Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Promoter gen late embryogenesis abundant 3 (lea3) merupakan salah satu promoter terinduksi kekeringan pada tanaman. Penelitian bertujuan mengisolasi dan mengklona fragmen promoter gen lea3 yang terinduksi kekeringan dari padi (Oryza sativa L.) kultivar lokal Indonesia Rojolele dan Batutegi dengan menggunakan kultivar Nipponbare sebagai acuan. Penelitian dilakukan di Puslit Biotek LIPI, Cibinong dan berlangsung selama 9 bulan (Maret--November 2008). Fragmen promoter gen lea3 diamplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR menggunakan primer LEAP F dan LEAP R yang menghasilkan pita berukuran ± 1.291 bp. Produk PCR kemudian diligasi dengan vektor plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasi ke dalam Escherichia coli DH5α dengan metode heat shock. Hasil penapisan biru putih menunjukkan adanya 19 koloni biru dan 761 koloni putih dari keseluruhan koloni yang tumbuh. Verifikasi dengan digesti menggunakan enzim EcoRI menunjukkan hasil positif mengandung sisipan fragmen promoter. Hasil BLASTN pada situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) menunjukkan bahwa sekuen hasil klona fragmen promoter gen lea3 dari ketiga kultivar memiliki similaritas 99% dengan sekuen acuan promoter gen HVA-like dari kultivar IRAT 109 (GenBank Acc. No. DQ837728). Similaritas yang tinggi menunjukkan keberhasilan proses isolasi dan pengklonaan promoter gen lea3.

Abstrak :
Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan.

Abstrak :
Contents : V. 1. Pt. 1. Essentials -- V. 2. Pt. 2. Analysis and manipulation of DNA and RNA ; Pt. 3. Introducing genes into cells -- V. 3. Pt. 4. Gene expression ; Pt. 5. Interaction Analysis ; Appendices.

Abstrak :
Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy. ......Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy.

Abstrak :

Chikungunya merupakan penyakit menular yang bersifat re-emerging atau penyakit lama yang dapat tersebar kembali. Penyakit yang disebabkan virus chikungunya ini memiliki manifestasi klinis non-spesifik sehingga dibutuhkan metode diagnosis yang cepat dan akurat. Protein E2 yang dikode oleh gen E2 pada virus chikungunya berperan penting sebagai pengikatan reseptor sehingga berpotensi untuk digunakan dalam proses diagnosis penyakit chikungunya. Penelitian ini bertujuan menghasilkan protein rekombinan E2 sebagai bahan dasar produksi antibodi monoklonal yang akan digunakan dalam pengembangan perangkat diagnostik penyakit chikungunya. Metode penelitian yang dilakukan mencakup pembentukan plasmid rekombinan pPICZaA-E2, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang Escherichia coli, analisis koloni transforman, transformasi plasmid rekombinan pada sel inang ekspresi Pichia pastoris X-33, analisis fenotipe, hingga ekspresi protein rekombinan E2. Hasil penelitian menunjukkan 281 koloni E. coli transforman pPICZaA-E2 dapat tumbuh pada medium yang mengandung antibiotik zeocin. Hasil analisis PCR koloni transforman menunjukkan gen E2 dengan ukuran 1.260 bp berhasil ditransformasikan ke sel inang E. coli menggunakan vektor pICZaA dengan ukuran 3.569 bp. Hasil analisis PCR genom berhasil mengamplifikasi gen AOX1 berukuran 2,2 kb dan 1,8 kb yang menunjukkan plasmid rekombinan berhasil terintegrasi pada genom P. pastoris dan menghasilkan fenotipe Mut⁺. Pita protein berukuran 40 kDa pada hasil SDS-PAGE menunjukkan protein E2 berhasil terekspresi.

---

Chikungunya is known as an infectious, re-emerging disease. Because of the non-specific clinical manifestation, chikungunya needs a rapid and accurate diagnostic method for its detection. Envelope 2 (E2) protein coded by E2 gene in the genome of the virus has an important role as an attachment receptor to a cell that made it potential to be used for diagnosis. This research is aimed to obtain E2 recombinant protein as a basic material for monoclonal antibody production in chikungunya rapid diagnostic test kit development. Chikungunya E2 gene is amplified and ligated with pPICZaA vector to make recombinant DNA clones from E. coli. The clones then isolated and used for protein expression in P. pastoris. The result shows 281 transformants of E. coli colonies can grow on a selection medium that contains zeocin. Analysis of direct colony PCR show E2 gene was transformed and cloned using pPICZaA vector. Analysis of genomic PCR shows 2,2 kb and 1,8 kb bands formed that indicate AOX1 gene was amplified and the integration of recombinant plasmid pPICZaA to P. pastoris genome was successful. Visualization of protein electrophoresis shows protein band was formed at the size of40 kDa that indicate the protein expression was successful.

Abstrak :
Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3. ......Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3.