Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Information on the variability and correlation between agronomic characters of mugbean accession with their yield are important for supporting breeding program of the plant.....

Abstrak :
ABSTRAK LATAR BELAKANG: Tatalaksana penyakit Graves (GD) lebih umum dilakukan dengan obat antitiroid, namun lebih dari 50% penderita GD dapat kambuh setelah kondisi remisi. Hal ini dapat dipengaruhi oleh faktor genetik dan lingkungan. Salah satu gen yang meregulasi respon imun GD adalah gen CD40 yang secara umum diekspresikan pada permukaan limfosit B. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik gen CD40 daerah 5?-UTR dan pengaruhnya terhadap kadar sCD40 dalam serum, serta peran faktor klinis dalam memengaruhi kekambuhan pada penderita GD. METODE: Penelitian ini merupakan studi kasus kontrol yang membandingkan 30 penderita GD yang kambuh dan 30 penderita GD yang tidak kambuh setelah obat antitiroid dihentikan. Analisis variasi genetik dilakukan dengan metode PCRRFLP dan pengukuran kadar sCD40 dalam serum dengan metode ELISA. Analisis statistik yang dilakukan adalah uji chi-square, uji t tidak berpasangan dan uji Mann Whitney, dengan kemaknaan p<0,05. HASIL: Variasi genotip dan alotip gen CD40 C/T-1 daerah 5?-UTR serta jenis kelamin tidak menunjukkan hubungan yang bermakna terhadap risiko kekambuhan GD (p>0,05), namun penelitian ini berhasil membuktikan adanya hubungan yang signifikan antara kadar sCD40 dalam serum (p<0,001) dan usia saat diagnosis (p=0,001) dengan risiko kekambuhan pada penderita GD. Hubungan antara variasi genotip gen CD40 dengan kadar sCD40 tidak menunjukkan perbedaan yang bermakna (p>0,05), namun genotip CC dan CT memiliki rerata kadar sCD40 yang lebih tinggi daripada genotip TT. KESIMPULAN: Variasi genetik gen CD40 C/T-1 daerah 5?-UTR tidak berperan dalam peningkatan kadar sCD40 dan risiko kekambuhan GD, namun kadar sCD40 dan usia diagnosis berperan pada kekambuhan GD.

---

ABSTRACT Background: The most common of Graves? Disease (GD) treatment is antithyroid drug but more than 50% patients can relapse after remission period. This can be influenced by genetic and environment factors. One of the genes that have regulation on immune response is CD40 gene in the surface of Lymphocyte B. The aim of this research to determine genetic variation in 5?-UTR CD40 gene, association to sCD40 level in serum, and the role of clinical factors that influence the risk for relapse in GD patients. Methods: This research is a case-control study comparing 30 relapse patients and 30 non-relapse patients after treatment with anti-thyroid drug was terminated. Genetic variation was analyzed with PCR-RFLP. Measurement of sCD40 level in the serum had been analyzed by ELISA method. Statistical analyses were chisquare, independent t-test, Mann-Whitney test, a two-tailed p value less than 0.05 was considered significant. Results: Genotype and alleles 5?-UTR CD40 gene variation as well as sex shown no association with risk for relapse (p>0.05), but sCD40 level in serum and age of diagnosis were considered significant with risk for relapse (p=0.001). Association between genotype variation in CD40 gene and sCD40 level were not significant (p>0.05) but sCD40 level in genotype CC and CT were higher than TT. Conclusions: Genetic variation in 5?-UTR CD40 gene has no role to increase sCD40 level and risk for relapse but sCD40 level in serum and age of diagnosis have a role for relapse in GD patients.

Abstrak :
Telah dilakukan penelitian untuk melihat variasi genetik pada jarak pagar (Jatropha curcas L.) yang berasal dari delapan daerah di Indonesia yaitu: Padang, Kupang, Merauke, Jayapura, Kendari, Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta. Penelitian dilakukan di Laboratorium Teknologi Gen, BPPT Serpong sejak bulan April 2007 sampai Mei 2008. Penelitian dilakukan sebagai langkah awal pencarian jarak pagar unggul dengan melihat variasi genetik menggunakan teknik amplified fragment length polymorphism (AFLP). Penelitian diawali dengan mengisolasi genom jarak, memotong DNA dengan dua enzim restriski (EcoRI dan MseI), mengamplifikasi secara selektif dengan 16 pasang primer selektif, dan menjalankan amplikon pada elektroforesis gel poliakrilamid, kemudian mewarnai gel dengan perwarnaan silver. Ukuran hasil pita yang didapatkan berkisar antara 150--1.000 pb. Hasil pita yang didapatkan berjumlah 8.494 pita. Rata-rata persentase polimorfisme yang diperoleh adalah 63,76% dari 16 pasang primer yang menunjukkan adanya variasi genetik pada setiap sampel. Pita spesifik dimiliki oleh setiap sampel yang berjumlah 120 pita dan dapat digunakan sebagai marka identitas setiap sampel. Dendogram menunjukkan bahwa kelompok Padang dan Merauke dapat dibedakan dengan kelompok Kupang, Jayapura, Kendari, Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta. Kelompok Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta menunjukkan kelompok rendemen minyak terendah (19--20%).

Abstrak :
Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A. ......The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector.

Abstrak :
Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml]. ......The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml].