Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 6 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Rifqi Ryanzafi Almahdi
Studi Dinamika Molekuler Senyawa Penghambat SGLT2 (Sodium-Glucose Linked Transporter 2) = Molecular Dynamics Study of SGLT2 Inhibitors (Sodium-Glucose Linked Transporter 2
Abstrak :
ABSTRAK Diabetes merupakan penyakit yang dikarakterisasi dengan meningkatnya kadar gula darah yang yang diakibatkan defisiensi insulin, resistensi insulin atau keduanya. Pengobatan diabetes berfokus pada insulin, dimana efikasinya dapat berkurang seiring penyakit berprogresi. Golongan penghambat Sodium-Glucose Linked Transporter 2 (SGLT2) merupakan golongan obat diabetes baru dengan mekanisme pengaturan kadar glukosa darah independent dari insulin, ditambah khasiat menurunkan resiko kardiovaskular dan berat badan. Fakultas Farmasi Universitas Indonesia berkontribusi dalam pengembangan golongan obat ini dengan metode in silico melalui penapisan virtual berbasis ligan berdasarkan gugus farmakofor dari pangkalan data tanaman herbal Indonesia, dan penapisan virtual berbasis struktur dengan model homologi hSGLT2 dari pangkalan data ZINC15. Hasil penapisan virtual tersebut dilakukan identifikasi lebih lanjut dengan simulasi dinamika molekuler selama 20 nanodetik untuk memperoleh perkiraan yang paling mendekati kondisi eksperimental. Sebelum simulasi, dilakukan pemerolehan model interaksi pada hasil penapisan virtual berbasis ligan dilakukan dengan penambatan molekuler dengan AutoDock terhadap makromolekul hasil pemodelan homologi dari SWISSMODEL. Interaksi ligan-reseptor dilihat dari interaksi hidrogen dan energi bebas ikatan ligan dibandingkan kontrol positif dengan MM/PB(GB)SA. Hasil studi dinamika molekuler menunjukkan empat senyawa dengan ∆G MM/PB(GB)SA lebih kecil dibanding kontrol positif, diantaranya zinc000146809581, cucumerin A, zinc000038175116, dan zinc000095913941 dengan jumlah ikatan hidrogen yang lebih banyak atau dapat bersaing dengan kontrol positif.
ABSTRACT Diabetes is a non-communicable disease that is characterized by the rising of blood glucose due to deficiency of insulin, insulin resistance, or both. Pharmacological treatment of diabetes mainly focuses on insulin, which decreases in efficacy once the disease progresses. SGLT2 inhibitors are diabetic treatments available in recent years with blood glucose control mechanism independent from insulin. Two in silico research were done in Faculty of Pharmacy from Universitas Indonesia to find more compounds of potential SGLT2 inhibition action by virtual screening of ligand based on Indonesian Herbal Database, dan of structure-based on the ZINC herbal database. In this study, the docked interaction models of the compounds acquired from those two virtual screening methods are analyzed for their ligand-receptor interactions by 20 nanoseconds of molecular dynamic simulations, with the ligand-based virtual screening results were first docked with macromolecule from homology modelling. The ligand-receptor interactions are observed by its calculated binding free energy and their hydrogen interactions with the protein, compared with known drugs of SGLT2 inhibitors as positive controls. The result of this study has shown four compounds with lower ∆G MM/PB(GB)SA than the positive controls, cucumerin A, zinc000146809581, zinc000038175116, and zinc000095913941 with more or comparable hydrogen interactions with positive controls.
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Billy Adhitya Ramadhan
Simulasi Dinamika Molekuler Adsorpsi Hidrogen pada Grafena Oksida = Molecular Dynamics Simulation of Hydrogen Adsorption on Graphene Oxides
Abstrak :
ABSTRAK Hidrogen merupakan salah satu unsur yang melimpah dimuka bumi, hidrogen ditemukan bersenyawa dengan atom lain sehingga banyak terdapat di udara (seperti H2 dan NH2) maupun air (H2O), ketersediannya di kerak bumi sebesar 15,4%. Karena ketersediannya yang melimpah dan kemampuan menghasilkan sumber energi tanpa menghasilkan polusi udara dan air, maka hidrogen diproyeksikan sebagai sumber energi masa depan. Namun pemilihan material untuk alat penyimpanan hidrogen sangat penting karena hidrogen dalam fasa gas merupakan molekul yang reaktif sehingga membutuhkan penyimpanan dengan material yang tepat. Selain dari faktor keamanan, efektivitas adsorpsi hidrogen ke permukaan material juga menjadi fokusan utama. Oleh karena itu dipilihlah Grafena oksida, Grafena oksida adalah lembaran yang terbentuk dari lapisan tunggal Grafit oksida yang mudah untuk disintetis yang memiliki sifat elektoronik dan optik yang baik. Kelebihan menggunakan material Grafena oksida adalah harganya yang lebih murah dibanding Grafena murni dan tersedia dengan jumlah yang banyak. Gas yang dapat diserap material ini antara lain H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, dan SO2. Riset yang dilakukan secara simulasi ini memungkinkan untuk menguji efektivitas adsorpsi dengan variasi temperatur dan tekanan yang lebih luas dan menggunakan biaya yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan riset eksperimental. Maka riset yang dilakukan penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan adalah 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295K dan tekanan memiliki variasi 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar dan 80 bar pada sistem yang dibuat konstan. Hasil yang didapat akan dibandingkan dengan literatur hasil riset secara ekperimental.
ABSTRACT Hydrogen is one of the abundant elements on earth, hydrogen is found in compound with other atoms so that there are many in the air (such as H2 and NH2) and water (H2O), its availability in the earth's crust is 15.4%. Due to its abundant availability and ability to produce energy sources without producing air and water pollution, hydrogen is projected as a future energy source. But the selection of materials for hydrogen storage devices is very important because hydrogen in the gas phase is a reactive molecule that requires storage with the right material. Aside from safety factors, the effectiveness of hydrogen adsorption onto the surface of the material is also the main focus. Therefore graphene oxide was chosen, graphene oxide is a sheet formed from a single layer of graphite oxide which is easy to synthesize which has good electric and optical properties. The advantage of using graphene oxide material is that the price is cheaper than pure graphene and is available in large quantities. The gases that can be absorbed by this material include H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, and SO2. Research conducted in this simulation makes it possible to test the effectiveness of adsorption with a wider variety of temperatures and pressures and uses a relatively lower cost compared to experimental research. Then the research conducted by the author uses the Molecular Dynamics Simulation method. The temperature variations used are 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295 K, the pressure has a variation of 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar and 80 bar in a constant system. The results obtained will be compared with the research results experimentally.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Abdul Jabbar
Simulasi dinamika molekuler adsorpsi hidrogen pada Carbon Nanotube dengan variasi temperatur
Abstrak :
Krisis energi merupakan salah satu permasalahan serius yang dihadapi saat ini. Kebutuhan akan sumber energi yang dapat diperbaharui dan bebas dari polusi menjadikan hidrogen sebagai salah satu sumber energi alternatif yang sangat berpotensi untuk dikembangkan. Namun, dalam penggunaan hidrogen sebagai sumber energi masih menemui kendala dalam proses penyimpanannya. Yakni, membutuhkan tangki bertekanan tinggi atau disimpan dalam keadaan dicairkan hingga suhu cryogenik. Salah satu cara mengatasi kendala tersebut adalah dengan sistem adsorpsi. Carbon Nanotube (CNT) merupakan media penyimpan yang baik karena memiliki luas permukaan dan volume pori yang besar. Penelitian secara eksperimental umumnya masih memerlukan biaya yang mahal, maka perlu didukung metoda lain untuk menunjangnya seperti Simulasi Dinamika Molekular. Simulasi kali ini akan dilakukan dalam kondisi isotermis, dimana temperatur yang akan digunakan adalah 253 K, 273 K, dan 293 K pada tekanan yang bervariasi dari 1- 18 atm. Hasil simulasi menunjukkan temperatur 253 K memiliki kemampuan adsorpsi lebih baik dari temperatur lainnya. ......Energy crisis is one of the serious problems faced at present. The need for renewable energy sources and free of pollution makes hydrogen as one of alternative energy sources that are potentially to be developed. However, in the use of hydrogen as an energy source are still encountered obstacles in the process of storage. That is, the need of a high-pressure tank or stored in a liquified state to cryogenic temperature. One way of overcoming these barriers is by adsorption system. Carbon Nanotubes (CNT) is a storage medium that is good because it has a large surface area and large pore. Experimental research is generally still require a high cost, then it needs to be supported by other methods to support it as Molecular Dynamics Simulations. Simulation of this time will be performed in conditions of isotermis, where the temperature is to be used is 253 K, 273 K, and 293 K at a pressure varying from 1-18 atm. The result shows that temperature 253 K have better adsorption than the others.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2012
S1754
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Rahman Hadi
Simulasi Dinamika Molekuler Adsorpsi Hidrogen Pada Selembar Reduced Graphene Oxide (RGO) = Molecular Dynamics Simulation of Hydrogen Adsorption on a Sheet of Reduced Graphene Oxide (RGO)
Abstrak :
Gas Hidrogen memiliki manfaat sebagai bahan bakar yang bermanfaat untuk sumber energi masa depan karena menurunkan ketergantungan akan minyak bumi dan pengurangan polusi udara. Penyimpanan hidrogen adalah masalah utama yang harus ditaklukkan untuk keberhasilan implementasi teknologi sel bahan bakar dalam aplikasi transportasi dan ini merupakan tantangan ilmu material utama. Salah satu solusi untuk mengatasi permasalahan tersebut adalah dengan menggunakan metode adsorpsi. Material reduced Graphene Oxide (rGO) merupakan salah satu material yang berpotensial untuk digunakan sebagai media penyimpanan gas hidrogen. Pada penelitian ini, penulis ingin melihat pengaruh temperatur dan tekanan terhadap adsorpsi hidrogen pada reduced Graphene Oxide (rGO) dengan menggunakan simulasi dinamika molekuler menggunakan potensial Lennard-Jones.Pada riset ini, penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan pada simulasi ini adalah 77, 100, 150, 200, 273, dan 298 K dengan variasi tekanan pada tiap temperatur adalah 1, 2, 5, 10, 15, 20, 40, 80. dan 100 bar. Hasil simulasi kemudian dibandingkan dengan hasil riset secara eksperimental yang telah dilakukan oleh peneliti lainnya. Pada temperatur tinggi, hasil simulasi mendekati hasil riset secara eksperimental. Namun pada temperatur rendah, hasil simulasi memiliki perbedaan secara signifikan dari riset secara eksperimental.
Hydrogen gas has benefits as a useful fuel for future energy sources because it reduces dependence on petroleum and reduces air pollution. Hydrogen storage is a major problem that must be conquered for the successful implementation of fuel cell technology in transportation applications and this is a major material science challenge. One solution to overcome these problems is to use the adsorption method. Reduced Graphene Oxide (rGO) material is a material that has the potential to be used as a storage medium for hydrogen gas. In this study, the authors wanted to see the effect of temperature and pressure on hydrogen adsorption on reduced Graphene Oxide (rGO) using molecular dynamics simulations using Lennard-Jones potential. In this research, the authors used the Molecular Dynamics Simulation method. Temperature variations used in this simulation are 77, 100, 150, 200, 273, and 298 K with variations in pressure at each temperature are 1, 2, 5, 10, 15, 20, 40, 80. and 100 bar. The simulation results are then compared with the results of experimental research conducted by other researchers. At high temperatures, the simulation results approach experimental research results. However, at low temperatures, the simulation results have a significant difference from experimental research.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rafi Wikrama Sahasika
Simulasi Dinamika Molekuler Interaksi Peptida LL-37 dengan Protein Envelope dan Non-struktural 1 Zika Virus = Molecular Dynamics Simulation of the LL-37 Peptide Interaction with Zika Virus Envelope and Non-structural 1 Protein
Abstrak :
Virus Zika adalah penyakit neurologis yang penyebarannya disebabkan oleh nyamuk Aedes aegypti. Ciri khas dari penyakit neurologis dibandingkan penyakit yang lain adalah kerusakannya bersifat permanen. Virus Zika tidak memberikan gejala pada orang yang terinfeksi. Akan tetapi, virus ini dapat diturunkan kepada bayi sehingga menghasilkan potensi keturunan yang cacat secara fisik dan kognitif dengan cara meninhibisi pembelahan sel saraf pada bayi. Virus Zika merupakan suatu permasalahan global dimana belum ada obat yang telah paten untuk mengobati atau inhibisi kerja Virus Zika. Walaupun demikian, terdapat peptida yang disintesis dari sel epitel mamalia, yaitu human cathelicidin LL-37, dan telah terbukti untuk menunjukkan aktivitas inhibisi dari berbagai jenis virus termasuk Virus Zika. Di sini akan dilakukan penelitian secara In Silico untuk menjelaskan bagaimana human cathelicidin LL-37 berinteraksi dengan Virus Zika secara molekuler. Penelitian kali ini akan menggunakan satu protein struktural, yaitu envelope, dan satu protein nonstruktural, yaitu Non-struktural 1. Penelitian ini memiliki tiga tahap utama, yaitu melengkapi struktur menggunakan AVOGADRO dan MODELLER, penambatan molekuler menggunakan HDOCK, serta dinamika molekuler menggunakan GROMACS. Hasil dari dinamika molekuler ini adalah peptida LL-37 yang terbukti baik untuk menginhibisi protein pada Virus Zika, tetapi D-LL-37 lebih unggul karena membuat protein bergerak lebih banyak. Akan tetapi, pergerakan protein ini juga membuat struktur D-LL-37 menjadi lebih mudah hancur. ......The Zika Virus is a neurological disease that is spread by the Aedes aegypti mosquito. The distinctive feature of neurological diseases compared to other diseases is that the damage is permanent. The Zika virus does not cause symptoms in infected people. However, this virus can be passed on to babies, resulting in potential offspring who are physically and cognitively disabled by inhibiting nerve cell division in babies. The Zika virus is a global problem where there is no patented drug to treat or inhibit the action of the Zika virus. However, there is a peptide synthesized from mammalian epithelial cells, namely human cathelicidin LL-37, and has been proven to exhibit inhibitory activity against various types of viruses including the Zika Virus. Here, In Silico research will be carried out to explain how human cathelicidin LL-37 interacts with the Zika Virus molecularly. This study will use one structural protein, namely the envelope, and one non-structural protein, namely Non-structural 1. This research has three main stages, namely completing the structure using AVOGADRO and MODELLER, molecular docking using HDOCK, and molecular dynamics using GROMACS. The result of these molecular dynamics was the LL-37 peptide which proved to be good at inhibiting proteins in the Zika Virus, but D-LL-37 is superior because it makes the protein move more. However, this protein movement also makes the structure of D-LL-37 more easily destroyed.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ferdy Hartono
Simulasi Dinamika Molekuler Mekanisme Inhibisi Protein Kapsid Virus Zika Oleh Peptida Turunan Cathelicidin = Molecular Dynamic Simulation of Inhibition Mechanism of Zika Virus Protein Capsid by Cathelicidin Derived Peptides
Abstrak :
Virus Zika (ZIKV) adalah flavivirus neurotropik yang dapat menginfeksi ibu hamil dan menyebabkan kelainan ukuran otak janin. Meskipun telah dilakukan upaya signifikan untuk menemukan strategi anti-ZIKV, saat ini belum ada vaksin atau terapi spesifik yang tersedia untuk mengobati infeksi ZIKV. Berdasarkan penelitian sebelumnya, ada percobaan secara in vitro mengenai peptida turunan cathelicidin sebagai obat antivirus terhadap virus Zika. Pada penelitian ini, akan dilakukan percobaan secara in silico yaitu studi komputasi berupa simulasi dinamika molekuler untuk memahami mekanisme inhibisi virus Zika oleh peptida turunan cathelicidin (L-LL-37 dan D-LL-37) dan kestabilan makromolekul kapsid protein ZIKV sebagai virus yang ingin diinhibisi dan peptida turunan cathelicidin sebagai obat anti-ZIKV serta perbandingan energi pengikat kompleks protein-inhibitor tunggal untuk mengetahui pengaruh peptida turunan cathelicidin sebagai obat anti-ZIKV. Simulasi dinamika molekuler dilakukan kepada lima sistem yaitu peptida L-LL-37, peptida D-LL-37, kapsid protein ZIKV, dan gabungan dari kapsid protein ZIKV dengan peptida L-LL-37/peptida D-LL-37 dengan menggunakan program GROMACS. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan kapsid protein ZIKV + peptida L-LL-37 memiliki stabilitas dan konformasi yang paling stabil dari lima sistem tersebut selama simulasi dengan nilai RMSD sekitar 0,4 nm, jari-jari girasi sekitar 1,74 nanometer, dan SASA sekitar 118 nm2. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan fleksibilitas kapsid protein ZIKV + peptida D-LL-37 lebih fleksibel daripada kapsid protein ZIKV dan dengan peptida L-LL-37. Lalu, dilakukan perbandingan energi pengikat kompleks kapsid protein Chain A dan Chain B sebelum dan sesudah dikaitkan dengan peptida turunan cathelicidin dengan peptida L-LL-37 atau peptida D-LL-37 secara berurutan adalah  1131,050 ± 65.985 kJ/mol, 1141,884 ± 66.915 kJ/mol, dan 1037,351 ± 75.283 kJ/mol. Dapat disimpulkan peptida D-LL-37 bisa menghambat kapsid protein virus Zika. ......Zika virus (ZIKV) is a neurotropic flavivirus that can infect pregnant women and cause fetal brain size abnormalities. Despite significant efforts to find anti-ZIKV strategies, there is currently no vaccine or specific therapy available to treat ZIKV infection. Based on previous research, there are in vitro experiments on cathelicidin-derived peptides as antiviral drugs against Zika virus. In this research, an in silico experiment will be carried out, namely a computational study in the form of molecular dynamics simulations to understand the mechanism of Zika virus inhibition by cathelicidin-derived peptides (L-LL-37 and D-LL-37) and the stability of the ZIKV protein capsid macromolecule as the virus to be inhibited and cathelicidin-derived peptides as anti-ZIKV drugs as well as a comparison of the binding energy of a single protein-inhibitor complex to determine the effect of cathelicidin-derived peptides as anti-ZIKV drugs. Molecular dynamics simulations were performed on five systems, such as the L-LL-37 peptide, D-LL-37 peptide, ZIKV protein capsid, and a combination of ZIKV protein capsid with L-LL-37 peptide/D-LL-37 peptide using the GROMACS program. The molecular dynamics simulation results showed the ZIKV protein capsid + L-LL-37 peptide had the most stability and conformation of the five systems during simulation with RMSD at the value of about 0.4 nm, radius of gyration at the value of 1.74 nm, and SASA at the value of 118 nm2. Molecular dynamics simulation results showed the flexibility of ZIKV protein capsid + D-LL-37 peptide was more flexible than ZIKV protein capsid and with L-LL-37 peptide. Then, a comparison of the binding energy of Chain A and Chain B protein capsid complexes before and after being linked to cathelicidin-derived peptides with L-LL-37 peptide or D-LL-37 peptide were 1131.050 ± 65.985 kJ/mol, 1141.884 ± 66.915 kJ/mol, and 1037.351 ± 75.283 kJ/mol, respectively. It can be concluded that the D-LL-37 peptide can inhibit the Zika virus protein capsid.
Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library