksi dengan virus dengue serotipe 2 strain new guinea C (DENV-2 NGC). Pada plate dengan 48 sumur ditumbuhkan sel sebanyak 5 x 104 sel/sumur, setelah 24 jam sel diinfeksikan dengan DENV-2 NGC yang telah diberi perlakuan ekstrak A. communis dengan konsentrasi 40 ,20 ,10 ,5 , 2,5 dan 1,25 ug/mL. Sebagai kontrol perlakuan digunakan DENV-2 NGC yang diberikan DMSO tanpa ekstrak. Titer virus nantinya dihitung menggunakan metode focus assay sedangkan toksisitas diukur dengan metode MTT. Dari hasil penelitian yang dilakukan didapatkan kadar CC50 dari A. communis adalah 379,84 dengan kadar IC50 adalah 26,7, dan didapatkan Selectivity Index 379,84/26,7=14,2. Dari pemeriksaan kemaknaan konsentrasi dengan menggunakan kruskal wallis didapatkan adanya perbedaan bermakna pada masing-masing konsentrasi terhadap inhibisi virus dengue

---

ABSTRACT
Dengue fever is disease that have high level of morbidity and mortality, especially in developing countries. The prevalence of infection worldwide is about 50 million to 200 million cases, 75% of them occur in south east asian. In indonesia there’s an increasing pattern of dengue virus infection since 1998 until now. However there isnt any antiviral therapy for dengue fever. This research conducted to know the effect of A. communis on replication of dengue virus. Antiviral in-vitro test is done using cell that is infected with new guinea strain dengue virus serotype 2 (DENV-2 NGC). On plate with 48 well, the cell is grown to the amount of 5x104 cell/well, after 24 hours the cell will be infected using DENV-2 NGC and given A. communis extract with concentration of 40 ug/ml, 20 ug/ml, 10 ug/ml, 5 ug/ml, 2,5 ug/ml, and 1,25 ug/ml. As control we use DENV-2 NGC that is given DMSO without extract. The virus titre is counted using focus assay and toxicity using MTT. Result from research is CC50 of A. communis is 379,84 and IC50 is 26,7, with selectivity index 14,2. From kruskal wallis test there is significant difference between each concentration.

Abstrak :
ABSTRAK
Tingginya angka infeksi virus dengue (DENV) di Indonesia merupakan masalah kesehatan yang masih belum tertangani. Pengobatan infeksi DENV hingga saat ini masih mengandalkan imunitas penderita. Berbagai jenis antiviral DENV sedang dikembangkan, salah satunya menggunakan rekayasa genetika berbasis sekuens untranslated region (UTR). Namun data mengenai UTR DENV masih sedikit. Oleh karena itu, penulis melakukan penelitian untuk menganalisa sekuens dan filogenetik UTR DENV-1. Dalam penelitian ini, dua strain Indonesia dibandingkan dengan 25 strain dari GenBank menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil penelitian ini menunjukan bahwa terdapat beberapa sekuens yang lestari, sehingga memenuhi kriteria sebagai target siRNA, yaitu 3’UAR, CS1, CS2, dan RCS2. Sementara sekuens 5’ UTR tidak memenuhi syarat siRNA karena ditemukan perubahan pada beberapa strain, termasuk strain Indonesia. Filogenetik menggunakan UTR tidak sesuai dengan filogenetik envelope dan tidak dapat digunakan untuk menjelaskan pola penyebaran DENV-1.

---

ABSTRACT
High prevalence of dengue virus (DENV) infection still become an unresolved issue in Indonesia. Treatment for DENV infection relies heavily on natural immunity. Various DENV antivirals are on development, one of them is untranslated region (UTR)-sequence-based. However, there is only a few number of data available on UTR DENV. Therefore, this research was done to analyze the sequence and phylogenetic of UTR DENV-1. Two Indonesia strains were compared with 25 strains from GenBank using the Genetyx 5.1 program. There are four conserved sequences that fill criteria as siRNA targets, which are 3’UAR, CS1, CS2, and RCS2. 5’UTR sequence does not fill the siRNA criteria because mutations were found within some strains, including Indonesia strains. Phylogenetic using UTR does not fit envelope phylogenetic and can not be used to explain the DENV-1 pattern.