Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 3 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Rifqi Ryanzafi Almahdi
Studi Dinamika Molekuler Senyawa Penghambat SGLT2 (Sodium-Glucose Linked Transporter 2) = Molecular Dynamics Study of SGLT2 Inhibitors (Sodium-Glucose Linked Transporter 2
Abstrak :
ABSTRAK Diabetes merupakan penyakit yang dikarakterisasi dengan meningkatnya kadar gula darah yang yang diakibatkan defisiensi insulin, resistensi insulin atau keduanya. Pengobatan diabetes berfokus pada insulin, dimana efikasinya dapat berkurang seiring penyakit berprogresi. Golongan penghambat Sodium-Glucose Linked Transporter 2 (SGLT2) merupakan golongan obat diabetes baru dengan mekanisme pengaturan kadar glukosa darah independent dari insulin, ditambah khasiat menurunkan resiko kardiovaskular dan berat badan. Fakultas Farmasi Universitas Indonesia berkontribusi dalam pengembangan golongan obat ini dengan metode in silico melalui penapisan virtual berbasis ligan berdasarkan gugus farmakofor dari pangkalan data tanaman herbal Indonesia, dan penapisan virtual berbasis struktur dengan model homologi hSGLT2 dari pangkalan data ZINC15. Hasil penapisan virtual tersebut dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan simulasi dinamika molekuler selama 20 nanodetik untuk memperoleh perkiraan yang paling mendekati kondisi eksperimental. Sebelum simulasi, dilakukan pemerolehan model interaksi pada hasil penapisan virtual berbasis ligan dilakukan dengan penambatan molekuler dengan AutoDock terhadap makromolekul hasil pemodelan homologi dari SWISSMODEL. Interaksi ligan-reseptor dilihat dari interaksi hidrogen dan energi bebas ikatan ligan dibandingkan kontrol positif dengan MM/PB(GB)SA. Hasil studi dinamika molekuler menunjukkan empat senyawa dengan ∆G MM/PB(GB)SA lebih kecil dibanding kontrol positif, diantaranya zinc000146809581, cucumerin A, zinc000038175116, dan zinc000095913941 dengan jumlah ikatan hidrogen yang lebih banyak atau dapat bersaing dengan kontrol positif.
ABSTRACT Diabetes is a non-communicable disease that is characterized by the rising of blood glucose due to deficiency of insulin, insulin resistance, or both. Pharmacological treatment of diabetes mainly focuses on insulin, which decreases in efficacy once the disease progresses. SGLT2 inhibitors are diabetic treatments available in recent years with blood glucose control mechanism independent from insulin. Two in silico research were done in Faculty of Pharmacy from Universitas Indonesia to find more compounds of potential SGLT2 inhibition action by virtual screening of ligand based on Indonesian Herbal Database, dan of structure-based on the ZINC herbal database. In this study, the docked interaction models of the compounds acquired from those two virtual screening methods are analyzed for their ligand-receptor interactions by 20 nanoseconds of molecular dynamic simulations, with the ligand-based virtual screening results were first docked with macromolecule from homology modelling. The ligand-receptor interactions are observed by its calculated binding free energy and their hydrogen interactions with the protein, compared with known drugs of SGLT2 inhibitors as positive controls. The result of this study has shown four compounds with lower ∆G MM/PB(GB)SA than the positive controls, cucumerin A, zinc000146809581, zinc000038175116, and zinc000095913941 with more or comparable hydrogen interactions with positive controls.
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rahman Hadi
Simulasi Dinamika Molekuler Adsorpsi Hidrogen Pada Selembar Reduced Graphene Oxide (RGO) = Molecular Dynamics Simulation of Hydrogen Adsorption on a Sheet of Reduced Graphene Oxide (RGO)
Abstrak :
Gas Hidrogen memiliki manfaat sebagai bahan bakar yang bermanfaat untuk sumber energi masa depan karena menurunkan ketergantungan akan minyak bumi dan pengurangan polusi udara. Penyimpanan hidrogen adalah masalah utama yang harus ditaklukkan untuk keberhasilan implementasi teknologi sel bahan bakar dalam aplikasi transportasi dan ini merupakan tantangan ilmu material utama. Salah satu solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut adalah dengan menggunakan metode adsorpsi. Material reduced Graphene Oxide (rGO) merupakan salah satu material yang berpotensial untuk digunakan sebagai media penyimpanan gas hidrogen. Pada penelitian ini, penulis ingin melihat pengaruh temperatur dan tekanan terhadap adsorpsi hidrogen pada reduced Graphene Oxide (rGO) dengan menggunakan simulasi dinamika molekuler menggunakan potensial Lennard-Jones.Pada riset ini, penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan pada simulasi ini adalah 77, 100, 150, 200, 273, dan 298 K dengan variasi tekanan pada tiap temperatur adalah 1, 2, 5, 10, 15, 20, 40, 80. dan 100 bar. Hasil simulasi kemudian dibandingkan dengan hasil riset secara eksperimental yang telah dilakukan oleh peneliti lainnya. Pada temperatur tinggi, hasil simulasi mendekati hasil riset secara eksperimental. Namun pada temperatur rendah, hasil simulasi memiliki perbedaan secara signifikan dari riset secara eksperimental.
Hydrogen gas has benefits as a useful fuel for future energy sources because it reduces dependence on petroleum and reduces air pollution. Hydrogen storage is a major problem that must be conquered for the successful implementation of fuel cell technology in transportation applications and this is a major material science challenge. One solution to overcome these problems is to use the adsorption method. Reduced Graphene Oxide (rGO) material is a material that has the potential to be used as a storage medium for hydrogen gas. In this study, the authors wanted to see the effect of temperature and pressure on hydrogen adsorption on reduced Graphene Oxide (rGO) using molecular dynamics simulations using Lennard-Jones potential. In this research, the authors used the Molecular Dynamics Simulation method. Temperature variations used in this simulation are 77, 100, 150, 200, 273, and 298 K with variations in pressure at each temperature are 1, 2, 5, 10, 15, 20, 40, 80. and 100 bar. The simulation results are then compared with the results of experimental research conducted by other researchers. At high temperatures, the simulation results approach experimental research results. However, at low temperatures, the simulation results have a significant difference from experimental research.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ferdy Hartono
Simulasi Dinamika Molekuler Mekanisme Inhibisi Protein Kapsid Virus Zika Oleh Peptida Turunan Cathelicidin = Molecular Dynamic Simulation of Inhibition Mechanism of Zika Virus Protein Capsid by Cathelicidin Derived Peptides
Abstrak :
Virus Zika (ZIKV) adalah flavivirus neurotropik yang dapat menginfeksi ibu hamil dan menyebabkan kelainan ukuran otak janin. Meskipun telah dilakukan upaya signifikan untuk menemukan strategi anti-ZIKV, saat ini belum ada vaksin atau terapi spesifik yang tersedia untuk mengobati infeksi ZIKV. Berdasarkan penelitian sebelumnya, ada percobaan secara in vitro mengenai peptida turunan cathelicidin sebagai obat antivirus terhadap virus Zika. Pada penelitian ini, akan dilakukan percobaan secara in silico yaitu studi komputasi berupa simulasi dinamika molekuler untuk memahami mekanisme inhibisi virus Zika oleh peptida turunan cathelicidin (L-LL-37 dan D-LL-37) dan kestabilan makromolekul kapsid protein ZIKV sebagai virus yang ingin diinhibisi dan peptida turunan cathelicidin sebagai obat anti-ZIKV serta perbandingan energi pengikat kompleks protein-inhibitor tunggal untuk mengetahui pengaruh peptida turunan cathelicidin sebagai obat anti-ZIKV. Simulasi dinamika molekuler dilakukan kepada lima sistem yaitu peptida L-LL-37, peptida D-LL-37, kapsid protein ZIKV, dan gabungan dari kapsid protein ZIKV dengan peptida L-LL-37/peptida D-LL-37 dengan menggunakan program GROMACS. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan kapsid protein ZIKV + peptida L-LL-37 memiliki stabilitas dan konformasi yang paling stabil dari lima sistem tersebut selama simulasi dengan nilai RMSD sekitar 0,4 nm, jari-jari girasi sekitar 1,74 nanometer, dan SASA sekitar 118 nm2. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan fleksibilitas kapsid protein ZIKV + peptida D-LL-37 lebih fleksibel daripada kapsid protein ZIKV dan dengan peptida L-LL-37. Lalu, dilakukan perbandingan energi pengikat kompleks kapsid protein Chain A dan Chain B sebelum dan sesudah dikaitkan dengan peptida turunan cathelicidin dengan peptida L-LL-37 atau peptida D-LL-37 secara berurutan adalah  1131,050 ± 65.985 kJ/mol, 1141,884 ± 66.915 kJ/mol, dan 1037,351 ± 75.283 kJ/mol. Dapat disimpulkan peptida D-LL-37 bisa menghambat kapsid protein virus Zika. ......Zika virus (ZIKV) is a neurotropic flavivirus that can infect pregnant women and cause fetal brain size abnormalities. Despite significant efforts to find anti-ZIKV strategies, there is currently no vaccine or specific therapy available to treat ZIKV infection. Based on previous research, there are in vitro experiments on cathelicidin-derived peptides as antiviral drugs against Zika virus. In this research, an in silico experiment will be carried out, namely a computational study in the form of molecular dynamics simulations to understand the mechanism of Zika virus inhibition by cathelicidin-derived peptides (L-LL-37 and D-LL-37) and the stability of the ZIKV protein capsid macromolecule as the virus to be inhibited and cathelicidin-derived peptides as anti-ZIKV drugs as well as a comparison of the binding energy of a single protein-inhibitor complex to determine the effect of cathelicidin-derived peptides as anti-ZIKV drugs. Molecular dynamics simulations were performed on five systems, such as the L-LL-37 peptide, D-LL-37 peptide, ZIKV protein capsid, and a combination of ZIKV protein capsid with L-LL-37 peptide/D-LL-37 peptide using the GROMACS program. The molecular dynamics simulation results showed the ZIKV protein capsid + L-LL-37 peptide had the most stability and conformation of the five systems during simulation with RMSD at the value of about 0.4 nm, radius of gyration at the value of 1.74 nm, and SASA at the value of 118 nm2. Molecular dynamics simulation results showed the flexibility of ZIKV protein capsid + D-LL-37 peptide was more flexible than ZIKV protein capsid and with L-LL-37 peptide. Then, a comparison of the binding energy of Chain A and Chain B protein capsid complexes before and after being linked to cathelicidin-derived peptides with L-LL-37 peptide or D-LL-37 peptide were 1131.050 ± 65.985 kJ/mol, 1141.884 ± 66.915 kJ/mol, and 1037.351 ± 75.283 kJ/mol, respectively. It can be concluded that the D-LL-37 peptide can inhibit the Zika virus protein capsid.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library