Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
ABSTRAK
Deman dengue merupakan penyakit viral pada manusia yang disebabkan oleh infeksi virus dengue DENV . Infeksi ini pada beberapa orang juga dapat berkembang ke fase demam yang lebih akut yakni pada fase dengue hemorrhagic fever DHF dan dengue shock syndrome. DHF dan DSS dilaporkan menyebabkan 2,5 kematian dari 500.000 kasus klinis yang telah diketahi. Pengembangan antiviral untuk infeksi DENV seringkali mengalami kendala. Hal ini disebabkan karena DENV memiliki lebih dari satu jenis serotipe. Pengembangan sebuah antiviral yang dapat menangani infeksi dari semua jenis serotipe DENV sangatlah diperlukan. Antiviral ini dapat dikembangkan melalui inhibisi protein inang yang terlibat dalam siklus hidup DENV. Salah satu protein inang yang dapat dijadikan target adalah enzim ?-glucosidase I. Enzim ini memiliki peran penting dalam proeses pematangan envelope glikoprotein dari DENV. Pengembangan antiviral berbasis penautan fragmen secara in silico dapat menghasilkan kandidat obat terbarukan dengan afinitas pengikatan yang baik. Pada penelitan ini, senyawa kastenospermina telah ditautkan dengan fragmen potensial terbaik hasil simulasi penambatan pangkalan data fragmen. Hasil simulasi penambatan perpustakaan fragmen menunjukkan bahwa fragmen dengan nomor ID ZINC00549950 adalah kandidat terbaik untuk ditautkan dengan kastenospermina. Simulasi penautan kastenospermina dan fragmen ZINC00549950 dilakukan dengan MOE 2014.09. Penautan ini menghasilkan 127 ligan yang kemudian akan ditautkan kembali pada sisi aktif ?-glucosidase I. Hasil simulasi penambatan ini menunjukkan bahwa ligan dengan kode LRS 28 adalah ligan terbaik dari semua ligan termodifikasi dengan nilai ?Gbinding sebesar -53,8 Kkal/mol. Prediksi karakteristik drug-likeness dan toksisitas juga menunjukkan bahwa LRS 28 adalah kandidat antiviral yang baik sebagai inhibitor ?-glucosidase I. Hasil dinamika molecular juga menunjukkan bahwa komplek glu I dan LRS 28 cukup stabil pada temperature 310 K dan 312 K ditinjau dari nilai RMSD dan interaksi asam amino yang dibentuk pada akhir simulasi.

---

ABSTRACT
Dengue fever is a viral disease in humans caused by dengue virus DENV infection. This infection in some people can also develop into a more acute phase of fever that known as dengue hemorrhagic fever DHF and dengue shock syndrome DSS . DHF and DSS are reported to causing 2.5 of deaths from the 500,000 clinical cases that have been reported. The development of antivirals for DENV infection is often constrained. This is occured because DENV has more than one type of serotype. The development of an antiviral that can cure the infection of all DENV serotypes is necessary. This antiviral can be developed through inhibition of host proteins involved in the DENV life cycle. One of the target host proteins is glucosidase I Glu I . This enzyme plays an important role in the proliferation of envelope glycoprotein of DENV. The development of antiviral based on fragment linking could generates novel drug candidates with good binding affinity. In this study, the castenospermine compound were linked with the best potential fragment from docking simulation of the fragment library. The docking simulation result of fragment library showed that fragment with ID number ZINC00549950 was the best candidate to link with castenospermine. The linking simulation between castenospermine and fragment ZINC00549950 was performed with MOE 2014.09. This linking generated 127 ligands which are then re docked to the active side of glucosidase I. The result of this re docking simulation showed that the LRS 28 ligand is the best ligand of all modified ligands with a value of Gbinding 53,8 Kcal mol. The drug likeness and toxicity properties prediction also showed that LRS 28 is a good antiviral candidate for glucosidase I inhibitor. The dynamic simulation indicated the LRS 28 and Glu I complex is stable enough based on RMSD value and protein receptor LRS 28 interaction that formed at the end of simulation.

Abstrak :
Infeksi Dengue merupakan penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue DENV . Hingga saat ini belum ada antivirus spesifik untuk infeksi DENV. Diketahui bahwa derajat viral load berkaitan dengan keparahan penyakit. Curcuma longa L. kunyit dengan senyawa aktif utama kurkumin diketahui memiliki aktivitas antivirus terhadap DENV secara in vitro. Penelitian ini merupakan studi awal untuk mengetahui efek antivirus ekstrak C. longa terhadap DENV-2 dan toksisitas akut di organ hati dan ginjal pada mencit ddY. Tahap pertama dilakukan uji toksisitas akut oral ekstrak C. longa pada mencit ddY untuk mengetahui LD50. Dosis aman yang diperoleh digunakan untuk uji toksisitas organ hati dan ginjal mencit dengan pengamatan histopatologi serta biokimia SGPT, SGOT, ureum, kreatinin . Kedua dilakukan uji potensi ekstrak C. longa terhadap sel Huh7it-1 terinfeksi DENV-2 pada mencit ddY. Ekstrak C. longa diberikan peroral dosis 0.147 mg untuk tiap mencit dua jam setelah inokulasi sel terinfeksi secara intraperitonial. Serum dikoleksi dari intraorbital pada jam ke-6 dan jam ke-24 setelah inokulasi. Titer virus dinilai dengan metode focus assay. Berdasarkan hasil uji toksisitas akut oral ekstrak C. longa hingga dosis 7500 mg/kgBB tidak ada kematian. Pemeriksaan histopatologi menunjukkan tidak ada kelainan spesifik pada organ hati dan ginjal. Tidak ada peningkatan nyata kadar SGPT, SGOT, ureum, dan kreatinin. Ekstrak C. longa menurunkan titer virus dibandingkan kontrol. Hasil penelitian ini membuktikan ekstrak C. longa tidak toksik terhadap ginjal dan hati mencit serta memiliki efek antivirus terhadap DENV-2.

---

Dengue infection, caused by Dengue Virus DENV , is one of endemic diseases in tropical and subtropical region. Until now, there is no specific antiviral for dengue infection. It is known that the degree of viral load is related to disease severity. Curcuma longa L. tumeric with curcumin as major active compound has been identified for its antiviral effect for dengue in vitro. This study was a preliminary study to determine antiviral effect of C. longa extract on DENV 2 and its acute toxicity in ddY mice liver and kidney. The acute oral toxicity of C. longa extract was observated to determine LD50. The safe doses obtained were used for toxicity tests of liver and kidney with histopathological and biochemical observations SGPT, SGOT, urea, creatinine . The antiviral effect of C. longa exstract was tested using ddY mice inoculated intraperitoneally with Huh7it 1 cells infected by DENV 2. The C. longa extract was given orally dose 147 mg for each mice two hours after infection. Serum was collected from intraorbital at 6 hours and 24 hours after infection.Viral load was assessed by focus assay method. Based on acute oral toxicity test results C. longa extract up to dose 7500 mg kgbw there was no demise. Histopathological examination showed no specific abnormalities in liver and kidney organ. There was no significant increase in levels of SGPT, SGOT, urea, and creatinine. Extract C. longa lowered the viral titer compared to controls. The results of this study prove that C. longa extract was not toxic mice liver and kidney as well as had antiviral effect against DENV 2.

Abstrak :
Infeksi DENV masih menjadi masalah kesehatan masyarakat di Indonesia karena dapat menyebabkan penyakit berat dan bahkan mungkin berakibat fatal. Pengembangan vaksin rekombinan dengan antigen yang mampu dengan efektif menginduksi respon imun perlu untuk dikembangkan. Kesesuaian genotipe yang digunakan di vaksin dan genotipe yang beredar di suatu wilayah berimplikasi terhadap keberhasilan pengembangan vaksin. Plasmid rekombinan yang dirancang berdasarkan gen prM-E DENV-2 strain 151 diekspresikan di Pichia pastoris strain X-33. Telah dilakukan optimasi ekspresi dan antigenisitas protein rekombinan prM-E. Diperoleh 4 koloni P. pastoris rekombinan dengan fenotipe Mut . Hasil SDS-PAGE dan Western blot menunjukkan protein telah berhasil diekspresikan pada ukuran 50 kDa. Kondisi ekspresi optimum protein rekombinan prM-E DENV-2 yaitu pada konsentrasi metanol 1 dengan waktu inkubasi 48 jam. Protein rekombinan prM-E DENV-2 dikenali oleh antibodi anti- prM-E DENV-2 dan bereaksi silang dengan antibodi anti-prM-E DENV-1, DENV-3, serta DENV-4. Protein rekombinan prM-E DENV-2 yang diperoleh dapat digunakan sebagai antigen dalam pengembangan vaksin protein rekombinan dengue strain Indonesia. ......DENV infection is still a public health problem in Indonesia because it can cause severe illness and may even be fatal. Development of recombinant vaccine with antigens capable of effectively inducing an immune response needs to be developed. The suitability of genotypes used in vaccines and genotypes circulating in a region has implications for the successful development of vaccines. Construction of a recombinant plasmid based on prM E gene of DENV 2 strain 151 was used for expression in Pichia pastoris strain X 33. Optimization and antigenicity of DENV 2 prM E recombinant protein were tested. Four Mut phenotypes were generated. SDS PAGE and Western blot analysis showed that the protein was expressed with a molecular weight of 50 kDa. Optimal protein expression level occurred at concentration of 1 methanol with 48 hours incubation time. DENV 2 prM E recombinant protein was recognized by anti prM E DENV 2 and also showed cross reaction with anti prM E DENV 1, DENV 3, and DENV 4 antibodies. Thus, the DENV 2 prM E recombinant protein can be used as an antigen in the development of the recombinant protein vaccine of the dengue strains of Indonesia.

Abstrak :
Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang tersebar luas di wilayah tropis dan subtropis di dunia. DENV merupakan virus RNA rantai tunggal yang mengkode tiga protein struktural, tujuh protein non-struktural, dan dua daerah yang tidak ditranslasikan (UTR). Protein non-struktural 1 (NS1) DENV diketahui memiliki peran yang sangat penting dalam patogenesis infeksi DENV dan sebagai pengembangan vaksin dengue yang menjanjikan. Saat ini, pengembangan vaksin baru dengan DNA yang diimunisasikan memberikan perspektif baru karena aman, stabil, dan imunogenik. Pada penelitian sebelumnya, kami telah berhasil mengonstruksi vaksin rekombinan DNA yang mengkode protein NSI dari DENV-2 (pUNS1) dan diekspresikan secara in-vitro. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan analisis lebih lanjut untuk melihat kemampuan pUNS1 dalam menginduksi respons imun humoral dengan imunisasi in-vivo. Sebanyak 16 mencit Balb/c yang berumur 4 minggu diimunisasi sebanyak 3 kali dengan 100 μg pUNS1 atau pUMVC4.a dalam interval waktu 1 minggu. Pengambilan sampel darah mencit dilakukan sebelum imunisasi dan dilakukan terminasi 1 minggu setelah imunisasi terakhir. Titer antibodi dari serum masing-masing mencit diukur dengan ELISA in-house. Titer IgG total, antibodi subkelas IgG2a dan IgG2b dari kelompok mencit yang diimunisasi dengan rekombinan pUNS1 menunjukkan perbedaan yang signifikan antara serum pre-imunisasi dengan terminasi. Hal ini membuktikan kemampuan pUNS1 dalam menginduksi respons imun humoral terhadap NS1 DENV-2 secara in-vivo

---

Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) is an infectious disease caused by the dengue virus (DENV) which spread widely in tropical and subtropical regions of the world. DENV is a single-positive strand RNA virus which encodes three structural proteins, seven non-structural proteins, and two untranslated regions (UTR). The non-structural protein-1 (NS1) of DENV is known to have important role in dengue pathogenesis also promising to be developed as dengue vaccine. Lately, novel vaccine approach by DNA immunization have given new perspective for a safe, stable, and immunogenic vaccine platform. Previously, we have successfully construct DNA vaccine encoding NS1 protein of DENV2 (pUNS1) which express recombinant NS1 protein in-vitro. Thus, in this current study the ability of pUNS1 to induce humoral immune response will be further analyzed by in-vivo immunization. Sixteen Balb/c mice aged of 4 weeks were immunized 3 times with 100 μg of pUNS1 or pUMVC4.a on 1 week time interval. Blood sampling was carried out just before immunization and termination was done 1 week after last immunization. Titer from individual mice sera against DENV-2 were measure with in-house ELISA. Total IgG titers, subclass IgG2a, and IgG2b antibodies from mice group immunized with recombinant pUNS1 showed a significant difference between pre-immunization and terminated serum. This is proven the ability of pUNS1 to induce humoral immune response against NS1 DENV-2 in-vivo.

Abstrak :
Sebaran kasus DBD di setiap wilayah kerja Puskesmas Bogor berbeda-beda, ada yang turun, stagnan, bahkan naik. Padahal kebijakan yang diberikan kepada setiap Puskesmas sama. Hal ini mengindikasikan adanya faktor lain yang mempengaruhi kesuksesan pengelolaan program. Untuk itu, penelitian ini ditujukan untuk mendapatkan gambaran pengelolaan Program P2DBD yang ideal antara Puskesmas ?X? yang trennya turun dan Puskesmas ?Y? yang trennya naik. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan disain Rapid Assesment Procedure (RAP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengelolaan program yang ideal harus didukung oleh kepemimpinan yang memadai, pelibatan aktif masyarakat, dan kemitraan lintas sektor. Oleh karena itu, peneliti menyarankan agar faktor-faktor tersebut diperhatikan dalam pengelolaan program.

---

The spread of DBD cases is different on each sub districts, there are down, stagnant, or even ride. Beside, this policy is provided to all public health care together. This indicates the existence of other factors that influence the success of program management. Therefore, this study aimed to obtain the ideal form of P2DBD program management between the public health center "X" that have a down trend and the public health care "Y" that have a rise trend. This study uses a qualitative approach with a Rapid Assessment Procedure as the study design. The results showed that the ideal program management must be supported by adequate leadership, active community involvement, and partnerships in across sectors. Therefore, researchers suggest that these factors must be considered in program management.

Abstrak :
ABSTRAK
Penyakit dengue yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan masyarakat yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropis. Virus dengue (DENV) memiliki empat serotype (DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4) dan DENV-3 merupakan virus dengue yang besar penyebarannya di Indonesia. Untuk mengurangi terjadinya insidensi penyakit dengue, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Pengembangan vaksin yang dilakukan ialah secara in silico, dengan merancang vaksin dengue virus yang bersifat tetravalent menggunakan protein envelope (E) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope T cell ditentukan melalui server MULTIPRED dengan metode algoritma HMM dan prediksi epitope B cell dilakukan melalui Conformational Epitope Prediction server (CEP). Epitope T cell dari virus dengue serotype 1, 2, dan 4 disubstitusi ke dalam backbone DENV-3 sehingga didapatkan enam rancangan sekuens peptide vaccine dengue (vaksin HMM1-6). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui program BLAST dan menghasilkan 93% identity. Hasil struktur tiga dimensi protein dari homology modelling dengan server SwissModel, baik First Approach Mode maupun Optimise Mode, kualitasnya sudah baik karena plot residu non glisin yang ada pada disallowed region jumlahnya lebih kecil dari 15% jumlah seluruh residu protein. Vaksin HMM4 (2-4-1) dan vaksin HMM6 (4-2-1) merupakan struktur vaksin yang memiliki similaritas struktur paling besar dengan nilai score-nya 64.5, hasil pembandingan struktur dengan program VAST. Sehingga dapat dikatakan vaksin HMM4 dan vaksin HMM6 adalah rancangan vaksin paling baik, didasarkan similaritasnya dengan struktur protein E DENV-3 native.

Abstrak :
Virus dengue (DENV) telah menyebar luas di berbagai penjuru dunia, terutama pada daerah beriklim tropis. Pengobatan yang efektif terhadap infeksi DENV belum tersedia walaupun telah dikembangkan beberapa kandidat vaksin. Pengobatan yang dilakukan saat ini hanya untuk mengurangi gejala sakit dan mengurangi risiko kematian. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral. Protein envelope merupakan salah satu protein struktural DENV yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral dan berperan khusus dalam proses fusi. Penelitian ini bertujuan untuk screening peptida siklis komersial yang digunakan sebagai inhibitor protein envelope DENV melalui molecular docking dan molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K. Screening 301 peptida siklis komersial melalui molecular docking menghasilkan 10 ligan terbaik dan berdasarkan interaksi ikatan hidrogen dan kontak residu pada cavity protein envelope didapatkan tiga ligan terbaik yang dapat memasuki cavity protein envelope secara keseluruhan. Ketiga ligan tersebut diuji melalui ADME-Tox dan didapatkan ligan terbaik, yaitu BNP (7-32), porcine. Hasil simulasi molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K menunjukan bahwa ligan dapat mempertahankan interaksi dengan cavity target, sehingga ligan BNP (7-32), porcine dapat dijadikan kandidat antiviral untuk DENV. ......Dengue virus ( DENV) has spread throughout the world, especially in tropical climates. Effective treatment of DENV infection is not yet available although several candidate vaccines have been developed. Treatment at this time is only to reduce symptoms and reduce the risk of death. Therefore, antiviral treatment is very needed. Envelope Protein is one of the structural proteins of DENV which is known could be a target of antiviral inhibitors and plays a special role in the fusion process. This research aims to screen the commercial cyclic peptides which are used as inhibitors of envelope protein DENV through molecular docking and molecular dynamics at 310K and 312K. Screening of commercial cyclic peptides through molecular docking ligands obtained best 10 ligands then examined the interaction between hydrogen bonding and residue contacts of the cavity envelope protein and obtained best three ligands which could enter the cavity of envelope protein overall. The three ligands were predicted through the ADME-Tox and obtained the best ligands, namely BNP (7-32), porcine. The results of molecular dynamics simulations at 310K and 312K revealed that ligand can maintain interaction with the cavity of the target.

Abstrak :
ABSTRACT
Latar Belakang: Penyakit demam dengue telah menjadi sebuah isu kesehatan yang mencemaskan di seluruh dunia, terutama di negara-negara berkembang layaknya Indonesia. Sampai saat ini, masih belum ditemukan antivirus yang efektif untuk membasmi virus dengue 1-4 DENV 1-4 . Ekstrak daun Cassia alata telah dikenal karena bahan-bahan dasarnya yang memiliki potensi sebagai antivirus.Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk meneliti efek ekstrak daun Cassia alata terhadap replikasi DENV-2.Metode: Ekstrak Cassia alata dengan beberapa konsentrasi yang berbeda 320 ?g/mL, 160 ?g/mL, 80 ?g/mL, 40 ?g/mL, 20 ?g/mL, dan 10 ?g/mL dengan DMSO 0.1 sebagai kontrol negatif diujikan kepada sel Huh7 yang telah diinfeksi DENV-2 untuk meneliti kemampuan antiviralnya terhadap sel. Viabilitas sel akan dinilai dengan menggunakan MTT assay. Sedangkan persentasi inhibisi virus dievaluasi menggunakan Focus assay dengan melalui prosedur immunostaining.Hasil: Ekstrak Cassia alata pada sel Huh-7 memiliki nilai CC50 32,3 terhadap DENV-2.Kesimpulan : Ekstrak daun Cassia alata terbukti memiliki aktivitas antiviral yang sangat poten ketika diujikan terhadap DENV-2.

---

ABSTRACT
Background Dengue fever has been causing health related issues and distress all around the world, especially in developing countries such as Indonesia. Up to date, there has yet to be an effective antiviral to eliminate Dengue Virus Serotype 2 DENV 2 . Cassia alata leaves extract are known for its rich compounds that are thought to be beneficial as an antiviral.Aim This research is done to evaluate effects of Cassia alata leaf extracts on the replication of dengue virus serotype 2.Methods The Cassia alata extracts were tested upon Huh7 cells that are infected with DENV 2 and various concentrations of the extract 320 g mL, 160 g mL, 80 g mL, 40 g mL, 20 g mL, and 10 g mL were given to treat the cells, with DMSO 0.1 as a negative control. Cell viability was assessed using MTT Assay and the viral inhibition was evaluated using Focus Assay, through immunostaining procedure.Result The extract on Huh 7 cells had a CC50 of

Abstrak :
Dengue virus (DENV) merupakan salah satu virus yang masuk kedalam genus Flavivirus (famili Flaviviridae). Infeksi DENV dapat bersifat subklinis, infeksi pada satu tipe DENV tidak dapat memberikan kekebalan protektif terhadap tipe DENV lainnya. Hingga saat belum ditemukannya obat antiviral yang efektif untuk mengobati infeksi DENV dan terapi yang digunakan hanya sebatas penggantian cairan tubuh. Upaya yang dilakukan untuk pencegahan infeksi DENV terpaku pada pemberantasan vekctor DENV yaitu nyamuk Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). Penelitian ini mencari inhibitor enzim non-struktural NS5 RNA-dependent RNA-polymerase secara in silico melalui pendekatan penapisan virtual. ......Dengue virus (DENV) is one of the viruses that belongs to the genus Flavivirus (family of Flaviviridae). DENV infection can be subclinical, infection in one type of DENV cannot provide protective immunity against other types of DENV. Until when it was not found effective antiviral drugs to treat DENV infections and therapy used only limited to replacement of body fluids. Efforts made to prevent DENV infection are fixated on DENV vector eradication, namely Aedes sp. (Bhatt et al., 2013). This study sought in silico NS5 RNA-dependent RNA-polymerase non-structural enzyme inhibitors through a virtual screening.

Abstrak :
ABSTRAK
Infeksi virus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia, terutama Negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrika dan amerika. Berdasarkan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia setiap tahunnya.. Untuk mengatasi masalah tersebut perlu ditemukan solusi baru untuk mengontrol virus dengue tesebut dan salah satunya dengan menemukan obat baru. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membuat desain dari obat tersebut. Derivat dari Ribavirin dan GTP dapat dijadikan suatu antiviral drug bagi virus dengue khususnya dalam menginhibisi aktivitas enzimatis dari metiltransferase yang berperan dalam mesintesis cap-RNA virus dengue. Jika dibandingkan dengan interaksi senyawa obat sebelumnya (RTP) maupun interaksi GTP (RNA) dengan metiltransferase, hasil molecular docking ligan-ligan yang berasal dari modifikasi senyawa derivat dari GTP dan RTP seperti viramidin, xantosin dan inosin terbukti memiliki aktivitas yang baik pada metiltransferase baik dari segi afinitas (kcal/mol) maupun interaksinya dengan residu-residu penting dari sisi aktif metiltransferase.

---

ABSTRACT
Dengue virus infection is a health issue facing the world, especially tropical and subtropical countries like Asia, Africa and America. Based on data collected by the WHO there are an estimated 50-100 million cases of dengue infection worldwide every year. To overcome these problems, we need new solutions to control the dengue virus proficiency level and one of them can be achieved by finding new drugs. The purpose of this research is to design it. Ribavirin and GTP derivatives can be used as an antiviral drug design for dengue virus, especially in inhibition of enzymatic activity of the methyltransferase that is involved in synthesizing cap-RNA dengue virus. When compared with previous drug interaction compound (RTP) and the interaction of GTP (RNA) with a methyltransferase, the results of molecular docking ligands derived from modified derivatives of GTP and RTP like viramidine, xanthosine dan inosine show good activity on methyltransferase both in terms of affinity (kcal/mol ) and its interactions with important residues of the methyltransferase?s active site.