Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
DNA adalah salah satu pembawa informasi genetik pada makhluk hidup. Sequencing dan clustering barisan DNA telah menjadi pekerjaan utama dan rutin dalam dunia biologi molekuler, khususnya dalam bidang terapan bioinformatika. Secara umum metode clustering dapat dibedakan menjadi dua, yaitu hirarki clustering dan partisi clustering. Penelitian ini menggabungkan dua metode clustering yaitu K-Means partisi clustering pada Level 1 dan DIANA hirarki clustering pada Level 2, oleh karena itu disebut Two-Level Hybrid Clustering. Proses awal dimulai dengan mengumpulkan barisan DNA HPV yang diperoleh dari NCBI National Centre for Biotechnology Information, Ekstraksi Ciri, dan Normalisasi. Kemudian melakukan proses clustering menggunakan algoritma K-Means pada Level 1 dan algoritma DIANA pada Level 2. Untuk menghitung jarak genetik antar barisan DNA HPV digunakan persamaan Euclidian Distance. Dan validitas klaster yang digunakan untuk menentukan banyaknya klaster yang optimum adalah Indeks Davies-Bouldin IDB. Hasil penerapan Two-Level Hybrid Clustering pada 1252 barisan DNA HPV adalah data dikelompokan menjadi 4 klaster dengan nilai IDB yaitu 0.859154564. Semua perhitungan dan proses clustering menggunakan software R. ...... DNA is one of the carrier of genetic information in living organisms. Sequencing and clustering DNA sequences has become the key and routine activitis in the molecular biology, in particular on bioinformatics applications. There are two type of clustering, hierarchical clustering and partitioning clustering. In this paper, we combine two type clustering proccesses including K Means partitioning clustering on Level 1 and DIANA hierarchical clustering on Level 2, therefore it called Two Level Hybrid clustering. The beginning of process is started with collecting DNA sequences of HPV from NCBI National Centre for Biotechnology Information, Characteristics Extraction, and Normalization. The next step is clustering by implementation K Means algorithm on Level 1 and DIANA algorithm on Level 2. To calculate the genetic distance we use Euclidian Distance. Moreover, in validating cluster results in order to get optimum number of clusters, we use Davies Bouldin Index DBI. The result of implementation of Two Level Hybrid Clustering on 1252 sequences of HPV is the data clustered into 4 clusters with minimal IDB value is 0.859154564. All calculating and clustering process in this paper using software R.

Abstrak :
Harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) adalah subspesies harimau dengan status konservasi kritis (Crtically Endangered) yang diakibatkan oleh perdagangan ilegal. Identifikasi molekular dengan menggunakan teknik Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) dibutuhkan. Penggunaan teknik FINS memanfaatkan daerah tertentu pada DNA mitokondria (mtDNA) sebagai markah, seperti Cytochrome b. Penelitian bertujuan untuk merancang primer spesifik harimau sumatra menggunakan gen Cyt b dan membandingkannya dengan penggunaan primer universal harimau (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R dalam mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Studi ini perlu dilakukan untuk membantu proses identifikasi terkait informasi asal usul populasi sampel barang sitaan, sebagai langkah untuk mendukung upaya konservasi dan penegakan hukum atas kejahatan terhadap harimau sumatra melalui aplikasi forensik molekuler. Sebanyak 15 sampel dari asal lokasi yang berbeda diamplifikasi dan dianalisis dengan menggunakan primer yang dirancang dalam studi ini (Pts_Cytb) dan Tig. Hasil analisis menunjukkan bahwa primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk identifikasi harimau sumatra. Berdasarkan hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis haplotipe, primer Pts_Cytb dapat digunakan untuk mendeteksi variasi haplotipe harimau sumatra. Sebanyak empat haplotipe ditemukan tersebar pada wilayah asal sampel. Jumlah sampel yang terbatas menyebabkan persebaran haplotipe harimau sumatra secara keseluruhan belum dapat digambarkan. ......Sumatran tiger (Panthera tigris sumatrae, Pocock 1929) is a subspecies of tiger with critical conservation status (Crtically Endangered) resulting from illegal trade. Molecular identification using Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) techniques is required. The use of the FINS technique utilizes certain regions of mitochondrial DNA (mtDNA) as markers, such as Cytochrome b. The aim of this study was to design a specific primer for sumatran tigers using the Cyt b gene and to compare it with the use of a universal primer for tiger (Panthera tigris) Tig117F/Tig231R in detecting haplotype variations for sumatran tigers. This study needs to be carried out to assist the identification process regarding information on the origin of the population of confiscated samples, as a step to support conservation and law enforcement efforts for crimes against sumatran tigers through the application of molecular forensics. A total of 15 samples from different locations were amplified and analyzed using the primer designed in this study (Pts_Cytb) and Tig. The results of the analysis show that the Pts_Cytb primer can be used to identify the sumatran tiger. Based on the results of phylogenetic tree reconstruction and haplotype analysis, the Pts_Cytb primer can be used to detect sumatran tiger haplotype variations. A total of four haplotypes were found scattered in the area of origin of the samples. The limited number of samples meant that the overall distribution of Sumatran tiger haplotypes could not be described.