Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Latar Belakang: Metode PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi DNA suatu organisme. ldentifikasi gen 18S rRNA sudah hanyak dipakai untuk mempelajari sejumlah organisms eukariot seperti tanaman, hewan dan protozoa termasuk Cryptosporidium sp. Penelitian terdahulu pada anak batita di daerah kumuh dan rawan banjir di Jakarta yang dideteksi secara mikroskopis dengan pcwarnaan modifikasi tahan 838111 (MTA), didapatkan prevalensi 2,l% yang rendah dibandingkan negara berkembang lain yang keadaan lingkungan dan populasinya mirip Indonesia. Deteksi Cryptosporidium sp. secara molekular di feses dengan PCR memungkinkan diagnosis lebih akurat dan cepat. Tujuan: mengembangkan metode PCR :mink deteksi gen ISS rRNA Cryptosporidium sp. pada feses yang disimpan dalam larutan kalium bikromat 2,5% selama 1 bulan. Metode: sejumlah 188 sampel feses yang disimpan dalam larutan kalium bikromat dikonsentrasikan dengan teknik air-eter, selanjutnya dilakukan ekstraksi DNA terhadap konsentrat dan sebagian lagi dipulas dengan MTA. Amplifikasi DNA Cryptosporidium terhadap gen 18S rRNA dilakukan dengan program PCR iangsung, siklus 39 kali. Hasil: pemeriksaan dengan metode MTA konsentrasi didapatkan sembilan sampel positif (4,8%) sedangkan dengan PCR didapatkan 65 sampel positif (34,6%). Kesimpulan: Larutan kalium bikromat dapat dipakai untuk penyimpanan ookista Cryptosporidfwn sp. tanpa mempengaruhi hasil PCR maupun mikroskopis.

---

Background: PCR method can be used to characterize an organism DNA. Identification of 18S rRNA gene has been widely used to study eukaryotes like plants, animals and protozoa such as Cryptosporidium sp. Previous study on Cryptosporidium sp. in children under tluee years old in a slum area in Jakarta, detected by direct modiiied acid fast (MAF) showed 2.1% prevalence, which was unexpectedly much lower than other developing country with similar enviromnent and study population. Detection of Cryptosporidium sp. by molecular technique, PCR will offer more accurate and efficient diagnosis. Objective: develop PCR method to detect Cryptosporidium sp. 18S rRNA gene of stool from stools preserved in potassium dichromate solution for 13 months. Methods: There were l88 stool samples which have been kept in 2.5% potassium dichromate for 13 months. These samples were concentrated by water-ether technique, extracted the DNA and stained by MAF. Amplihcation of Cnprosporidium sp. ISS rRNA gene was using direct PCR for 39 cycles. Result: of samples with MAF has found 9 positive (4,8%) and samples with PCR has presented 65 positive (34,6%). Conclusion: Potassium dichromate solution can be used to preserve oocysts of Cryptosporidium sp since it does not interfere the PCR and microscopic examination result.

Abstrak :
Prevalensi kanker payudara pada tahun 2020 menduduki peringkat pertama di dunia maupun di Indonesia. Pencarian obat antikanker menggunakan metode komputasi dinilai lebih efektif dan selektif. Asam galat dan turunannya (ester dan amida) merupakan senyawa yang memiliki aktivitas biologis seperti antikanker. Tujuan dari studi ini adalah melakukan analisis secara in-siliko dan in-vitro terhadap senyawa turunan asam galat (N-Alkil galamida) sebagai agen apoptosis sel kanker payudara MCF7. Sebelas senyawa N-Alkil galamida yang telah disintesis dilakukan studi in-siliko meliputi, interaksi protein-protein, interaksi obat-protein, analisis ADMET dan pemodelan molekuler. Tiga senyawa terbaik berdasarkan studi in-siliko diuji aktivitas sitotoksisitasnya pada sel MCF7 menggunakan metode MTT dan analisis apoptosis menggunakan annexin V-FITC/PI dengan flow cytometry. Protein target terpilih, yaitu JUN, AKT1, CASP3 dan CASP7. Senyawa N-Oktil galamida, N-Ters-Butil galamida dan N-Isoamil galamida merupakan tiga senyawa terbaik. Senyawa asam galat dan turunannya, secara analisis prediksi ADMET termasuk dalam kategori aman sebagai kandidat obat. Aktivitas sitotoksik ketiga senyawa tersebut dinyatakan dengan nilai IC50 berturut-turut adalah 205.2 ± 0,44 μM, 372.6 ± 4,09 μM, dan 441.7 ± 1,41 μM. Aktivitas apoptosis mencapai 55 hingga 56% dibandingkan dengan kontrol sel. Senyawa N-Oktil galamida, N-Ters-Butil galamida dan N-Isoamil galamida berpotensi sebagai agen apoptosis pada sel kanker payudara MCF7. ......The prevalence of breast cancer in 2020 is ranked first in the world and in Indonesia. Searching for anticancer drugs using computational methods is considered more effective and selective. Gallic acid and its derivatives (esters and amides) are compounds that have biological activities such as anticancer. In this study, N-Alkyl gallamides were analyzed in-vitro and in-silico for their potential to act as apoptotic agents for MCF7 breast cancer cells. In-silico investigations on eleven N-alkyl gallamide compounds, including protein-protein interactions, drug-protein interactions, ADMET analysis, and molecular modelling, have been conducted. The three best compounds based on in-silico studies were tested for cytotoxicity activity on MCF7 cells using the MTT assay and apoptosis analysis using annexin V-FITC/PI with flow cytometry. Selected target proteins, namely JUN, AKT1, CASP3 and CASP7. According to ADMET study, gallic acid and their derivatives are safe as therapeutic candidates. The cytotoxic activities of the three compounds were expressed by IC50 values of 205.2 ± 0.44 μM, 372.6 ± 4.09 μM, and 441.7 ± 1.41 μM, respectively. Apoptotic activity reached 55 to 56% compared to control cells. The N-Octyl gallamide, N-Ters-Butyl gallamide and N-Isoamil gallamide compounds have the potential as apoptotic agents in MCF7 cells.

Abstrak :
Parasitemia rendah umumnya tidak dapat terdeteksi pada saat pemeriksaan secara mikroskopis. Penelitian dilakukan untuk mendeteksi infeksi submikroskopis Plasmodium falciparum dan Plasmodium vivax di Nangapanda, Ende menggunakan metode Real-time Polymerase Chain Reaction (PCR). Sebanyak 72 sampel darah anak (umur 5--18 tahun) digunakan dalam amplifikasi DNA menggunakan gen target 18S rRNA. Hasil yang diperoleh menunjukkan Realtime PCR mampu mendeteksi adanya infeksi submikroskopis P. falciparum dan P. vivax di Nangapanda. Persentase infeksi submikroskopis yang diperoleh dari sampel positif P. falciparum sebesar 11,1%, P. vivax sebesar 9,7% dan infeksi campuran sebesar 2,8%. Sensitivitas Real-time PCR mampu mendeteksi kategori nilai Ct low load of DNA (Ct>35) dengan persentase infeksi sebesar 9,7% untuk P. falciparum dan 8,3% untuk P. vivax. Hasil uji chi-square menunjukkan tidak adanya hubungan yang signifikan (p>0,05) antara infeksi submikroskopis dengan variabel jenis kelamin dan kelompok umur. Deteksi terhadap infeksi submikroskopis berguna terutama dalam program eliminasi malaria. ......In malaria endemic areas, individuals are frequently asymptomatic are present at densities below the limit for conventional microscopy. An 18S rRNA based multiplex Real-time Polymerase Chain Reaction (PCR) had been done to determine sub-microscopic infection of Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax. A total of 72 blood samples from children 5--18 years of age in Nangapanda sub-district, Ende were analysed. The sensitivity of Real-time PCR revealed that sub-microscopic infections are common in this area. The prevalence for P. falciparum, P. vivax and mixed infection of both species are 11,1%, 9,7% and 2,8%, respectively. A low load of Plasmodium species-specific DNA (Ct>35) was found for P. falciparum and P. vivax in 9,7% and 8,3% of the positive cases, respectively. There was no significant correlation (p>0,05) between malaria submicroscopic with gender and age groups. Real-time PCR provides more insight into the epidemiology of P. falciparum and P. vivax infections, which could be applied for monitoring and evaluation of novel programs for the elimination of malaria.

Abstrak :
ABSTRACT
Penyakit Tuberkulosis (TB) merupakan salah satu ancaman kesehatan yang mematikan, Pasien TB yang tidak mendapat pengobatan tepat dapat menjadi sumber infeksi di komunitas. Metode deteksi yang efektif sangat diperlukan dalam penanganan TB. Pemeriksaan biakan dahak merupakan metode baku emas (gold standard) namun memerlukan waktu relatif lama dan mahal. Pemeriksaan mikroskopik merupakan pemeriksaan yang banyak digunakan di negara endemik TB. Namun demikian metode tersebut memiliki sensitivitas yang rendah, tidak mampu dalam menentukan kepekaan obat dan memiliki kualitas yang berbeda karena dipengaruhi oleh tingkat keterampilan petugas laboratorium. Hal tersebut diharapkan dapat diatasi dengan penggunaan pemeriksaan Tes Cepat Molekular (TCM) yang lebih cepat dibandingkan uji kepekaan dan dapat mengidentifikasi keberadaan kuman TB yang resistens terhadap rifampisin. Metode pemeriksaan TCM yang saat ini digunakan di Indonesia dengan menggunakan Xpert MTB/Rif. Penggunaan Xpert MTB/Rif telah direkomendasikan oleh WHO sejak tahun 2010. Sampai akhir 2017, telah terpasang 51 mesin TCM di Provinsi DKI Jakarta. Sehingga dilakukan penelitian untuk megetahui pemanfaatannya dengan melihat utlisasi TCM dan faktor yang mempengaruhi utilisasinya. Penelitian dilakukan dengan mengumpulkan data primer dan data sekunder. Data primer didapat dengan wawancara terhadap petugas laboratorium di 13 fasilitas kesehatan yang terdapat di Provinsi DKI Jakarta, sedangkan data sekunder didapat dari laporan utilisasi TCM tahun 2017. Data primer dianalisis untuk mendapatkan informasi hal-hal yang mungkin mempengaruhi utilisasi TCM di suatu fasilitas kesehatan. Sedangkan data sekunder dianalisis untuk mendapatkan infromasi utilisasi TCM, tipe terduga yang diperiksa dengan TCM dan hasil pemeriksaan TB dengan TCM. Dari hasil peneltian didapatkan bahwa utlisasi TCM tahun 2017 sebesar 23,28%. Faktor yang mempengaruhinya yaitu masih ada fasilitas kesehatan yang belum memiliki jejaring pemeriksaan untuk pemeriksaan TCM serta masih adanya permintaan pemeriksaan mikroskopik BTA untuk diagnosis walaupun telah tersedia alat TCM di fasilitas kesehatan tersebut. Terkait dengan hal itu, maka jejaring untuk pemeriksaan TCM harus tersedia untuk seluruh fasilitas kesehatan yang telah terpasang alat TCM serta sosialisasi kepada klinisi atau dokter peminta pemeriksaan TB mengenai teknologi pemeriksaan TCM, alur pemeriksaan dan perawatan terduga TB, permintaan dan interpretasi hasil pemeriksaan TCM penting untuk dilakukan.

---

ABSTRACT
Tuberculosis (TB) is one of the deadliest health threats, TB patients who do not receive proper treatment can be a source of infection in the community. Effective detection methods are needed in handling TB. Sputum culture is a gold standard method but takes along time and costs are quite expensive. Microscopic examination is an examination that is widely used in endemic TB countries. However, this method has a low sensitivity, is unable to determine drug sensitivity and has different qualities because it is influenced by the level of skill of laboratory technician. This is expected to be overcome by the use of Rapid Molecular Test which is faster than sensitivity testing and can identify the presence of M. tuberculosis that are resistant to rifampicin. Until the end of 2017, 51 machines have been installed in DKI Jakarta Province. So research is conducted to find out its utilization by looking at the utilization value of Rapid Molecular Test and the factors that influence its utilization. The study was conducted by collecting primary data and secondary data. Primary data was obtained by interviewing laboratory officers in 13 health facilities in the DKI Jakarta Province, while secondary data was obtained from the 2017 TCM utilization report. Primary data were analyzed to obtain information on matters that might affect TCM utilization in a health facility. While secondary data were analyzed to obtain information on TCM utilization, the type of TB suspect examined by TCM and the results of TB testing with TCM. From the results of the research, it was found that the utilization of Rapid Molecular Test in 2017 was 21.74%. The factors that influence it are that there are still laboratory that do not have a laboratory network for Rapid Molecular examination and there is still a demand for AFB examination for diagnosis even though rapid molecular equipment is available at the laboratory. Related to this, the laboratory network for rapid molecular examinations must be available for all laboratories that have installed Rapid Molecular machine. Socialization to clinicians who requesting TB examination regarding Rapid Molecular examination technology, TB diagnostic alghorithms, requests and interpretation of Rapid Molecular examination results must be done.

Abstrak :
Leptospirosis adalah penyakit menular yang disebabkan oleh bakteri Leptospira spp. yang terjadi di seluruh dunia, termasuk Indonesia. Gejala penyakit ini mirip dengan penyakit menular lainnya, membuat diagnosis klinis sulit. Hasil diagnosis klinis didukung oleh serodiagnostik IgM MAT dan LFA, tetapi terbatas hanya pada beberapa layanan kesehatan sekunder. Serodiagnostik ini memiliki kelemahan karena kurang sensitif dan spesifik serta membutuhkan waktu analisis yang lama sehingga metode tersebut kurang tepat untuk deteksi dini leptospirosis. Salah satu metode molekuler seperti PCR dapat menjadi alternatif deteksi dini leptospirosis karena lebih akurat, sensitif dan spesifik. LipL32 dapat digunakan sebagai biomarker karena mampu mendeteksi bakteri patogen penyebab kematian. Deteksi leptospirosis melalui PCR konvensional menggunakan gen LipL32 menggunakan sampel serum darah telah banyak dilakukan di beberapa negara Asia, namun belum ada penelitian serupa di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi leptospirosis melalui metode PCR konvensional menggunakan gen LipL32 menggunakan 30 sampel serum darah pasien RSCM yang secara klinis diduga leptospirosis. Metode yang digunakan terdiri dari isolasi DNA, kuantifikasi konsentrasi dan kemurnian DNA, PCR dan elektroforesis. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 25 sampel positif leptospirosis dan setelah dibandingkan dengan MAT dan LFA IgM menunjukkan bahwa PCR konvensional memiliki sensitivitas yang lebih tinggi (83%) dibandingkan dengan MAT dan LFA IgM.
Leptospirosis is an infectious disease caused by the bacteria Leptospira spp. happening all over the world, including Indonesia. Symptoms of this disease are similar to those of other infectious diseases, making clinical diagnosis difficult. Clinical diagnosis results are supported by IgM MAT and LFA serodiagnostics, but are limited to a few secondary health services. This serodiagnostic has weaknesses because it is less sensitive and specific and requires a long analysis time so that the method is not appropriate for early detection of leptospirosis. One of the molecular methods such as PCR can be an alternative for early detection of leptospirosis because it is more accurate, sensitive and specific. LipL32 can be used as a biomarker because it is able to detect pathogenic bacteria that cause death. Detection of leptospirosis through conventional PCR using the LipL32 gene using blood serum samples has been widely carried out in several Asian countries, but there has been no similar study in Indonesia. This study aims to detect leptospirosis through conventional PCR methods using the LipL32 gene using 30 samples of blood serum from RSCM patients clinically suspected of leptospirosis. The method used consisted of DNA isolation, quantification of DNA concentration and purity, PCR and electrophoresis. The results showed that there were 25 positive samples of leptospirosis and after being compared with MAT and LFA IgM showed that conventional PCR had a higher sensitivity (83%) compared to MAT and LFA IgM.

Abstrak :
Leptospirosis merupakan penyakit akibat infeksi bakteri Leptospira spp. patogen yang umumnya terjadi di negara tropis dan subtropis serta memiliki karakteristik berupa gejala klinis yang kurang spesifik. Vektor dari penyakit tersebut adalah tikus maupun hewan peliharaan, seperti anjing dan sapi. Microscopic agglutination test (MAT) merupakan uji baku emas leptospirosis yang telah ditetapkan WHO. Akan tetapi, uji tersebut kurang sensitif di fase awal terjadinya infeksi dan memiliki prosedur yang rumit. Konfirmasi melalui metode real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan gen secY menggunakan darah utuh dan serum dapat dilakukan untuk pengembangan diagnosis leptospirosis. Tujuan dari penelitian ini adalah mendeteksi gen secY pada sampel darah utuh dan serum pada pasien terduga leptospirosis yang meliputi pasien suspek dan probable di Klaten, Jawa Tengah dengan metode RT-PCR. Selain itu, penelitian ini juga bertujuan untuk membandingkan positivity rate hasil RT-PCR sampel darah utuh dan serum dari 111 pasien terduga leptospirosis di Klaten, Jawa Tengah. Metode penelitian ini meliputi isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA dengan RT-PCR menggunakan probe dan pewarna ROX, serta analisis hasil RT-PCR. Hasil RT-PCR menunjukkan terdeteksinya gen secY pada sampel darah utuh dan serum, dengan positivity rate darah utuh sebesar 5,41% (6/111) dan serum sebesar 18,92% (21/111), sedangkan positivity rate pada pasien suspek adalah sebesar 19,51% (16/82) dan pada pasien probable sebesar 27,59% (8/29). Dengan demikian, darah utuh dan serum dapat digunakan untuk mendeteksi leptospirosis dengan RT-PCR menggunakan gen secY dengan serum sebagai sampel yang lebih sensitif dibandingkan darah utuh. Akan tetapi, perlu dilakukan upaya untuk meningkatkan kualitas metode deteksi, berupa proses ekstraksi, optimasi primer, maupun penggunaan gen pendamping. Selain itu, hasil RT-PCR tersebut juga dapat dikonfirmasi melalui analisis sekuens sebagai analisis lanjutan. ......Leptospirosis is a disease caused by infection with pathogenic Leptospira spp. bacteria that commonly occurs in tropical and subtropical countries and has characteristics in the form of less specific clinical symptoms. The vectors of the disease are rats and domestic animals, such as dogs and cattle. Microscopic agglutination test (MAT) is the WHO gold standard test for leptospirosis. However, the test is less sensitive in the early phase of infection and has a complicated procedure. Confirmation through real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method with secY gene using whole blood and serum can be done for the development of leptospirosis diagnosis. The aim of this study is to detect secY gene in whole blood and serum samples of presumed leptospirosis patients including suspected and probable patients in Klaten, Central Java using RT-PCR method. In addition, this study also aimed to compare the positivity rate of RT-PCR results of whole blood and serum samples from 111 presumed leptospirosis patients in Klaten, Central Java. The method of this research includes DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification by RT-PCR using ROX probes and dyes, and analysis of RT-PCR results. RT-PCR results showed the detection of secY gene in whole blood and serum samples, with a positivity rate in whole blood is 5.41% (6/111) and in serum is 18.92 (21/111), meanwhile the positivity rate in suspected patients is 19.51% (16/82) and in probable patients is 27.59% (8/29). Thus, whole blood and serum can be used to detect leptospirosis by RT-PCR using the secY gene with serum as the more sensitive sample than whole blood. However, efforts need to be made to improve the quality of the detection method, in the form of the extraction process, primer optimization, and the use of companion genes. In addition, the RT-PCR results can also be confirmed through sequence analysis as a follow-up analysis.

Abstrak :
Kendala utama dalam diagnosis penyakit tuberkulosis (TB) paru di Indonesia adalah sulitnya pengeluaran sputum sebagai spesimen diagnostik dari pengidap TB paru, terutama pada kelompok anak dan lansia. Pengembangan spesimen alternatif, seperti urine, sangat dibutuhkan untuk meningkatkan notifikasi kasus TB paru pada subjek yang belum terdiagnosis secara optimal. Penelitian ini mengevaluasi potensi urine pada 60 sampel terkonfirmasi TB paru positif, sebagai studi kasus-kontrol dengan subjek yang memiliki kondisi target. Tujuan penelitian ini meliputi evaluasi multiplex polymerase chain reaction (PCR), untuk mendeteksi gen ESAT6, IS6110, dan MPT64, serta real-time PCR untuk deteksi gen ESAT6 dalam menunjang diagnosis TB paru. Selain itu, penelitian ini diharapkan dapat menggambarkan nilai sensitivitas masing-masing metode dan gen diagnostik yang digunakan. Metode penelitian meliputi preparasi sampel urine, isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA (multiplex PCR dan real-time PCR), elektroforesis DNA, dan analisis data. Hasil evaluasi menunjukkan kemurnian total DNA yang diisolasi dari urine berdasarkan A260/A280   (Mean 3,08  SD 1,08). Evaluasi multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 memberikan nilai sensitivitas sebesar 68,3% (41/60), dan real-time PCR dengan gen deteksi ESAT6 sebesar 71,67% (43/60). Nilai sensitivitas real-time PCR diperoleh dengan ketentuan limit of detection (LOD) sebesar 13,04 kopi/μl. Nilai sensitivitas kedua metode tersebut menunjukkan bahwa urine dapat menjadi spesimen alternatif untuk pendeteksian Mycobacterium tuberculosis (Mtb) secara molekuler. ......The main obstacle in the diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB) in Indonesia is the difficulty of extracting sputum, as a diagnostic specimen for people with pulmonary TB, especially in the group of children and the elderly. The development of alternative specimens, such as urine, is urgently needed to increase the notification of pulmonary TB cases in subjects who have not been diagnosed optimally. This study evaluated the urine potency of 60 samples of confirmed positive pulmonary TB, as a case-control study with subjects with the target condition. The objectives of this study include the evaluation of multiplex polymerase chain reaction (PCR), to detect the ESAT6, IS6110, and MPT64 genes, as well as real-time PCR to detect the ESAT6 gene in supporting the diagnosis of pulmonary TB. In addition, this study is expected to describe the sensitivity value of each diagnostic method and gene used. Research methods include urine sample preparation, DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification (multiplex PCR and real-time PCR), DNA electrophoresis, and data analysis. The evaluation results showed the total purity of DNA isolated from urine based on A260/A280   (Mean 3,08  SD 1.08). Evaluation of multiplex PCR with ESAT6, IS6110, and MPT64 detection genes gave a sensitivity value of 68,3% (41/60), and real-time PCR with ESAT6 detection genes of 71,67% (43/60). Real-time PCR sensitivity value was obtained with the limit of detection (LOD) of 13,04 copies/μl. The sensitivity values of both methods indicate that urine can be an alternative specimen for molecular detection of Mycobacterium tuberculosis.