Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Kemiripan karakter morfologi dan genetik antara Epinephelus chlorostigma dan E. areolatus sering menyebabkan kekeliruan antara kedua spesies. Hibiridisasi alami antara spesies kerapu tidak jarang terjadi dan dapat diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan genetik. Penelitian dilakukan bertujuan untuk mengidentifikasi E. chlorostigma dan E. areolatus dengan marka mitokondria Sitokrom C oksidase subunit I (COI) dan menganalisis peristiwa hibrisasi antara kedua spesies dengan marka inti Recombination activating gene 1 (RAG1). Total 19 sampel yang telah diidentifikasi berdasarkan morfologi sebagai E. chlorostigma dan E. areolatus diperoleh dari Maluku Utara, Nusa Tenggara Barat, dan Aceh. Sekuens COI sepanjang 656 bp berhasil mengidentifikasi spesies dengan kemiripan yang tinggi (98-100%) berdasarkan database NCBI dan BOLD walaupun beberapa sampel E. areolatus menunjukkan kemiripan yang tinggi terhadap sekuens E. chlorostigma dari kedua database. Jarak genetik inter-spesies berdasarkan sekuens COI teramati sebesar 0,071, cukup untuk delimitasi spesies. Rekonstruksi filogenetik COI, RAG1kedua marka berhasil memisahkan klade kedua spesies dengan konsisten dan tidak mengindikasikan terjadinya peristiwa hibridisasi. Satu posisi basa polimorfik, posisi 1120 bp, di elektroferogram menunjukkan puncak ganda pada sekuens RAG1 epanjang 1492 bp. Sekuens RAG1 E. areolatus menunjukkan variasi nukleotida sementara sekuens E. chlorostigma teramati monomorfik. Namun, peristiwa hibridisasi tidak dapat disimpulkan akibat rendahnya jumlah sampel.  ......Morphological and genetic similarities between Epinephelus chlorostigma and Epinephelus areolatus often cause confusion between the two species. Natural hybrids among grouper species are a common occurrence and may be identified by morphological and genetic characteristics. This study aims to identify E. chlorostigma and E. areolatus samples using the mitochondrial marker Cytochrome C oxidase subunit I (COI) gene and analyze hybridization events using the nuclear marker Recombination activating gene 1 (RAG1) gene.  A total of 19 samples morphologically identified as E. chlorostigma and E. areolatus, originating from North Maluku, West Nusa Tenggara, and Aceh, were analyzed. The COI sequence of 656 bp length successfully identified all samples as respective putative species with high similarities (98–100%) based on NCBI and BOLD databases, although several E. areolatus samples showed high similarity results with E. chlorostigma sequences from both databases. The interspecific genetic distance of the COI sequence was observed to be 0,071, enough to discriminate the two species. Phylogenetic reconstruction of COIand RAG1 genes consistently divided putative species into distinct clades. Phylogenetic tree of AG1 was recovered with low bootstrap value thus hybrid assumption cannot be proven. One polymorphic base site at 1120 bp with double peaks on the electropherograms was observed out of 1,492 bp of the RAG1 gene. E. areolatus sequences showed varying nucleotides between populations, while E. chlorostigma sequences showed monomorphic nucleotides. However, due to the small sample size, hybridization events cannot be inferred.

Abstrak :
Kementerian Kelautan dan Perikanan Indonesia menetapkan Lutjanus boutton sebagai salah satu spesies kakap yang diprioritaskan dalam manajemen perikanan Indonesia pada tahun 2021. Akan tetapi, L. boutton tidak termasuk ke dalam daftar Lutjanus sp. yang diperjualbelikan di pasar ikan Indonesia, melainkan hanya L. rufolineatus. Penelitian bertujuan untuk mengonfirmasi keberadaan kedua spesies berdasarkan jarak genetik dan potensi hibridisasi. Total 43 sampel telah melalui tahap ekstraksi DNA, PCR, elektroforesis, dan sekuensing. Analisis dilakukan dengan identifikasi, peta haplotipe, rekonstruksi pohon filogenetik, analisis sekuens, dan analisis morfometrik. Sebanyak 90,7% sekuens COI memiliki kemiripan hingga 100% dengan L rufolineatus, didukung oleh pembentukan klaster pada haplotipe, pohon filogenetik, dan analisis morfometrik PCA (principal component analysis). Analisis sekuens RAG1 menemukan ada lima situs polimorfik Y (C/T). Basa polimorfik Y di situs ke-5 yang ditemukan pada empat individu dari populasi Maluku Utara berpotensi sebagai indikasi adanya hibridisasi. Hal tersebut didukung oleh keberadaan empat dan dua individu Maluku Utara yang secara berturut-turut memiliki basa C dan basa T di situs ke-5. Meski demikian, empat individu Maluku Utara dengan potensi hibrid tidak dapat dikonfirmasi tanpa memvalidasi keberadaan L. boutton dengan galur murni sebagai parental dari hibrid generasi pertama. ......In 2021, the Ministry of Marine and Fisheries of Indonesia considered Lutjanus boutton one of the prioritized species in Indonesia's fishery management. However, L. boutton was not included in the list of Lutjanus sp. traded in Indonesia's fish markets, but instead, L. rufolineatus. Therefore, this research aims to confirm the occurrence of both species based on genetic distance and their hybridization potential. A total of 43 samples have proceeded through DNA extraction, PCR, electrophoresis, and sequencing. The analysis includes moleculr identification, haplotype networks, phylogenetic tree reconstruction, sequence analysis, and morphometric analysis. Identification result shows that 90,7% of COI sequences have high similarity up to 100% with L. rufolineatus, supported by clustering group type in haplotype network, phylogenetic tree, and PCA. Analysis of samples RAG1 sequence shows a total of five polymorphic sites of Y (C/T) base observed. The polymorphic base Y at the 5th site that was found in four individuals from the North Maluku population has the potential to be an indication of hybridization. This is supported by the presence of four and two North Maluku individuals who respectively have base C and base T at the 5th site. However, four individuals from North Maluku with hybrid potential could not be further confirmed in this research without validating the pure breed of L. boutton as the parent of the first hybrid generation.