Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Rekayasa genetika adalah proses yang melibatkan perubahan struktur genetik suatu organisme dengan menghilangkan, memasukkan, atau memodifikasi materi genetik yang terdapat pada objek yang dituju. Salah satu teknik rekayasa genetika adalah pengeditan gen. Metode pengeditan gen yang paling populer saat ini adalah CRISPR-Cas9 yang merupakan singkatan dari clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. Penelitian ini mengkaji aktivitas Cas9 dengan sgRNA dari bakteri Geobacillus kaustophilus secara in silico dan in vitro. Pada percobaan in silico digunakan metode molecular docking untuk mengkaji interaksi biomolekuler dengan variasi sgRNA yaitu spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; dan tracrRNA 63, 98, 140 nt. Didapatkan hasil bahwa perubahan panjang spacer, repeat, dan tracrRNA dapat mempengaruhi tingkat besar afinitas pengikatan yang terbentuk dalam kompleks YebF-Cas9-sgRNA dari Geobacillus kaustophilus. Panjang optimal dari hasil molecular docking secara afinitas dan posisi yaitu pada variasi spacer 30 nt dengan repeat 16 nt dan tracrRNA 98 nt serta besar afinitas pengikatan –419,24 kkal/mol. Sedangkan pada percobaan in vitro, enzim Cas9 rekombinan dilakukan fusi enzim pembawa YebF dan diuji aktivitasnya menggunakan metode gel elektroforesis dengan variasi suhu inkubasi pada 30°C dan 50°C serta variasi konsentrasi enzim yaitu 9,4 μM dan 20,1 μM. Dari hasil gel elektroforesis, belum dapat hasil yang signifikan baik dalam uji aktivitas, pengaruh variasi suhu, maupun pengaruh variasi konsentrasi enzim. ......Genetic engineering is a process that involves changing the genetic structure of an organism by removing, inserting, or modifying genetic material contained in the target object. One of the genetic engineering techniques is gene editing. The most popular gene editing method today is CRISPR-Cas9 which stands for clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. This study examines the activity of Cas9 with sgRNA from the bacteria Geobacillus kaustophilus in in silico and in vitro way. In the in silico experiment, the molecular docking method was used to study biomolecular interactions with variations in sgRNA, namely spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; and tracrRNA 63, 98, 140 nt. The results showed that changes in the length of the spacer, repeat, and tracrRNA can affect the level of binding affinity formed in the YebF-Cas9-sgRNA complex from Geobacillus kaustophilus. The optimal length of the molecular docking results in terms of affinity and position is in the variation of 30 nt spacer with 16 nt repeat and 98 nt tracrRNA and the binding affinity is –419.24 kcal/mol. While in the in vitro experiment, the recombinant Cas9 enzyme was fused with the YebF carrier enzyme and its activity was tested using the gel electrophoresis method with variations in incubation temperature at 30°C and 50°C and variations in enzyme concentration (9.4 μM and 20.1 μM). From the results of gel electrophoresis, there are no significant results were obtained in the activity test, the effect of temperature variations, or the effect of enzyme concentration variations.

Abstrak :
Daun Cassia alata digunakan tradisional mengobati gatal pada kulit dan menghilangkan jamur, dengan ditumbuk atau ditempel pada kulit yang sakit. Beberapa penelitian in vitro telah berpotensi sebagai antijamur Candida albicans. Pembuatan Formulasi daun Cassia alata dikembangkan dalam bentuk gel yang praktis dimana profil baik pada uji stabilitas dan dilanjutkan pada uji in vivo dengan menggunakan mencit pada dosis 2,5%; 1,25%; dan 0,625%, yang dilakukan pada 28 ekor mencit terbagi dalam 7 kelompok, yaitu kelompok kontrol normal (Gel Carbopol), kelompok kontrol negatif (Candida albicans), kelompok kontrol positif (Ketokonazol gel 2%), Kelompok kontrol Immunosuppressasn, Kelompok uji diberi Gel ekstrak etanol Cassia alata dosis tersebut. Pengujian dilakukan perhitungan berat badan, pakan dan minum dilakukan pengujian friedman, sig berturut p<0,005 terdapat perbedaan signifikan tiap minggu. Perhitungan jumlah koloni, hari ke-0 flora normal (sig:1.000,p>0,05). Hari ke-15 (sig:0.004,p<0.05) jumlah koloni naik yang diberi inokulasi jamur. Hari ke-19 (sig:0.307,p>0.05) koloni naik. Pada hari ke-23 (sig 0.031,p<0.05), koloni turun disetiap kelompok namun kontrol negatif naik. Pada hari ke-27 (sig:0.016,p<0.05), koloni turun, kelompok gel ekstrak 2,5% turun signifikan hampir setara dengan kelompok kontrol positif. Kadar immunoglobulin G (sig:0.171,p>0,05), hasil rerata turun dari kontrol negatif dibanding kelompok gel 2,5%. Interleukin 6 (sig:0.702,p>0.05), hasil rerata turun pada kelompok gel 2,5% dari kontrol negatif dibanding dosis gel lainnya dan lebih efektif dari kontrol positif. Interleukin 10 (sig:0.970;p>0.05), rerata terlihat naik dari kontrol negatif dibanding nilai rerata kelompok yang diberi ekstrak gel. Pada kelompok gel 2,5% terjadi peningkatan lebih besar, dan terdapat perubahan makroskopis pada organ lidah mencit pada tiap kelompok uji menunjukkan gel ekstrak etanol daun cassia alata dosis 2,5% memberikan hasil yang setara dengan aktivitas antijamur kontrol positif. Disimpulkan bahwa pemberian gel ektrak etanol daun Cassia alata menunjukkan aktivitas antijamur secara in vivo pada mencit dan memiliki potensi digunakan sebagai obat herbal pada infeksi mulut yang disebabkan oleh Candida albicans. ......Cassia alata leaves are used traditionally to treat itchy skin and eliminate fungus, by pounding or applying to the affected skin. Several in vitro studies have shown potential as an antifungal against Candida albicans. Cassia alata leaf formulation was developed in the form of a practical gel where the profile was good in the stability test and continued in the in vivo test using mice at doses of 2.5%; 1.25%; and 0.625%, which was carried out on 28 mice divided into 7 groups, namely the normal control group (Carbopol gel), negative control group (Candida albicans), positive control group (Ketoconazole gel 2%), Immunosuppressasn control group, The test group was given the dose of Cassia alata ethanol extract gel. Tests were carried out calculating body weight, feed and drink Friedman test, successive sig p <0.005 there are significant differences every week. Calculation of the number of colonies, day 0 normal flora (sig: 1,000, p>0.05). Day 15 (sig: 0.004, p<0.05) the number of colonies increased with fungal inoculation. Day 19 (sig: 0.307, p>0.05) colonies rose. On day 23 (sig 0.031, p<0.05), colonies decreased in each group but the negative control increased. On day 27 (sig: 0.016, p<0.05), the colonies decreased, the 2.5% extract gel group decreased significantly almost equivalent to the positive control group. Immunoglobulin G levels (sig: 0.171, p>0.05), the mean results decreased from the negative control compared to the 2.5% gel group. Interleukin 6 (sig: 0.702, p>0.05), the mean result decreased in the 2.5% gel group from the negative control compared to other gel doses and was more effective than the positive control. Interleukin 10 (sig: 0.970; p>0.05), the mean was seen to increase from the negative control compared to the mean value of the group given the gel extract. In the 2.5% gel group there was a greater increase, and there were macroscopic changes in the tongue organs of mice in each test group, indicating that the 2.5% dose of Cassia alata leaf ethanol extract gel gave results equivalent to the antifungal activity of the positive control. It is concluded that the administration of Cassia alata leaf ethanol extract gel shows antifungal activity in vivo in mice and has the potential to be used as an herbal medicine in oral infections caused by Candida albicans

Abstrak :
Gel electrophoresis adalah sebuah metode yang digunakan di laboratorium untuk memisahkan molekul seperti sampel DNA, RNA atau protein menjadi fragmen - fragmen berdasarkan ukurannya. Teknik ini dapat dilakukan dengan meletakkan sampel dalam gel agarosa dan menerapkan arus listrik untuk memulai pemisahan. Kegunaan yang cukup banyak telah menjadikannya sebagai eksperimen umum untuk diberikan kepada pelajar untuk dipelajari di laboratorium. Dikarenakan proses ini memerlukan waktu yang cukup signifikan, dan faktor kesalahan manusia memungkinkan untuk menambah durasinya, proyek ini bertujuan untuk menciptakan sebuah aplikasi yang memanfaatkan teknologi Augmented Reality (AR) sebagai at pembelajaran bagi para pelajar untuk mempelajari proses gel electrophoresis. Aplikasi ini dikembangkan menggunakan perangkat lunak Unity 3D dengan tambahan Software Development Kit (SDK) Vuforia. Fitur utama aplikasi ini termasuk mekanisme pemipetan yang interaktif, antarmuka pengguna atau user interface (UI) dengan tombol yang dapat diklik untuk melakukan tugas tertentu, simulasi proses gel electrophoresis yang realistis, dan tampilan teks untuk memandu pengguna mengenai langkah - langkah yang harus diikuti. Aplikasi ini juga dilengkapi dengan tombol atur ulang atau reset untuk mengembalikan aplikasi ke kondisi awal semula baik di akhir proses atau jika proses perlu dihentikan karena alasan tertentu. Investigasi mengenai pengaruh sudut pandang terhadap distorsi gambar telah dilakukan. Secara keseluruhan, dapat ditemukan bahwa aplikasi ini mampu mereplikasi proses pembelajaran mengenai proses gel electrophoresis dengan cukup baik. ......Gel electrophoresis is a method used in laboratories to separate molecules such as DNA, RNA or protein samples into fragments based on their size. This technique can be done by putting the samples in an agarose gel and applying an electrical current to initiate the separation. Its strong usefulness has resulted in it being a common experiment to be presented to students to learn in the laboratory. Since a single gel run can take a significant amount of time to complete, and human error may lengthen it, this project is aimed at creating an Augmented Reality (AR) application as a learning tool for students to study the gel electrophoresis process. It was developed using Unity 3D software with the Vuforia Software Development Kit (SDK). The main features of the application included an interactive pipetting mechanism, a user interface (UI) with clickable buttons to perform specific tasks, the realistic manner in which the gel electrophoresis process is simulated to occur, and a text display to guide the user on the steps to follow. It is also equipped with a reset button to restore the application to its original starting state either at the end of the process or if the process needed to be stopped for various reasons. Investigations on the effects of viewing angle on image distortion were made.  Overall, it has been found that the application is able to replicate the learning process of gel electrophoresis sufficiently well.

Abstrak :
Aragose Gel Electrophoresis (AGE) merupakansuatu teknikanalisisyang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk memisahkan suatu molekul asam nukleat (DNA) maupun protein atas ukurannya serta membandingkannya dari beberapa sampel untaianterpisah terhadap ukuran sampel yang telah diketahui untaiannya. Analisis ini menggunakan muatan listrik pada matrik jel agarose (Agarose Gel) untuk memberikan efek angkat dari muatan negatif arus listrik searah. Namun pemberian muatan arus listrik yang cukup tinggi akan menimbulkan kenaikan temperatur pada gel dan sering mengakibatkan hasil fragmen pada jel jenis low melting tidak dapat diamati secara sek sama. Penelitian ini memanfaatkan penggunaan modul Termoelektrik (TE) sebagai alat pemompa kalor dengan model desain bersifat isolator yang dapat mencegah proses pelelehan jel pada suatu muatan tertentu. Penggunaan 3 modul TE tersusun seri pada model rancangan alat AGE mampu mencapai temperatur efektif sehingga dapat diperoleh penghematan waktu proses pemisahan fragmen hingga sekitar 25% lebih cepat serta dapat menggunakan konsentrasi campuran jel hingga mencapai 0,5%

---

Abstract
Agarose Gel Electrophoresis (AGE) is a method used in molecular biology to separate a molecule mass of DNA or protein by size and to determine the size of the separate strands by comparison to strands known length using a DC electric field energy to drag negatively charge DNA. molecules through a low melting gel matrix, and the shorter molecules move faster than the longer ones since they are able to slip through the gel more easily. The high electric current leads unfortunately in high temperature of gel matrix and make s the fragment could not be observed precisely. In order to reduce high temperature, the Thermoelectric module (TE) was used as heat pump device, which also having surface characteristic as is olator that prohibits current leak in AGE device. Using a series connection of 3 TE modules, the model was able to give an effective temperature with the result in time process reduction is about 25% more faster and capable in using of gel concentration until 0.5%.

Abstrak :
Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan hidrogel poliakrilamida berpori yang stabil, dapat menyerap sejumlah besar urea dan air dengan cepat dan melepaskan urea dan air secara terkendali sehingga dapat digunakan sebagai media tanaman. Hasilnya adalah hidrogel poliakrilamida berpori berhasil disintesis melalui polimerisasi larutan inisiator redoks penambahan CaCO3, sebagai pembentuk pori. Semakin banyak CaCO3 yang ditambahakan, porositas hidrogel semakin besar.