Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah menyatakan bahwa penyakit ini telah menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia, terutama di daerah sub-tropis dan tropis. Namun sampai saat ini obat yang spesifik untuk mengobati penderita DBD yang terinfeksi DENV belum ditemukan. Selain itu, diperkirakan wilayah penyebaran infeksi DENV semakin meluas akibat fenomena global, perubahan iklim dan urbanisasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mencari kandidat obat dari senyawa peptida siklik yang dapat berperan sebagai ligan untuk menghambatenzim α-glucosidase I (Glu I) pada host yang diharapkan dapat mengatasi infeksi dari 5 serotipe DENV. Kandidat obat dari senyawa peptida siklik diperoleh melalui metode simulasi molekuler docking menggunakan software MOE 2014.09, diperoleh 10 senyawa peptida siklik memiliki interaksi yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa standar, dengan nilai ΔGBinding diatas -13.0000 Kcal/mol. Senyawa siklo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) merupakan senyawa yang memiliki interaksi paling baik dengan α-Glu I dibandingkan standar dan 9 senyawa peptida siklik lainnya. Selain itu, senyawa tersebut memiliki sifat ADME-Tox yang paling potensial sebagai kandidat obat, diantaranya tidak bersifat toksik, Human Intestila Absorbtion (HIA) positif dan tidak bersifat toksik pada ginjal saat proses eliminasi senyawa obat. Diharapakan hasil yang telah diperoleh dapat dilakukan validasi lebih lanjut dengan menggunakan metode In vitro dan In vivo. ......Dengue Fever (DF) is a disease caused by dengue virus infection (DENV). The World Health Organization (WHO) has stated that the disease has become one of the world's health problems, especially in the sub-tropical and tropical regions. However, until now the specific drug to treat DF patients infected with DENV has not been found. In addition, it is estimated that the spreading area of DENV infection is expanding due to global phenomena, climate change and urbanization. Therefore, this study aims to find drug candidates from cyclic peptide compounds that can act as ligands to inhibit the α-glucosidase I (Glu I) enzyme in the host and are expected to overcome the infection of 5 DENV serotypes. The drug candidates from cyclic peptide compounds were found through molecular docking simulation method using software MOE 2014.09, which obtained 10 cyclic peptide compounds have better interaction than the standard compound, with ΔGBinding value above -13.0000 Kcal/mol. Cyclo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) compound has the best interaction with α-Glu I compared to standard and 9 cyclic peptide compounds. In addition, these compounds have the most potential ADME-Tox properties as drug candidates, including non-toxic, positive Human Intestile Absorption (HIA) and not toxic to the kidneys during the process of eliminating drug compounds. It is hop

Abstrak :
Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state. Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells. Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell. Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability.

Abstrak :
ABSTRAK
Rifampicin (RIF) adalah obat lini pertama untuk terapi tuberkulosis (TB) dengan kemampuan bakterisidal yang tinggi terhadap M. tuberculosis. Akan tetapi, kasus resistensi terhadap RIF telah menurunkan efektivitas terapi menggunakan obat ini. Multi-drug resistance TB (MDR/RR-TB) adalah tipe resistensi yang paling umum ditemukan pada galur MTB. Penggunaan obat berbasis peptida siklis telah banyak diminati karena peptida memiliki properti farmakologi yang baik, dan selektif. Studi ini bertujuan untuk menemukan kandidat senyawa peptida siklik yang potensial sebagai inhibitor protein RNA polimerase subunit β (RpoB) mutan S531L sebagai mutan dengan prevalensi tinggi pada MDR-TB. Struktur 3 dimensi dari RpoB wild type dan mutan S531L diunduh melalui basis data Protein Data Bank, dioptimisasi, dan dibandingkan karakteristik hidrofobisitas permukaannya untuk menentukan sekuens dari peptida siklis. Kemudian, basis data ligan peptida siklis dibuat dengan menggunakan generator kombinasi dan penggambaran. Optimisasi, kalkulasi muatan parsial dan minimisasi energi dilakukan pada basis data ligan, dan proses penapisan dilakukan dengan simulasi penambatan molekul. Simulasi ini dilakukan dengan dua tahapan rigid dan fleksibel terhadap struktur S531L RpoB, untuk menemukan ligan peptida siklis dengan interaksi paling baik dengan protein ini.  Simulasi ini menghasilkan 5 ligan terbaik dengan nilai energi bebas Gibbs terendah terhadap S531L RpoB. Ligan terpilih diprediksi sifat farmakologinya secara komputasi, dan menghasilkan 3 ligan (CYYEWC, CWYEGC, dan CQQNWC) yang memiliki karakter absorpsi, distribusi, metabolism, ekskresi, dan toksisitas yang sesuai. Ketiga ligan ini divalidasi interaksinya dengan menggunakan simulasi dinamika molekul, dan menunjukkan stabilitas interaksi yang baik sebagai kandidat obat untuk terapi MDR-TB.

---

ABSTRACT
Rifampicin is the first line drug for tuberculosis (TB) treatment with high bactericidal activity towards M. tuberculosis. However, the rifampicin efficacy in TB treatment has been decreased steadily due to the emerging drug resistance cases. Among all types of the rifampicin resistance, MDR-TB is the most common resistance found in the MTB strain. Cyclic peptide therapeutics shows a significant success in the industry, since they possess a favorable pharmacological property. This study aimed to find the most potent cyclic peptide inhibitor for S531L RpoB protein for MDR/RR-TB treatment. Cyclic hexapeptide ligand database was built according to the binding site of the S531L RNA polymerase subunit β (RpoB) protein, the main mutation of the rifampicin target. The 3-dimension structure of RpoB wild type and mutant S531L were retrieved from the Protein Data Bank and optimized. Both of wild type and S531L binding site were compared based on their surface hydrophobicity to determine the cyclic peptide sequences in the ligand database. After the ligand database was built with combination generator and drawing, optimization, partial charge calculation and energy minimization were done. This database underwent two steps molecular docking simulation (rigid and flexible) against the S531L RpoB to find the cyclic peptide with best interaction towards this protein. The simulation resulted in 5 best ligands with the lowest value of Gibbs free energy binding to S531L RpoB. The selected ligands were subjected to the computational pharmacological properties prediction using several tools and resulted in three cyclic peptides (CYYEWC, CWYEGC and CQQNWC) with favorable interaction and ADME-Tox properties as MDR-TB drug candidate.

Abstrak :
Penyakit tuberkulosis (TB) merupakan penyakit mudah menular yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium Tuberkulosis (MTB) yang merupakan patogen paru-paru yang juga dapat menyebar ke seluruh bagian tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa obat TB yang akan menyerang protein Topoisomerase I pada mtb, menggunakan inhibitor senyawa peptida siklis. Protein Topoisomerase I dijadikan sebagai target obat dalam penelitian ini, karena fungsinya yang penting dalam mengurangi masalah topologi DNA pada mtb. Struktur 3D Topoisomerase I mtb diunduh dari Protein Data Bank (PDB). Senyawa peptida siklis dan standar yang digunakan pada penelitian ini diperoleh dari data base PubChem. Proses simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE). Proses simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan protokol rigid dan fleksibel. Proses ini menghasilkan 21 ligan peptida siklis terbaik yang memiliki energi ikat bebas negatif. Dari hasil penelitian, didapatkan ligan Cochinmicin I sebagai kandidat obat terbaik, karena memiliki sifat ADME, toksisitas dan sifat kimia obat yang paling baik. ......Tuberculosis (TB) is a contagious disease caused by the bacteria Mycobacterium Tuberculosis (MTB), which is a lung pathogen that can also spread to all parts of the body. This study aims to obtain TB drug compounds that will attack the Topoisomerase I protein on MTB, using a cyclic peptide compound inhibitor. Topoisomerase I protein was used as a drug target in this study, because of its important function in reducing DNA topological problems in MTB. The 3D Topoisomerase I MTB structure was downloaded from the Protein Data Bank (PDB). The cyclic peptide compounds and standards used in this study were obtained from the PubChem database. The molecular docking simulation process is carried out using Molecular Operating Environment (MOE) software. The molecular docking simulation process is carried out using a rigid and flexible protocol. This process produces the best 21 cyclic peptide ligands which have negative free binding energy. From the research results, it was found that the Cochinmicin I ligand was the best drug candidate because it had the best ADME properties, toxicity and chemical properties of the drug.