Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Kondisi iklim tropis Indonesia menyebabkan Indonesia menjadi salah satu kontributor kasus infeksi DENV terbanyak. Saat ini diperlukan pengembangan vaksin yang harus didasari oleh studi filognetik virus, khususnya DENV serotipe 2 (DENV-2) yang merupakan DENV serotipe paling dominan di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa perbandingan sekuens dan filogenetik nukleotida Envelope lengkap dengan Domain III. Sejumlah 42 data diambil dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa sekuens whole genome DENV-2. Sekuens tersebut diolah dengan software Genetyx 5.1. Hasil penelitian menunjukan strain Indonesia merupakan genotipe Cosmopolitan. Sedangkan analisis filogenetik Envelope lengkap dan Domain III menunjukkan perbedaan. Genotipe Asia II menjadi bagian genotipe American pada analisis filogenetik Domain III. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa filogenetik Domain III saja tidak dapat digunakan untuk penentuan genotipe.

---

Indonesia's tropical climate conditions caused Indonesia become one of the largest contributors of DENV infection. Currently, we required the development of a vaccine that must be based on studies phylogenetic virus, in particular 2 DENV serotypes (DENV-2) which is the most predominant serotype DENV in Indonesia. This study aims to analyze the nucleotide sequence comparisons and phylogenetic complete Envelope with Domain III. A total of 42 data retrieved from GenBank and the Laboratory of Microbiology, Faculty of Medicine, University of Indonesia in the form of whole genome sequences of DENV-2. The sequence processed with GENETYX 5.1 software. The results showed Indonesia strain is part of Cosmopolitan genotype. Whereas the Envelope epitope analysis and the Domain III epitope analysis show significant differences. Genotype Asian II became part of the American genotype on phylogenetic analysis of Domain III. From the results of this study concluded that the phylogenetic domain III alone cannot be used for the determination genotpe.

Abstrak :
Infeksi virus Dengue (DENV) masih menjadi masalah kesehatan dunia termasuk Indonesia, mengamcam lebih dari 150 ribu jiwa setiap tahunnya. Meski berbagai usaha preventif konvensional telah dilakukan, angka keparahan tetap tidak jauh berkurang. Karena itu, vaksin dikembangkan sebagai usaha preventif yang efektif sekaligus efisien. Sayangnya, jumlah studi filogenetik yang mendukung pengembangan vaksin saat ini masih terbatas. Untuk itu, penelitian ini dilakukan dengan menganalisis sekuens nukleotida dan asam amino protein Non Struktural-1 (NS-1) pada bagian epitope. Analisis dilakukan dari data yang dikumpulkan melalui GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 29 sekuens diolah menggunakan program Genetyx 5.1. Hasil analisis menunjukkan persebaran filogenetik berdasarkan nukleotida NS-1 strain Indonesia yang berada pada Genotipe I dan IV dan tidak berbeda dengan filogenetik berdasarkan gen envelope. Sedangkan, hasil homologi asam amino menunjukkan substitusi terjadi pada beberapa situs epitope NS-1 yang sebelumnya dianggap lestari. Hasil ini menunjukkan bahwa, analisis NS-1 dapat digunakan sebagai dasar pengembangan vaksin dengue.

---

Until to date, dengue virus (DENV) infection is still a major global health problem including Indonesia, putting over 150 thousands people at risk every year. Despite various conventional preventive efforts conducted, number of people with severe dengue is not reduce significantly. Vaccine is than developed in a hope to make a more effective and efficient way of dengue prevention. But, only a limited number of phylogenetic studies have been conducted to support the vaccine development. This phylogenetic studies of dengue virus (DENV) is conducted in order to support the basis for development of protective dengue vaccine. This study analyze nucleotides and amino acids sequence of Non Structural-1 (NS-1) protein and emphasizing at epitope sites. By using Genetyx 5.1, 29 samples that have been collected from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia and GenBank were analized. Phylogenetic tree analysis using NS-1 nucleotides showing that isolates from Indonesia is potitioned within genotipe I and IV, insignifically different with phylogenetic tree analysis using envelope nucleotides. While, amino acid homology analysis showing subtitution between NS1 epitope sites that considered being conserved at the previous studies. This results shows that, NS-1 analysis can be used as a basis of vaccine development.

Abstrak :
ABSTRAK
Pada skripsi ini dibahas mengenai model SIR-UV penyebaran Demam Berdarah Dengue (DBD) dengan mempertimbangkan faktor bias intervensi rawat inap yang melibatkan kompartemen manusia dan nyamuk, kemudian model disederhanakan dengan menggunakan Quasi-Steady State Approximation (QSSA). Pada model ini didapatkan dua jenis titik keseimbangan, yaitu titik keseimbangan bebas penyakit (Disease-Free Equilibrium) dan titik keseimbangan endemik (Endemic Equilibrium). Dari model matematika ini, dapat diperoleh juga nilai bilangan reproduksi dasar atau basic reproduction number (R0) yang merupakan ambang batas dimana penyakit dikatakan endemik atau tidak dalam populasi. Selain itu, dilakukan juga analisis sensitivitas basic reproduction number (R0), serta simulasi atas model untuk setiap kasus yang menggambarkan perilaku dan kestabilan disekitar titik kesetimbangan. Melalui simulasi, diperoleh hasil bahwa untuk mengurangi penyebaran penyakit DBD tidak dapat hanya dengan menggalakkan program rawat inap terhadap individu manusia terinfeksi, akan tetapi harus juga memperhatikan tingkat higienitas rumah sakit.

---

ABSTRACT
This undergraduate thesis discussed SIR-UV model of dengue spread considering bias effect caused by hospitalization which involves human and mosquito compartments, and then this model will be simplified by using Quasi-Steady State Approximation (QSSA). In this model, there will be two types of equilibrium points, they are Disease-Free Equilibrium and Endemic Equilibrium. Basic reproduction number (R0) will also be obtained from this model, which is the threshold whether the disease is said to be endemic or not in the population. In addition, sensitivity analysis of the basic reproduction number (R0) is also carried out, as well as simulation of the model for each case that describes the behavior and stability around the equilibrium point. Through the simulation, the results are, to reduce the transmission of dengue disease can not only by promoting inpatient programs for infected human individuals, but we also must pay attention to the level of hospital hygiene.

Abstrak :
Tahun 2001-2004, angka insiden demam berdarah dengue (DBD) di kecamatan Cimanggis melonjak dengan tajam. Upaya pemberantasan penyakit DBD terus dilakukan hingga kini.Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui gambaran epidemiologi DBD dan faktor-faktor yang mempengaruhi angka insidennya di Kecamatan Cimanggis tahun 2005?2008. Jenis penelitian adalah desain observasional (studi deskriptif korelasi/ekologi). Hasil penelitian menyebutkan proporsi kasus terbesar pada kelompok umur ≥15 tahun sedangkan insiden tertinggi pada 5?9 tahun. Kasus terbesar terjadi pada Kelurahan Tugu, sedangkan insiden tertinggi terjadi pada Kelurahan Curug dengan cenderungan terjadi pada awal hingga pertengahan tahun dengan puncak sekitar bulan Januari? Maret. Hasil bivariat menunjukan adanya hubungan yang bermakna antara kepadatan penduduk, fogging, temperatur, curah hujan, dan kelembaban dengan angka insiden DBD di Kecamatan Cimanggis (p<0,05). Berdasarkan hasil tersebut maka peneliti menyarankan program pemberantasan dan pengendalian yang sudah berjalan ditingkatkan keefektifannya dan masyarakat diharapkan mampu cepat tanggap menghadapai bahaya DBD dengan melakukan usaha?usaha pencegahan secara mandiri.

---

Incidence of dengue haemorrhagic fever (DHF) has increased by the year 2001-2004 in Cimanggis, Depok. DHF prevention and control program has been developed until now. This study investigated epidemiology of DHF and risk factors of DHF incidence in Cimanggis from 2005 until 2008. This was observational design with correlation study. The result revealed that case were highest by the age ≥15 and also highest in Tugu. Incidence were highest by the age 5 ? 9 and highest in Curug which occurred in the early to mid-year with a peak around January until March. The result also revealed were there significant correlation between population density, fogging, temperature, presipitation, and humidity with DHF incidence (p < 0,05). Based on these study, DHF prevention and control program should the effectiveness and hopefully they can prevent the danger of DHF independently.

Abstrak :
Model epidemik SIR (Susceptible Infected Recovery) diaplikasikan dalam pembentukan model matematika untuk penyebaran penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) dengan intervensi bakteri Wolbachia pada populasi manusia dan nyamuk yang diasumsikan konstan. Model ini dibuat dengan pendekatan deterministik dengan menggunakan persamaan diferensial biasa berdimensi 9. Kajian analitik dan numerik dalam menentukan titik keseimbangan, basic reproduction number, serta kriteria terjadinya endemik yang bergantung pada beberapa parameter dibahas dalam skripsi ini. Dari kajian analitik diperoleh bahwa kestabilan titik keseimbangan endemik pada model bergantung pada basic reproduction number. Simulasi numerik untuk membandingkan dinamik jumlah manusia dan nyamuk yang terinfeksi pada model deterministik diberikan sebagai pendukung untuk interpretasi model.

---

The SIR (Susceptible Infected Recovery) epidemic model is applied to create a mathematical model of dengue disease transmission with Wolbachia bacteria in human and mosquitos population. This model is created by deterministic approach using a 9-dimensional ordinary differential system. Analytical and numerical analysis on deciding equilibrium points, basic reproduction number, and criteria of endemic occurrence with depend on some parameters will be discussed in this undergraduate thesis. Based on the analytical analysis, endemic equilibrium of the model is depend on basic reproduction number value. Numerical analysis for comparing the dynamic of infected human and mosquitos values of deterministic model is given to support model interpretation.

Abstrak :
Model penyebaran penyakit DBD akan dibahas dalam tugas akhir ini. Berbagai intervensi mulai dari vaksin terhadap manusia dewasa, vaksin terhadap bayi baru lahir, penggunaan insektisida, larvasida, dan mechanical control akan menjadi pertimbangan dalam menganalisa model DBD. Terdapat tiga jenis titik keseimbangan yang terbentuk dari model penyebaran penyakit DBD dengan berbagai intervensi ini yaitu: Mosquito-Free Equilibrium, Disease-Free Equilibrium (dengan dan tanpa kompartemen vaksin), dan Endemic Equilibrium. Dari model ini akan diperoleh nilai basic reproduction number yang menjadi faktor dimana penyakit ini dikatakan epidemik atau tidak dalam suatu populasi. Melalui kajian analitik dan numerik, diperoleh hasil bahwa penggunaan insektisida, vaksinasi terhadap manusia dewasa, dan pelaksanaan mechanical control merupakan intervensi yang paling signifikan dalam mengurangi penyebaran infeksi penyakit DBD oleh nyamuk, dibandingan dengan penggunaan larvasida, dan vaksin pada bayi baru lahir.

---

Mathematical model of dengue diseases transmission will be discussed in this undergraduate thesis. Various interventions such as adult and newborn vaccine, the used of insecticide and larvacide treatment, also enforcement of mechanical control will be considered when analyzing the mathematical model. There are 3 types of equilibrium points that will be built upon the dengue model. In this thesis those points are Mosquito-Free Equilibrium, Disease-Free Equilibrium (with and without vaccinated compartment), and Endemic Equilibrium. From this dengue model, basic reproduction number will be obtained as the main value factor whether the disease will become epidemic in a population or not. Based on the analytical and numerical analysis, insecticide treatment, adult vaccine, and enforcement of mechanical control are the most significant interventions when reducing the spread of dengue disease infection that caused by mosquitoes, rather than larvacide treatment and newborn vaccine.