Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 2 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Harahap, Larasati Vanya Indira
"Dengue adalah penyakit virus akut yang disebabkan oleh virus RNA dari famili Flaviviridae dan disebarkan oleh nyamuk Aedes betina. Setiap tahunnya terjadi sekitar 50 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebesar 22.000, kebanyakan pada kanak-kanak. Gejala yang muncul dapat berkisar dari demam tanpa gejala hingga komplikasi yang ditakuti seperti demam berdarah dan syok. Virus Dengue (DENV) memiliki empat serotipe yang berbeda, yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Hingga saat ini vaksin atau pengobatan yang efektif untuk menangani endemi demam berdarah dengue belum ditemukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam flavonoid sebagai inhibitor protease NS2B-NS3 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protease NS2B-NS3 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam flavonoid. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa flavonoid dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protease NS2B-NS3 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam flavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protease NS2B-NS3 DENV berdasarkan nilai Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa-senyawa dengan substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 yang memiliki nilai Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

Dengue is an acute viral disease caused by an RNA virus of the Flaviviridae family and is spread by the female Aedes mosquito. Every year there are about 50 million cases of dengue infection worldwide, with a death toll of 22.000, mostly in children. Presenting symptoms can range from asymptomatic fever to dreaded complications such as scarlet fever and shock. Dengue virus (DENV) has four different serotypes, namely DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. Until now, there is no effective vaccine or treatment to treat this endemic dengue hemorrhagic fever (DHF). This research aims to identify natural compounds flavonoids as protease inhibitors NS2B-NS3 on DENV virus serotypes 1–4 using in silico methods, to analyse the interaction between NS2B-NS3 protease and the flavonoid natural compound ligands, and to explain the pharmacokinetic processes which include Absorption, Distribution , Metabolism and Excretion (ADME), as well as toxicity characteristics of natural ligand compounds. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) website and the flavonoid compound ligands from the PubChem database. Screening for drug properties of the ligands was carried out using the OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were carried out using the rigid and induced fit docking protocol using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of ADME properties and drug toxicity was performed on the DataWarrior OSIRIS software, and pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of flavonoids have the potential to inhibit the DENV NS2B-NS3 protease based on its ?Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 with low ?Gbinding values, RMSD values below 2, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Justus Thomas Obiajulu Sievers
"Zika virus (ZIKV) adalah flavivirus yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes yang biasanya hanya menyebabkan gejala demam ringan pada orang dewasa yang sehat, tetapi membawa risiko cacat lahir yang tinggi pada fetus jika terinfeksi selama kehamilan. ZIKV bisa bermutasi dan kemungkinan untuk menyebar ke area baru. Dengan belum adanya vaksin Zika yang disetujui, bahan alam seperti xanthone yang didapatkan dari ekstrak dari tanaman seperti manggis merupakan salah satu agen antivirus yang menjanjikan. Studi ini mengkarakterisasi infektifitas strain ZIKV Indonesia, kemudian meneliti efek antivirus alpha-mangostin (a-M), sejenis xanthone yang diekstraksi dari kulit buah manggis, terhadap ZIKV dalam tiga skenario perlakuan. Infeksi dan pertumbuhan ZIKV di galur sel secara signifikan berbeda antar sel dan dari waktu ke waktu (two-way ANOVA p < 0,01 di semua assay) dan bereplikasi dengan baik di galur sel A549 dan ginjal, tetapi tidak pada galur sel HepG2 atau sel darah putih. a-M secara efektif mengurangi titer virus dalam skenario full- dan post-treatment dengan selektivitas yang baik (SI = 6,14, 3,31, masing-masing), tetapi kurang efektif dalam mengurangi protein virus intraseluler (SI = 2,21, 1,78, masing-masing), dengan ribavirin (sebagai control) menunjukkan lebih sedikit efek, tetapi selektivitas yang lebih baik di semua skenario. Molecular docking menunjukkan a-M mengikat dengan baik ke kantung protein yang relevan pada protein replikasi ZIKV: NS1, NS3-helicase dan RdRp. Studi ini menyimpulkan bahwa ZIKV Indonesia mempunyai sifat yang mirip dengan strain lain di dunia dan a-M adalah antivirus ZIKV yang menjanjikan dengan toksisitas yang relatif rendah, dan bekerja dengan menghambat replikasi ZIKV, namun masih perlu dikonfirmasi dengan penelitian lebih lanjut.

Zika virus (ZIKV) is a flavivirus transmitted by the bite of Aedes mosquitoes which usually causes only mild fever symptoms in healthy adults, but carries a high risk of birth defects in fetuses if infected during pregnancy. ZIKV has a history of mutations and is likely to spread to new areas. With no approved vaccine, xanthones in extracts from plants such as mangosteen represent promising antiviral agents. This study first characterized the infection patterns of the Indonesian ZIKV strain, then investigated antiviral effects of alpha-mangostin (a-M), a xanthone extracted from mangosteen pericarp, against it in three treatment scenarios. ZIKV infection progressed significantly differently between cells and over time (two-way ANOVA p < 0.01 in all assays) and replicated well in A549 and kidney cell lines, but not HepG2 or white blood cell lines. a-M effectively reduced viral titer in A549 in full and post treatment scenarios with good selectivity (SI = 6.14, 3.31, respectively), but was less effective in reducing intracellular viral protein (SI = 2.21, 1.78, respectively), with ribavirin showing less effect, but better selectivity in all scenarios. Molecular docking showed a-M binding well to pockets of interest on the ZIKV replication proteins NS1, NS3-helicase and RdRp. This study concludes that Indonesian ZIKV is similar to other strains in terms of cell line infectivity and a-M is a promising antiviral agent with relatively low toxicity, and works by inhibiting ZIKV replication, which should be confirmed with further research."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2022
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library