Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Enzim fosfatase alkali antara lain digunakan dalam teknik ?enzyme immunoassay?, untuk mengukur kadar sesuatu zat dalam cairan tubuh dalam jumlah yang sangat kecil. Dalam penelitian ini diusahakan isolasi dan pemurnian enzim fosfatase alkali dari E. coli. Identifikasi kuman dilakukan dengan agar Endo, agar darah, tes pewarnaan Gram, sifat-sifat biokimia, dan tes serologik. Untuk pemurnian enzim digunakan sonikator, kromatografi pertukaran ion dengan DEAE Biogel, dan kromatografi gel dengan Sephadex G-100. Kemurnian enzim diperiksa dengan elektroforesis pada membran selulosa asetat. Aktivitas enzim secara kuantitatif ditentukan dengan spektrofotometer, dan secara kuaLitatif dapat dilihat dengan agar substrat. Kadar protein diukur dengan metoda Lowry. Terhadap fraksi gel diteliti pengaruh suhu, pH, ion logam, dan jenis bufer atas aktivitas enzim. Demikian pula ditentukan nilai Km dan Vmax, serta reaksi hidrolisis tanpa dan dengan transfosforilasi. Hasil dan Kesimpulan: Kuman diidentifikasi sebagai E. coli non-patogen. Enzim diperoleh setelah fraksi gel dengan ,pemurnian 242 kali dan hasil 59%. Pada eLektroforesis ditemukan kadar protein enzim 52,8%. Enzim memiliki pH optimum 8,0, dan tidak stabil bila diinkubasi selama 1 jam diluar pH optimum. Aktivitas enzimeningkat secara Linier sampai suhu 45° C, dengan koefisien suhu 1,49. Enzim stabil pada inkubasi selama 20 menit pada suhu 25 - 45° C. Aktivitas enzim tidak dipengaruhi penambahan ion Mg dan Zn (0,01 M). Aktivitas meningkat dengan meningkatnya molaritas bufer, Vmax terbesar didapatkan dalam buffer Tris dan Km terkeciL pada bufer AMP. Reaksi hidrolisis dan transfosforilasi berlangsung pada bufer Tris dan AMP, sedangkan pada bufer glisin hanya terjadi reaksi hidrolisis.

---

Scope and Method of Study: The enzyme alkaline phosphatase is used among others in enzyme immunoassay, to enable the quantitation of a small amount of substances in body fluids. In this study, an attempt was carried out for the isolation and purification of the enzyme from E. coli. The bacteria was identified through culture on Endo and blood agar, Gram staining, biochemical tests, and serology. The bacteria were disrupted by ultrasonication, and the enzyme purified by ion exchange chromatography on DEAE Biogel followed by gel chromatography on Sephadex G-100. Enzyme purity was examined by electrophoresis on cellulose acetate. Enzyme activity was determined by spectrophotometry, and protein concentration was measured by the method of Lowry. The gel fraction was tested for the effect of pH, temperature, metal ion, and type of buffer. The Km and Vmax was measured, for hydrolysis with and without transphosphorylation. Findings and Conclusions: The bacteria was identified as non-pathogenic E. coli. After gel chromatography the enzyme was purified 242 fold, at 59%, yield. Electrophoresis revealed that the enzyme content was 52.8 %. The enzyme has a pH optimum of 8.0, and it was unstable on standing for 1 hour outside the pH optimum. Enzyme activity increased Linearly with temperature (to 45° C), with a temperature coefficient of 1.49. The enzyme is stable for 20 minutes at 5° - 45++ C, and the activity not influenced by Mg++ and Zn++ ions (0.01 M). The activity increased with increased molarity of the buffer, the highest Vmax was observed with Tris buffer, and the Lowest Km with AMP buffer. Hydrolysis and transphosphorylation occurred in Tris and AMP buffer, while in glycine buffer only hydrolysis was observed.

Abstrak :
Latar belakang: Respon tubuh terhadap Hipoksia hipobarik intermitten sering dimanfaatkan dalam proses pre-conditioning hipoksia. Hati sebagai penghasil energi utama dan tempat metabolisme tubuh sangat terdampak dari kondisi hipoksia. Tujuan: Menganalisa perubahan enzim metabolisme pada hati tikus yang mengalami hipoksia hipobarik intermitten. Metode: Tikus Wistar dibagi menjadi 5 kelompok (n=5 perkelompok). Kelompok kontrol diberikan perlakuan normoksia. Kelompok perlakuan diberikan induksi hipoksia hipobarik intermitten menggunakan hypobaric chamber pada ketinggian 25000 kaki selama 1,2,3 dan 4 kali. Tikus kemudian dikorbankan pada ketinggian 5000 kaki dan diukur aktivitas spesifik enzim LDH pada 450 nm. Hasil: Aktivitas spesifik enzim LDH pada jaringan hati yang mengalami hipoksia hipobarik intermitten meningkat secara signifikan (p<0,05), dengan peningkatan tertinggi pada 3 kali pajanan. Simpulan: Hipoksia hipobarik intermitten menyebabkan peningkatan aktivitas spesifik enzim LDH. ......Backgrounds: Body response to intermittent hypoxia hypobaric frequently used as pre-conditioning hypoxia. This condition affected the liver as an energy supplier and body metabolism location. Aim: Compare metabolism enzyme response in the liver that affected by intermittent hypoxia hypobaric. Methods: Mice were divided into five groups (n=5 per group). Control group was given normoxia condition. Meanwhile exposed groups were given 1, 2, 3, and 4 times hypoxia hypobaric intermittent exposure. The exposure was using a hypobaric chamber at 25,000 feet. All of the LDH specific activities in the liver were measured at 450 nm. Results: LDH specific activities in the liver increased significantly (p<0,05). The peak activity was found at 3 times hypoxia hypobaric intermittent exposure. Conclusion: LDH specific activities in the liver that affected by hypoxia hypobaric intermittent increased significantly.

Abstrak :
Salah satu hal mendasar di dunia science mengenai enzim adalah, penelitian untuk memprediksi pengaruh perpanjangan mutasi terhadap thermostabilitas enzim yang seringkali berkaitan dengan penelitian rekayasa enzime thermostabil. Masalah utama muncul ketika landasan untuk melakukan percobaan secara manual di laboratorium, prosedural pengerjaannya selalu dilakukan secara trial and error. Dana dan waktu yang terbuang untuk mendukung percobaan ini cukup besar, mengingat percobaan masih dilakukan secara manual dan juga faktor keberhasilan yang belum akurat. Hal ini yang mendasari diperlukannya suatu campur tangan secara komputerisasi untuk memberikan prediksi mengenai thermostabil enzim mutant yang diperbandingkan dengan wild type-nya(sebelum dimutasi). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperbandingkan keakurasian data yang diperoleh dari SVM terhadap data experimental yang dilakukan secara manual oleh Annaluru(2002) dan Salazar(2007). SVM (Support Vector Machine) adalah suatu metode Machine Learning yang digunakan dalam penelitian ini untuk memberikan prediksi stabilitas enzime termutasi. Data set yang digunakan untuk SVM berasal dari data yang di hasilkan sebagai output dari BLAST (Basic Local Alignment Tools). BLAST digunakan sebagai metode untuk me-mining data dari ke-14 family protein (Annaluru dan Salazar experimental data). Mining data dari ke-10 protein ditujukan untuk mendapatkan kumpulan protein mutant yang memiliki tingkat homologi >70% dari sekumpulan besar data 10 family protein yang belum jelas tingkat homologinya. Proses SVM dilakukan dua kali, yaitu SVM L20 Untuk residu asam amino yang berbeda dalam setiap pasang data sequence dalam data set dan SVM L400 Untuk sequence dengan komposisi dipeptida yang berbeda. Hasil akhir, SVM memberikan tingkat keakurasian yang tidak jauh berbeda, yaitu sebesar 86% untuk L20 (SVM berhasil mengidentifikasi 12 dari 14 jenis protein ) dan 79% untuk L400 (SVM berhasil mengidentifikasi 11 dari 14 jenis protein). keakurasian SVM yang hampir memprediksi dengan sempurna mengenai thermostabilitas enzime termutasi, dapat digunakan sebagai metode untuk meminimalisir kesalahan dan waktu yang terbuang dalam trial dan error prosedural experimental.

---

A basic question in protein science is to which extent mutations affect protein thermostability or not. This knowledge would be particularly relevant for engineering thermostable enzymes. In several experimental approaches, this issue has been serendipitously addressed. The big problem is, this manual experimental will waste high budget because it needs triall and error manual experimental procedure. Triall and error prosedural on the laboratory are used to find the best fits prosedural that will use to make the experimental succes, but needs more time and more budget. It would be therefore convenient providing a computational method that predicts when a given protein mutant is more thermostable than its corresponding wild-type. The purpose of this research is to compare the accuracy data from SVM with the data from experimental manual that was done by Annaluru(2002) and Salazar(2007). SVM (Support Vector Machine) is a machine learning methode that will used in this research as a predictor to predict the enzyme thermostability. BLAST (Basic Local Alignment Tools) are used as a data mining methode to extract data from 14 family protein (Annaluru and Salazar data experimental). From the outputs of the BLAST runs only aligned sequence pairs comprising a mesophilic and a thermophilic protein were selected. Only protein pairs sharing at least 70% of sequence identity were retained (a redundancy reduced dataset). we used SVM L20 (difference of the residue composition in each pair of the dataset) and SVM L400 (difference of the dipeptide composition in each pair of the dataset). When trained and tested on a redundancy reduced dataset (homology >70%), our predictor (SVM) achieves 86% accuracy for SVM L20 (classifies 12 out of 14 experimentally characterized protein mutants with enhanced thermostability from Annaluru and Salazar) .and 79% for SVM L400 (classifies 11 out of 14 experimentally characterized protein mutants with enhanced thermostability from Annaluru and Salazar). This accuracy from SVM are one of the reasonable way to used SVM as a methode to reduce the triall and error procedural because can give the prediction and reduce the failled experimental.

Abstrak :
"ABSTRACT
" Bromelain merupakan enzim proteolitik protease yang terdapat pada tanaman nanas Ananas comosus [L.] Merr . Bromelain banyak digunakan dalam aplikasi terapeutik, antara lain untuk pengobatan antitrombotik dan antiplatelet agregasi. Dalam penelitian ini, bromelain diisolasi dari bonggol nanas kemudian dimurnikan dengan fraksinasi amonium sulfat dan dilanjutkan dengan metode kromatografi kolom penukar ion. Aktivitas spesifik tertinggi fraksi bromelain hasil fraksinasi ammonium sulfat diperoleh pada tingkat kejenuhan 0-50 yaitu sebesar 261,79 U/mg dengan tingkat kemurnian 5,22 kali dari ekstrak enzim kasarnya. Pemurnian bromelain menggunakan kromatografi kolom penukar ion mampu meningkatkan aktivitas spesifik menjadi 274,7 U/mg dengan tingkat kemurnian 5,48 kali dari ekstrak enzim kasarnya. Uji parameter kinetika reaksi fraksi bromelain hasil pemurnian pada konsentrasi optimum diperoleh nilai Konstanta Michaelis-Menten Km dan kecepatan maksimum Vmaks masing-masing sebesar 1,03 w/v dan 0,6685 U/menit. Ion logam kalsium Ca2 dan ion magnesium Mg2 terbukti merupakan aktivator yang dapat meningkatkan aktivitas proteolitik enzim bromelain. Hal ini mengindikasikan bahwa bromelain bonggol merupakan golongan protease sistein. Kata Kunci : bromelain, nanas, kromatografi penukar ion, aktivitas enzim, aktivator ion logam, kinetika "

---

" "ABSTRACT
" Bromelain is proteolytic enzymes proteases present in pineapple plants Ananas comosus L. Merr . This enzyme has been widely used in therapeutic applications, among others for the treatment of antithrombotic and antiplatelet aggregation. In this study, bromelain was isolated from the pineapple core and then purified by fractionation using ammonium sulfate and followed by ion exchange column chromatography. The highest specific activity of bromelain obtained at 0 50 saturation level with the value of 261,79 U mg and purity level 5,22 times compared to crude enzyme extract. Purification of bromelain using ion exchange column chromatography increases the specific activity to 274,7 U mg with a purity level of 5,48 times compared to crude enzyme extract. The assay of kinetic parameters of the reaction of the purified bromelain fraction at the optimum concentration was obtained by Michaelis Menten Km and maximum velocity Vmax of 1,03 w v and 0,6685 U min, respectively. Calcium metal ions Ca2 and magnesium ions Mg2 are shown to be activators that can increase proteolytic activity of bromelain enzymes. This indicates that bromelain bonggol is a class of cysteine proteases.

Abstrak :
Caesalpinia coriaria Jacq. Willd. tanaman Dewi merupakan salah satu dari 500 lebih jenis suku Caesalpiniaceae. Penelitian kandungan fitokimia dan efek farmakologis terhadap jenis ini masih terbatas meskipun tanaman ini telah dimanfaatkan secara tradisional. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi dari ekstrak kulit batang C. coriaria dalam menghambat aktivitas arginase. Simplisia kulit batang tanaman dewi diekstraksi bertingkat menggunakan pelarut n-heksana, etil asetat, dan metanol secara refluks. Masing-masing ekstrak diuji penghambatannya terhadap aktivitas arginase dan dilakukan penetapan kadar flavonoid total serta penapisan fitokimia dari ekstrak yang memiliki aktivitas penghambatan. Hasil uji penghambatan aktivitas arginase menunjukkan bahwa ekstrak etil asetat dan metanol dengan konsentrasi 100 g/mL memberikan rata-rata nilai penghambatan sebesar 14,43 dan 33,59 berturut-turut. Kandungan total flavonoid dalam ekstrak etil asetat dan metanol berturut-turut adalah 6,30 dan 7,75 mgQE/gram sampel. Pada penapisan fitokimia yang dilakukan, diketahui bahwa ekstrak etil asetat mengandung golongan senyawa flavonoid, tanin, saponin, dan steroid. Sementara, ekstrak metanol mengandung golongan senyawa flavonoid, tanin, dan saponin. Dari penelitian ini, disimpulkan bahwa ekstrak kulit batang C. coriaria memiliki potensi aktivitas penghambatan aktivitas arginase yang rendah.

---

Caesalpinia coriara Jacq. Willd. Dewi tree is one of over 500 species of Caesalpiniaceae family with a very minimum research about its phytochemical content and pharmacological effect although it has been already used traditionally. This research aims to gain information about the potency of bark extract of Caesalpinia coriaria Jacq. Willd in inhibiting arginase activity. Bark of Dewi tree was extracted under reflux condition with n hexane, ethyl acetate, and methanol. Each extract was tested its activity in inhibiting arginase activity. Total flavonoid and phytochemical content were determined from the most active extract. Arginase activity inhibition test showed that ethyl acetate and methanol extracts had an average inhibition value of 14.43 and 33.59 , respectively on concentration of 100 g mL. The total flavonoid content of ethyl acetate and methanol extract was 6.30 and 7.75 mgQE gram sample, respectively. In phytochemical screening test, the results showed that ethyl acetate extract contains flavonoid, tannin, saponin, and steroid. Meanwhile, methanol extract contains flavonoid, tannin, and saponin. The conclusion of this research is C. coriaria bark extracts had low potency of activity as arginase inhibitor.