Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Abstrak :
Metilasi DNA merupakan salah satu penyebab umum inaktivasi Mismatch Repair Gene (MMR). Gen MMR memperbaiki kesalahan penyisipan/penghapusan basa nukleotida pada proses sintesis DNA. Metilasi pada promoter gen MMR memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker kolon, sehingga metilasi tersebut perlu diidentifikasi. Identifikasi gen MMR dapat dilakukan menggunakan teknik methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification amplification (MS-MLPA). Prinsip dari teknik MS-MLPA yaitu amplifikasi probe yang menempel pada sekuens termetilasi. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengoptimasi teknik MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi gen MMR pada kanker kolon dengan teknik MS-MLPA. Penelitian ini menggunakan 27 sampel jaringan frozen kanker kolon yang telah tersedia di Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais (RSKD). Sampel tersebut dianalisis menggunakan probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] yang telah didesain khusus untuk mendeteksi pada beberapa gen MMR yakni MLH1, PMS2, MSH6, dan MSH2. Hasil penelitian menunjukkan optimasi teknik MS-MLPA telah berhasil dilakukan, sehingga identifikasi metilasi pada gen MMR telah berhasil diperoleh pada 4 sampel pasien. Gen MMR tersebut yakni MLH1 dan MSH6, dengan persentase masing-masing 75% dan 25%. ......DNA methylation is one of the most common causes of mismatch repair gene (MMR) inactivation. The MMR gene corrects errors in the insertion/deletion of nucleotide bases in the DNA synthesis process. MMR gene promoter methylation has an association with the formation of colon cancer, so the methylation needs to be identified. Identification of the MMR gene can be done using the methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) technique. The principle of the MS-MLPA technique is the amplification of the probe attached to the methylated sequence. The purpose of this study was to optimize the MS-MLPA technique and identify MMR gene methylation in colon cancer using the MS-MLPA technique. This study used 27 samples of frozen colon cancer tissue that were available at the Dharmais Cancer Hospital Biobank (RSKD). The samples were analyzed using the Mismatch Repair Gene probemix [ME011-C1][C1-0518] which has been specially designed to detect several MMR genes, namely MLH1, PMS2, MSH6, and MSH2. The results show that the optimization of the MS-MLPA technique has been successfully carried out, so that the identification of methylation in the MMR gene has been successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with a percentage of 75% and 25%, respectively. analyzed using probemix Mismatch Repair Gene [ME011-C1][C1-0518] which has been specifically designed to detect several MMR genes namely MLH1, PMS2, MSH6, and MSH2. The results showed that the optimization of the MS-MLPA technique was successful, so that identification of the methylation in the MMR gene was successfully obtained in 4 patient samples. The MMR genes are MLH1 and MSH6, with percentages of 75% and 25% respectively.

Abstrak :
Latar Belakang: Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) merupakan enzim penting untuk membentuk folat dan metabolisme methionin, sehingga enzim ini sangat dibutuhkan untuk sintesis DNA dan metilasi. Varian dari MTHFR C677T dan A1298C dapat menurunkan folat dalam plasma dan meningkatkan suseptibilitas terhadap spermatogenic arrest. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis polimorfisme gen MTHFR SNP A1298C dan C677T dan hubungannya dengan infertilitas pria oligozoospermia dan azoospermia di Indonesia. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian cross sectional dengan mengambil darah 3 mL pada pria oligozoospermia dan azoospermia sejumlah 150 orang. Gen MTHFR dianalisis menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) dengan primer spesifik. Penelitian dilakukan dengan teknik PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi MboII dan HinfI. Analisis PCR-RFLP gen MTHFR digunakan untuk mendeterminasi alotip gen MTHFR SNP A1298C dan SNP C677T pada kelompok pria oligozoospermia dan azoospermia dalam populasi Indonesia. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa distribusi alotip gen MTHFR SNP A1298C tidak berbeda bermakna (p>0,05) antara kelompok oligozoospermia dan azoospermia. Selanjutnya, distribusi alotip gen MTHFR SNP A677T antara kelompok oligozoospermia dan azoospermia juga tidak berbeda bermakna (p > 0.05). Kesimpulan: Polimorfisme gen MTHFR pada SNP A1298C dan C677T tidak berhubungan dengan infertilitas pria oligozoospermia dan azoospermia di Indonesia.

---

Abstract
Background: Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) is an important enzyme of folate and methionin metabolism, making it crucial for DNA synthesis and methylation. Variants of MTHFR C677T and A1298C gene result in reduced plasma folate levels and increase the susceptibility to spermatogenic arrest. This research aims to analyses MTHFR C677T and A1298C gene polymorphism in Indonesian infertile men with azoospermia and oligozoospermia. Methods: This cross sectional study takes 3 mL of blood from 150 infertile men with oligozoospermia and azoospermia. MTHFR gene is analyzed using polymerase chain reaction technique (PCR) with specific primers. PCR-RFLP analysis of the MTHFR gene using restriction enzymes MboII and HinfI determines allotypes, both of SNP A1298C and C677T in oligozoospermia and azoospermia in Indonesian population. Results: The results show that the distribution of allotypes of MTHFR gene SNP A1298C and A677T is not significantly different (p>0.05) between patient groups with oligozoospermia and azoospermia. Conclusion: MTHFR gene polymorphisms, both of SNP A1298C and C677T are not associated with male infertility in Indonesian men including patients with severe oligozoospermia and azoospermia.

Abstrak :
LATAR BELAKANG: Endometriosis merupakan penyakit ginekologis kronis yang ditandai dengan adanya jaringan mirip endometrium diluar rongga uterus. Endometriosis merupakan penyebab infertilitas dan nyeri pelvik paling umum dan memengaruhi 1 dari 10 wanita usia reproduktif. Progesteron memiliki peran yang penting dalam uterus yaitu mengontrol proliferasi dan diferensiasi. Disregulasi progesteron dapat menyebabkan gangguan fungsi uterus. Resistensi progesteron banyak ditemukan pada endometriosis dan dikaitkan dengan kadar PGR yang rendah. PGR memiliki dua isoform yaitu PGR-A dan PGR-B. Hingga saat ini masih banyak pendapat yang berbeda mengenai ekspresi isoform PGR-A dan B pada endometriosis. Hipermetilasi pada daerah promotor suatu gen diyakini sebagai salah satu penyebab gene silencing yang berakibat rendahnya kadar gen tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh faktor epigenetik pada reseptor hormon progesteron pada jaringan endometriosis. METODE: Penelitian ini merupakan studi kasus kontrol yang membandingkan 20 wanita penderita endometriosis dan 20 wanita bukan penderita endometriosis. Analisis metilasi DNA dilakukan dengan metode MSP dan ekspresi mRNA dengan metode qPCR. Analisis statistik yang dilakukan adalah uji t tidak berpasangan, uji Mann Whitney, uji korelasi Pearson, uji korelasi Spearman?s Rho, Uji Annova One Way dan Uji Kruskal-wallis dengan kemaknaan p<0.05. HASIL: Hasil penelitian menunjukkan bahwa tingkat metilasi pada wanita dengan endometriosis (98,72%) secara signifikan lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol (3,74%) dengan p=0,000. Selain itu, terjadi penurunan ekspresi mRNA isoform PGR-A dan PGR-B (2,35 kali dan 6,37 kali). Terdapat korelasi antara tingkat metilasi dengan ekspresi mRNA isoform PGR-B (p=0,000; r=-0,736), namun tidak terdapat korelasi dengan ekspresi mRNA isoform PGR-A (p>0,05). KESIMPULAN: Daerah promotor gen PGR mengalami hipermetilasi pada endometriosis dibandingkan dengan kontrol dan berkaitan dengan penurunan kadar PGR-B pada endometriosis.

---

Background: Endometriosis is a chronic gynecological disorder, defined as the presence of endometrium-like tissue outside of the uterine cavity. Endometriosis is the most common causes of infertility and pelvic pain and affects 1 of 10 women in the reproductive-age group. Progesterone plays an important role in uterine. It controls endometrial proliferation and differentiation. Dysregulation of progesterone signaling leads to impaired for uterine function. Progesterone resistance has been found in endometriosis and associated with the low levels of PGR. PGR has two isoforms, PGR-A and PGR-B. Since promoter hypermethylation is associated with gene silencing, we try to determine the methylation status of PGR promoter region in endometriosis tissue using methylation spesific PCR and its association with the expression of PGR-A and PGR-B isoforms using real-time PCR. Methods: this research is a case-control study, comparing 20 women with endometriosis and 20 women without endometriosis. Methylation status was analyzed with methylaion spesific PCR and the expression of mRNA was analyzed with real-time PCR. Statistical analyses were t-independent test, Mann Whitney test, Pearson test, Spearman?s rho test, Annova One Way test and Kruskal-Wallis test, a two-tailed p value less than 0,05 was considered significant. Result: We found that methylation status in women with endometriosis (98,72%) was significantly higher than women without endometriosis (3,74%), statistically significant associations with the disease (p=0,000). Beside, mRNA expression of PGR-A and PGR-B isoform was down regulated (2,35 fold and 6,37 fold). Correlation between methylation status and PGR-B expression was significant (p=0,000;r=-0,736), but not PGR-A (p>0,05). Conclusion: Promoter regions of PGR is hypermethylated in endometriosis as compared with control. This findings suggest that the promoter hypermethylation of PGR may contribute to the pathogenesis of this disease.

Abstrak :
Latar Belakang: Endometriosis merupakan penyakit multifaktorial yang mempengaruhi 10% wanita usia subur. Diketahui bahwa gen EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada endometriosis sehingga memiliki peran dalam perkembangan endometriosis, dan gen yang dapat meregulasi sitoskeleton. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi hubungan antara tingkat metilasi gen EGFR dan MMP-2 dengan ekspresi mRNA-nya pada jaringan endometriosis peritoneum. Metode Penelitian: Penelitian ini menggunakan desain cross sectional. Sampel yang digunakan sebanyak 20 wanita endometriosis dan 20 wanita bukan endometriosis yang usianya sekitar 20-45 tahun. Pada wanita endometriosis diambil jaringan endometriosis peritoneum dengan tindakan laparoskopi, sedangkan 20 wanita bukan endometriosis diambil jaringan endometrium normal dengan tindakan mikrokuretase. Tingkat metilasi DNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode Methylation Specific PCR (MSP) dan Ekspresi mRNA gen EGFR dan MMP-2 dianalisis dengan metode qRT-PCR. Hasil: Tingkat metilasi DNA pada gen EGFR dan MMP-2 mengalami hipermetilasi. Pada gen EGFR, tingkat metilasi DNA antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,001), sedangkan pada gen MMP-2 tingkat metilasi DNA-nya tidak terdapat perbedaan yang bermakna (p=0,596) antara jaringan endometriosis peritoneum dibandingkan dengan jaringan endometrium normal. Nilai ekspresi relatif mRNA EGFR dan MMP-2 mengalami peningkatan ekspresi pada jaringan endometriosis peritoneum. Penelitian ini tidak menunjukkan korelasi yang bermakna antara tingkat metilasi dengan tingginya ekspresi mRNA baik gen EGFR maupun MMP-2. (gen EGFR (p=0,947 dan r=-0,016) dan gen MMP-2 (p=0.769 dan r=0.070) Kesimpulan: Tingginya ekspresi mRNA EGFR dan gen MMP-2, kemungkinan bukan hanya disebabkan karena faktor metilasi DNA, melainkan faktor lainnya.

---

Background: Endometriosis is a multifactorial disease that affects 10% of women of childbearing age. It is known that the EGFR and MMP-2 genes have increased expression in endometriosis and thus have a role in the development of endometriosis, and genes that can regulate the cytoskeleton. The purpose of this study was to evaluate the relationship between the level of methylation of the EGFR and MMP-2 genes with their mRNA expression in peritoneal endometriosis tissue. Method: The study used a cross sectional design. The sample used was 20 women with endometriosis and 20 women without endometriosis who were around 20-45 years old. In endometriosis women are taken to peritoneal endometriosis tissue by laparoscopic, while 20 women without endometriosis are taken to normal endometrial tissue by microcuretase. The levels of EGFR and MMP-2 gene methylation were analyzed by the Methylation Specific PCR (MSP) method and the mRNA expression of the EGFR and MMP-2 genes were analyzed by the qRT-PCR method. Results: The level of DNA methylation in the EGFR and MMP-2 genes was hypermethylated. In the EGFR gene between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue there were significant differences (p=0,001), whereas in the MMP-2 gene there was no significant difference (p=0.596) between peritoneal endometriosis tissue compared to normal endometrial tissue. The relative expression value of EGFR and MMP-2 mRNA has increased expression in peritoneal endometriosis tissue. This study did not show a significant correlation between the level of methylation and the high mRNA expression in both the EGFR and MMP-2 genes. (EGFR gene (p=0.947 and r=-0.016) and MMP-2 gene (p=0.769 and r=0.070) Conclusion: The high expression of EGFR mRNA and MMP-2 gene, the possibility is not only due to hypermethylation factors, but other factors.

Abstrak :
Latar belakang: Telah dilaporkan bahwa terdapat perubahan pada ekspresi dari ribuan gen di jaringan endometrium endometriosis, termasuk diantaranya adalah gen FN1 dan RAC1. Perubahan ekspresi gen tersebut dapat disebabkan oleh mekanisme epigenetik seperti perubahan tingkat metilasi DNA pada gen. Tujuan: Mengetahui tingkat metilasi DNA pada gen FN1 dan RAC1 serta ekspresi mRNAnya pada jaringan endometrium subjek endometriosis dan nir-endometriosis. Metode: Penelitian ini merupakan cross sectional dengan jumlah sampel sebanyak 40 dari jaringan endometrium subjek endometriosis dan subjek nir-endometriosis. Sampel diambil dengan teknik mikrokuretase di RSUPN Ciptomangunkusumo dan RS Fatmawati Jakarta. Pada jaringan kemudian dilakukan isolasi DNA dan RNA. Pada isolat DNA dilakukan konversi bisulfit, MSP, elektroforesis dan analisis intensitas pita menggunakan software ImageJ untuk mendapatkan data persentase tingkat metilasi DNA. Pada isolat RNA dilakukan qRT-PCR untuk mendapatkan ekspresi relatif mRNA gen FN1 dan RAC1. Hasil: Analisis persentase tingkat metilasi DNA promotor menunjukkan terdapat perbedaan bermakna (p=0,022) pada gen FN1 pada pasien endometriosis (37,95%) dibandingkan nir-endometriosis (59,22 %), sedangkan pada gen RAC1 tidak terdapat perbedaan bermakna (p=0,63) dengan tingkat metilasi subjek endometriosis (28.45%) dan subjek nir-endometriosis (26.11%). Penelitian ini juga melaporkan terjadinya peningkatan ekspresi relatif mRNA gen FN1 dan RAC1 dibandingkan dengan subjek nir-endometriosis, namun secara statistik tidak terdapat perbedaan bermakna (p>0,05). Tidak terdapat korelasi bermakna antara tingkat metilasi gen FN1 dan RAC1 dengan ekspresi mRNAnya. Kesimpulan: Terjadi penurunan tingkat metilasi yang bermakna pada gen FN1 di jaringan endometrium endometriosis, namun tidak berkorelasi dengan peningkatan mRNA nya. Tidak terdapat perbedaan bermakna tingkat metilasi dan ekspresi mRNA pada gen RAC1 di jaringan endometrium subjek endometriosis dibandingkan dengan nir endometriosis.

---

It has been reported that there was a changes in the expression of thousands of genes in endometrial endometriosis tissues, including the FN1 and RAC1 genes. Changes in gene expression can be caused by epigenetic mechanisms such as DNA methylation in genes. Objective: To determine the level of DNA methylation in FN1 and RAC1 genes and their mRNA expression in endometrial tissue of endometriosis and non-ndometriosis. Method: This study was designed as cross sectional with a total sample of 40 of endometrial tissues in the subject of endometriosis and non-endometriosis. Samples were taken by microcuretase at Ciptomangunkusumo and Fatmawati Hospital, Jakarta. DNA and RNA was isolated. DNA isolates were converted by bisulfite procedure, MSP conversion, electrophoresis, analyzed intensity of the band which appeared on gel electrophoresis using ImageJ software to obtain the percentage data of DNA methylation level. In RNA isolates, it was analyzed using qRT-PCR methode to obtain the relative mRNA expression level. Results: Analysis of percentage of DNA methylation level showed significant differences (p=0.022) in the FN1 gene (37.95%) compared to non-endometriosis (59.22%), whereas in the RAC1 gene there was no significant difference (p=0,63) with methylation level of endometriosis subjects (28.45%) and non-endometriosis subjects (26.11%). For relative mRNA expression of FN1 and RAC1 genes showed no significant differences (p> 0.05). For correlation in endometrial endometriosis showed no significant between the rate of methylation of the FN1 and RAC1 genes with their mRNA expression. Conclusion: There was a significant decrease in DNA methylation level of FN1 gene in endometrial endometriosis tissues, but it did not correlate with the increasing in its mRNA expression. There was no significant difference in DNA methylation level and mRNA expression of RAC1 gene in endometrial tissues of endometriosis subjects compared to non-endometriosis.

Abstrak :
Metilasi DNA merupakan perubahan epigenetik yang umum terjadi sebagai penyebab inaktivasi gen pada tumor suppressor genes (TSGs). Metilasi pada promoter TSG memiliki asosiasi dengan pembentukan kanker tiroid. Metode methylation-specific multiplex ligation dependent-probe amplification (MS-MLPA) merupakan salah satu metode berbasis PCR yang dapat melakukan identifikasi metilasi pada beberapa gen dan analisis copy number variant secara simultan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi metode MS-MLPA dan mengidentifikasi metilasi TSG pada kanker tiroid dengan metode MS-MLPA. Sebanyak 40 sampel fine needle aspiration biopsy (FNAB) dikumpulkan secara retrospektif di Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel FNAB berasal dari pasien yang memiliki kelainan nodul tiroid. Metilasi TSG dianalisis dengan metode MS-MLPA menggunakan probemix Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 (MRC-Holland). Sampel FNAB dibandingkan dengan reference sample berupa sampel darah yang berasal dari individu sehat. Penelitian ini berhasil mengoptimasi metode MS-MLPA dan mendeteksi metilasi pada 4 jenis tumor suppressor genes, yaitu gen RASSF1A, gen CASP8, gen FHIT, dan gen CHFR. Hasil identifikasi menunjukkan bahwa terdapat 20 sampel tumor ganas dan 2 sampel tumor jinak mengalami metilasi. ......DNA methylation is a common epigenetic change that causes gene inactivation in tumor suppressor genes (TSGs). TSGpromoter methylation has an association with the formation of thyroid cancer. Methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) is a PCR-based method that can identify methylation in several genes and copy number variant simultaneously. The aim of this study is to optimize methylation-specific multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) and to identify tumor suppressor genes methylation of thyroid cancer using MS-MLPA. Retrospectively 40 Fine Needle Aspiration Biopsy samples were collected in Dharmais Cancer Hospital. FNAB samples were collected from patients with thyroid nodules abnormalities. Tumor suppressor genes methylation were analyzed using Tumour Suppressor Mix 1 ME001-C2 probemix (MRC-Holland) as MS-MLPA reagents. FNAB samples were compared with reference sample from blood that were collected from healthy people. This study has successfully optimizing MS-MLPA method and detecting 4 methylated tumor suppressor genes, RASSF1A, CAPS8, FHIT and CHFR. Methylation identification shows 20 malignant histopathology samples and 2 benign histopathology samples were methylated.

Abstrak :
ABSTRAK
Latar belakang: Salah satu faktor yang dicurigai berperan dalam mekanisme resisensi klopidogrel adalah faktor epigenetik seperti metilasi DNA. Individu dengan resistensi klopidogrel ini memiliki kecenderungan untuk mengalami luaran kardiovaskular yang lebih buruk. Nilai TIMI flow pasca IKPP telah diketahui berkaitan dengan luaran klinis pada pasien IMA-EST. Sampai saat ini belum ada penelitian yang menghubungan antara metilasi gen P2Y12 dengan penghambatan fungsi platelet dan nilai TIMI flow pasca IKPP pada pasien IMA EST. Tujuan: Untuk mengetahui hubungan antara metilasi gen reseptor P2Y12 terhadap fungsi penghambatan platelet dan nilai TIMI flow pasca IKPP pada pasien IMA EST. Metode: Sebanyak 118 pasien IMA-EST yang menjalani IKPP dan mendapatkan terapi klopidogrel dimasukkan kedalam populasi penelitian. Dilakukan pemeriksaan VerifyNow P2Y12 dan pemeriksaan metilasi P2Y12. Selanjutnya dilakukan analisis hubungan antara metilasi P2Y12 dengan nilai Verifynow P2Y12 dan TIMI flow pasca IKPP. Hasil: Dari seluruh subyek, 22% diantaranya termasuk klopidogrel nonresponder dan 30% memiliki nilai TIMI flow kurang dari 3. Terdapat 48% subyek yang tidak mengalami metilasi dan 19% subyek mengalami metilasi sempurna pada gen P2Y12. Tidak terdapat hubungan bermakna antara metilasi P2Y12 dengan nilai Verifynow P2Y12 dan TIMI flow pasca IKPP. Nilai Verifynow P2Y12 yang tinggi berhubungan dengan TIMI flow kurang dari 3 pasca IKPP (p=0,043). Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan bermakna antara pola metilasi gen P2Y12 dengan penghambatan fungsi platelet dan nilai TIMI flow pasca IKPP. Pasien yangnon-responder terhadap klopidogrel berisiko untuk mendapatkan reperfusi miokard yang suboptimal.

---

ABSTRACT
Background: Mechanism of clopidogrel resistance is not well understood yet. In the other hand, epigenetic modifications such as DNA methylation, are suspected to play role in clopidogrel resistence. Subject with high on treatment clopidogrel reactivity show worsen cardiovascular outcome. Meanwhile, TIMI flow after reperfusion are known to be related with poor outcome. Study that evaluate the relationship between methylation of P2Y12 gene with Platelet Reactivity and TIMI-flow after Primary Percutaneous Coronary Intervention (PPCI) in Patients With Acute ST-segment Elevation Myocardial Infarction in South East Asia Population has never been done. Objectives: to define whether methylation of P2Y12 gene and platelet reactivity may affect the myocardial perfusion after PPCI. Methods: There were 118 of STEMI patients who underwent PPCI and had received clopidogrel were recruited for the study. We measured platelet reactivity using Verifynow P2Y12 and Methylation of P2Y12 gene. The relationship among variables are assessed using statistic method. Results: Among 118 subject, 22% are clopidogrel nonresponder and 30% had TIMI flow less than 3. Median of Methylation degree was 15% with 48% subject were unmethylated, 19% subject had 100% methylation. There are no relationship between methylation of P2Y12 gene with platelet reactivity and TIMI flow after PPCI among subjects. The value of Verifynow P2Y12 more than 208 were related TIMI flow less than 3 after PPCI (p=0,043). Conclusion: There are no relationship between methylation of P2Y12 gene with platelet reactivity and TIMI flow after PPCI among subjects. Clopidogel nonresponder subjects were more likely to have suboptimal reperfusion after PPCI

Abstrak :
Latar belakang: Resistensi klopidogrel merupakan salah satu faktor risiko penting terjadinya kejadian iskemik berulang pada pasien yang telah mendapat terapi anti platelet yang optimal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui peran metilasi DNA gen CYP2C19 sebagai salah satu faktor epigenetik terhadap kejadian resistensi klopidogrel pada pasien infark miokard akut dengan elevasi segmen ST (IMA-EST) yang menjalani intervensi koroner perkutan primer (IKPP). Metode: Pasien IMA-EST yang menjalani IKPP diberikan antiplatelet klopidogrel dan menjalani pemeriksaan fungsi platelet degan VerifyNowTM. Kriteria untuk mendefinisikan resistensi klopidogrel adalah nilai PRU >208. Pemeriksaan metilasi DNA gen CYP2C19 dilakukan dengan metode bisulfite genomic sequencing technology. Data klinis, laboratorium, dan angiografik termasuk TIMI flow dikumpulkan untuk dilakukan analisis. Hasil: Dari 122 subjek, resistensi klopidogrel ditemukan pada 22% subjek. Kelompok dengan presentase metilasi DNA <50% mempunyai risiko lebih tinggi terjadinya resistensi klopidogrel (OR 4.5 IK95% 2.1-9.3, nilai p 0.018). Grup ini juga diketahui mempunyai TIMI flow post-IKPP yang suboptimal (OR 3.4 IK95% 1.3 - 8.7, nilai p 0.045). Kesimpulan: Hipometilasi DNA gen CYP2C19 meningkatkan risiko terjadinya resistensi klopidogrel dan luaran klinis yang lebih buruk. ......Background: Clopidogrel resistance is an important risk factor of recurrence of ischemic event after optimal antiplatelet therapy. We aimed to investigate the role of DNA methylation of CYP2C19 gene as one of epigenetic factor to the risk of clopidogrel resistance in ST-segment elevation myocardial infarction (STEMI) patients undergoing primary percutaneous coronary intervention (PPCI). Methods: STEMI patients undergoing PPCI were pretreated with clopidogrel, and their platelet function was measured using VerifyNowTM assay. The criteria for high on- treatment platelet reactivity (HPR) was defined according to the expert consensus criteria (PRU >208). DNA methylation of the CYP2C19 gene was performed using bisulfite genomic sequencing technology. Furthermore, clinical, laboratory and angiographic data including TIMI flow were collected. Result: Among 122 patients, clopidogrel resistance was found in 22% patients. After dividing into two groups, methylation <50% was associated with increased risk of clopidogrel resistance (OR 4.5 95%CI 2.1-9.3, P value 0.018). This group also found to have suboptimal post-PCI TIMI flow (OR 3.4 95%CI 1.3 - 8.7, P value 0.045). Conclusions: The lower DNA methylation level of the CYP2C19 gene increases the risk of clopidogrel resistance and subsequent poorer clinical outcome.

Abstrak :
Tesis ini membahas pemeriksaan biomolekuler berbasis epigenetik berupa pemeriksaan metilasi DNA pada gen ELOVL2 dan NPTX2 yang diduga memiliki keterkaitan dengan usia seseorang. Informasi tentang usia seseorang menjadi suatu hal yang krusial dalam bidang forensik karena usia dapat digunakan dalam proses identifikasi forensik ketika terjadi bencana massal, maupun ketika seseorang menjadi korban kejahatan dalam kasus kriminal. Selain itu, usia memiliki manfaat dalam menentukan status seseorang di mata hukum ketika terjadi sengketa pemalsuan usia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah prakiraan usia kelompok anak-anak dan dewasa pada populasi Indonesia dapat ditentukan melalui pemeriksaan metilasi DNA pada gen target ELOVL2 dan NPTX2 yang diduga memiliki keterkaitan dengan usia. Penelitian ini adalah deskriptif cross sectional yang dilakukan dengan langkah pengambilan sampel DNA dari darah tepi responden yang melakukan medical check up pada sarana kesehatan di RSPAD Gatot Soebroto Jakarta dan RSGMP Unsoed Purwokerto. Darah responden disimpan dalam tabung EDTA kemudian dilakukan sub sampling berupa pemisahan sel darah merah dan sel darah putih dengan metode sentrifugasi agar sampel menjadi lebih stabil dan tidak rusak untuk kemudian dilakukan ekstraksi DNA. Pemeriksaan metilasi DNA dilakukan dengan metode MSP (Methylation Specific PCR) yang didahului dengan konversi bisulfit. Pada penelitian ini didapatkan hasil penelitian yang bermakna antara kelompok usia yang diteliti dengan adanya metilasi gen ELOVL2 dan NPTX2. Kesimpulan yang didapat dari tesis ini adalah prakiraan pada kelompok usia anak-anak pada populasi Indonesia tidak dapat dilakukan menggunakan pemeriksaan metilasi DNA pada gen NPTX2 dan ELOVL2 sedangkan prakiraan usia pada kelompok usia dewasa pada populasi Indonesia dapat ditentukan melalui pemeriksaan metilasi DNA pada gen ELOVL2 dan NPTX2. ......This thesis discusses epigenetic-based biomolecular examinations in the form of DNA methylation tests on the ELOVL2 and NPTX2 genes that are thought to have a relationship with a person's age. Information about a person's age becomes crucial in the field of forensics because age can be used in the process of forensic identification when a mass disaster occurs, or when a person becomes a crime victim in a criminal case. In addition, age estimation has benefits in determining someone’s legal status when a case of age falsification was found. This study aims to determine whether the age estimates of groups of children and adults in the Indonesian population can be determined by examining DNA methylation in the ELOVL2 and NPTX2 target genes that are thought to have a relationship with age. This research is a cross sectional descriptive study conducted by taking DNA samples from the peripheral blood of respondents who do medical checkups at health facilities in the Gatot Soebroto Central Jakarta Hospital and Unsoed Purwokerto General Hospital. The respondent's blood is stored in an EDTA tube then subsampling in the form of separation of red blood cells and white blood cells by centrifugation method so that the sample becomes more stable and undamaged for DNA extraction. DNA methylation examination was carried out using the MSP (Methylation Specific PCR) method, which was preceded by bisulfite conversion. In this study, significant research results were obtained between the age groups studied in the presence of ELOVL2 and NPTX2 gene methylation The conclusion obtained from this thesis is that the estimates in the age group of children in the Indonesian population cannot be carried out using DNA methylation tests on NPTX2 and ELOVL2 genes while the age estimates in the adult age group in the Indonesian population can be determined through DNA methylation examination on the ELOVL2 and NPTX2 genes.