Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah satu cara untuk mengekstraksi DNA Brugia malayi adalah menggunakan kit yang lebih sederhana dan lebih cepat dibandingkan dengan teknik ekstraksi fenol,Pada 15 ekor cacing dewasa B.malayi hasil pembiakan dalam gerbil dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit dan metode ekstraksi fenol yang lebih rumit. Pada teknik ekstraksi dengan kit ternyata tidak diperoleh DNA, sedangkan pada ekstraksi fenol diperoleh DNA sejumlah 100 µg/ml yang terlihat sebagai pita 322 bp pada elektroforesis.Disimpulkan bahwa teknik ekstraksi fenol lebih bailk hasilnya dibandingkan dengan kit karena pemakaian fenol yang lebih sering sehingga lebih banyak DNA yang dapat terekstraksi.

---

ABSTRACT

Comparison Of DNA Extraction Result from Brugia malayi by using Kit and by using Phenol Extraction Method

One of several ways to extract the Brugia malayi DNA is to use a kit which is more simple and take a shorter time compared to the phenol extraction technique.

DNA extraction by using kit and by using phenol extraction method were done on 15 adult worms of B. malayi which had been cultured in gerbil.

No DNA was extracted by using the kit; whereas 100 µg/ml DNA was obtained by using phenol extraction method. The DNA was seen as a 322 bp band on electrophoresis.

It was concluded that the phenol extraction method result was superior to the result of extraction by using kit, because by using phenol more frequently more DNA would be extracted."

"A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed....."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."

"Background: Adaptation and natural selection serve as an important part of evolution. Adaptation in molecular levelcan lead to genetic drift which causes mutation of genetic material; one of which is polymorphism of mitochondrialDNA (mtDNA). The aim of this study is to verify the polymorphism of mitochondrially-encoded AdenosineTriphosphate synthase6gene (MT-ATP6) as one of mtDNA building blocks among tropic, sub-tropic, and polar areas.Methods: This descriptive quantitative research used 3,210 mtDNA sequences, taken from GenBank, as secondary datafrom 27 different populations. The data were grouped into 3 population groups based on the climates of their location.After grouping, the sequences were then aligned and trimmed using Unipro EUGENE, and analyzed by Arlequin andMitoTool. Results: Results demonstrated 21 haplotypes distributed among 3 populations with variations between eachclimate population. In the tropic and sub-tropic populations, the dominant haplotype is h1 while h6 is dominant in thepolar population. Conclusions: There is a variation of haplotype polymorphism between tropic, sub-tropic, and polarclimate population."

"The present book gives an update of the “world of naked gene vaccines”, namely DNA and RNA vaccines. Its content ranges from general mechanisms, inherent immunostimulatory properties and the vast potential to modulate immune responses, to recent successful clinical studies and approved veterinary gene vaccines. Beyond the state-of-the-art of genetic immunization, the reader will be stimulated with a chapter addressing “burning questions”."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Preeklampsia adalah salah satu komplikasi kehamilan yang paling sering ditemukan dan berakibat serius bagi ibu dan janin, dengan angka kejadian mencapai 5,8% pada kehamilan pertama dan 0,4% pada kehamilan kedua. Faktor penyebab preeklampsia belum diketahui, namun diyakini bahwa dasar gangguan preeklampsia terjadi pada plasenta dan ada indikasi keterlibatan faktor genetik yang bersifat poligenik. Keterlibatan DNA mitokondria (mtDNA) pada preeklampsia terlihat dari: (a) pola penurunannya yang cenderung bersifat maternal (b) insidennya tinggi pada beberapa keluarga dengan riwayat penyakit mitokondria [Torbergsen et al, 1989] (c) adanya penurunan aktivitas enzim sitokrom c oksidase (komplek enzim IV rantai respirasi mitokondria) pada jaringan plasenta penderita preeklampsia [Matsubara et al, 1997]. Penelitian ini secara umum dimaksudkan untuk mencari bukti-bukti yang lebih kuat tentang peran mitokondria dalam patogenesis preeklampsia. Tujuan khusus penelitian ini adalah untuk menjawab pertanyaan: (l) apakah mutasi titik mtDNA A3243G dan A12308G yang telah ditemukan pada keluarga di Finlandia dapat ditemukan juga pada penderita preeklampsia di Indonesia, (2) apakah terdapat kelainan fungsi enzim rantai respirasi pada preeklampsia (3) bagaimana prevalensi polimorfisme T16189C pada penderita preeklampsia dan kontrol di Indonesia (4) apakah latar belakang genetik mtDNA di populasi Indonesia berperan pada manifestasi klinik preeklampsia. Deteksi mutasi dan analisis latar belakang genetik mtDNA dilakukan dengan teknik PCR-RFLP. Teknik spektra heme digunakan untuk mengetahui konsentrasi sitokrom aa3, b dan cci dalam komplek-komplek enzim mitokondria.Hasil dan Kesimpulan: Mutasi mtDNA A3243G dan A 12308G tidak ditemukan pada kelompok preeklampsia maupun kontrol. Ini memperkuat dugaan bahwa mutasi A3243G memang tidak spesifik untuk populasi Indonesia Hasil pengukuran spektra heme menunjukkan konsentrasi sitokrom b pada kelompok preeklampsia secara nyata lebih rendah dari kelompok kontrol. Prevalensi polimorfisme T16189C cenderung lebih tinggi pada kelompok preeklampsia. Konsentrasi sitokrom b pada penderita preeklampsia dengan polimorfisme T16189C, lebih rendah dari pada kontrol dengan polimorfisme yang sama, sedangkan kadar sitokrom b pada kelompok preeklampsia dan kontrol tanpa polimorfisme ini ternyata tidak berbeda. Sebaran haplogrup mtDNA pada kedua kelompok cukup merata, haplogrup B proporsinya hampir dua kali Iebih tinggi pada kelompok preeklampsia, sebaliknya haplogrup M Iebih banyak ditemukan pada kontrol, namun tampaknya variasi pada latar belakang genetik mtDNA ini tidak mempengaruhi manifestasi penyakit preeklampsia pada populasi Indonesia."